List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
La List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), en français Liste des noms procaryotes ayant un statut dans la nomenclature, est une base de données en ligne qui conserve des informations sur la nomenclature et la taxonomie des procaryotes[1] conformément aux exigences taxonomiques et aux décisions du Code international de nomenclature des procaryotes[2]. À ce titre, la LPSN fait autorité sur la validité des noms attribués aux bactéries et aux archées[3].
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| Site web |
(en) www.bacterio.net |
Jean Euzéby en a été l'initiateur et le conservateur de à [4] - [3]. C'est Aidan Parte qui en a pris le relais de à . En , la LPSN a été intégrée au service de mise à jour de la nomenclature procaryote de l'Institut Leibniz DSMZ (Collection allemande de micro-organismes et de cultures cellulaires)[5].
En , la LPSN présente les dernières mises à jour de son logiciel TYGS, incluant une phylogénie à l'échelle du génome et des estimations des limites aux niveaux de l'espèce et des sous-espèces, afin de faciliter l'exploration taxonomique des séquences bactériennes interrogées pour leur l'identification. Le logiciel fournit aussi les informations sur la nomenclature officielle, la synonymie et la littérature taxonomique associées[3].
Références
- Wackett LP, « Microbial strain collections and information », Microbial Biotechnology,‎ (PMCID 4241729, DOI 10.1111/1751-7915.12135)
- Parte AC, « LPSN - list of prokaryotic names with standing in nomenclature », Nucleic Acids Research, vol. 42,‎ , D613–D616 (PMID 24243842, PMCID 3965054, DOI 10.1093/nar/gkt1111)
- (en) Jan P Meier-Kolthoff, Joaquim Sardà Carbasse, Rosa L Peinado-Olarte et Markus Göker, « TYGS and LPSN: a database tandem for fast and reliable genome-based classification and nomenclature of prokaryotes », Nucleic Acids Research, vol. 50, no D1,‎ , D801-D807 (PMID 34634793, DOI 10.1093/nar/gkab902)
- Euzeby, « List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a Folder Available on the Internet », International Journal of Systematic Bacteriology, vol. 47, no 2,‎ , p. 590–2 (PMID 9103655, DOI 10.1099/00207713-47-2-590)
- (de) « Innovation für die globale Bakterienwelt », sur www.innovations-report.de (consulté le )