Nomenclature bactérienne

L'usage du nom binomial correct permet de désigner un taxon sans être obligé de décrire tous ses caractères, et à tous les spécialistes d'une même discipline de se comprendre sans ambiguïté. Par exemple, le simple fait de rapporter une souche bactérienne à la famille des Enterobacteriaceae indiquera à tout bactériologiste que cette souche réunit des bactéries à Gram négatif, en majorité non sporulées, aéro-anaérobies, etc. En bactériologie médicale, il est indispensable que l'ensemble des spécialistes concernés (épidémiologistes, chercheurs, cliniciens, fabricants de vaccins, etc.) utilisent une nomenclature commune pour pouvoir collaborer efficacement.

De plus, chaque langue nationale utilise de nombreux synonymes vernaculaires (non officiels) pour désigner une espèce bactérienne. Si certains noms conservent une valeur historique (« bacille de Koch » pour Mycobacterium tuberculosis, par exemple), d'autres sont source de confusions. Ainsi, le « vibrion septique » évoque le genre Vibrio, alors qu’il appartient aux Clostridium. Enfin, de tels noms n'étant compris que par certains francophones seulement, il est nécessaire de recourir aux noms scientifiques internationaux.

Les règles de priorité sont les mêmes que pour les autres disciplines : lorsque deux espèces bactériennes sont regroupées dans un même genre, ou deux genres dans une même famille, selon de nouveaux critères, la règle d’antériorité de publication des noms de taxons prévaut pour désigner ce genre ou cette famille.

Depuis le 1^er janvier 1980, la priorité est établie par la Approved Lists of Bacterial Names[2], régulièrement mise à jour dans International Journal of Systematic and Evolutionnary Microbiology (IJSEM) (anciennement appelé International Journal for Systematic Bacteriology jusqu'au 31 décembre 1999)[3]. Elle est accessible en ligne sur le site de Jean Euzéby sur la nomenclature bactérienne, régulièrement mis à jour.

Comme en botanique ou en mycologie :

• le rang de sous-espèce est admis et noté subsp. (subspecies) suivi du nom latin en italiques (ou souligné).
• l’appartenance d’une souche isolée à un genre, sans précision de l’espèce, est notée du nom du genre suivi de sp. (species) tant que l'isolat n’est pas identifié à une espèce.
• Pour désigner toutes les espèces d’un genre, on fait suivre le nom du genre de spp.au 31 décembre 1999)

Voir aussi la page Taxonomie (bactériologie)

Par contre, la subdivision d'espèces ou de sous-espèces en Biovars (ou biotypes), Sérovars (sérotypes), Lysovars (lysotypes) et en Pathovars (ou pathotypes), généralement écrit avec une majuscule initiale, ne constituent pas des noms scientifiques mais des références pratiques ou des critères pathologiques, géographiques, etc.

Ainsi, « Pasteurella multocida subsp multocida sérotype D toxinogène » signifiera que la souche identifiée (associée à la rhinite atrophique du porcelet) appartient :

• au genre Pasteurella (selon des critères morphologiques, tests, etc.)
• à l’espèce multocida (selon des critères biochimiques, biotypie, etc.)
• à la sous-espèce multocida (mêmes critères)
• au sérogroupe capsulaire D (mise en évidence par sérotypie)
• qu'il produit une dermo-nécro-toxine (mise en évidence par pathotypie).

Pour que la description princeps soit valide, l'espèce bactérienne doit être :

• isolée et cultivée (sauf quelques exceptions)
• bien caractérisée sur le plan phénotypique
• identifiée par la culture d'une souche type, les autres souches présentant une grande similarité de génome (démontrée par des courbes de dénaturation-renaturation de leur ADN avec celui de la souche type)
• son phénotype doit présenter au moins une différence avec une espèce déjà décrite
• son binôme doit respecter la syntaxe latine et avoir été approuvé par le comité homologué par l'International Code of Nomenclature of Bacteria (sauf si la publication est faite dans l'IJSEM)
• Des sous-espèces peuvent être décrites si le pourcentage de similarité de génome est à limite ou si le phénotype est très différent.
• Chaque genre bactérien doit également être identifié à une souche type du genre.

• Pour être valide et officiel, le nom d'une nouvelle espèce doit être publié dans un journal, sous forme d'un article décrivant l'espèce.
• Pour être légitime, la description doit être complète et respecter les règles établies.
• L'espèce ne doit pas avoir été déjà décrite.

• Nomenclature (biologie)
• Nomenclature (botanique)
• Nomenclature (zoologie)
• Taxonomie
• nom binomial
• Systématique
• Code international de nomenclature botanique
• Code international de nomenclature zoologique
• Classification des virus
• Candidatus

Euzéby, J.P. — Corrigenda to the Approved Lists of Bacterial Names and to the amended edition of the Approved Lists of Bacterial Names. Int. J. Syst. Bacteriol., 1997, 47, 1271-1272.

Euzéby, J.P. & Tinall, B.J. — Necessary corrections to the Approved Lists of Bacterial Names according to Rule 40d (formerly Rule 46). Request for an Opinion. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 2321-2322.

Skerman, P.H.A. — Preface. In: V.B.D. Skerman, V. McGowan and P.H.A. Sneath, Approved Lists of Bacterial Names. Amended edition. American Society for Microbiology, Washington, 1989.

Sneath, P.H.A. & Brenner, D.J. — « Official » nomenclature lists. ASM News, 1992, 58, 175.

Mayo, M.A. & Horzinek, M. — International Code of Virus Classification and Nomenclature (1998, revised version)

• (en) Le Code international de nomenclature bactérienne (révision de 1990)
• Site de Jean Euzéby sur la nomenclature bactérienne(fr) (en)
• Société de bactériologie systématique et vétérinaire (fr)
• Histoire de l'ICNB (en)
• Les erreurs d'interprétation du Code (en)
• Liste de noms bactériens (en)
• List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (ancien lien (en)
• Fichier pdf, Université de Liège (fr)
• Code international de nomenclature zoologique (4^e édition) (en)