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ExtrĂȘmophile

Un organisme est dit extrĂȘmophile, ou extrĂ©mophile, lorsque ses conditions de vie normales sont mortelles pour la plupart des autres organismes : tempĂ©ratures proches ou supĂ©rieures Ă  100 °C (hyperthermophiles) ou infĂ©rieures Ă  0 °C (psychrophiles), pressions exceptionnelles (barophiles des grands fonds marins), milieux trĂšs chargĂ©s en sel (halophiles), milieux trĂšs acides (acidophiles) ou hyper-alcalins (alcalophiles), milieux radioactifs ou anoxique (sans dioxygĂšne) ou non-Ă©clairĂ© comme les endolithes.

Les thermophiles sont un type d'organismes extrémophiles se développant dans les sources chaudes, comme dans le Grand Prismatic Spring, au Parc national de Yellowstone.
Une souche archéenne de Thermococcus gammatolerans est hyperthermophile et tolérante à une forte radioactivité. Elle vit dans les grands fonds, idéalement dans une eau salée, anoxique, légÚrement acide et à 88 °C[1].

Beaucoup d’extrĂ©mophiles appartiennent au taxon des Archaea ou des BactĂ©ries et bien qu'il existe aussi des extrĂ©mophiles eucaryotes unicellulaires et mĂ©tazoaires, (insectes, crustacĂ©s, poissons
), on rĂ©serve toutefois l'usage de ce terme pour les organismes unicellulaires.

Des organismes extrĂ©mophiles peuvent par exemple ĂȘtre isolĂ©s de sources chaudes sulfureuses, de cheminĂ©es hydrothermales sous-marines, de sĂ©diments, dans les glaces de l'Antarctique ou de l'Arctique, dans des eaux saturĂ©es en sel (lac ou Mer Morte), dans des gisements pĂ©troliers


Quelques ĂȘtres vivants, appelĂ©s polyextrĂ©mophiles, cumulent mĂȘme plusieurs de ces rĂ©sistances (exemple de Deinococcus radiodurans, Kineococcus radiotolerans, ou de Sulfolobus acidocaldarius).

Parfaitement adaptĂ©s Ă  ces conditions trĂšs spĂ©ciales, les extrĂ©mophiles sont rares dans les conditions plus ordinaires. En effet, mĂȘme lorsqu'ils sont capables de supporter ces conditions (car dans bien des cas leur mĂ©tabolisme spĂ©cial nĂ©cessite les conditions extrĂȘmes), ils supportent mal la concurrence d'organismes banals. Il arrive que l'on distingue extrĂ©mophile et extrĂ©motolĂ©rant, selon que l'organisme a besoin des conditions exceptionnelles, ou bien qu'il les supporte mais qu'on le trouve dans des conditions plus ordinaires.

Il faut bien distinguer le cas des extrĂ©mophiles-vrais (qui vivent normalement ou exclusivement en conditions extrĂȘmes), des cas relativement banals d'organismes capables de provisoirement prendre une forme rĂ©sistante aux conditions dĂ©favorables (en suspendant leurs fonctions vitales, en se protĂ©geant par la formation d'un kyste ou d'une spore). Certaines bactĂ©ries comme Deinococcus radiodurans sont capables de s'autorĂ©parer en conditions extrĂȘmes, mais ne les exigent pas pour vivre.

DiffĂ©rents types d’extrĂ©mophiles

  • Acidophile : organisme vivant dans des environnements acides (pH optimum de croissance proche de 3).
  • Alcalophile : organisme vivant dans des environnements basiques (pH optimum de croissance proche de 9 et plus).
  • Halophile : organisme vivant dans des milieux trĂšs salĂ©s (forte concentration en NaCl).
  • MĂ©talotolĂ©rant : organisme tolĂ©rant de hautes concentrations en mĂ©tal (cuivre, cadmium, arsenic, zinc).
  • Psychrophile ou psychrotolĂ©rant : organisme vivant dans des environnements froids (abysses, glaciers, voire rĂ©frigĂ©rateur oĂč ils peuvent affecter l'hygiĂšne alimentaire en rendant moins efficace la chaine du froid).
  • PiĂ©zophile ou barophile : organisme vivant dans des environnements soumis Ă  des pressions Ă©levĂ©es (fonds ocĂ©aniques profonds jusqu'Ă  −11 000 mĂštres ; fosse des Mariannes)
  • RadiorĂ©sistant : organisme pouvant survivre Ă  des radiations ionisantes Ă©levĂ©es.
  • Thermophile : organisme vivant dans des environnements chauds avec des optimums de croissance proche de 60 °C.
  • Hyperthermophile : organisme vivant dans des environnements trĂšs chauds avec des optimums de croissance proche de 90 °C Ă  plus de 100 °C ; mais ils ne peuvent pas vivre dans un milieu d'eau portĂ©e Ă  Ă©bullition (dans les fonds marins la pression est Ă©levĂ©e et l'eau reste liquide jusqu'Ă  400 °C)[2]
  • XĂ©rophile : organisme capable de rĂ©sister Ă  la dessiccation (ayant besoin de peu d'eau pour survivre).

IntĂ©rĂȘt de l'Ă©tude des extrĂȘmophiles

Les extrĂȘmophiles sont un sujet d'Ă©tonnement et d'Ă©tude Ă  plusieurs titres :

  • Leurs particularitĂ©s offrent des perspectives technologiques variĂ©es (protĂ©ines thermostables, enzymes de lessives Ă  l'eau froide, par exemple) et un vaste champ d'Ă©tudes biologiques. Les protĂ©ines et enzymes extrĂȘmes constituent un marchĂ© en plein essor (biotechnologie et industrie chimique). L'exemple le plus spectaculaire est la Taq polymĂ©rase provenant de Thermus aquaticus qui est largement employĂ© pour les rĂ©actions de PCR.
  • L'apparition de la vie a peut-ĂȘtre eu lieu dans un environnement extrĂȘme. L'atmosphĂšre primitive de l'Ă©poque, sans oxygĂšne et sans ozone, laissait passer les UV du soleil qui pouvait entraĂźner la formation de radicaux libres toxiques pour les cellules. Le chimiste GĂŒnter WĂ€chtershĂ€user pense que la vie est apparue dans un milieu chaud sulfuro-ferreux en absence d'oxygĂšne. Ce milieu est proche de celui des cheminĂ©es hydrothermales oĂč vivent de nombreux micro-organismes hyperthermophiles. Cependant, les preuves fossiles de l'existence d'une forme de vie au niveau de site hydrothermaux fossilisĂ©s ne sont pas encore confirmĂ©es.
  • Ils illustrent les capacitĂ©s Ă©tonnantes d'adaptation de la vie aux milieux les plus divers et les plus hostiles, ce qui crĂ©dibilise l'idĂ©e que des formes de vie semblables se trouvent sur des planĂštes en apparence non viables.

Quelques exemples d'organismes extrĂȘmophiles

ExtrĂȘmophilies diverses

Archées
  • Pyrolobus fumarii, isolĂ©e dans des cheminĂ©es hydrothermales sous-marine, se multiplie encore Ă  113 °C.
  • Une souche surnommĂ©e Strain 121, proche des Archaea des genres Pyrodictium et Pyrobaculum, a Ă©tĂ© isolĂ©e sur des Ă©chantillons hydrothermaux et serait capable de survivre Ă  121 °C.
  • Sulfolobus acidocaldarius isolĂ© de sources chaudes acides, est Ă  la fois acidophile (croissance Ă  un pH de 2-3) et hyperthermophile (optimum de croissance vers 80 °C).
  • Thermococcus gammatolerans, radiotolĂ©rante (son organisme, lorsqu'il est exposĂ© Ă  un rayonnement ionisant se rĂ©pare en permanence, et efficacement) trouvĂ©e Ă  grande profondeur dans certaines sources chaudes[1]
  • Ferroplasma, Ferroplasma acidarmanus peut croĂźtre Ă  un pH proche de 0.
  • Methanopyrus, a son optimum de croissance Ă  98 °C
  • Haloarcula marismortui isolĂ©e de la Mer Morte, est trĂšs halophile et se dĂ©veloppe dans une eau Ă  300 g/l de NaCl (10 fois la salinitĂ© de l'ocĂ©an).
Bactéries
  • Deinococcus radiodurans, radiorĂ©sistant de 1 500 Ă  3 000 fois la tolĂ©rance humaine. Les grands fonds marins, certains lieux radioactifs ou certains dĂ©serts (exposĂ©s aux UV, parfois sursalĂ©s abritent aussi des extrĂȘmophiles radiorĂ©sistantes dont deinococcus[3].
  • Bacillus infernus a Ă©tĂ© isolĂ©e Ă  2 700 m sous la surface du sol.
  • Desulforudis audaxviator a Ă©tĂ© trouvĂ© Ă  −1 500 m puis −2 800 m de profondeur, dans le sol d'une mine d'or (Bassin du Witwatersand, Afrique du Sud) oĂč elle supporte une tempĂ©rature de 60 °C et un pH de 9,3[4]
  • GFAJ-1, bacille halophile tolĂ©rant Ă  l'arsenic.
  • Les snottites (notamment Acidithiobacillus) tirent leur Ă©nergie de chimiosynthĂšse de composĂ©s de soufre d'origine volcanique, leur pH se rapproche de 0, avec des propriĂ©tĂ©s similaires Ă  l'acide de batterie.
  • Atribacterota : embranchement de bactĂ©ries thermophiles dĂ©crit en 2021[5].
Animaux invertébrés
  • Halicephalobus mephisto dĂ©couvert dans de l'eau de puits d'une mine d'or entre 0,9 et 3,6 km de profondeur.
  • Alvinella pompejana, dit ver de PompĂ©i vit sur certaines cheminĂ©es hydrothermales sous-marines. Des capacitĂ©s de thermorĂ©sistance exceptionnelles pour un eucaryote pluricellulaire (tolĂšre une tempĂ©rature de 20 Ă  plus de 80 °C chez l’adulte).
Vertébrés

ExtrĂȘmophilie polaire

On a découvert en 2004 un nombre important de micro-organismes sous des roches de l'Arctique et du continent Antarctique.

Ce milieu Ă©tait jusqu'alors considĂ©rĂ© comme particuliĂšrement hostile au dĂ©veloppement de la vie, d'une part en raison des tempĂ©ratures extrĂȘmes, mais aussi Ă  cause de vents extrĂȘmement violents et surtout du rayonnement ultraviolet.

Recherche

  • 2007. Une Ă©quipe de biologistes de l'UniversitĂ© du Massachusetts (États-Unis) a dĂ©couvert un microbe se reproduisant Ă  121 °C ; TrouvĂ© proche d'une cheminĂ©e situĂ©e dans les profondeurs de l'OcĂ©an Pacifique, la « Souche 121 » a survĂ©cu jusqu'Ă  la tempĂ©rature de 130 °C. C'est l'organisme connu vivant sur terre rĂ©sistant Ă  la plus forte tempĂ©rature.

Précédemment on connaissait Pyrolobus fumarii qui mourait aprÚs une heure d'incubation à 121 °C.

  • Dans les annĂ©es 1980 avant d'enfouir des armes et dĂ©chets nuclĂ©aires Ă  grande profondeur, le DĂ©partement de l'Énergie des États-Unis (DOE) a voulu vĂ©rifier s'il pourrait exister des microbes susceptibles d'interfĂ©rer avec les joints ou matĂ©riels enfouis. Les gĂ©ologues et biologistes amĂ©ricains ont alors Ă©tĂ© surpris de trouver dans des forages exploratoires faits sous des installations de traitement nuclĂ©aire existantes (Savannah River, Caroline du Sud) des bactĂ©ries et archĂ©obactĂ©ries vivant jusqu'Ă  500 mĂštres sous la surface[6]. D'autres Ă©tudes ont confirmĂ© que la vie Ă©tait Ă©galement frĂ©quente Ă  grande profondeur, avec la Grotte de Movile en Roumanie en 1986, puis en 1992, quand John Parkes a dĂ©couvert que mĂȘme Ă  500 mĂštres sous le plancher ocĂ©anique de la mer du Japon vivaient environ 11 millions de microbes par centimĂštre cube de sĂ©diment [7]
    Des microbes-Mathusalem dotĂ©s d'un mĂ©tabolisme extrĂȘmement ralenti pourraient peut ĂȘtre survivre durant des milliers voire millions d'annĂ©es quasiment en l'absence de nourriture. Des chercheurs[8] ont trouvĂ© en 2011 des cellules vivantes dans des sĂ©diments datĂ©s de 460.000 ans prĂ©levĂ©s Ă  220 mĂštres sous le plancher de l'ocĂ©an Pacifique prĂšs du Japon. Elles ressemblaient Ă  des cellules mortes mais, mises en prĂ©sence d'une source de nourriture marquĂ©e par des radioisotopes stables du carbone et de l'azote, les 3/4 de ces cellules se sont montrĂ©es capables de s'en nourrir[9].

Un Ă©cosystĂšme bactĂ©rien profond a Ă©tĂ© dĂ©couvert sous le pacifique avec des bactĂ©ries actives et les archĂ©es dans les sĂ©diments datĂ©s de 86 millions d'annĂ©es (formĂ©s environ 20 millions d'annĂ©es avant l'extinction des dinosaures. Dans les milieux les plus extrĂȘmes, les individus sont plus rares, avec nĂ©anmoins environ 1 000 cellules par centimĂštre cube de sĂ©diments[10].

Dans les roches minérales chaudes et radioactives, ces bactéries utilisent la désintégration radioactive de l'uranium qui hydrolyse certaines molécules d'eau (en hydrogÚne libre et dioxygÚne par radiolyse pour se procurer de l'hydrogÚne qu'elles combinent à des ions sulfate de leur substrat rocheux pour produire assez d'énergie pour se maintenir en vie, tout en exploitant au mieux les quantités infimes de carbone de leur environnement[11].

  • On a cru que seules des bactĂ©ries pouvaient vivre dans les milieux si hostiles, mais des nĂ©matodes de 0,5 mm de long ont Ă©tĂ© rĂ©cemment dĂ©couverts (2011), nageant dans l'eau de fissures Ă  trĂšs grande profondeur (1,3 km), dans la mine d'or de Beatrix[6]. Ils ont Ă©tĂ© nommĂ©s Halicephalobus mephisto en rĂ©fĂ©rence au Mephistopheles de Faust car lucifuges et vivant dans les profondeurs de la terre. Puis, dans la mine de Tautona (la plus profonde du pays), un autre nĂ©matode a Ă©tĂ© dĂ©couvert Ă  3,6 km sous la surface (l'animal terrestre le plus profondĂ©ment trouvĂ© dans le monde [12]. De nombreux microbes peuvent vivre sans oxygĂšne, mais c'est la premiĂšre fois qu'on trouve un animal pouvant le faire ; les cellules de ces vers ont un gĂ©nome diffĂ©rent des autres espĂšces, ils n'ont pas de mitochondries (organites qu'on pensait universels chez les animaux)[6]. Ils tirent leur Ă©nergie - comme de nombreuses bactĂ©ries extrĂȘmophiles - de l'hydrogĂšne sulfurĂ© grĂące Ă  des organites spĂ©cifiques dites hydrogĂ©nosomes[13].

C'est donc Ă  tort que les hommes ont longtemps cru que les grands fonds marins Ă©taient stĂ©riles. De mĂȘme pour les profondeurs du sous-sol qui semblaient l'ĂȘtre plus encore. On connaĂźt encore trĂšs mal cette biodiversitĂ© et sa biomasse est Ă©valuĂ©e selon les estimations entre 1 % et 10 % de la biomasse de toutes les espĂšces vivantes[6]. Deux projets visent Ă  recenser ces espĂšces : « Census of Deep Life » et « Center for Dark Energy Biosphere Investigations »[6].

Ces espĂšces pourraient nous aider Ă  prĂ©ciser l'origine de la vie. L'idĂ©e dominante est qu'elle serait apparue dans les sources chaudes, mais elle pourrait aussi ĂȘtre nĂ©e dans les fissures du sous-sol, Ă  l'abri des UV et autres rayons cosmiques non-encore filtrĂ©s par la couche d'ozone et protĂ©gĂ©e des bombardements d'astĂ©roĂŻdes[6]. Ceci permet d'imaginer d'autres formes de vie, d'Ă©volution ou d'adaptations que celles que nous connaissons, qui pourraient exister sur d'autres planĂštes, avoir existĂ© ou exister dans le futur voire ĂȘtre les derniĂšres Ă  survivre[6].

De nouvelles questions bioĂ©thiques se posent aussi. Comme la pĂȘche dans les grands fonds, l'exploitation miniĂšre ou ocĂ©anographique profonde pourraient aussi affecter et modifier ou menacer une part de la biodiversitĂ© encore inconnue, notamment avec l'utilisation de techniques telles que la fracturation hydraulique profonde associĂ©e Ă  des injections de matiĂšres organiques et de produits chimiques. De mĂȘme pour les projets de stockage profond de CO2.

Notes et références

  1. (en) Edmond Jolivet, StĂ©phane L'Haridon, Erwan Corre, Patrick Forterre et Daniel Prieur, « Thermococcus gammatolerans sp. nov., a hyperthermophilic archaeon from a deep-sea hydrothermal vent that resists ionizing radiation », D. Int J Syst Evol Microbiol, no 53,‎ , p. 847-851 (DOI 10.1099/ijs.0.02503-0).
  2. (en) Lynn J. Rothschild et Rocco L. Mancinelli, « Life in extreme environments », Nature, vol. 409,‎ , p. 1092-1101 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/35059215, lire en ligne, consultĂ© le ).
  3. Fred A. Rainey, Keren Ray, Margarida Ferreira et Bridget Z. Gatz, « Extensive Diversity of Ionizing-Radiation-Resistant Bacteria Recovered from Sonoran Desert Soil and Description of Nine New Species of the Genus Deinococcus Obtained from a Single Soil Sample », Applied and Environmental Microbiology, vol. 71, no 9,‎ , p. 5225–5235 (DOI 10.1128/AEM.71.9.5225-5235.2005, rĂ©sumĂ©, lire en ligne, consultĂ© le ).
  4. (en) Dylan Chivian, Eoin L. Brodie, Eric J. Alm, David E. Culley, Paramvir S. Dehal, Todd Z. DeSantis, Thomas M. Gihring et al., « Environmental genomics reveals a single species ecosystem deep within the Earth », Science, vol. 322, no 5899,‎ , p. 275 - 278 (DOI 10.1126/science.1155495).
  5. (en) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature : lire en ligne
  6. (en-US) Colin Barras, « Deep life: Strange creatures living far below our feet », New Scientist, no 2914,‎ , p. 36-39 (lire en ligne, consultĂ© le ).
  7. Nature, vol 371, p 410.
  8. chercheurs du Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology, l'Agence japonaise pour les sciences et technologies marines et terrestres, basée à Nankoku.
  9. PNAS, vol 108, p 18295.
  10. Science, vol 336, p 922.
  11. Science, vol 314, p 479.
  12. Nature, vol 474, p 79.
  13. BMC Biology, vol 8, p 30.

Voir aussi

Articles connexes

Références bibliographiques

  • Patrick Forterre, Microbes de l'enfer, Belin, coll. « Pour la science », (ISBN 978-2-7011-4425-2, lire en ligne).
  • (en) Shinsuke Fujiwara, « Extremophiles: Developments of their special functions and potential resources », Journal of Bioscience and Bioengineering, vol. 94, no 6,‎ , p. 518–525 (ISSN 1389-1723, DOI 10.1016/S1389-1723(02)80189-X, lire en ligne, consultĂ© le ).
  • Michael Gross, La vie excentrique : voyage dans les mondes extrĂȘmes, Belin, coll. « Pour la science » (ISBN 2701126312).
  • (en) E.J. Gumbel, Statistics of extremes, New York, Columbia University Press, , 375 pages (lire en ligne).
  • (en) Pabulo Henrique Rampelotto, « Extremophiles and Extreme Environments », Life : Open Access Journal, vol. 3, no 3,‎ , p. 482–485 (ISSN 2075-1729, PMID 25369817, PMCID 4187170, DOI 10.3390/life3030482, lire en ligne, consultĂ© le )
  • (en) Koki Horikoshi, « New Scientific Journal Extremophiles and the International Society of Extremophiles », dans Extremophiles, Springer Japan, (lire en ligne), p. 131–142
  • (en) Koki Horikoshi et William D. Grant, Extremophiles. Microbial Life in Extreme Environments, New York, Wiley-Liss, , 336 p. (ISBN 978-0-471-02618-1).
  • (en) L. J. Rothschild et R. L. Mancinelli, « Life in extreme environments », Nature, vol. 409, no 6823,‎ , p. 1092–1101 (ISSN 0028-0836, PMID 11234023, DOI 10.1038/35059215, lire en ligne, consultĂ© le )
  • (en) Karl O. Stetter, « Extremophiles and their adaptation to hot environments », FEBS letters, vol. 452, nos 1-2,‎ , p. 22–25 (ISSN 0014-5793, PMID 10376671, DOI 10.1016/s0014-5793(99)00663-8, lire en ligne, consultĂ© le )

Filmographie

  • Vivre en enfer, une sĂ©rie documentaire française consacrĂ©e aux extrĂȘmophiles.

Liens externes

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