Cerf de Virginie

En 2021, on sait que la protéine du récepteur ACE2 (cible du virus sur les cellules de l’organisme qu’il infecte) et chez le Cerf de Virginie similaire à celle de l'Homme.

Ce cerf a été expérimentalement infecté (cf. publication de janvier 2021, faite par des chercheurs du Département américain de l'agriculture (USDA) après inoculation nasale de faons captifs, qui ont ensuite (entre 3 et 5 jours après l'infection) émis le virus dans leur mucus nasal et leurs excréments ; ils ont aussi pu propager l'infection à d'autres faons, y compris dans des enclos adjacents[9]. D'autres ongulés, tels que les vaches, les moutons et les chèvres n'y sont pas sensibles[6]. Le cerf de Virginie semble aussi pouvoir être « réinfecté » par un autre variant du virus (phénomène décrit par Kuchipudi à partir d'échantillons faits en décembre et janvier 2022 (un cerf avait des anticorps contre Omicron, mais aussi contre le variant Delta)[10].

Et en mars 2022, dans l’ouest du pays — dans l'Utah, une autre espèces (Cerf mulet ; Odocoileus hemionus) a aussi été testée positive au SARS-CoV-2. Au début avril 2020, aucune autre espèces de cervidé ne semble avoir été observée porteuse du virus.

Et, curieusement, en 2022, en Autriche et Allemagne où des chevreuils (Capreolus capreolus), des cerfs élaphes (Cervus elaphus) et des daims (Dama dama) ont été testés pour le virus, ils semblent tous épargnés, même dans les zoos[11]… alors que « Toutes les données sur les récepteurs ACE2 suggèrent que les espèces de cerfs européens devraient être aussi sensibles que les cerfs de Virginie »[6].

Les premières études n'ont pas détecté de signe clinique notable. Une rhinite, une atténuation marquée de l'épithélium respiratoire de la trachée, une bronchite et, dans certains cas, une bronchiolite ont néanmoins été observées lors d'inoculations expérimentales de cerfs de Virginie[12]. En 2022, on ignore encore si les cerfs sauvages peuvent présentent des symptômes en cas d'infection ; répondre à cette question exigerait des études longitudinales statistiquement beaucoup plus puissantes (pour rappel, près des trois quarts des cas humains testés positifs au SRAS-CoV-2 — par RT-PCR — étaient asymptomatiques)[13].

En Amérique du Nord, en 2021 et 2022, des variants du SARS-COV-2 circulent abondamment chez le Cerf de Virginie. Et ils « reflètent généralement ceux qui se propagent chez les humains proches. Des études suggèrent aussi que le SARS-CoV-2 dans la nature pourrait déjà explorer de nouvelles voies d'évolution grâce à des mutations du virus »[6].

385 échantillons sanguins de cerfs de Virginie prélevés de janvier à mars 2021 ont été étudiés dans le cadre normal de la surveillance des maladies de la faune dans l'Illinois, du Michigan, de l'État de New York et de Pennsylvanie : 40 % d'entre eux contenaient des anticorps anti-SRAS-CoV-2 (résultat publié en préimpression en juillet 2021)[6]. Il fallait encore vérifier que ces anticorps ne provenaient pas d’infections par d’autres coronavirus chez les cerfs[6].
L'effort d'échantillonnage a donc été amplifié, et étendu à une grande partie de l'Amérique du Nord.

À partir de décembre 2020, les tests PCR ont commencé à être positifs (ex. : en 2021, dans l’Ohio, 129 cerfs étaient positifs pour l'ARN viral du SRAS-CoV-2 sur 360 animaux échantillonnés entre janvier et mars 2021)[6]. En Iowa 33 % de 283 ganglions lymphatiques rétropharyngés de cerfs échantillonnés entre avril 2020 et janvier 2021 étaient également positifs pour le SRAS-CoV-2 (surtout en novembre-décembre 2020, période coïncidant avec celle d'un pic épidémiologique humain[8]. Dans l’Ohio, plus de 50% des génomes viraux séquencés chez le cerf de Virginie étaient les mêmes que ceux trouvés chez les humains malades de la COVID-19 dans cet État.
Le virus « humain » semble s’être propagé chez les cerfs à au moins six reprises, et les mutations observées chez les cerfs montrent que l'infection se propageait rapidement entre cerfs[6] - [14].

Des cerfs infectés ont ensuite été trouvés dans 24 des 30 États américains où un échantillonnage a été signalé, mais aussi au Québec[15], en Ontario[16], au Saskatchewan, dans le Manitoba, au Nouveau-Brunswick et en Colombie-Britannique, bien que les taux de séropositivité au Canada aient été plus faible, à 1-6 %. Fin décembre 2021, des chercheurs découvrent que le variant hautement transmissible d'Omicron a contaminé des cerfs de Virginie vivant à Staten Island (l'un des cinq arrondissements de la ville de New York)[10]. En Ontario, dès novembre-décembre 2021, dans un travail publié en préimpression de février 2021 des chercheurs décelaient et signalaient des signes d'évolution à long terme du virus chez le cerf de Virginie[16].

Les mâles sont plus touchés par le virus que les femelles, comme c'est le cas avec l'encéphalopathie des cervidés et de la tuberculose, probablement car les mâles ont un domaine vital plus grand, se déplacent plus, et ont plus de contacts avec d'autres cerfs lors de la saison de reproduction (automne-hiver). Une autre raison est la dynamique propre aux groupes sociaux de cerfs célibataires mâles[17], qui forment des groupes lâches de deux à six individus se touchant et se lèchant souvent, alors que les cerfs matriarcaux vivent avec leur harde de femelles et leurs faons[6].

Le Cerf de Virginie approche souvent l'Homme ; il est aussi élevé pour sa viande, et des lieux de réhabilitation accueillent des faons orphelins. Les cerfs captifs ont souvent des contacts avec l’Homme et parfois avec des cerfs sauvages, ils peuvent aussi s’enfuir ou être relâchés dans la nature, mais selon Vanessa Hale « il n'y a probablement pas assez de contacts directs dans aucun de ces scénarios pour expliquer les centaines de cas détectés jusqu'à présent, sans parler des innombrables autres qui n'ont tout simplement pas été enregistrés »[14].

Des cerfs pourraient s’infecter en enfonçant leur museau dans des masques jetés ou en mangeant des végétaux contaminés et/ou en buvant de l’eau contaminé par l’Homme.

On a aussi constaté, « notamment, après le pic de cas humains de novembre 2020 dans l'Iowa » que les infections de cerfs par le SRAS-CoV-2 ont coïncidé « avec le début de l'hiver et le pic de la saison de chasse au cerf »[18].

L'agrainage apporté par les chasseurs qui nourrissent et appâtent ainsi les cerfs, pourrait être l'une sources humaines de virus, et il favorise le regroupement d'animaux normalement éparpillés[14] (situation connue pour être propice à la contagion inter-individus)[8].

Ainsi, lors de la deuxième semaine de janvier 2021, en fin de saison de chasse régulière, les cinq échantillons de RPLN de cerfs récoltés étaient tous positifs pour l'ARN du SRAS-CoV-2[8].

Et durant les 7 dernières semaines (du 23 novembre 2020 à la fin de la saison de chasse le 10 janvier 2021), 80 des 97 échantillons de RPLN de cerfs de tout l'État (82,5 %) étaient positifs pour le SRAS-CoV- 2 ARN[8].

Un nombre élevé de copies d'ARN viral a souvent été retrouvé dans les échantillons de ganglions de cerfs (allant de 2,7 copies à 2,3 × 106 copies par millilitre), suggérant que de nombreux cerfs avaient probablement une charge virale élevée[8].

On sait que le virus infectieux est présent dans les excréments des animaux infectés (homme y compris) et qu'il a aussi une certaine capacité persistance dans l'eau (au moins une semaine quand la charge virale est importante)[19], et que les eaux usées contiennent souvent de l'ARN viral mais on n’y a pas trouvé le virus lui-même et on trouve des cerfs contaminés loin des lieux habités[20]. Enfin, le vison d'Amérique et/ou peut-être le chat sauvage pourraient aussi être des intermédiaires[6]. Ces modes d’infection peuvent co-exister[6], faisant craindre que le cerf puisse devenir un réservoir du SRAS-CoV-2 et une source possible d'épidémies récurrentes chez d'autres animaux (humains y compris), tout comme le chameau est devenu un réservoir naturel du coronavirus MERS-CoV-2. Dans ce, le SRAS-CoV-2 pourrait muter et se recombiner avec d'autres coronavirus dangereux pour d'autres animaux partageant des pâturages avec des cerfs (vaches, moutons, chèvres...)[6].

Le cerf de Virginie vit sur quelques kilomètres carrés presque toute l’année, mais au moment de la reproduction (octobre - février), ils se déplacent plus (de quelques dizaines de km à une centaine de 100 kilomètres parfois. Quand il y a beaucoup de neige plusieurs groupes peuvent cohabiter dans des zones mieux protégées en Forêt (autre occasion de contagions inter-individus et inter-groupes)[6].

Début 2021, les parents viraux les plus proches des virus infectant les cerfs de Virginie étaient ceux trouvés chez de personnes du Michigan près d'un an plus tôt ; le virus circule donc depuis de mois chez les cerfs, et note la virologue canadienne Mubareka, et comme ceci a pu être démontré avec un échantillonnage très clairsemé, il semble que d'autres choses se passent dans la faune sauvage. Ainsi, une préimpression de février 2021 fait état de variants Alpha et Delta du SARS-CoV-2 trouvés chez des cerfs en Pennsylvanie en novembre 2021[21].

Les génomes Alpha y étaient distincts de ceux trouvés chez l'homme et ont été trouvés des mois après que Delta soit devenu prédominant chez l'Homme, évoquant une évolution indépendante du variant Alpha au sein de la population de cervidés. On soupçonne aussi que dans un cas au moins, c'est le cerf qui a pu infecter un humain et non l'inverse (sans le sud-ouest de l’Ontario)[6].

Si ce phénomène est courant, le virus pourrait ne pas s'estomper, mais continuer à longtemps circuler tout en évoluant[6]. En mars 2021, l'USDA a été mission (avec 300 millions de dollars de subvention) pour enquêter sur les animaux sensibles au SRAS-CoV-2, dont en échantillonnant des cerfs durant la saison de chasse 2022-2023 dans au moins 27 États[6]. Et des inoculations expérimentales doivent montrer si les variants telles que Omicron et Delta se comportent différemment chez le cerf de Virginie, et quels autres animaux sauvages elles peuvent infecter (dont cerf mulet et wapiti, deux autres cervidés)[6].

Le cerf de Virginie possède plusieurs noms vernaculaires, soit chevreuil, chevreuil de Virginie et cariacou[22]. Le terme « chevreuil » pour désigner le cerf de Virginie est attesté depuis 1613 par Samuel de Champlain. À cause de la confusion que cela porte avec le chevreuil (Capreolus capreolus), le langage de spécialité (nomenclature zoologique) lui préfère « cerf de Virginie ». Le terme chevreuil est cependant grandement généralisé dans toutes les variétés du français en Amérique du Nord. Il est aussi couramment utilisé en littérature québécoise et canadienne française depuis l'époque de la Nouvelle-France. Certains considèrent que « chevreuil » devrait être utilisé comme générique français pour désigner le genre Odocoileus et d'utiliser « chevreuil de Virginie » comme terme spécialisé pour désigner l'espèce, ce qui aurait pour avantage de concilier l'usage courant avec l'usage spécialisé[2].

Bien que dans plusieurs ouvrages, le terme cariacou est désigné comme étant un synonyme de cerf de virginie, cariacou ne désigne que quelques sous-espèces vivant en Amérique du Sud, particulièrement Odocoileus virginianus cariacou[2].

Selon l'Office québécois de la langue française, le terme chevreuil est préférable à cerf pour ce qui est de la restauration, puisque celui-ci est un terme générique et peut donc prêter à confusion. Notamment avec le Wapiti aussi appelé « cerf du Canada ». Dans ce contexte nord-américain, il est préférable d'utiliser chevreuil, qui est sans équivoque et utilisé couramment[2].