SARS-CoV

Le SARS-CoV est composé d'une nucléocapside de forme hélicoïdale formée de son génome ARN interagissant avec des protéines nommées N. Cette nucléocapside est entourée d'une capside et d'une enveloppe, formées par les protéines structurales E, M, S et de lipides provenant du bourgeonnement du virion.

L'infection d'un nouvel hôte par le virus se fait premièrement via le système respiratoire, le plus souvent par contact avec des sécrétions ou des aérosols infectés. Des cas sporadiques de contamination aérienne et fécale ont été rapportés[16]. Le tropisme de la protéine S pour ACE-2 permet l'entrée du virus dans les cellules épithéliales bronchiques[17]. Cependant, cette seule infection ne peut expliquer les données pathologiques recueillies lors de l'épidémie de 2003. En effet, des atteintes des tissus lymphoïdes digestifs, des organes lymphoïdes secondaires et des cellules immunitaires du sang (rate, ganglions lymphatiques) ont été repertoriées chez la majorité des patients[18]. L'atteinte immunitaire semble jouer un rôle non négligeable dans la pathogenèse du virus et un des signes les plus précoces de l'infection au SRAS est une lymphopénie, qu'il aurait été possible d'utiliser comme marqueur de diagnostic et de pronostic lors de l'éclosion de 2003, les dégâts subis par le système immunitaire étant à même d'aggraver les symptômes respiratoires[19].

Des atteintes de l'épithélium digestif, du foie et des reins pourraient aussi expliquer la prévalence de symptômes autres que respiratoires (diarrhées, hématurie) chez les personnes atteintes du virus ainsi que la présence de virus dans l'urine et les matières fécales.

La réponse hôte contre le virus implique à la fois les branches innées et acquises de l'immunité. La branche acquise permet la production d'anticorps via les lymphocytes B et la destruction des cellules infectées via les lymphocytes T CD8+. Les anticorps neutralisant l'entrée du virus sont principalement dirigés contre la protéine S[20]. La réponse innée, médiée notamment par les macrophages, le complément et les interférons, serait surtout impliquée dans la phase précoce de l'infection. Plusieurs coronavirus sont capables de moduler cette réponse et le SARS-CoV ne semble pas faire exception[18].

Les tests diagnostics s'effectuent par détection des différentes composantes virales. Il est possible de détecter l'ARN viral dans un spécimen en ayant recours à la RT-PCR. Les gènes le plus souvent amplifiés par cette méthode sont le gène du complexe réplicase ou celui de la nucléocapside. La détection d'antigènes viraux dans les sécrétions des patients peut se faire par ELISA. L'antigène viral le plus abondant étant la nucléocapside, une combinaison de trois anticorps dirigés contre cette protéine a été utilisée. Finalement, la détection d'anticorps reconnaissant le virus est possible bien que cette méthode présente quelques désavantages : les anticorps apparaissent relativement tard dans la maladie et ils peuvent persister un certain temps dans le sang des patients convalescent, ce qui en fait une méthode moins spécifique et moins rapide que les autres[21].

Le SARS-CoV étant un virus, les antibiotiques et les bactériophagiques sont inadaptés : ils ne traitent en effet que les pathologies bactériennes.

Les professionnels de la santé n'ayant jamais rencontré le SARS-CoV au moment de son apparition, divers traitements ont été utilisés pour tenter d'enrayer l'épidémie de SRAS. Parmi eux, les plus fréquents ont été : la ribavirine, un analogue de nucléotides, des anti-inflammatoires stéroïdiens et, après identification formelle du pathogène et des criblages de sensibilité, l'interféron-alpha et des inhibiteurs de protéases. L'efficacité de ces traitements est cependant discutable, puisqu'aucune étude clinique adéquate n'a été effectuée sur eux. L'analyse des études disponibles a montré qu'une grande proportion d'entre elles reste inconclusive, ayant été réalisées sur de petits nombres de sujets ou bien sans protocole et doses fixes, certaines indiquant même que des traitements pourraient avoir nui à l'éradication du virus[22]. Pour ce qui est des vaccins, l'éradication rapide de l'épidémie n'a pas laissé place à beaucoup d'essais cliniques. Un vaccin inactivé, de même que d'autres basés sur les protéines S et N sont à l'étude depuis plusieurs années[23].