Maladie émergente

Une maladie peut être à la fois ancienne, permanente et émergente pour des variants du pathogène en question. Par exemple, la grippe est une maladie ancienne, mais celle qui est induite par le virus IA H5N1 HP est une maladie émergente.

Une maladie peut être endémique et ancienne dans une partie du monde, mais dite émergente quand elle apparaît dans une région antérieurement indemne ; par exemple, parce qu'elle est apparue pour la première fois dans l'hémisphère nord, en Europe, en août 2006, l'OIE a classé la fièvre catarrhale du mouton comme maladie émergente dans cette partie du monde.

Une maladie quasi-disparue, ou due à un retour d'un variant disparu depuis longtemps peut être ré-émergente (ex : fièvre de la vallée du Rift), ce qui peut se produire quand notre système immunitaire n'est plus capable d'y réagir correctement ou quand elle est devenue maladie nosocomiale. Exemples : les leishmanioses, ou le paludisme qui est localement devenu résistant au traitement, qui était autrefois présent en Europe, qui pourrait y revenir. On observe des évolutions « récentes et non expliquées » de la répartition de plusieurs vecteurs anophéliens.

Depuis l'Antiquité, des maladies épidémiques ou « plaies », « pestes », semblent apparaître de nulle part, et laissent leur marque dans l'Histoire.

Quand, à partir de Louis Pasteur, et plus encore après la grippe espagnole, les mécanismes infectieux et pandémiques sont mieux cernés, on comprend que l'augmentation des voyages est une source de diffusion de nouveaux agents infectieux.

En 1930, le bactériologiste français Charles Nicolle écrivait « Il y aura des maladies infectieuses nouvelles … qui apparaîtront comme Minerve apparut, sortie tout armée du cerveau de Jupiter… Pour qu'on la reconnaisse plus vite, il faudrait que l'infection nouvelle soit… douée d'un pouvoir marqué de contagiosité, telle autrefois la syphilis à son débarquement en Europe »[4].

Le même Nicolle, ainsi que le grand public estimaient en 1935 que « la fièvre méditerranéenne est, sans doute, le meilleur exemple que nous puissions donner d'une maladie d'origine récente ; ce n'est pas le seul. On peut avancer avec vraisemblance que la méningite cérébrospinale a fait son apparition, vers la même époque sans doute, dans les régions septentrionales de l'Europe. La coqueluche n'est point, non plus, très ancienne. Il y a probablement du vrai dans l'opinion vulgaire qui fait de l'appendicite une maladie récente »[5].

Le cadre sémiologique de « maladie émergente » est créé aux États-Unis au début des années 1990 en réponse à une demande de l’État fédéral américain saisi par l'apparition de maladies infectieuses qualifiées de « nouvelles »[6]. Stephen Morse et Joshua Lederberg vont utiliser pour la première fois le terme[7]. Le concept de l'émergence de pathologies nouvelles sera pris en compte par la communauté scientifique européenne quelques années plus tard avec la création d'équipes spécialisées sur cette nouvelle thématique des maladies émergentes[8], et de financements destinés à la recherche[9].

Les premiers résultats du projet EDENext (Emerging disease in a changing European environment), qui s'intéresse notamment aux tandems vecteurs-agents pathogènes[10], confirment une augmentation de fréquence des apparitions de maladies infectieuses émergentes (MIE) : en 10 ans, de 1940 à 1950, une vingtaine de tels événements ont été enregistrés, alors qu'il y en a eu plus de 80 dans la décennie 1980-1990[11].

Ces maladies concernent souvent à la fois l'homme et l'animal, y compris les animaux aquatiques (avec un risque accru lié au développement de la pisciculture et des transports intercontinentaux de crustacés, poissons ou coquillages). En Europe, en cas d'apparition d'une maladie émergente dans une pisciculture, l'État membre concerné doit mettre en œuvre les mesures nécessaires afin d'éviter la propagation de cette maladie et informer la Commission et les autres États membres de la situation. (Le cas échéant, la liste des maladies est modifiée en conséquence)[12].

À noter : Le concept d'émergence épidémiologique s'applique plus généralement aux espèces invasives et également au monde végétal, avec d'une part des spécificités et d'autre part des parallèles, par rapport à la manière dont il se traduit chez l'animal ou chez l'homme[13]. En fait, une réflexion générique sur la problématique de l’émergence épidémiologique pourrait être menée, selon le D^r Jacques Barnouin (INRA), dans le cadre d’un consortium multidisciplinaire via une stratégie consistant à effectuer, à partir d’un consensus international, des recherches portant sur un très petit nombre de pathosystèmes modèles considérés comme aptes à être à la base d’une émergence « structurelle » (innovation épidémiologique liée au fonctionnement de la coévolution d’espèces). Cette « mobilisation » sur un agent pathogène — ou un cortège d’agents pathogènes — pourrait être l’occasion de faire progresser l’épidémiologie dans son ensemble, à l’instar de ce qui a été réalisé en génétique via les organismes modèles Arabidopsis thaliana ou Drosophila melanogaster.

Une étude mondiale sur les maladies émergentes humaines, publiée dans Nature en février 2008[2] a montré que :

• les maladies émergentes (ou ré-émergentes[14]) récentes sont presque toutes des zoonoses (maladies pouvant à la fois toucher l’homme et l’animal) ;
• le nombre d'apparition de ces maladies a presque été multiplié par 4 depuis 50 ans ;
• leurs apparitions sont nettement plus fréquentes depuis 25 ans (depuis les années 1980) ;
• la nosocomialité augmente également : les cas de virus (ou autres pathogènes) et leurs vecteurs résistants respectivement aux médicaments et aux pesticides sont en nette augmentation ; C’est le cas d’environ 20 % des 335 maladies émergentes étudiées, qui sont d’anciennes maladies (réémergentes), mais antibiorésistantes, dont la tuberculose) ;
• 54,3 % des M.E sont causées par des bactéries et rickettsia ;
• dans les années 1980, les maladies transmises par des insectes (moustiques, punaises) ou acariens (tiques) ont connu une nette augmentation, peut-être en raison des changements climatiques ou de modifications de leur habitats (dans le même temps, de même que les microbes s’adaptant aux antibiotiques, de nombreux insectes se sont adaptés à certains insecticides) ;
• 60,3 % de ces nouvelles maladies étaient des zoonoses (transmises à l’homme par un animal) ;
• et plus de 71 % de ces zoonoses avaient un animal sauvage comme origine ;
• les maladies émergentes ont été beaucoup plus nombreuses depuis les années 1980, probablement en raison du SIDA (et de la déficience immunitaire qu’il occasionne), mais aussi en raison de la croissance exponentielle des transports longue distance, par avion et bateau notamment.

À la base de l'émergence, il y a souvent un processus de biologie de l'évolution : un nouveau variant microbien apparaît (on parle souvent de mutant), qui a des propriétés nouvelles lui permettant de se propager[20].

Cette idée se retrouve déjà chez Pasteur qui écrit : « Qu'est-ce qu'un organisme microscopique inoffensif pour l'homme ou pour tel animal déterminé? C'est un être qui ne peut se développer dans notre corps ou dans le corps de cet animal; mais rien ne prouve que, si cet être microscopique venait à pénétrer dans une autre des mille et mille espèces de la création, il ne pourrait l'envahir et la rendre malade. Sa virulence, renforcée alors par des passages successifs dans les représentants de cette espèce, pourrait devenir en état d'atteindre tel ou tel animal de grande taille, l'homme ou certains animaux domestiques. Par cette méthode, on peut créer des virulences et des contagions nouvelles. Je suis très porté à croire que c'est ainsi qu'ont apparu, à travers les âges, la variole, la syphilis, la peste, la fièvre jaune, etc., et que c'est également par des phénomènes de ce genre qu'apparaissent, de temps à autre, certaines grandes épidémies, celles de typhus, par exemple, que je viens de mentionner »[21].

Un des exemples classiques d'une telle émergence évolutive est celui lié à l'épidémie de virus Chikungunya à la Réunion en 2004-2006. L'ampleur de cette épidémie a en effet été liée à l'émergence d'un variant mutant du virus possédant un acide aminé différent lui conférant une meilleure adaptation au moustique tigre Aedes albopictus[22].

Un autre exemple classique est celui de la propagation de souches bactériennes antibiorésistantes. Dans ce cas, le processus évolutif (acquisition d'une résistance à un ou plusieurs antibiotiques) permet la propagation du variant.

Si on remonte assez loin dans le temps, toutes les maladies infectieuses humaines ont à un moment été des maladies émergentes avec en général une origine zoonotique[20]. Wolfe et al.[23] distinguent 5 stades dans l'adaptation des agents microbiens à l'homme. Dans le premier stade, l'agent ne peut en aucun cas infecter l'homme. Au stade 2, il peut infecter des hommes mais ne peut quasiment pas se transmettre d'homme à homme (par exemple le virus de la rage). Au stade 3, il peut se transmettre mais cause des épidémies limitées car son taux de reproduction de base est strictement inférieur à 1 (par exemple le virus de la grippe aviaire). Au stade 4, il peut causer des épidémies majeures mais il n'est pas spécifique à l'homme (par exemple le virus de la dengue). Enfin, au stade 5, le pathogène ne peut infecter que l'homme, comme le VIH.

Parmi celles qui sont jugées préoccupantes pour leur gravité en terme sanitaire et/ou pour l'importance de leurs impacts sociaux-économiques potentiels, on trouve par exemple (ordre alphabétique) :

• Chikungunya
• Covid-19, MERS et SRAS (maladies à coronavirus)
• Ebola (virus)
• Fièvre de la vallée du Rift (virus)
• Fièvre catarrhale ovine (FCO ; maladie de la langue bleue)
• Grippe aviaire (virus)
• Maladie de Lyme (bactérie)
• Maladie de Newcastle (virus),
• Maladie de la vache folle et Chronic wasting desease (CWD) chez les cervidés d'Amérique du Nord (maladies à prions)
• Marburg (virus)
• Peste des petits ruminants
• Peste porcine africaine (virus)
• Phlébovirus se développant aux États-Unis, cousin d'un phlébovirus récemment identifié en Chine[24].
• Sida (VIH)
• Syndrome pulmonaire à hantavirus
• Syndrome de fièvre sévère avec thrombocytopénie
• Ulcère de Buruli (Mycobacterium ulcerans)
• Virus du Nil occidental (virus)

Tout contexte d’instabilité écologique, paysagère, environnementale ou sociale (guerre, déplacements de réfugiés, appauvrissement de populations, etc.) peut favoriser une maladie émergente ou sa diffusion.

Les facteurs suivants semblent compter parmi les premières causes de prolifération des maladies infectieuses.

• promiscuité ; La promiscuité entre les personnes et les animaux domestiques et/ou sauvages, et la promiscuité entre animaux domestiques et animaux sauvages, qui augmentent avec la mondialisation des transports et des échanges sont un facteur de contagion ;

• érosion de la biodiversité ; (incluant le recul des prédateurs);

• Changements climatiques : ils favorisent la propagation des agents pathogènes émergents ou classiques à travers le monde ; des années 1970 à 2000[25] les isogéothermes (lignes marquant sur les cartes une température moyenne donnée) se sont rapprochées des pôles à raison de 56 kilomètres par décennie, offrant de nouveaux milieux à coloniser pour les pathogènes des zones chaudes. De la même manière certains pathogènes colonisent de nouveaux milieux (moins froids) en altitude. L'OMS et l'OIE craignent une diffusion accrue de zoonoses transmissibles à l'homme. En 2008, les craintes de 126 pays interrogés par l'OIE portaient sur 3 zoonoses (fièvre catarrhale ovine (dite maladie de la langue bleue), fièvre de la vallée du Rift et virus du Nil occidental, mais de nombreux autres pathogènes (grippaux notamment avec H5N1 et H1N1 sont potentiellement concernés)[26].
• L’introduction d’espèces exotiques pathogènes ou elles-mêmes porteuses de microbes ou parasites (ex : rat + peste au Moyen Âge en Europe):

• Perturbation du cycle de l'eau. Par exemple, la perturbation du rôle hydrique des forêts, ou leur drainage (en modifiant les points d’accès à l’eau pour la faune) intervient également dans la propagation de pathogènes. Le recul ou la disparition des prédateurs carnivores rend les animaux beaucoup plus sensibles au parasitisme et aux maladies (les animaux malades ne sont plus mangés en premier comme ils l'étaient autrefois). Les zones humides sont connectées entre elles par la trame bleue et/ou les corridors de migration aviaire Assécher une zone humide peut conduire une population animale à émigrer vers un autre habitat, éventuellement avec des pathogènes qui ont profité du stress occasionné par le drainage. Ou parfois ce sont les populations humaines qui doivent aller chercher de l'eau dans des zones plus à risque de contact avec de « nouvelles » maladies. Elles font l'attention de la veille écoépidémiologique[27].
• Une modification importante du couvert végétal et de l’utilisation du sol. En particulier la déforestation, mais aussi la fragmentation croissantes des forêts, accompagnées d’une intensification de l’urbanisation et de l’agriculture et d’une modification des usages de l’eau mettent brutalement en contact des pathogènes autrefois isolés en forêt, sans le sol ou les sédiments, etc. avec des groupes humains qui n’y avaient jamais été exposés et qui vivent dans des conditions de promiscuité et/ou de déplacement favorisant la contagion. La disparition du couvert forestier est facteur de stress pour certains microbes et organismes (cf. rayonnement UV mutagène, déshydratation de l'air, incendies, etc.

Ce processus est connu depuis longtemps en forêt tropicale (ex : SIDA, Ebola, etc.), mais il pourrait également être important en forêt tempérée. Par exemple, l’échinococcose est principalement portée par un campagnol qui pullule en moyenne montagne dans les milieux ouverts non densément bocagés autour des forêts fragmentées où ses prédateurs sont moins nombreux (et en voulant empoisonner les campagnols, on a souvent aussi empoisonné leurs prédateurs).
Quand on a pourchassé les renards, ces animaux territoriaux ont profité des "vides" laissés par les campagnes d'éradication pour circuler beaucoup plus loin et plus vite.. en transportant la rage très rapidement à travers l'Europe.

On a récemment montré[28] que la maladie de Lyme, transmise par les tiques, dans le Nord-Est des États-Unis a énormément augmenté en profitant du morcellement des forêts qui a favorisé le développement de deux espèces qui portent et véhiculent ce parasite, tout en défavorisant leurs prédateurs. La souris à pattes blanches (Peromyscus leucopus) et le cerf de Virginie prolifèrent dans les paysages forestiers fragmentés. On a montré en Amérique du Nord que plus le morcellement est important et plus les fragments sont petits ; plus la souris est présente et plus le taux d’individus porteurs de tiques augmente, et plus le taux de tique porteuses du parasite est élevé. Ces deux espèces sont adaptées aux lisières et elles ont moins de prédateurs dans ces paysages. Dans les grands massifs de forêt non fragmentés par des routes (là où elles ont subsisté), les tiques ne pullulent pas et sont moins porteuses de la maladie de Lyme).

Un des défis de la recherche est une meilleure pluridisciplinarité entre épidémiologistes et écologues et spécialistes des sciences sociales.

La bonne gestion de crise sanitaire implique une veille dans le domaine écoépidémiologique et écologique et une réactivité optimale.

L'OIE, l'OMS et l'ONU soutiennent une veille permanente, et un programme "Glews" (Global early warning system) aidant notamment les 10 pays d'Afrique et 10 pays d'Asie les plus atteints par la grippe aviaire" (virus H5N1).

Dans le monde, une tendance semble prospectivement se dessiner avec le développement de la surveillance syndromique.

La Commission européenne a pour sa part déjà créé un Comité scientifique sur les risques émergents et nouvellement identifiés pour la santé (SCENIHR) et soutient un projet "Eden" (Emerging Diseases in a changing European Environment) avec 48 partenaires dans 24 pays pour étudier, décrire et quantifier les impacts des agents pathogènes/vecteurs et leurs relations avec les modifications écopaysagères et socioculturelles. Eden doit s'appuyer sur la télédétection, la modélisation épidémiologique, mais aussi les sciences de l'écologie et biodiversité) pour décrire, modéliser et surveiller le fonctionnement des maladies émergentes en Europe[29].

Par ailleurs, les autorités de santé animale de Belgique (CERVA-CODA) ont mis en place en 2010, à travers un concept et une application informatique créés par la recherche agronomique française (INRA), un système d'information épidémiologique (émergences2[30]) destiné à la veille sur les maladies animales émergentes. Ce système, qui peut concerner la faune domestique et sauvage, fonctionne via Internet et permet d'apparenter, automatiquement et en temps réel, puis d'expertiser les cas cliniques d'origine indéterminée semblant relever d'un même processus étiologique et susceptibles, à ce titre, de signer l'émergence d'une maladie. Il s'agit, à travers émergences2, d'instituer une "veille sanitaire ouverte et interactive", presque collaborative aidant à la détection précoce et donc à l'alerte précoce d'une maladie ou d'un syndrome émergent[31].