Variole du singe

Le virus de la variole du singe a été découvert et isolé au Danemark en 1958, à partir des lésions d'une éruption généralisée survenue chez des macaques crabiers en captivité. Ces singes en provenance de Singapour étaient destinés au Statens Serum Institut (en) (Institut d'État de sérologie) de Copenhague. Une longue enquête de surveillance a été menée par l'OMS en Europe et aux États-Unis, car la découverte de ce virus fait peser une menace vis-à-vis de l'éradication de la variole humaine et un risque de zoonose[15] - [16].

Portrait d'un macaque crabier, Singapour.

On a pu ainsi observer une dizaine d'épidémies de variole du singe chez les singes en captivité (animalerie de laboratoire et zoo) surtout chez les macaques (de l'espèce Macaca cynomolgus ou fascicularis), les orangs-outans étant très sensibles (décès avant l'éruption)[15]. La plus importante fut celle du zoo de Rotterdam en 1964-1965[17]. La première épidémie détectée en France l'a été en 1968 dans une animalerie de l'Institut Pasteur chez des chimpanzés importés de Sierra Leone[15] - [18].

Ces épidémies ont cessé après 1968, avec l'amélioration des conditions de transport des singes importés, et une plus grande utilisation en laboratoire des singes nés en captivité. Les singes malades étaient importés d'Asie, mais les études révèlent qu'ils ont dû être infectés durant le transport, en contact avec d'autres singes ou autres animaux sauvages importés, et que l'habitat naturel du virus se trouve plutôt en Afrique[15] - [17].

En 1969, un colloque international de virologie tenu à Moscou définit le virus monkeypox comme une espèce distincte du virus de la variole humaine[17].

Le premier cas humain a été découvert en 1970, à l'hôpital de Basankusu (Zaïre, aujourd'hui République démocratique du Congo). Il s'agissait d'un enfant d'un village de la région. L'hôpital de Basankusu couvre une large zone rurale dont la population était estimée à 62 000 habitants en 1970, en majorité petits agriculteurs et chasseurs-cueilleurs regroupés en petits villages situés à la lisière de forêt tropicale humide. Ce cas a été détecté dans des échantillons biologiques étudiés dans le cadre de la surveillance OMS de la variole (réseau international de laboratoires de référence, en l'occurrence celui de Moscou)[19].

Enquête épidémiologique en République démocratique du Congo en 1997, où sur 19 rats de Gambie testés pour le virus, 3 se sont avérés positifs.

D'autres cas surviennent dans les années qui suivent en Afrique de l'Ouest (Liberia, Sierra Leone, Nigeria, Côte d'Ivoire…). De 1981 à 1988, on compte de 300 à 400 cas survenus en Afrique centrale et de l'ouest, presque tous des cas isolés[20] - [21]. La plupart des épidémies décrites l'ont été en République démocratique du Congo (RDC) où des foyers naissent régulièrement depuis les années 1980 avec un premier cas en 1970 (1 malade) dans la région de l'Équateur, une épidémie (41 malades) en 1971-1980 et une autre (338 malades) en 1986. Les autres pays africains sporadiquement touchés sont : Cameroun, Gabon, Nigeria, République centrafricaine et Sierra Leone, qui ont connu quelques cas dans les années 1990[5] - [22].

Jusqu'alors, la variole du singe reste une maladie rare en Afrique, particulière à des petites localités en bordure forestière, et paraissant épargner les grandes villes, ce qui la distingue radicalement de ce que fut la variole[23].

La majorité des épidémies connues surviennent régulièrement en République démocratique du Congo, dans deux provinces (Kasaï Oriental et Équateur) dont celle de 1996-1997 (519 cas), puis en 1999 dans la région de Mbuji-Mayi avec 315 malades, encore une fois la province de l'Équateur en 2001 et 2002 avec respectivement 23 et 293 malades et enfin dans la région de Kabinda en 2005 avec 311 personnes malades[22]. En 2005, 19 cas ont été signalés au Sud Soudan dans la région de Bentiu[5] - [22].

Mi-2007, des épidémies ont encore sévi au Congo-Brazzaville dans la région de Likouala déjà touchée en 2003 (nord-est du pays – frontalière de la RDC), de juin 2007 à fin août 2007, avec presque 80 cas humains[5] - [22].

Depuis les années 2010, par rapport aux années 1980, le nombre de cas suspects, probables et confirmés a été multiplié par dix, ce qui reflèterait une réelle augmentation de la maladie et non une amélioration du système de surveillance considéré comme stable depuis 2008[24].

De 2017 à 2019, plus de trois mille cas ont été notifiés au Nigeria, en République démocratique du Congo et en Centrafrique[25] - [26].

En 2022, à la date du 8 juin, huit pays africains ont signalé à l'OMS 59 cas confirmés, 1 536 cas suspects et 72 décès. La République démocratique du Congo est le pays le plus touché avec 10 cas confirmés, 1 356 cas suspects et 64 décès[27].

Exhibition d'un rat de Gambie, comme espèce envahissante africaine acclimatée aux Keys en Floride.

La première épidémie non africaine de variole du singe est survenue en 2003 aux États-Unis où elle a été importée depuis le Ghana par plusieurs espèces de rongeurs sauvages, dont les rats de Gambie (nouveaux animaux de compagnie). Ceux-ci auraient contaminé des chiens de prairies dans des animaleries, eux-mêmes à l'origine de l'épidémie humaine[28].

Selon le CDC, le 8 juillet 2003, 71 cas (dont 35 confirmés) ont concerné six États ; Wisconsin (39 cas), Indiana (16 cas), Illinois (12 cas), Missouri (2 cas), Kansas (1 cas), Ohio (1 cas)[22]. Le bilan final est de 82 personnes touchées, dont 47 cas confirmés. Tous les patients ont été en contact avec un chien de prairie malade. Il n'y a eu aucun décès et aucune transmission interhumaine, mais la maladie était similaire à celle existant en Afrique[5] - [29].

Les autorités fédérales de santé américaines ont alors interdit l'importation de tout rongeur africain (vente, distribution et transport), ainsi que le lâchage de chien de prairie domestique dans la nature. Outre le rat de Gambie, d'autres espèces africaines de rongeurs ont été interdites de lâchage : écureuil, porc-épic à queue en brosse, souris rayée, souris de la famille des gliridés[30]. En 2015, le rat de Gambie reste considéré comme un réservoir potentiel et un agent de transmission possible[31] - [32].

En 2018, trois cas humains sont signalés au Royaume-Uni, dont deux en provenance du Nigeria, le troisième étant un agent hospitalier contaminé (chargé du nettoyage de la literie), c'est le premier cas confirmé de transmission interhumaine hors d'Afrique[33]. D'autres cas importés ont été signalés en Israël (1 cas en 2018, un Israélien revenant du Nigeria) et à Singapour (1 cas en 2019, un Nigérian venu à Singapour)[33].

Une carte de la propagation du virus dans le monde.

Clade ouest-africain endémique

Clade centrafricain endémique

Les deux clades

Épidémie de 2022

En 2021, trois membres d'une même famille revenant du Nigeria sont touchés au Royaume-Uni. La même année deux cas importés sont signalés aux États-Unis, l'un au Texas, l'autre dans le Maryland[34].

Au 8 juin 2022, 1 285 cas confirmés en laboratoire sont détectés dans 28 pays non endémiques. Les pays qui signalent le plus de cas sont le Royaume-Uni (321 cas confirmés), l'Espagne (259 cas), le Portugal (191 cas), l'Allemagne (113 cas) et le Canada (110 cas)[27].

Au 16 juin 2022, 183 cas de variole du singe ont été confirmés en France[35].

Pour l'année 2022, sur l'ensemble du monde (pays endémiques et non endémiques), 83 943 cas confirmés en laboratoire et 75 décès ont été signalés à l'OMS par 110 pays[36].

Variole du singe chez le rat de Gambie (Cricetomys gambianus) : A) lésions de la langue et des gencives B) lésions oculaires C) vésicules sur l'abdomen avec amaigrissement.

Chez le chien de prairie et d'autres rongeurs, la variole du singe débute par une léthargie, perte d'appétit, adénopathies, puis une inflammation oculaire et nasale évoluant vers une pneumonie[44].

Chez le singe, le plus souvent, aucun signe n'apparaît avant l'éruption. Cette éruption débute par des papules sur tout le corps, particulièrement à la paume des mains et la plante des pieds. Elles se transforment en vésicules et pustules croûteuses qui tombent en 7-10 jours en laissant des petites cicatrices[15].

La gravité de la maladie est variable selon les espèces de singes. Les plus sensibles sont l'orang-outan (Pongo pygmaeus), le macaque crabier (Macaca fascicularis), le mangabey fuligineux (Cercocebus atys) et le chimpanzé commun (Pan troglodytes)[16].

Les singes ne sont que des hôtes occasionnels par contact avec des rongeurs sauvages et, contrairement à sa dénomination d'origine, la variole du singe n'est pas liée spécifiquement aux singes, mais aux rongeurs sauvages[16].

Chez l'humain, la variole du singe se présente cliniquement de façon similaire à la variole humaine, mais de gravité moindre. L'incubation est de l'ordre de 7 à 14 jours (extrêmes 5-21 jours)[54].

Le début est une fièvre élevée, des maux de tête avec douleurs musculaires et grande fatigue. Un caractère distinctif est la plus grande fréquence d'adénopathies le plus souvent localisées à la mâchoire et au cou, évocateur mais insuffisant toutefois pour un diagnostic clinique de certitude[38].

Éruption d'une variole du singe chez un enfant africain (fillette âgée de 7 ans, ex-Zaïre[55]).

Dans les deux jours qui suivent (extrêmes 0-5 jours), une éruption caractéristique apparaît. Elle débute par un énanthème, lésions des muqueuses buccales parfois génitales, rapidement suivi par un exanthème d'abord à la face et aux extrémités (paume des mains et plante des pieds). Cette éruption s'étend ou non au reste du corps, selon une répartition centrifuge (prépondérance à la face et aux extrémités)[50].

L'éruption dure de 2 à 4 semaines. Elle est constituée d'éléments maculaires (tache) qui évoluent en papules puis en vésicules (chaque stade durant en moyenne 2 jours) et enfin en pustules. La plupart des pustules ont un diamètre de 5 mm (2-10 mm). Selon l'âge et l'état immunitaire du sujet, l'éruption peut être minime (quelques éléments) ou massive (plusieurs milliers). À la différence de la varicelle, l'éruption de la variole du singe se fait en une seule poussée, tous les éléments évoluent de façon synchrone en étant de même âge[50].

Le stade des pustules dure de 5 à 7 jours. Puis les pustules se dessèchent et deviennent croûteuses, annonçant la guérison spontanée, elles desquament et tombent. Quand toutes les croûtes sont tombées, le patient n'est plus considéré comme contagieux[50].

Il peut y avoir des séquelles éruptives : cicatrices ou taches hypopigmentées qui s'atténuent au fil du temps[55].

Lésions de Mpox sur le pénis.

En ce qui concerne l'épidémie de 2022 en pays non-endémiques, les cas surviennent principalement dans les réseaux homosexuels (patients signalant avoir eu une infection sexuellement transmissible l'année passée, ou avoir eu dix ou plus de partenaires sexuels dans les trois derniers mois)[56]. Alors qu'en Afrique, les catégories les plus à risques de formes graves sont les enfants, les femmes enceintes et les personnes immunodéprimées[57].

La répartition des lésions est inhabituelle par rapport à ce qui était connu. Elles sont plus fréquentes sur les zones génitales, la région anale et péri-anale. Le taux d'hospitalisation est estimé de 5 à 10 %[56]. Il se pourrait que ces lésions correspondent à des sites d'inoculation, en ayant un aspect similaire à d'autres infections sexuelles comme la syphilis primaire[57].

L'ADN du virus Mpox a été détecté dans les fluides sexuels des personnes infectées, mais ce n'est pas encore suffisant pour affirmer une transmission sexuelle stricto sensu [56] - [57].

Chez l'humain, la variole du singe se distingue de la variole par une gravité relativement moindre (létalité estimée entre 1 et 10 % en Afrique[22]) et une épidémiologie très différente (survenue sporadique, en cas isolés, en zone forestière). La plupart des décès surviennent chez les très jeunes enfants.

Les autres complications des formes graves sont :

• surinfections bactériennes de la peau ;
• déshydratation ;
• pneumonie ;
• cécité par infection de la cornée (kératite) ;
• sepsis ;
• encéphalite.

Il est essentiel de nettoyer les lésions afin d’éviter toute complication (surinfection). Les lésions cutanées seront nettoyées avec des bains au sel d’Epsom et bicarbonate de soude, un antiseptique, de l’eau stérilisée, etc. Quant aux lésions buccales, les bains de bouche à l’eau salée sont parfaitement indiqués.

Il est préférable de laisser les lésions à l’air libre, s’il n’y a aucun risque de contamination. Dans le cas contraire, un bandage devra impérativement les recouvrir[58].

La vaccination contre la variole donne une protection croisée contre la variole du singe (efficacité de 85 %)[9] ou une forme très atténuée de la maladie. L'arrêt des vaccinations à partir de 1980 pourrait expliquer une plus grande ampleur des transmissions interhumaines en Afrique. Le personnel soignant s'occupant de patients atteints de variole du singe devrait envisager une vaccination antivariolique. Dans tous les cas, le risque doit être réduit par l'évitement de contact physique avec le patient, le port d'un équipement protecteur (masque chirurgical et gants étanches), la désinfection des surfaces[59], la non-consommation d'aliments préparés par une personne symptomatique[49].

La prévention de la maladie pourrait passer par l'interdiction ou restriction du commerce des petits mammifères et singes africains. Les animaux en captivité ne doivent pas être vaccinés contre la variole (risque de vaccines animales). Les animaux suspects doivent être isolés et mis en quarantaine[9].

Le vaccin antivariolique de 3^e génération MVA-BN (Modified Vaccinia Ankara de Bavarian Nordic (en) (IMVANEX en Europe, JYNNEOS aux États-Unis ou IMVAMUNE au Canada) est efficace contre la variole du singe. Il est administré par voie sous-cutanée. Le schéma vaccinal en primovaccination est de deux doses de 0,5 mL espacées d'au moins 28 jours. Les personnes vaccinées avec le vaccin de première génération n'auront que la dose de rappel[60].

Au début des années 1990, les spécialistes des poxvirus comme Frank Fenner considéraient la variole du singe comme une maladie sporadique rare, liée à la forêt tropicale humide africaine, circulant chez des mammifères arboricoles de la canopée, non reconnue car « masquée » par la variole épidémique. La variole du singe se serait ainsi dévoilée lors de l'éradication de la variole, en lien avec les modifications écologiques à la lisière de la forêt ombrophile (début de déforestation, proximité de communautés villageoises agricoles remplaçant les chasseurs-cueilleurs)[61].

Fenner envisageait deux processus contraires : la conversion de la forêt primaire en forêt secondaire augmente d'abord les contacts entre les humains et les animaux sauvages, tout en créant un habitat favorable à des espèces hôtes réservoirs comme les écureuils funisciurus chassés pour leur viande. D'un autre côté, le développement agricole réduit la nécessité de la chasse comme source de protéines animales. Il envisageait comme possible que la variole du singe, maladie émergente, devienne une maladie « en voie de disparition »[61].

Fenner considérait aussi que le concept théorique de niche écologique ne s'appliquait pas aux microorganismes en général (du moins à l'échelle macroenvironnementale), et aux poxvirus en particulier. Il s'opposait à l'hypothèse selon laquelle l'éradication de la variole et l'arrêt de sa vaccination pourraient créer une « niche vacante » susceptible d'être réoccupée par des virus voisins, comme celui de la variole du singe. Cette hypothèse paraissait d'autant plus improbable que des études montraient une faible transmission interhumaine de la variole du singe avec une reproduction de base inférieur à 1 (${\displaystyle R_{0}}$< 1)[33] - [62].

Le pronostic optimiste de maladie émergente appelée à disparaître a été invalidé après les émergences de variole du singe de 1996-1997 en République démocratique du Congo, l'extension aux États-Unis en 2003, et surtout après celle de 2017-2018 au Nigéria où il n'y avait plus de cas depuis 39 ans. Il s'avère désormais que la variole du singe n'est plus géographiquement limitée, mais qu'elle constitue une menace de santé globale[25].

Dès lors les facteurs d'émergence ou de réémergence de la variole du singe sont ceux qui favorisent une plus grande interface entre les humains et le monde animal domestique et sauvage (apparition ou développement de zoonoses) associés à une baisse de l'immunité collective envers les orthopoxvirus. Les principaux facteurs en discussion sont[5] - [33] :

Carte 2000-2012 de la déforestation en République démocratique du Congo.

• Changement climatique et déforestation. Les pluies excessives et les inondations (comme les grandes sècheresses) occasionnent des rassemblements humains et animaux. L'exploitation de la forêt tropicale favorise les contacts fréquents et prolongés entre hommes et animaux avec perturbation des écosystèmes (déplacement d'espèces animales, réduction de la biodiversité avec espèces envahissantes), ce qui favorise la circulation enzootique du virus de la variole du singe avec franchissement de la barrière des espèces[16] - [63].
• Conflits armés civils et militaires. Ils provoquent pauvreté et réfugiés qui peuvent s'abriter dans la forêt en étant contraints à consommer du gibier sauvage, ou à se déplacer en disséminant la maladie[63].
• Commerce international d'animaux sauvages, légal ou illégal (animaux de laboratoires, de compagnie…) qui favorise la promiscuité entre espèces différentes et l'extension de zoonoses. En Afrique, l'urbanisation croissante n'a pas fait disparaitre la consommation de gibier sauvage (bush meat ou « viande de brousse ») qui peut se maintenir pour des raisons culturelles[53].
• Baisse de l'immunité collective contre les orthopoxvirus. Depuis l'éradication de la variole et l'arrêt de la vaccination antivariolique, cette immunité grégaire décroît, puisque les personnes nées après 1980 ne bénéficient plus d'une immunité croisée (les orthopoxvirus étant très proches, l'immunité contre l'un protège aussi des autres). Il y aurait dès lors une « niche immunologique vacante » pour le virus de la variole du singe[16] - [37].
• Démographie et mobilité mondiales. La croissance démographique, l'urbanisation de zones rurales, la facilité et la rapidité des voyages intercontinentaux favorisent la dissémination d'infections virales jusqu'alors rares et localisées[16].

• (en) Frank Fenner, D. A Henderson, I. Arita, Z Jezek et I.D. Ladnyi, Smallpox and its Eradication, Genève, WHO, 1988, 1460 p. (ISBN 92-4-156110-6, lire en ligne), chap. 29 (« Human monkeypox and other poxvirus infections of man »).
• (en) Stephen S. Morse (dir.) et Frank Fenner, Emerging Viruses, New York/Oxford, Oxford University Press, 1993, 317 p. (ISBN 0-19-507444-0), chap. 16 (« Human Monkeypox, A Newly Discovered Human Virus Disease »).
• Claude Chastel, Virus émergents : Vers de nouvelles pandémies ?, Paris, Vuibert, 2006 (ISBN 978-2-7117-7198-1), chap. 12 (« Le monkeypox s'épidémise et franchit l'atlantique (2003) »).

• Variole des camélidés
• One Health

• Ressources relatives à la santé :
  • ICD9Data.com
  • (en) Classification internationale des soins primaires
  • (en) Diseases Ontology
  • (en + es) Genetic and Rare Diseases Information Center
  • (en) ICD-10 Version:2016
  • (en) Medical Subject Headings
  • (en) NCI Thesaurus
• Notices dans des dictionnaires ou encyclopédies généralistes :

  • Britannica
  • Brockhaus
• Notices d'autorité :

  • Lettonie
• « Monkeypox », sur www.santepubliquefrance.fr (consulté le 21 mai 2022)
• (en-US) « Monkeypox | Poxvirus | CDC », sur www.cdc.gov, 20 mai 2022 (consulté le 21 mai 2022)
• (en) « Monkeypox », sur www.who.int (consulté le 23 mai 2022)
• « La variole du singe : faut-il craindre une épidémie ? », La Méthode scientifique, France Culture, 13 juin 2022.