Embecovirus
Embecovirus est un sous-genre de coronavirus du genre Betacoronavirus[1]. Les virus de ce sous-genre, contrairement aux autres coronavirus, ont un gène d'hémagglutinine estérase (HE)[2]. Les virus du sous-genre étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2a[3] - [4].
Espèces de rang inférieur
La taxonomie ICTV de 2019 dénombre cinq espèces dans ce sous-genre. Ces coronavirus infectent rongeurs, bovins et humains.
Structure
Les virus de ce sous-genre, comme les autres coronavirus, ont une enveloppe lipidique bicouche dans laquelle sont ancrées les protéines structurales de la membrane (M), de l'enveloppe (E) et spiculaires (S)[5]. Contrairement à d'autres coronavirus, les virus de ce sous-genre ont également une protéine structurale en forme de pic plus courte supplémentaire appelée hémagglutinine estérase (HE)[2] - [6].
Recombinaison
La recombinaison génétique peut se produire lorsque deux génomes viraux ou plus sont présents dans la même cellule hôte. Le bétacoronavirus (Beta-CoV HKU23) présente une diversité génétique dans la population de dromadaires[7]. Plusieurs évènements de recombinaison se sont en effet produit dans le passé entre des bêta-CoV étroitement apparentés du sous-genre Embecovirus, contribuant à cette diversité[7].
Position phylogénétique
| β-CoV[8] |
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Notes et références
- (en) « Virus Taxonomy: 2018b Release », ICTV, (consulté le ).
- Patrick C. Y. Woo, Yi Huang, Susanna K. P. Lau et Kwok-Yung Yuen, « Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis », Viruses, vol. 2, no 8,‎ , p. 1804–1820 (ISSN 1999-4915, PMID 21994708, PMCID 3185738, DOI 10.3390/v2081803) :
« In all members of Betacoronavirus subgroup A, a haemagglutinin esterase (HE) gene, which encodes a glycoprotein with neuraminate O-acetyl-esterase activity and the active site FGDS, is present downstream to ORF1ab and upstream to S gene (Figure 1). »
- Patrick C. Y. Woo, Ming Wang, Susanna K. P. Lau, Huifang Xu, Rosana W. S. Poon, Rongtong Guo, Beatrice H. L. Wong, Kai Gao, Hoi-wah Tsoi, Yi Huang et Kenneth S. M. Li, « Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features », Journal of Virology, vol. 81, no 4,‎ , p. 1574–1585 (ISSN 0022-538X, PMID 17121802, PMCID 1797546, DOI 10.1128/JVI.02182-06) :
« See figure 2. »
- Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, no 2,‎ , p. 174 (ISSN 1999-4915, PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174) :
« CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Within Betacoronavirus, they can be further subclassified into lineages A, B, C and D [1]. In 2018, these four lineages were reclassified as subgenera of Betacoronavirus, and renamed as Embecovirus (previous lineage A), Sarbecovirus (previous lineage B), Merbecovirus (previous lineage C) and Nobecovirus (previous lineage D) [2]. In addition, a fifth subgenus, Hibecovirus, was also included (Figure 1) [2]. »
- (en) Michael M. C. Lai et David Cavanagh, The Molecular Biology of Coronaviruses; III. Structure of Virions; A. Virion Morphology, vol. 48, Academic Press, , 5–6 p. (lire en ligne)
- Patrick C. Y. Woo, Yi Huang, Susanna K. P. Lau et Kwok-Yung Yuen, « Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis », Viruses, vol. 2, no 8,‎ , p. 1804–1820 (ISSN 1999-4915, PMID 21994708, PMCID 3185738, DOI 10.3390/v2081803) :
« The presence of HE genes exclusively in members of Betacoronavirus subgroup A, but not members of Betacoronavirus subgroup B, C and D suggested that the recombination had probably occurred in the ancestor of members of Betacoronavirus subgroup A, after diverging from the ancestor of other subgroups of Betacoronavirus. »
- Diversity of Dromedary Camel Coronavirus HKU23 in African Camels Revealed Multiple Recombination Events among Closely Related Betacoronaviruses of the Subgenus Embecovirus. So RTY, et al. J Virol. 2019.
- DOI 10.1186/s44149-021-00005-9
- DOI 10.1128/JVI.01600-13
- DOI 10.1073/pnas.0506735102
- Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12,‎ , p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)
- Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815,‎ , p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)
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