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Staphylocoque doré

Staphylococcus aureus

Le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) est l'espèce la plus pathogène du genre Staphylococcus. Elle est responsable d'intoxications alimentaires, d'infections localisées suppurées et, dans certains cas extrêmes, d'infections potentiellement mortelles (patient immunodéprimé, prothèses cardiaques). S. aureus se présente comme une coque en amas (grappes de raisin), Gram positif et catalase positif. Sa teneur en caroténoïdes lui confère une couleur dorée à l'origine de son nom[1].

Écologie

Habitat

L'espèce S. aureus est commensale de l'homme (elle est présente chez 15 à 30 % des individus dits porteurs sains[2] chez qui elle a un rôle de protection écologique) et se révèle pathogène opportuniste dans certains emplacements ou dans certaines circonstances. C'est un germe :

  • ubiquitaire : S. aureus possède une bonne rĂ©sistance aux mĂ©canismes d'Ă©puration naturels (oxydation, dessiccation, ce qui explique sa transmission directe mais aussi indirecte) ;
  • commensal : S. aureus est retrouvĂ© chez environ 27 % des individus sains au niveau des fosses nasales, et en moindre quantitĂ© sur la peau et les autres muqueuses[3]. Il est Ă©galement retrouvĂ© en faible quantitĂ© dans le tube digestif et souvent au niveau du pĂ©rinĂ©e. Ă€ partir du rhinopharynx, la bactĂ©rie est dissĂ©minĂ©e sur la peau du visage et des mains par aĂ©rosols ; Il est retrouvĂ© dans les lĂ©sions eczĂ©mateuses sĂ©vères[4] - [5] ;
  • pathogène : S. aureus possède une pathogĂ©nicitĂ© notamment liĂ©e Ă  un pouvoir invasif Ă©levĂ© : il peut se multiplier et se dissĂ©miner rapidement dans l'organisme (voir sepsis), et a un pouvoir toxique : il peut, plus ou moins selon les souches, sĂ©crĂ©ter plusieurs toxines ayant Ă  la fois des propriĂ©tĂ©s toxiques et antigĂ©niques chez l'hĂ´te (ex : leucocidine de Panton-Valentine qui est l'un des facteurs de virulence de Staphylococcus aureus) ;
  • halophile : S. aureus supporte les concentrations en sel assez Ă©levĂ©es et n'est donc pas empĂŞchĂ© de se dĂ©velopper dans les aliments mal prĂ©parĂ©s et mal conservĂ©s, mais prolifère encore plus facilement dans ceux d'origine animale (et oĂą le sel est utilisĂ© autant comme un exhausteur de goĂ»t, que comme un agent conservateur contre les invasions par d’autres micro-organismes parasitaires, ubiquitaires ou opportunistes chez les animaux entrant dans la composition de ces aliments) ;
  • aĂ©ro-anaĂ©robie facultatif : S. aureus prolifère plus facilement dans des aliments non placĂ©s Ă  l'abri de l’air (leur conservation sous vide ou en conserve en rĂ©duit la prolifĂ©ration, Ă  l’ouverture des emballages cela permet Ă  nouveau leur multiplication rapide ; les aliments hachĂ©s riches en air, mĂŞme bien emballĂ©s, favorisent leur dĂ©veloppement plus rapide) ;
  • thermosensible : S. aureus prolifère plus facilement aux tempĂ©ratures ambiantes mais est seulement ralenti par l'action du froid qui ne le tue pas (mĂŞme en cas de surgĂ©lation[6]) ; il est efficacement tuĂ© par les hautes tempĂ©ratures (une minute Ă  78 °C et dix minutes Ă  64 °C[7]). L'appertisation en bocaux et conserves des aliments est efficace pour limiter sa prolifĂ©ration, et leur cuisson Ă  tempĂ©rature suffisante limite leur recolonisation avant leur digestion ;
  • mutant : le S. aureus possède une grande capacitĂ© Ă  gĂ©nĂ©rer des mutations viables ; de ce fait, il partage avec le bacille pyocyanique le premier rĂ´le dans les infections hospitalières.

Pouvoir pathogène

Son pouvoir pathogène résulte de plusieurs sécrétions particulières :

Infections localisées suppurées

Forme typique d'un panaris Ă  S. aureus

Certains constituants de S. aureus exercent un chimiotactisme sur les leucocytes, mais les enzymes sécrétées par la bactérie vont détruire les leucocytes et créer, dans la structure du derme et des muqueuses, des lésions visibles qui favorisent une multiplication et une diffusion dans l'organisme à partir de ces poches qui les protègent des réactions immunitaires du corps.

Les infections cutanées de S. aureus s'accompagnent donc d'une production abondante et localisée de pus résultant de la destruction des cellules phagocytaires et des cellules environnantes.

Tout ceci peut se traduire par :

Infections généralisées

Si un patient n'est pas traité suffisamment tôt, et notamment s'il est immunodéprimé, il peut développer une septicémie, c'est-à-dire une entrée et une multiplication de la bactérie dans la circulation sanguine.
Dans ce cas il doit être traité au plus vite à de fortes doses d'antibiotiques en milieu hospitalier sous la surveillance continue de professionnels de la santé. La septicémie est une infection grave qui peut être mortelle.

On a récemment (2020) confirmé que les souches antibiorésistantes, ont plus souvent un gène codant la toxine PVL (Leucocidine de Panton-Valentine) est, « associée à un risque accru de développer une septicémie »[10].

Intoxications alimentaires

La conservation de la viande tranchée dans des lieux non-réfrigérés comporte un risque important de toxi-infection. Il en va de même pour les sandwichs, salades, pâtisseries, etc.

Les intoxications alimentaires sont dues Ă  une entĂ©rotoxine produite dans l’aliment ingĂ©rĂ©, souvent des aliments Ă  risque de contamination comme la viande, crème glacĂ©e, etc. La toxine est responsable de troubles importants de la digestion. Ceux-ci se manifestant en deux Ă  quatre heures après ingestion de la toxine par de violents vomissements incessants et très Ă©puisants accompagnĂ©s le plus gĂ©nĂ©ralement par des nausĂ©es (on constate que l'individu infectĂ© a très souvent la sensation de mal-ĂŞtre gĂ©nĂ©ralisĂ© causĂ© par des symptĂ´mes très dĂ©sagrĂ©ables), diarrhĂ©es et maux de tĂŞte, rarement de fièvres. Mais l’intoxication Ă  S. aureus n’est en gĂ©nĂ©ral pas mortelle pour un individu en bonne santĂ© et bien nourri. Elle guĂ©rit presque spontanĂ©ment dans les 24 heures suivant l’apparition des symptĂ´mes.

En bactériologie alimentaire, l’apparition d’une intoxication à S. aureus suppose plusieurs conditions :

  • la contamination de l’aliment : elle est presque exclusivement due Ă  une mauvaise manipulation de l’aliment par des porteurs sains (ou plus rarement par des individus en incubation car les symptĂ´mes apparaissent vite) ne respectant pas les exigences d’hygiène ;
  • une mauvaise conservation : certains aliments dits sensibles contiennent une quantitĂ© nĂ©gligeable de S. aureus mais une mauvaise conservation comme une dĂ©congĂ©lation-recongĂ©lation ou exposition prolongĂ©e Ă  une tempĂ©rature ambiante favorise la multiplication des micro-organismes ;
  • prĂ©sence d’une entĂ©rotoxine dans l’aliment : certaines souches de S. aureus sont capables de sĂ©crĂ©ter une entĂ©rotoxine qui, Ă  elle seule, mĂŞme en absence de corps vĂ©gĂ©tatifs (bactĂ©rie vivante), peut provoquer une intoxication alimentaire, car les entĂ©rotoxines sont dites thermostables et rĂ©sistent Ă  de hautes tempĂ©ratures de traitement, au-delĂ  de ce que peut supporter la bactĂ©rie elle-mĂŞme, sans ĂŞtre dĂ©naturĂ©es.

Infection due Ă  une toxine

Une des toxines sécrétées par S. aureus, TSST-1, peut déclencher le syndrome du choc toxique, en particulier à la suite de l'utilisation d'un tampon hygiénique.

Caractères bactériologiques

En fausses couleurs et sous un très fort grossissement (x20.000), cette micrographie électronique à balayage (SEM) montre une colonie de bactérie Staphylococcus aureus (souche issue d'une culture antibiorésistante à la vancomycine, dite VISA)

Aspect

Ce sont des coques Gram + arrondis d’environ µm de diamètre, immobiles, dépourvus de spores, ils possèdent une capsule polysaccharide.

Groupement

Ils apparaissent le plus souvent en amas dit « grappes de raisin ». Cependant ils peuvent également être isolés, par paires ou en très courte chaîne.

Aspect des colonies

Les S. aureus forment en aérobiose des colonies crémeuses, pigmentées (typiquement jaune d’or), qui tournent autour de mm de diamètre et opaques.

Condition de culture

S. aureus est une bactérie anaérobie facultative préférentielle, et se développe bien sur les milieux minimum (milieux de bases). C'est une bactérie mésophile (37 °C de croissance optimale), neutrophile (pH 7 optimal) et halophile (se développe à de fortes concentrations de NaCl). Elle est aussi relativement résistante aux inhibiteurs bactériens comme le cristal violet et le tellurite de potassium. S. aureus possède aussi de nombreuses résistances aux antibiotiques qui varient selon les souches.

Milieu non sélectif
Milieu sélectif

Caractères biochimiques de S. aureus

G X50 000 (MET technique par cryofracture)
S.aureus formant une capsule de fibrine qui le protège du système immunitaire d’une vache.

S. aureus possède les caractéristiques du genre Staphylococcus :

  • il possède une catalase (qui va dĂ©composer l’eau oxygĂ©nĂ©e H2O2) Ă  la diffĂ©rence des streptocoques qui n’en possèdent pas, de mĂŞme que les aĂ©rocoques (germes non pathogènes mais qui peuvent poser un problème pour le diagnostic diffĂ©rentiel des S. aureus) ;
  • absence d’une oxydase ;
  • il fermente le glucose sans gaz, de mĂŞme que les streptocoques et les aĂ©rocoques.

Mais S. aureus possède bien d’autres caractéristiques biochimiques, propres à l’espèce, notamment :

La coagulase libre ou « staphylocoagulase » est une exoenzyme capable de coaguler le plasma sanguin humain en catalysant la transformation du fibrinogène en fibrine (voir coagulation), ce qui lui permet de créer un caillot qui délimite un foyer infectieux où les germes sont à l’abri du système immunitaire et peuvent se multiplier pour coloniser le reste de l’organisme par voie sanguine.

Plus d'une centaine d'ARN régulateurs répriment l'expression de certains gènes, déjouant ainsi certaines défenses immunitaires de l'organisme infecté. Cette molécule d'ARN pourrait constituer un marqueur précoce d'infections à staphylocoque[11].

La thermonucléase est une enzyme de catalyse des acides désoxyribonucléiques (ADN) en polynucléotides et nucléotides. Elle est mise en évidence par l’utilisation d’une gélose DNA au bleu de toluidine.

Le récepteur au fibrinogène permet au S. aureus de s’agglutiner sur le fibrinogène plasmatique pour se créer une protection de fibrine et devenir invisible au système immunitaire.

La protéine A est une protéine membranaire caractéristique de S. aureus. Elle se fixe aux anticorps par leur fraction Fc. Cette protéine est recherchée par agglutination avec des anticorps pour l’identification de S. aureus, ce n’est pas un sérotypage.

Enfin on recherche aussi l’utilisation de nombreux oses, osides et alcools pour l’identification de S. aureus en utilisant notamment des microgaleries types API staph ou en macrogalerie équivalente.

Examen microscopique

En principe, le S. aureus est plus petit que le S. albus, cependant :

  • la diffĂ©rence est assez subtile surtout si l’on n’a pas de comparaison possible ;
  • cette diffĂ©rence n’est valable que si le germe a poussĂ© sur une culture solide lors de la pĂ©riode de contamination.
Pigmentation de la colonie
  • S. pyogenes (aureus) : jaune dorĂ© spongieux ;
  • S. epidermidis : jaune blanc fin.

Cette différence a peu de valeur car elle est difficile à voir surtout si la culture est jeune et, de plus, il existe des exceptions.

On peut exalter la coloration en ajoutant du lactose au milieu de culture (les milieux contenant du lactose donnent de meilleures pigmentations : ainsi le S. aureus est beaucoup plus jaune) ; de même, une température inférieure à 37 °C favorise également la pigmentation. Cependant ces deux facteurs favorisants ne sont pas exploités en routine.

Critères principaux : coagulase - phosphatase - DNase

  • Le S. aureus possède en principe ces 3 facteurs Ă  la fois.
  • Le S. albus possède rarement une phosphatase ou une DNase et, en tout cas, ne possède jamais les deux Ă  la fois. De plus, il n'a jamais de coagulase.

En principe, la coagulase est un critère nĂ©cessaire et suffisant en soi : en prĂ©sence de coagulase positive, il s’agit d’un S. aureus donc pathogène ; cependant si la coagulase est nĂ©gative, il ne s’agit pas nĂ©cessairement d’un S. non pathogène car un petit nombre de S. pathogènes (aureus) peuvent avoir perdu leur coagulase. Si bien que si la coagulase est nĂ©gative, on recherchera la phosphatase et la DNase : si les 2 enzymes sont prĂ©sentes en mĂŞme temps, il s’agit bien d’un S. aureus. N.B. : les S. blancs entĂ©rotoxigènes possèdent une phosphatase (c’est important pour la bactĂ©riologie alimentaire).

Remarque sur la coagulase : la coagulase représente un double facteur, elle peut donc être recherchée par deux techniques différentes. Il y a la coagulase libre, qui est la « vraie » coagulase, et la coagulase liée (ou clumping factor) adhérent au corps microbien. La coagulase sécrétée (vraie) doit se rechercher en tube : sa recherche demande donc beaucoup plus de temps et de précautions que celle du clumping factor qui se recherche par un test sur lame qui, s’il est positif, doit donner de gros agglutinats en quelques secondes (une agglutination après quelques minutes peut provenir d’une autre chose que la coagulase, ne pas en tenir compte).

Les laboratoires de bactériologie ont tendance à réaliser deux tests en association pour limiter le nombre de faux négatifs. Ainsi on procède souvent à la réalisation d’un test d’agglutination pour recherche de la protéine A et du récepteur au fibrinogène RF (5 % de faux négatifs) et d'un test « coagulase » avec du plasma de lapin.

Traitement

Antibiotiques

Staphylococcus aureus est souvent associé aux germes multirésistants aux antibiotiques. En réalité, cela concerne seulement certaines souches et non directement l’espèce S.aureus. Malheureusement, du fait de leur caractère multirésistant et de l’usage massif d’antibiotiques, ces souches ont été artificiellement sélectionnées par l’homme et finissent par prédominer sur les autres.

Le milieu hospitalier est l’endroit idéal pour cette sélection non désirée et S. aureus est responsable de nombreuses infections nosocomiales.

Certaines souches multirésistantes sont devenues très problématiques ; parmi celles-ci :

  • le SARM (Staphylococcus aureus rĂ©sistant Ă  la mĂ©ticilline) qui est devenu (en France) l’une des souches multirĂ©sistantes les plus rĂ©pandues en milieu hospitalier, les bĂ©ta-lactamines sont inefficaces sur lui : les concentrations minimales inhibitrices ayant largement dĂ©passĂ© le seuil toxique ;
  • mais aussi, et plus rĂ©cemment, le SARV : souche de Staphylococcus aureus rĂ©sistant Ă  la vancomycine.

Fin 2016, des chercheurs belges montrent que la caspofungine, une substance utilisée contre les infections fongiques, augmentait considérablement l'efficacité des fluoroquinolones vis-à-vis des biofilms à Staphylocoque doré[12].

Phagothérapie

La phagothérapie a été expérimentée pour combattre S. aureus chez l'animal[13] - [14]. Une étude menée fin 2017 au Japon sur les Staphylococcus aureus bovins a montré que les phages SA012 et SA039 ont une grande efficacité : ces phages détruisent toutes les souches de S. aureus testées (93 souches de 40 génotypes différents) et de SARM (6 génotypes différents)[15].

Autres

Il n'existe pas de vaccin efficace. Un vaccin ciblant une protéine de surface du staphylocoque est en cours de test : il entraîne la formation d'anticorps spécifiques mais ne parvient pas à prévenir les infections staphylococciques post-opératoire, rendant même ces dernières plus graves[16].

Plusieurs études ont montré que des bactéries, parmi lesquelles Staphylococcus aureus, étaient dégradées quand elles étaient mises en contact avec de l’huile essentielle (HE) d’arbre à thé (tea tree)[17] - [18] - [19], notamment au niveau de la membrane de la bactérie. Le thymol, le carvacrol, des composants actifs d’huiles essentielles, semblent perturber les pompes transmembranaires bactériennes[20] ou induire l'apparition de septums au sein des bactéries[21], stades précurseurs à leur mort.

L'absorption de thé ou de café réduit le portage nasal de S. aureus, inclus les S. aureus résistant à la méticilline (SARM) : la consommation de thé chaud réduit, dans cette étude, de moitié le portage de SARM par rapport aux non-consommateurs (odds ratio 0,47, IC 95 % 0,31-0,71). Les résultats sont comparables avec le café ou pour la consommation des deux produits[22].

L'asticothérapie, bien que marginalisée, peut également être utilisée comme traitement[23].

Notes et références

  1. (en) « Staphylococcus aureus golden pigment impairs neutrophil killing and promotes virulence through its antioxidant activity » Journal of Experimental Medecine.
  2. Joël Bockaert, La Communication du vivant, Odile Jacob, , p. 87.
  3. (en) Heiman FL Wertheim, Damian C Melles, Margreet C Vos, Willem van Leeuwen, Alex van Belkum, Henri A Verbrugh et Jan L Nouwen, « The role of nasal carriage in Staphylococcus aureus infections », The Lancet Infectious Diseases, vol. 5, no 12,‎ , p. 751–762 (ISSN 1473-3099, DOI 10.1016/S1473-3099(05)70295-4, lire en ligne, consulté le ).
  4. Leyden, J. J., Marples, R. R., & Kigman, A. M. (1974),Staphylococcus aureus in the lesions of atopic dermatitis. British Journal of Dermatology, 90(5), 525-525 (résumé).
  5. Intagliata C (2017) Bacteria Might Share the Blame for Eczema publié le 7 juillet 2017
  6. Xulei Wu et Yi-Cheng Su, « Effects of frozen storage on survival of Staphylococcus aureus and enterotoxin production in precooked tuna meat », Journal of Food Science, vol. 79, no 8,‎ , M1554–1559 (ISSN 1750-3841, PMID 25039601, DOI 10.1111/1750-3841.12530, lire en ligne, consulté le ).
  7. Shafiei Y, Razavilar V, Javadi A, « Thermal Death Time of Staphylococcus Aureus (PTCC=29213) and Staphylococcus Epidermidis (PTCC=1435) in Distilled Water », Australian Journal of Basic and Applied Sciences, vol. 5, no 11,‎ , p. 1551–4 (lire en ligne).
  8. (en) E. Boakes, A. M. Kearns, M. Ganner et C. Perry, « Distinct Bacteriophages Encoding Panton-Valentine Leukocidin (PVL) among International Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Clones Harboring PVL », Journal of Clinical Microbiology, vol. 49, no 2,‎ , p. 684–692 (ISSN 0095-1137, PMID 21106787, PMCID PMC3043515, DOI 10.1128/JCM.01917-10, lire en ligne, consulté le )
  9. (en) Hidemasa Nakaminami, Hinako Kawasaki, Shunsuke Takadama et Hiroshi Kaneko, « Threat of dissemination, Panton-Valentine leukocidin-positive livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (LA-MRSA) CC398 clone in Tokyo, Japan », Japanese Journal of Infectious Diseases,‎ (ISSN 1344-6304 et 1884-2836, DOI 10.7883/yoken.JJID.2020.345, lire en ligne, consulté le )
  10. (en) Noor Ilham Ahmad, Chan Yean Yean, Phiaw Chong Foo et Amira Wahida Mohamad Safiee, « Prevalence and association of Panton-Valentine Leukocidin gene with the risk of sepsis in patients infected with Methicillin Resistant Staphylococcus aureus », Journal of Infection and Public Health, vol. 13, no 10,‎ , p. 1508–1512 (DOI 10.1016/j.jiph.2020.06.018, lire en ligne, consulté le )
  11. (en) C Bohn & al, « Experimental discovery of small RNAs in Staphylococcus aureus reveals a riboregulator of central metabolism », Nucleic Acids Research,‎ .
  12. Laurence Dardenne, « Des chercheurs belges auront-ils raison du Staphylocoque doré ? », sur LaLibre.be, (consulté le ).
  13. (en) Capparelli R, Parlato M, Borriello G, Salvatore P, Iannelli D, « Experimental phage therapy against Staphylococcus aureus in mice », Antimicrob Agents Chemother, vol. 51, no 8,‎ , p. 2765-73. (PMID 17517843, PMCID PMC1932491, lire en ligne [html]).
  14. (es) Tamariz JH, Lezameta L, Guerra H, « Fagoterapia frente a infecciones por Staphylococcus aureus meticilino resistente en ratones [Phagotherapy faced with Staphylococcus aureus methicilin resistant infections in mice] », Rev Peru Med Exp Salud Publica, vol. 31, no 1,‎ , p. 69-77. (PMID 24718529, lire en ligne [html], consulté le )
  15. (en) Hidetomo Iwano, Yusuke Inoue, Takuji Takasago et Hironori Kobayashi, « Bacteriophage ΦSA012 Has a Broad Host Range against Staphylococcus aureus and Effective Lytic Capacity in a Mouse Mastitis Model », Biology, vol. 7, no 1,‎ , p. 8 (DOI 10.3390/biology7010008, lire en ligne, consulté le ).
  16. (en) Fowler VG, Allen KB, Moreira ED et al. « Effect of an investigational vaccine for preventing staphylococcus aureus infections after cardiothoracic surgery » JAMA 2013;309:1368-1378
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  23. (en) Katharine Sanderson, « Maggots eat up resistant bacteria : Creepy crawlies are the latest weapon in the anti-MRSA arsenal. » [« Les asticots mangent des bactéries résistantes - Ces bestioles effrayantes sont la dernière arme dans l'arsenal anti-SARM. »], sur https://www.nature.com/, Londres, Macmillan Publishers, (ISSN 1744-7933, consulté le ).

Voir aussi

Articles connexes

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