Virus de la grippe A (H5N8)

Un nouveau variant hautement pathogène a sévi dans la péninsule sud-coréenne début 2014[13] - [7] - [8], avec une extension rapide et géographiquement large des foyers (8 foyers éloignés les uns des autres[14]. En moins d'un an, ce sont en 2014 plus de 10 millions de volailles d’élevage qui ont dû être abattues dans le pays, [« soit presque 6 % de la production nationale »[15]. La Corée du Nord, déjà touchée par le H5N1 en 2013 reconnait en avril 2014 avoir également été fortement touchée par le H5N8 et avoir euthanasié de nombreux oiseaux[16].

Des oiseaux sauvages ont aussi été trouvés touchés par le virus A H5N8 dont la Sarcelle élégante ainsi que d’autres oiseaux migrateurs (infectés et morts du virus)[17] - [18] - [19] - [20].

Un an plus tôt, AH5N8 avait aussi été trouvé sur un canard chinois vendu dans un marché de volailles vivantes[21] - [22].

Le variant hautement pathogène HP H5N8 qui a sévi en Corée du Sud en 2014 est réassorti et semble avoir nettement gagné en pathogénicité, tant pour les oiseaux sauvages que domestiques. Il a été isolé sur des oiseaux migrateurs sauvages (parfois asymptomatiques) et chez des oiseaux d’élevage (vivants et morts) et notamment chez des Colverts (vivants et morts), mais aussi chez des poulets, oies et canards d’élevage avec en général plus de 70 % d’oiseaux infectés dans les élevages touchés[20].

Le 3 novembre 2014, le Japon a signalé à l’OIE un cas d’infection sub-clinique sur la côte Est[23], suivi d’un foyer signalé (Chosei-gun, Nagara-machi, CHIBA) le 18 novembre 2014. Le 20 novembre 2014, il est confirmé que 2 échantillons fécaux d’Anatidae sauvages prélevés le 18 novembre 2014 (parmi un total de 50) contenaient le H5N8. Une étude de pathogénicité virale est annoncée.

À partir du 16 décembre 2014, trois élevages de volailles du sud-ouest du Japon sont victimes de cette grippe aviaire. 85 000 poulets au total sont exterminés dans ces trois fermes situées à Miyazaki, Nobeoka et Nagato[24]. Le 16 janvier 2015, un nouveau cas apparaît à Kasaoka : l'intervention des forces d'autodéfense japonaises est demandée pour tuer les 200 000 poulets de cette ferme dans les quatre jours suivant, selon le protocole[25]. Une zone de quarantaine est établie dans un rayon de dix kilomètres, concernant 21 fermes pour près d'un million de poulets[25]. Un nouveau cas se déclare le 18 janvier 2015 à Arita, les 73 000 poulets de cet élevage et d'un autre voisin sont tués[26].

Les premiers foyers et cas connus de H5N8 (virus a priori d’origine asiatique) ont été détectés en Europe en 1983 dans des élevages de volaille (en Irlande, et d'autres ont suivi épisodiquement).

• Irlande : L'épidémie zoonotique (sans doute la plus connue avant 1994) de grippe aviaire due au sous-type viral H5N8 en Europe a eu lieu en Irlande en 1983[27].
  Les volailles sur deux élevages avicoles avaient alors présenté les symptômes habituels d’une grippe aviaire, avec en plus une diarrhée marquée et des signes de nervosité et la dépression. Les volailles des élevages géographiquement les plus proches n’ont pas tardé à montrer les mêmes signes d'infection, bien qu’aucun contact entre les exploitations agricoles n’ait pu être démontré. En tout, environ 8 000 dindes, 28 020 poulets et poussins et 270 000 canards avaient alors été abattus (soit 97 % de tous les canards d’élevages commerciaux du pays à cette date)[28].
  Pour les variants de ce virus qui ont pu être testés en le laboratoire, les résultats cliniques ont démontré que les dindes étaient les plus vulnérables à l'infection, mais que ce virus ne produisait pas de symptômes chez les canards ou ne les affectaient pas[29].
• Allemagne : De nouveaux cas ont été repérés en 2014, avec un variant confirmé le 5 novembre 2014[30] dans un élevage industriel de dindes en Allemagne (dans le Land du Mecklembourg-Poméranie-Occidentale, dans le nord-est du pays ; au sud du littoral de la mer Baltique, avec 31.000 dindes potentiellement concernées et abattues par précaution).
  . Une sarcelle d'hiver (Anas crecca) apparemment saine, abattue par des chasseurs et testée dans le cadre du programme régional de surveillance oiseau sauvage du land de Mecklembourg-Poméranie-Occidentale était "positive" pour ce virus AHP(H5N8)[31].
• Pays-Bas : La présence du même virus est - quelques jours plus tard - confirmé aux Pays-Bas, avec un premier foyer (confirmé le 16 novembre 2014) à Ter Aar dans un élevage de 150.000 volailles à Hekendorp (village de la commune néerlandaise d'Oudewater, dans la province d'Utrecht, non loin des zones humides du Nieuwkoopse plassen. (les 150 000 dindes (poulets selon d’autres sources) ont été abattues (par asphyxie au CO₂) par précaution le 17 nov).
  Une seconde exploitation néerlandaise est touchée, située à 25 km de la 1^re[32]. D’autres exploitations néerlandaises se sont rapidement révélées touchées par un virus grippal qui semble être le même[33]. les Pays-Bas sont le premier exportateur de volailles industrielles en Europe (plus d’un million de tonnes par an).
• Royaume-Uni: Quelques jours après les cas néerlandais, le Royaume-Uni signale un foyer (le 17 novembre 2014) dans un grand élevage de canards situé à Nafferton (en) dans le Yorkshire de l'Est[34] - [35]. Cette région est susceptible de recevoir en automne des oiseaux migrateurs venant de l’Est, mais l’entreprise élève ses canards pour le compte de « Cherry Valley », leader anglais dans ce marché, produisant environ 7 millions de canards de Pékin chaque année au Royaume-Uni[12], et qui possède également des bureaux en Chine et en Allemagne rapporte le journal The Telegraph. Le journal précise que cette entreprise élève aussi 2,8 milliards de canards par an en Chine. Ce journal cite aussi John Oxford (professeur émérite de virologie à l'Université de Londres) ; ce dernier rappelle que les virus grippaux ne sont pas transportés par le vent à grande distance, mais que des vêtements ou les trousses à outils de travailleurs se déplaçant entre l’Allemagne et l’Angleterre auraient pu être "contaminées" et ainsi étendre l’épidémie d’un pays à l’autre. Selon lui des œufs, des fientes ou des transferts d’oiseaux vivants pourraient aussi expliquer une même source pour deux foyers éloignés[12].
  L'autorité sanitaire anglaise et l'entreprise ont annoncé qu'environ 6000 canards de cet élevage devaient être tués au CO₂ puis brûlés dans un site sécurisé. Les fonctionnaires du DEFRA ont aussi demandé à tester les derniers lots d’œufs mis en incubation dans l'écloserie de l'entreprise (à Usselby, dans le Lincolnshire)[12].
• Italie: le 15 décembre à Veneto, mais un autre cas allemand le même jour .

Les premiers foyers européens sont apparus presque conjointement, mais pour certains distants de à 25 km à plus de 100 km les uns des autres[32]. Ce fait a fait suggérer que des oiseaux migrateurs aient pu contribuer à véhiculer le virus dans le pays et outre-manche, mais aussi de l’Asie à l’Europe de l’Ouest[2], hypothèse fréquemment avancée pour ce type d’épidémie/zoonose. Cependant, il ne s’agit que d’une hypothèse parmi d’autres, car dans le passé des transports de volailles ou de poussins ou le déplacement de personnes ont aussi été des causes prouvées de diffusion du virus.

Ces cas ont suscité en Belgique, France, Suisse et dans d’autres pays proches un renforcement de la veille sanitaire et vétérinaire (avec en France et une saisine l'Anses par le ministère de l'Agriculture).

Une épizootie d'influenza A-H5N8 se déclare fin 2020 en Europe[36]. Elle atteint un premier élevage français début décembre, dans le département des Landes[37] - [38].

Un virus de type H5N8 est détecté dans un cadavre de phoque retrouvé échoué sur la côte polonaise de la mer Baltique en novembre 2016[39].

Conformément à la réglementation européenne et pour limiter les risques commerciaux ou liés aux transports de marchandises ou d’animaux susceptibles de contribuer à une diffusion du virus, les exportations de volailles et d’œufs ont été suspendues pour une durée de 72 heures, et de 30 jours pour les élevages situés dans un rayon de 10 kilomètres autour de celui affecté[15].

Le directeur de l’OIE a également rappelé qu’« il est également nécessaire d'essayer d'éviter les contacts entre les oiseaux d'élevage et les oiseaux sauvages. Par exemple, il faut mettre la nourriture des volailles d'élevage à l'intérieur des bâtiments, au lieu d'à l'extérieur, pour qu'elle ne soit pas contaminée par les oiseaux sauvages lorsqu'ils la mangent »[2].

Les travailleurs exposés à des volailles malades ou jugées « porteuses saines » doivent médicalement surveillés durant dix jours afin de documenter de possibles symptômes et un traitement préventif antiviral (de type Tamiflu) est parfois proposé[12].

En France : Étant donné la géographie des premières zones déclarées touchées à l’automne 2014 et étant donné le sens des flux migratoires automnaux (Globalement et principalement nord-sud), la France s’attend à aussi détecter des foyers où trouver des animaux sauvages (dont potentiellement des espèces gibier telle que les canards) touchés.
Le ministère français de l'agriculture s’est dit prêt[40] à « activer le Plan national d’intervention sanitaire d’urgence », plan qui concerne les « professionnels des filières animales » et qui s’applique obligatoirement[41] en liaison avec la Commission Européenne[42] et sur la base d’un décret (de juin 2012) fixant les « modalités de fixation de la liste des dangers sanitaires de première et deuxième catégorie et d'approbation des programmes collectifs volontaires ainsi que des schémas régionaux de maîtrise des dangers sanitaires visant à organiser la prévention, la surveillance et la lutte contre les dangers sanitaires concernant les animaux » (et les végétaux)[3]).
Selon France 3, en Picardie (zone de passage de millions d’oiseaux migrateurs), la Fédération des chasseurs a alerté ses adhérents en les encourageant à signaler à l’ONCFS les cygnes et canards retrouvés morts[43].

En 2020-2021, 380 000 canards ont été tués en France: la pandémie se propage au sein des élevages, avec la faune sauvage, mais le recours à une même société de transport pourrait également jouer un rôle.

D'autres facteurs peuvent également être en cause comme le manque de distanciation physique des animaux ou l'aspect mono-race des élevages[44].

De 1998 (plus de 10 ans après la détection des premiers cas européens) à 2011, plusieurs foyers ont été signalés aux États-Unis[45]

L'aspect potentiellement dangereux du virus AH5N8 pour l'Homme en 2014 est lié au fait que le génome de variants recombinés de ce virus pourraient intégrer des gènes du H5N7 (plus infectant pour l’homme) et/ou du H5N1 HP (hautement pathogène). Une souche émergente pourrait alors être plus pathogène et/ou plus transmissible de l’animal à l’homme (et éventuellement d’homme à homme).

Or :

• ces deux virus sont endémiques depuis plusieurs années en Asie ;
• Le H5N1 apparu en en Asie du Sud-Est a [de 2003 à oct 2014] officiellement infecté au moins 668 personnes, dont 393 sont mortes, ce qui lui confère un taux de mortalité de 59 %, - plus élevé que celui de l’épidémie de fièvre Ebola en Afrique de l'Ouest en 2014 (36 %) (cette comparaison n'est donnée qu'à titre indicatif, car ces deux zoonoses diffèrent épidémiologiquement : Ebola se transmet plutôt d’humain à humain, alors que H5N1 s’acquiert essentiellement par contact avec un oiseau ou autre animal infectés) ;
• Le H5N8 peut être véhiculé par des canards « porteurs sains » (c'est-à-dire asymptomatiques mais excrétant le virus) comme on en a par exemple trouvé en Corée du Sud en 2011 parmi les oiseaux d’eau migrateurs et chassables[51] - [52].
• Une recombinaison potentiellement dangereuse pourrait aussi se faire avec d’autres variants du « groupe H5 » connus (au moins depuis les années 1980) pour être parfois très pathogènes pour la volaille et/ou pour l'homme, le H5N1 étant le plus préoccupant de 2000 à 2015 voire au-delà car il continue à circuler en Asie et au Moyen-Orient (ayant par exemple en 2014 causé 3 morts humaines en Égypte dont 2 en novembre 2014)[53].
• Pour qu’il soit une source de risque pandémique, il n'est pas nécessaire que le virus soit mortel, il suffit qu'il acquiert une capacité à infecter l'Homme et une forte contagiosité d’homme à homme (ou de d'oiseau à mammifères, dont l’homme). Mi-novembre 2014, aucun indice de telle adaptation n'existe.
• Comme rappelé par Elizabeth Mumford de l’OMS lors d’une conférence de presse le 18 novembre 2014 ; concernant le H5N8 : « les canards sauvages peuvent continuer à migrer tout en étant infectés par le virus et le propager »[15]. Et il est « absolument certain » que d'autres volatiles seront affectés et « probable que des humains le soient également "compte tenu de la large circulation du virus" »[4], mais toujours selon Elizabeth Mumford sauf si le virus évoluait en s’adaptant à l’Homme ces cas humains devraient être « quelques cas isolés » touchant des personnes en contact étroit avec des oiseaux porteurs du virus car le sous-type H5 n’a pas à ce jour montré de capacité à être contagieux d’un humain à l’autre[4]. Selon elle « Tous les gènes de ce virus (H5N8) sont tous des gènes aviaires. Il n'y a pas de composant ni humain, ni porcin dans le génome", l'analyse génétique montre qu'il préfère se lier à des récepteurs aviaires. Cela demeure un virus aviaire »[4].

L’importance du H5N8 en termes de risque écoépidémiologique est mieux cernée :

• Il a été constaté que MDK / W452 (nouveau virus AH5N8 notamment présent en Corée du Sud en 2014 et jugé « réassorti » en Chine orientale à partir de virus hébergés et transportés par des oiseaux sauvages aquatiques migrateurs[54] se montre souvent mortel pour les poulets, mais qu’il semble avoir une virulence très atténué chez le canards (0 à 20 % de morts). Le Canard colvert peut donc être porteur sain)[55], et efficacement transporter et diffuser le virus[54], d’autant qu’il a été montré en 2014 que la réplication virale et l’excrétion de virions sont plus élevées dans l’organisme des colverts infectés par le H5N8 que dans ceux de colverts expérimentalemnet infectés par H5N1[54], et que le virus peut se propager par contacts entre canards domestiques cet canards colverts[54].
• Un virus de la grippe aviaire devenu « hautement pathogène » (HP) peut (notamment s'il trouve une population immunitairement affaiblie) décimer certaines populations d’oiseaux sauvages ou domestiques, comme cela a été le cas avec un variant de type Qinghai A H5N1 qui a en 2005 causé d’importantes mortalités d’oiseaux d'eau avant leur migration automnale de l’Asie vers l’Europe et l’Afrique[56] - [57].
  Des transferts intercontinentaux de virus peuvent aussi se faire via le commerce d’oiseaux, de poussins ou d’œufs ou même de fumier à base de fientes. Il peut aussi exister des phénomènes de transferts entre des oiseaux sauvages migrateurs et des oiseaux d’élevages (industriels notamment), et inversement.
• Plusieurs milliards de canards sont élevés en Chine chaque année, et leurs fientes sont également contaminantes. Et dans certains pays (comme la France) des millions de canards d’élevage sont diffusés dans la nature en automne pour les besoins de la chasse en plaine ou dans les zones humides.

S'il s'adapte bien aux animaux d'élevages et à leur contexte de gestion, Le H5N8 (et en particulier ses variants très pathogènes) deviendront aussi un enjeu économique important pour les éleveurs.

• Il a été périodiquement détecté (par exemple dans un élevage dans l’Idaho en 2008[58]), mais fait maintenant l’objet d’une attention particulière, car un variant hautement pathogène de H5N8 a été détecté en 2009-2010 en Chine continentale (en même temps que trois variant du H5N5 dérivant de la lignée asiatique H5N1 hautement pathogènes de la grippe aviaire)[59]. Les études de pathogénicité faites sur ces 4 variants ont montré qu’ils étaient tous très virulente chez les poulets, alors que leur virulence variait (de modérée à forte) chez la souris. Leur virulence variait aussi (de légère à intermédiaire) chez les canards colverts expérimentalement infectés[59]. Une autre étude a montré que ce virus peut être pathogène pour les chiens et plus encore pour les chats.
• Des analyses phylogénétiques ont montré que ces virus étaient des virus réassortis ayant acquis des éléments génomiques de virus H5N1 non identifiés (gènes PB1, NP et NA) et se sont développés en trois génotypes distincts (B-D)[59]. Ces résultats ont mis en évidence l'émergence et le développement de virus de grippe aviaire hautement pathogène H5 à plusieurs sous-types NA dans les zones d'endémie du H5N1, constituant une menace potentielle pour l'industrie de la volaille et de la santé publique[59]).
  Une caractérisation moléculaire a en outre prouvé que chacun de ces virus pouvait résister à des agents antiviraux[59].
• Une souche européenne de H5N8[60] a été testée en 1986) en laboratoire sur plusieurs espèces aviaires domestiquées (poulets de 2 semaines, dindons, cailles et canards, infectés par voie intra‐musculaire, intra‐nasale et par contact avec 8 souches virales de grippe appartenant au sous type H‐5)[61]. Cette souche, comme plusieurs autres testées lors de la même étude s’est montrée « extrêmement pathogène pour le poulet et le dindon », mais dans ce cas sans signe clinique ni mortalité observés chez les canards expérimentalement infectés. Deux virus seulement, dk/Ireland and ty/Ireland, ont entraîné chez ceux‐ci des réponses sérologiques alors que l'injection par voie intra‐musculaire de tern/SA et ty/Italy n'a entraîné des réactions HI positives que chez quelques canards[61]. Les cailles ont fait preuve de résistance à certains des virus A H5N8 testés (pourtant très pathogènes pour le poulet et la dinde) et moindrement à d’autres[61]. La transmission du virus à partir des oiseaux infectés par voie intra‐nasale et à partir de ceux placés à leur contact a varié considérablement à la fois avec les hôtes et les virus ainsi qu'avec les différentes combinaisons de ceux‐ci[61]. Bien que les récepteurs de l’hôte ciblés par les protéines externes du virus MDK/W452(H5N8) soient principalement aviaires, ce virus possède une certaine capacité théorique à se fixer sur des récepteurs de type mammifères ou humains, ce qui pourraient peut-être permettre à ce virus d’infecter des tissus des voies respiratoires humaines et de s’y reproduire. Chez la souris, la souche virale MDK/W452(H5N8) s’est néanmoins montrée modérément pathogène, avec un tropisme tissulaire moins large que dans le cas des souches A (H5N1) hautement pathogènes du virus de la grippe.
• Des recombinaisons génétiques avec le H5N1 qui circule encore, pourrait modifier l'évolution génétique des souches préexistantes de H5N8 notamment dans les élevages de volaille.
  En Angleterre, c’est un élevage de canards qui a été touché en 2014[53], or les canards sont réputés résistants à ce virus[59] voire susceptibles de se comporter en « porteur sain »[59] en n’étant que modérément affaiblis par le virus. Des canards sauvages pourraient ainsi véhiculer le virus vers les élevages, puis inversement les élevages pourraient contaminer d'autres canards sauvages.

Il est maintenant scientifiquement admis que l'érosion génétique diminue les chances et capacité d'adaptation des espèces aux maladies et aux changements de leur environnement[62].

Il existe un paradoxe et une source de biais en gestion du risque sanitaire avicole, induit par trois problèmes au moins, qui contribuent à faire des élevages et de la nature des lieux anormalement et de plus en plus favorables aux grandes épizooties :

1. Les euthanasies massives de volailles d'élevages victimes d'épizooties contribue indiscutablement à court et moyen termes à limiter la diffusion de souches virales HP. Mais elles contribuent dans le même temps - et irréversiblement - à éroder le patrimoine génétique des animaux d'élevage[63].
2. L'introduction dans la Nature d'oiseaux de repeuplement issus d'élevages (faisans, cailles, canards, perdrix, etc.) contribue également à une perte de diversité génétique et à une pollution génétique du métagénome des populations de ces espèces. À titre d'exemple, en France ce sont environ un million de canards colverts d'élevage et 14 millions des faisans qui sont ainsi annuellement artificiellement élevés et relâchés dans la nature pour la chasse[64] - Moutou, F. (1997). Place des oiseaux sauvages en épidémiologie animale. Oiseaux à risques en ville et en campagne : vers une gestion intégrée des populations ?, 263 p ; Éditions Quae, (avec Google Livre).
3. La primauté et les aides financières données à l'élevage intensif et industriel, conjuguées à la mondialisation de l'économie avicole ont permis d'énormes gains de productivité en deux siècles, mais au prix d'un effondrement de la diversité génétique des espèces avicoles, et d'une forte diminution du nombre de races et souches élevées dans le monde.
   Et pour diverses raisons (pratiques, économique et sanitaires), les oiseaux reproducteurs utilisés pour remplacer ceux qui sont morts de maladie ou ont été euthanasiés (par millions chaque année depuis quelques décennies) dans les élevages industriels, artisanaux ou familiaux sont presque toujours des oiseaux issus de souches sélectionnées pour les besoins de l'industrie avicole et non pour leur diversité génétique ou capacité à résister aux virus et maladies bactériennes opportunistes. Malgré la mise en place de protocoles inspirés des techniques de minimisation des coefficients de consanguinité[65] L'homogénéisation génétique de l'élevage mondial faciliter les épizooties mondiales.

Des canards d’élevage introduits à fins de repeuplement dans la nature en saison de chasse (automne-hiver) comme « gibier » pour alimenter les loisirs cynégétiques et/ou compenser les pertes dues aux tirs des années précédentes[66], sont chassés dans plusieurs pays européens (dont en chasse de nuit dans certains pays). D'autres oiseaux chassables sont potentiellement vulnérables au H5N8. Ces animaux seront souvent en contact avec les chiens de chasse (dressés pour les ramener dans leur gueule) et/ou avec les chasseurs et leur famille ou avec d’autres consommateurs ou utilisateurs de ces canards tirés à la chasse.