Transports dans le département du Jura

Les principaux axes routiers du département sont les autoroutes A36 (Beaune - Mulhouse) et A39 (Dijon - Lons-le-Saunier - Bourg-en-Bresse), qui se croisent à proximité de Dole. Ces autoroutes placent les franges nord et ouest du département sur les axes reliant la vallée du Rhône à l'Alsace et à l'Allemagne.

En revanche, l'est et surtout le sud-est du département ne comportent ni autoroute ni voie rapide, et les routes qui y mènent sont souvent sinueuses en raison du relief. Bien que maintenues dans le réseau routier national après 2006, les tronçons de la route nationale 5 et de la route nationale 83 situés à l'est de Poligny n'ont plus qu'un rôle national restreint, mais sont essentielles au niveau régional pour l'accès à certaines villes comme Arbois, Champagnole ou Morez.

Échangeur entre les autoroutes A36 et A39, près de Dole.

Le Jura est desservi par le réseau régional de transport routier Mobigo, qui compte une vingtaine de lignes régulières dans le département.

Un viaduc des Chemins de fer vicinaux du Jura près de Lons-le-Saunier vers 1906.

La première ligne de chemin de fer a ouvert dans le département en 1855, entre Dijon et Dole ; elle a été prolongée en 1856 vers Besançon et en 1857 vers Mouchard. Le réseau d’intérêt général a été développé dans le Jura par la Compagnie des chemins de fer de Paris à Lyon et à la Méditerranée (PLM). À la fin du XIX^e siècle, le chemin de fer d’intérêt général était assez dense dans les régions de plaine ou de collines et atteignait notamment Arbois, Champagnole, Chaussin, Dole, Fraisans, Lons-le-Saunier, Poligny, Saint-Amour et Salins-les-Bains, mais les hauteurs du massif du Jura n'étaient percées que par deux lignes menant à Morez et Saint-Claude. Ces deux dernières furent finalement reliées en 1912 par la ligne des hirondelles.

Le Jura était au croisement des axes ferroviaires reliant Paris à la Suisse et à l'Italie d'une part et la vallée du Rhône à l'Alsace et à l'Allemagne d'autre part. Si ces lignes furent électrifiées en 1956 pour la première et 1995 pour la seconde, le développement du réseau TGV éloigna les trains de longue distance du Jura, les TGV reliant désormais Paris à Milan par Lyon et Lyon à Strasbourg par Dijon.

Le Jura a également été desservi à partir de 1898 par le réseau de chemin de fer d’intérêt local des Chemins de fer vicinaux du Jura, qui desservait notamment Arinthod, Clairvaux-les-Lacs, Moirans-en-Montagne, Nozeroy, Orgelet et Les Planches-en-Montagne. Ce réseau a totalement disparu en 1950. Un chemin de fer électrique reliait par ailleurs Morez et Les Rousses à Nyon (Suisse), mais la partie française de cette ligne a été fermée en 1958.

Un autorail X 73500 sur le viaduc de Morez.

La fréquentation du transport ferroviaire est faible dans le département du Jura : les deux principales gares de voyageurs, Dole et Lons-le-Saunier, ont une fréquentation annuelle respective de 839 000 et 340 000 voyageurs en 2019, et aucune autre gare ne dépasse les 105 000 voyageurs[2].

Le principal axe ferroviaire du département pour les voyageurs est l'axe Dijon - Dole - Besançon, électrifié et à double voie, qui accueille des TER Bourgogne-Franche-Comté et quelques TGV inOui vers Besançon et vers Lausanne (ces derniers empruntant une voie unique à partir de Dole). L'axe Besançon - Lons-le-Saunier - Lyon a été marginalisé pour les voyageurs après l'ouverture de la LGV Rhin-Rhône en 2011, mais accueille toujours quelques TER et du fret. La ligne des Hirondelles, qui dessert le Haut-Jura, ne dépasse plus Saint-Claude depuis 2017.