Coronaviridae
Les Coronaviridae sont une famille de virus à ARN simple brin enveloppés, de sens positif. Le génome viral mesure de 26 à 32 kb. Les particules, quasi-sphériques, sont généralement décorées de grandes projections de surface (~ 20nm), en forme de massue ou de pétale (les péplomères ou spikes en anglais), qui créent une image qui rappelle la couronne solaire en micrographie électronique : cette propriété est à l'origine du nom des virus de cette famille, les « coronavirus ».
| Royaume | Riboviria |
|---|---|
| Règne | Orthornavirae |
| Embranchement | Pisuviricota |
| Classe | Pisoniviricetes |
| Ordre | Nidovirales |
| Sous-ordre | Cornidovirineae |
Genres de rang inférieur
- Alphaletovirus
- Alphacoronavirus
- Betacoronavirus
- Deltacoronavirus
- Gammacoronavirus
Structure
Les extrémités 5' et 3' du génome ont une coiffe et une « queue » poly(A), respectivement. L'enveloppe virale, obtenue par bourgeonnement à travers les membranes du réticulum endoplasmique (RE) et / ou de l'appareil de Golgi, contient invariablement deux espèces de (glyco)protéines codées par le virus, S et M. La glycoprotéine S comprend les grandes projections de surface, tandis que la protéine M est une protéine transmembranaire.
Les torovirus et un sous-ensemble de coronavirus (en particulier les membres du sous-groupe A du genre Betacoronavirus) possèdent, en plus des peplomères composés de S, un deuxième type de projections de surface composé de la protéine hémagglutinine-estérase.
Une autre protéine structurelle importante est la phosphoprotéine N, qui est responsable de la symétrie hélicoïdale de la nucléocapside qui renferme l'ARN génomique.
Taxinomie
La famille des Coronaviridae est organisée en 2 sous-familles, 5 genres, 26 sous-genres et une quarantaine d'espèces[2]:
- Famille des Coronaviridae
- Sous-famille des Letovirinae
- Genre Alphaletovirus
- Sous-genre Milecovirus
- Microhyla letovirus 1
- Sous-genre Milecovirus
- Genre Alphaletovirus
- Sous-famille des Orthocoronavirinae
- Genre Alphacoronavirus
- Sous-genre Colacovirus
- Bat coronavirus CDPHE15
- Sous-genre Decacovirus
- Bat coronavirus HKU10
- Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
- Sous-genre Duvinacovirus
- Human coronavirus 229E (HCoV-229E)
- Sous-genre Luchacovirus
- Lucheng Rn rat coronavirus
- Sous-genre Minacovirus
- Ferret coronavirus
- Mink coronavirus 1
- Sous-genre Minunacovirus
- Miniopterus bat coronavirus 1
- Miniopterus bat coronavirus HKU8
- Sous-genre Myotacovirus
- Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011
- Sous-genre Nyctacovirus
- Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013
- Sous-genre Pedacovirus
- Porcine epidemic diarrhea virus (Virus de la diarrhée épidémique porcine, PEDV)
- Scotophilus bat coronavirus 512
- Sous-genre Rhinacovirus
- Rhinolophus bat coronavirus HKU2
- Sous-genre Setracovirus
- Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63)
- NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
- Sous-genre Soracovirus
- Sorex araneus coronavirus T14
- Sous-genre Sunacovirus
- Suncus murinus coronavirus X74
- Sous-genre Tegacovirus
- Alphacoronavirus 1
- Sous-genre Colacovirus
- Genre Betacoronavirus
- Sous-genre Embecovirus
- Betacoronavirus 1
- HCoV-OC43
- Bovine coronavirus
- Canine respiratory coronavirus
- Coronavirus HKU23
- Equine coronavirus
- Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus
- Yak coronavirus
- China Rattus coronavirus HKU24
- Human coronavirus HKU1 (HCoV-HKU1)
- Murine coronavirus
- Myodes coronavirus 2JL14
- Betacoronavirus 1
- Sous-genre Hibecovirus
- Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
- Sous-genre Merbecovirus
- Hedgehog coronavirus 1
- Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV; MERS)
- Pipistrellus bat coronavirus HKU5
- Tylonycteris bat coronavirus HKU4
- Sous-genre Nobecovirus
- Rousettus bat coronavirus GCCDC1
- Rousettus bat coronavirus HKU9
- Sous-genre Sarbecovirus
- Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSr-CoV)
-
- SARSr-CoV HKU3 (chauve-souris)[3]
- SARSr-CoV Rp3 (chauve-souris)[4]
-
- SARSr-CoV WIV1 (chauve-souris)
- SARSr-CoV RsSHC014 (chauve-souris)
- SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)
-
- SARSr-CoV RaTG13 (chauve-souris)
- SARS-CoV-2 (humain ; COVID-19)
-
- Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSr-CoV)
- Sous-genre Embecovirus
- Genre Gammacoronavirus
- Sous-genre Cegacovirus
- Cetacean coronavirus
- Coronavirus du béluga (BWCoV)
- Coronavirus du grand dauphin (BdCoV)
- Cetacean coronavirus
- Sous-genre Igacovirus
- Sous-genre Cegacovirus
- Genre Deltacoronavirus
- Sous-genre Andecovirus
- Wigeon coronavirus HKU20
- Sous-genre Buldecovirus
- Bulbul coronavirus HKU11
- Coronavirus HKU15
- Munia coronavirus HKU13
- White-eye coronavirus HKU16
- Sous-genre Herdecovirus
- Night heron coronavirus HKU19
- Sous-genre Moordecovirus
- Common moorhen coronavirus HKU21
- Sous-genre Andecovirus
- Genre Alphacoronavirus
- Sous-famille des Letovirinae
Épidémiologie et pathologie
Les coronavirus sont transmis par voie fécale-orale ou par aérosols de sécrétions respiratoires. Ils sont présents dans le monde entier et infectent une large diversité de mammifères et d'oiseaux.
Bien que la plupart des maladies soient bénignes chez l'homme, elles peuvent parfois provoquer des situations plus graves, notamment des infections des voies respiratoires : syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et maladie à coronavirus 2019 (Covid-19). Ils peuvent également provoquer des infections entériques chez les très jeunes enfants et, dans de rares situations, des syndromes neurologiques.
Notes et références
Références biologiques
- (en) Référence ICTV : Coronaviridae (consulté le )
- (en) Référence Catalogue of Life : Coronaviridae (consulté le )
- (en) Référence NCBI : Coronaviridae (taxons inclus)