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Acide ribonucléique messager

L'acide ribonucléique messager, ARN messager, ou ARNm (en anglais, mRNA, pour messenger ribonucleic acid), est une molécule intermédiaire d'acide ribonucléique (ARN), consistant en une copie transitoire d'une portion de l'ADN correspondant à un ou plusieurs gÚnes d'un organisme biologique. L'ARNm est utilisé comme intermédiaire par les cellules pour la synthÚse des protéines. Le concept d'ARN messager a été émis puis démontré par Jacques Monod, François Jacob et leurs collaborateurs à l'Institut Pasteur en 1961[1], ce qui leur a valu le prix Nobel en 1965[2] - [3].

Acide ribonucléique messager
Sous-classe deacide ribonucléique, transcript Modifier
Partie deliaison ARNm, mRNA catabolic process, mRNA transport, mRNA export from nucleus Modifier
Représentation schématique de la synthÚse et de la maturation d'un ARN messager dans une cellule eucaryote.

L'ARNm est une copie simple brin linĂ©aire de l'ADN composĂ©e d'ARN, qui comprend la rĂ©gion codant une protĂ©ine encadrĂ©e de rĂ©gions non codantes. Il est synthĂ©tisĂ© sous forme de prĂ©curseur dans le noyau de la cellule lors d'un processus appelĂ© transcription. Il subit alors plusieurs Ă©tapes de maturation, ses deux extrĂ©mitĂ©s sont modifiĂ©es, certaines rĂ©gions non codantes appelĂ©es introns peuvent ĂȘtre excisĂ©es lors d'un processus appelĂ© Ă©pissage. L'ARNm maturĂ© est exportĂ© dans le cytoplasme oĂč il est traduit en protĂ©ine par un ribosome. L'information portĂ©e par l'ARNm est constituĂ©e d'une sĂ©rie de codons, des triplets de nuclĂ©otides consĂ©cutifs qui codent chacun un acide aminĂ© de la protĂ©ine correspondante. L'enchaĂźnement de ces codons constitue le gĂšne proprement dit ou cistron. La correspondance entre codons et acides aminĂ©s constitue ce qu'on appelle le code gĂ©nĂ©tique.

La transcription des ARNm et leur traduction sont des processus qui sont l'objet de contrÎles cellulaires importants et permettent à la cellule de réguler l'expression des différentes protéines dont elle a besoin pour son métabolisme.

Chez les eucaryotes, un ARNm correspond en général à un seul gÚne et code une seule protéine (un seul cadre de lecture ouvert). Ce sont des ARN monocistroniques. Chez les bactéries, les ARNm peuvent en revanche coder plusieurs protéines (plusieurs phases ouvertes de lectures successives) : on les qualifie alors d'ARN polycistroniques. Chez ces organismes qui ne possÚdent pas de noyau, la transcription des ARN messagers et leur traduction en protéine sont le plus souvent couplées.

RĂŽle cellulaire

L'information gĂ©nĂ©tique d'une cellule qui gouverne l'essentiel des aspects de son fonctionnement est contenue dans son gĂ©nome qui est constituĂ© d'ADN. Cette information doit ĂȘtre traduite sous la forme de protĂ©ines, qui sont les molĂ©cules effectrices de l'organisme vivant. PlutĂŽt que d'utiliser directement la matrice d'ADN pour synthĂ©tiser des protĂ©ines, l'Ă©volution a Ă©tabli une molĂ©cule intermĂ©diaire, l'ARN messager[3]. Cet ARNm est une copie transitoire de la partie de l'ADN contenant les instructions d'assemblage d'une protĂ©ine, c'est-Ă -dire son gĂšne. En effet, Ă  un gĂšne donnĂ© correspond en gĂ©nĂ©ral une protĂ©ine.

La prĂ©sence des ARNm en tant que molĂ©cules intermĂ©diaires permet aussi de rĂ©guler l'expression des gĂšnes. Les besoins cellulaires pour une protĂ©ine donnĂ©e peuvent varier en fonction des conditions environnementales, du type cellulaire, du stade de dĂ©veloppement, de l'Ăąge de la cellule. Les ARNm sont des molĂ©cules labiles, dont la durĂ©e de vie est limitĂ©e, variant de quelques minutes Ă  quelques heures. Leur production peut ĂȘtre adaptĂ©e par la cellule aux conditions spĂ©cifiques auxquelles la cellule est confrontĂ©e. Lorsqu'une protĂ©ine est nĂ©cessaire, la cellule transcrit l'ARNm correspondant. Lorsqu'Ă  l'inverse elle n'en a plus besoin, la transcription du gĂšne s'arrĂȘte et l'ARNm est progressivement dĂ©gradĂ© par des ribonuclĂ©ases (ou RNases). Ainsi la production de protĂ©ine peut ĂȘtre stimulĂ©e ou rĂ©primĂ©e en fonction des besoins.

La régulation de la production d'une protéine à partir de son gÚne peut s'effectuer à plusieurs niveaux : par la régulation de la transcription de l'ADN en ARNm que l'on appelle le contrÎle transcriptionnel, ou par le contrÎle de la traduction de l'ARNm en protéine, que l'on appelle le contrÎle traductionnel ou régulation de la traduction. La cellule peut donc « choisir » quelles parties de l'ADN seront transcrites et ainsi exprimées. Les différentes cellules expriment différentes parties du génome pour obtenir un phénotype différent selon la présence de facteurs de régulation.

Structure

Comme tous les ARN, l'ARNm est un acide nuclĂ©ique rĂ©sultant de la polymĂ©risation de ribonuclĂ©otides reliĂ©s par des liaisons phosphodiester. Comme le terme acide ribonuclĂ©ique l'indique, l'ose (ou plus familiĂšrement « sucre ») prĂ©sent dans les ribonuclĂ©otides est le ribose. Les bases nuclĂ©iques, ou bases azotĂ©es, prĂ©sentes sur les ribonuclĂ©otides sont l'adĂ©nine (A) qui est complĂ©mentaire de l'uracile (U) et la guanine (G) complĂ©mentaire de la cytosine (C). L'ARNm emploie donc la base U, Ă  la diffĂ©rence de l'ADN qui utilise la base T (la thymine)[4]. Contrairement Ă  l'ADN, l'ARNm est une molĂ©cule monocatĂ©naire, c’est-Ă -dire formĂ©e d'un seul brin. On distingue trois principales rĂ©gions fonctionnelles dans un ARNm : la rĂ©gion 5â€Č non traduite (5'-UTR), le ou les cistrons codants et enfin la rĂ©gion 3â€Č non traduite (3'-UTR). Les deux rĂ©gions non traduites ou rĂ©gions UTR (de l'anglais untranslated regions) contiennent souvent des signaux d'expression ou de maturation de l'ARN.

Structure d'un ARN messager eucaryote mature

Ce caractĂšre simple brin de l'ARNm n'empĂȘche pas des repliements locaux complexes et parfois trĂšs structurĂ©s de la molĂ©cule sur elle-mĂȘme faisant intervenir la complĂ©mentaritĂ© entre bases nuclĂ©iques. On distingue deux niveaux d'organisation structurale de la molĂ©cule d'ARN : la structure secondaire, qui est dĂ©finie par les appariements dits Watson-Crick entre bases, et la structure tertiaire, qui est une Ă©tape supplĂ©mentaire de repliement en trois dimensions de la molĂ©cule.

Dans le cas des ARNm, les structures secondaires peuvent jouer un rĂŽle dans la rĂ©gulation de l'expression des gĂšnes, en modulant l'efficacitĂ© d'une ou plusieurs des Ă©tapes de transcription et de traduction. Par exemple, la prĂ©sence de structures secondaires de la rĂ©gion 5â€Č non traduite peut influencer le recrutement du ribosome et donc l'efficacitĂ© de la traduction. Les structures secondaires peuvent Ă©galement ĂȘtre des sites de liaisons pour des protĂ©ines qui modulent l'Ă©pissage ou la polyadĂ©nylation.

SynthĂšse et maturation

Transcription

Structure de l'ARN polymérase II en train de transcrire un ARNm (jaune) à partir d'un ADN matrice (vert)

L'ARNm est une copie d'une rĂ©gion de l'ADN correspondant Ă  un ou quelques gĂšnes codant des protĂ©ines. L'opĂ©ration de copie, appelĂ©e transcription, se dĂ©roule dans le noyau de la cellule chez les eucaryotes et dans le cytoplasme chez les procaryotes, c'est-Ă -dire lĂ  oĂč rĂ©side le matĂ©riel gĂ©nĂ©tique. La transcription a aussi lieu dans les organites semi-autonomes comme les mitochondries et les chloroplastes qui possĂšdent un gĂ©nome indĂ©pendant. Cette transcription est effectuĂ©e par des enzymes spĂ©cifiques appelĂ©es ARN polymĂ©rases qui utilisent des ribonuclĂ©otides triphosphates comme monomĂšres pour la synthĂšse de l'ARN. Chez les eucaryotes qui possĂšdent trois ARN polymĂ©rases distinctes dans leur noyau, c'est l'ARN polymĂ©rase II qui transcrit tous les ARNm cytoplasmiques, les deux autres ARN polymĂ©rases assurant la synthĂšse d'ARN stables non codants (ARN ribosomique, ARN de transfert
).

L'ARN polymĂ©rase se fixe sur une sĂ©quence spĂ©cifique de l'ADN appelĂ©e promoteur de transcription, juste en amont du dĂ©but de l'ARNm. Elle sĂ©pare alors les deux brins du duplex d'ADN et crĂ©e ce qu'on appelle une bulle de transcription puis synthĂ©tise la molĂ©cule d'ARN en se servant du brin d'ADN dit brin transcrit comme matrice. Un signal de terminaison, situĂ© en aval du ou des gĂšnes transcrits dĂ©clenche l'arrĂȘt de la transcription, le dĂ©tachement de l'ARN polymĂ©rase et la libĂ©ration de l'ARNm terminĂ©.

Chez les procaryotes, la molĂ©cule d'ARNm est le plus souvent directement traduite en protĂ©ines. Chez les eucaryotes (noyau et organites), la molĂ©cule synthĂ©tisĂ©e par les ARN polymĂ©rases est dans de nombreux cas de l'ARN prĂ©-messager qui doit subir des maturations post-transcriptionnelles dans le noyau avant de pouvoir ĂȘtre traduit. En particulier, les parties codantes chez les eucaryotes sont en gĂ©nĂ©ral interrompues par des sĂ©quences non codantes ou introns qui sĂ©parent les exons codants. Au cours de la maturation post-transcriptionnelle aura notamment lieu le phĂ©nomĂšne d'Ă©pissage assurant la suture des sĂ©quences rĂ©sultant de la transcription des exons, alors que les sĂ©quences rĂ©sultant de la transcription des introns seront retirĂ©es de l'ARN prĂ©-messager.

Modifications post-transcriptionnelles

Chez les eucaryotes, aprĂšs transcription de l'ADN, on obtient une molĂ©cule d'ARN prĂ©curseur ou ARN prĂ©-messager qui n'est pas encore « mature », et qui ne peut pas, dans la majoritĂ© des cas, ĂȘtre directement traduite en protĂ©ine. Pour transformer ce prĂ©-ARNm en ARNm mature, compĂ©tent pour la traduction, il faut lui faire subir deux types de modifications. Il faut modifier ses extrĂ©mitĂ©s 5â€Č (la coiffe) et 3â€Č (queue poly(A)) afin en particulier d'augmenter sa stabilitĂ© mais aussi d'en permettre l'adressage vers la machinerie cellulaire adĂ©quate, c'est-Ă -dire le ribosome dans le cytoplasme. Il faut aussi rĂ©aliser une Ă©tape complexe appelĂ©e Ă©pissage. Le prĂ©-ARNm contient en effet dans sa structure une alternance d'introns et d'exons, dont seuls les exons codent la synthĂšse de la protĂ©ine. Les introns doivent donc ĂȘtre Ă©pissĂ©s (retirĂ©s) avant que le processus de traduction puisse s'effectuer. À l'issue de ces Ă©tapes qui se dĂ©roulent dans le noyau, on obtient un ARNm qui est alors exportĂ© dans le cytoplasme.

Plusieurs facteurs interviennent dans ce processus. AprĂšs la transcription, le prĂ©-ARNm s'associe Ă  des protĂ©ines nuclĂ©aires pour former des ribonuclĂ©oprotĂ©ines nuclĂ©aires hĂ©tĂ©rogĂšnes (hnRNP) qui interviennent dans la maturation et l'export. Plusieurs enzymes de modification du prĂ©-ARNm sont directement associĂ©s Ă  l'ARN polymĂ©rase II, ce qui permet d'agir sur le prĂ©-ARNm au cours mĂȘme de sa synthĂšse. On parle alors de modifications co-transcriptionnelles. Enfin, le processus d'Ă©pissage (voir plus bas) fait intervenir des petits ARN nuclĂ©aires (ARNsn) au sein de complexes snRNP. Ces complexes s'associent et se dissocient de maniĂšre ordonnĂ©e aux jonctions intron-exon pour en rĂ©aliser la coupure et la suture.

Modifications en 5â€Č

Structure de la coiffe en 5â€Č des ARN messagers.

Chez les eucaryotes, l'extrĂ©mitĂ© 5â€Č de l'ARNm subit une sĂ©rie d'Ă©tapes post-transcriptionnelles qui vont aboutir Ă  la formation de ce qu'on appelle la coiffe[5]. Le rĂŽle de cette coiffe est multiple. Elle permet de stabiliser l'ARNm en le protĂ©geant contre l'action de ribonuclĂ©ases. La coiffe intervient Ă©galement dans l'export de l'ARNm dans le cytoplasme (voir plus bas) et dans le recrutement du ribosome pour la traduction.

La formation de la coiffe est co-transcriptionnelle, elle se produit trÚs rapidement aprÚs le début de la synthÚse par l'ARN polymérase II, lorsque l'ARNm ne comporte qu'environ une trentaine de nucléotides. Ceci résulte du fait que ces modifications sont catalysées par des enzymes qui sont associées à l'ARN polymérase. Le synoptique des évÚnements est le suivant.

La premiĂšre Ă©tape est le clivage de l'extrĂ©mitĂ© 5â€Č-triphosphate de l'ARN prĂ©curseur par une triphosphatase. La triphosphatase laisse une extrĂ©mitĂ© 5â€Č-diphosphate. Il y a ensuite ajout d'une guanosine triphosphate par une guanylyl-transfĂ©rase. Cette enzyme forme un pont 5â€Č-5â€Č triphosphate dans lequel la guanosine additionnelle est orientĂ©e tĂȘte-bĂȘche. Il y a ensuite une sĂ©rie de mĂ©thylations, sur la position N7 de la guanosine ajoutĂ©e et sur les 2â€Č-hydroxyles des deux premiers riboses. Enfin, lorsque le premier nuclĂ©otide transcrit est une adĂ©nosine, on peut avoir la formation de N6-mĂ©thyl-adĂ©nosine, par l'action d'une ARN mĂ©thylase qui est toutefois diffĂ©rente de l'ADN mĂ©thylase de maintenance.

L'ensemble de ces modifications a pour but de faire barriĂšre Ă  l'action des 5â€Č-exonuclĂ©ases, donc de protĂ©ger l'ARN de son environnement, mais joue aussi un rĂŽle dans l'Ă©pissage, dans le transport nuclĂ©o-cytoplasmique et dans la traduction de l'ARNm en protĂ©ines.

Terminaison et modification en 3â€Č

Mécanisme de clivage et polyadénylation chez les eucaryotes

Chez les eucaryotes, la terminaison de la transcription se produit lorsque l'ARN polymĂ©rase atteint le signal de polyadĂ©nylation, 5â€Č-AAUAAA-3â€Č, dans la rĂ©gion 3â€Č-UTR de l'ARNm. Il y a alors recrutement d'un complexe protĂ©ique de coupure, CPSF (cleavage and polyadenylation specificity factor). Le rĂŽle de ce facteur est double : en interagissant avec l'ARN polymĂ©rase, il va provoquer l'arrĂȘt de la transcription et le dĂ©tachement de cette derniĂšre ; ensuite il va cliver l'ARN juste en aval du signal AAUAAA, au niveau d'une sĂ©quence de type 5â€Č-YA-3â€Č, oĂč Y est une base pyrimidique (U ou C).

AprĂšs la coupure, CPSF va recruter la poly(A) polymĂ©rase qui va synthĂ©tiser une queue poly(A) composĂ©e de 100 Ă  250 rĂ©sidus adĂ©nyliques[6]. Cette queue poly(A) joue plusieurs rĂŽles, via le recrutement de protĂ©ines spĂ©cifiques, les PABP (poly(A) binding proteins). La polyadĂ©nylation et la fixation des PABP sur l'ARNm sont importantes pour l'export nuclĂ©aire[7], la protection contre les ribonuclĂ©ases mais aussi 3â€Č-OH, mais surtout pour la traduction en protĂ©ine (voir plus bas).

Chez les bactĂ©ries, le processus de terminaison de la transcription est diffĂ©rent, il passe principalement par la formation d'une structure secondaire sur l'ARNm (le terminateur), qui provoque une pause de l'ARN polymĂ©rase et son dĂ©tachement de l'ADN matrice. Les ARNm bactĂ©riens ne sont en gĂ©nĂ©ral pas polyadĂ©nylĂ©s en 3â€Č.

Épissage

Les gĂšnes eucaryotes ont frĂ©quemment une structure mosaĂŻque oĂč les rĂ©gions codant une protĂ©ine sont morcelĂ©es en plusieurs segments (exons) sĂ©parĂ©s par des rĂ©gions non codantes appelĂ©es introns. La transcription du gĂšne produit initialement un prĂ©-ARNm dans lequel exons et introns alternent. L'Ă©pissage est le processus de maturation se dĂ©roulant dans le nuclĂ©oplasme qui permet l'excision des introns et la suture des diffĂ©rents exons pour obtenir un ARNm mature dans lequel le cadre de lecture de la protĂ©ine a Ă©tĂ© reconstituĂ©.

Processus de transcription et d'Ă©pissage d'un ARN messager.

Les jonctions amont et aval de chaque intron se caractérisent par des séquences de nucléotides conservées, qui sont reconnues par la machinerie d'épissage. Il existe également une séquence conservée à l'intérieur de l'intron, appelée boßte de branchement, qui contient une adénosine strictement conservée essentielle au mécanisme.

L'épissage est réalisé par un ensemble de cinq particules ribonucléoprotéiques, les snRNP, chacune composée d'un ARN et de plusieurs protéines. Ces cinq snRNP, qui ont pour noms U1, U2, U4, U5 et U6, forment le splicéosome. Elles interviennent en séquence et se lient au pré-ARNm par le biais d'appariements de bases de type Watson-Crick.

Schéma de l'organisation des jonctions exon-intron-exon. Les exons amont et aval sont en orange et l'intron est en gris. Les nucléotides conservés sont indiqués.

MĂ©canisme de l'Ă©pissage

La premiĂšre Ă©tape de l'Ă©pissage est une attaque de la liaison phosphodiester Ă  la jonction entre le cĂŽtĂ© 5â€Č de l'intron et l'exon amont. C'est le 2â€Č-OH du ribose de l'adĂ©nosine conservĂ©e dans la boĂźte de branchement qui joue le rĂŽle de nuclĂ©ophile dans cette rĂ©action qui conduit Ă  la formation d'un intermĂ©diaire cyclique appelĂ© lasso (en anglais lariat) par transestĂ©rification. Dans cet intermĂ©diaire il y a formation d'une liaison 2â€Č-5â€Č phosphodiester entre la guanosine conservĂ©e Ă  l'extrĂ©mitĂ© de l'intron et l'adĂ©nosine. Cette derniĂšre est ainsi impliquĂ©e dans trois liaisons phosphodiester, en 5â€Č et 3â€Č avec les nuclĂ©otides prĂ©cĂ©dents et suivants du prĂ©-ARNm, et en 2â€Č avec l'extrĂ©mitĂ© 5â€Č de l'intron.

Ce premier transfert libĂšre une extrĂ©mitĂ© 3â€Č-OH libre sur l'exon amont. Celle-ci attaque alors Ă  son tour la jonction aval de l'intron par un mĂ©canisme analogue de transestĂ©rification, ce qui aboutit Ă  la suture des deux exons. L'intron sous forme de lasso est libĂ©rĂ© et sera ultĂ©rieurement ouvert par une enzyme de dĂ©branchement pour permettre son recyclage.

MĂ©canisme de l'Ă©pissage

Les snRNP interviennent dans ce processus en s'appariant aux jonctions de l'intron et des exons et à la boßte de branchement. Ils maintiennent les différents acteurs pendant les deux étapes de transestérification et assurent le positionnement correct des différents groupements -OH réactifs. Le snRNP U1 se fixe initialement sur la jonction exon-intron amont et le snRNP U2 sur la boßte de branchement ; U5 maintient les deux bords des deux exons et U6 joue probablement un rÎle catalytique.

Édition

L'édition est un phénomÚne biologique qui permet à la cellule de modifier la séquence de l'ARN messager aprÚs la transcription. La séquence polypeptidique qui résultera de la traduction de cet ARNm ne correspond donc pas à la séquence exacte du gÚne correspondant. C'est une forme de régulation post-transcriptionnelle, ou de maturation de l'ARN. Ce processus, découvert initialement chez les mitochondries de trypanosomes[8], implique des facteurs protéiques et parfois des ARN guides. Il conduit soit à l'incorporation de nucléotides additionnels qui sont insérés dans l'ARNm, soit à la conversion chimique de certaines bases, par exemple du fait de l'action d'enzymes comme les cytidines ou les adénosines désaminases.

Export du noyau

Lors du processus de synthÚse et de maturation dans le noyau, le pré-ARNm puis l'ARNm maturé interagit avec un certain nombre de protéines nucléaires de maniÚre séquentielle. Il forme ainsi un complexe ribonucléique appelé hnRNP (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein). Ce complexe contient en particulier une protéine qui lie la coiffe, le CBC (cap-binding complex), une protéine qui se lie à la queue poly(A) et des protéines d'adressage au pore nucléaire, le complexe Nxt1-Nxf1. Ce complexe d'export interagit avec des protéines spécifiques du pore, les FG-Nups qui permettent ensuite la translocation de l'ARNm vers le cytoplasme.

La formation d'un complexe de l'ARNm avec les protéines d'adressage au pore, Nxt1-Nxf1, est dépendante de la maturation correcte de l'ARNm, et en particulier de la présence de la coiffe et de l'épissage. C'est une premiÚre étape de contrÎle qualité : les ARNm incomplÚtement maturés ne sont pas exportés dans le cytoplasme.

Le mécanisme d'export des ARNm est donc spécifique et différent des autres mécanismes de transport nucléo-cytoplasmique qui utilisent des karyophérines, importines ou exportines, pour assurer le transport de cargaison au travers du pore. Il diffÚre donc en particulier du mécanisme d'export des ARNt qui transitent quant à eux associés à une exportine.

Transport et adressage

Dans les cellules, les ARNm peuvent ĂȘtre dirigĂ©s vers des compartiments particuliers pour y ĂȘtre stockĂ©s ou traduits dans un site donnĂ©. C'est en particulier le cas pour les neurones qui sont des cellules de grandes dimensions. Certaines protĂ©ines ne sont produites qu'au niveau de la synapse, Ă  l'extrĂ©mitĂ© de l'axone ou des dendrites, leur ARNm est donc transportĂ© de maniĂšre active jusqu'Ă  celles-ci pour y ĂȘtre traduit[9].

Traduction en protéine

Les ARNm maturés sont ensuite traduits en protéines par les ribosomes dans le cytoplasme. La petite sous-unité du ribosome (30S chez les bactéries ou 40S chez les eucaryotes) se fixe d'abord dans la région amont de l'ARNm et glisse jusqu'au codon de démarrage. Cette étape nécessite l'intervention d'un ensemble de protéines spécifiques appelées facteurs d'initiation. Il recrute alors le premier ARN de transfert et la grande sous-unité du ribosome (50S chez les bactéries et 60S chez les eucaryotes) s'associe à l'ensemble. Le ribosome ainsi assemblé démarre la traduction[10].

À la fin de cette phase d'initiation, les facteurs d'initiation quittent le ribosome assemblĂ© qui va allonger la protĂ©ine codĂ©e par l'ARNm, au cours de cycles d'Ă©longations successives. À chaque cycle, le ribosome lit un codon et y associe l'ARNt de codon complĂ©mentaire, qui porte l'acide aminĂ© correspondant. Cette Ă©tape nĂ©cessite l'action de facteurs d'Ă©longation. Une fois l'ensemble du cistron lu par le ribosome, celui-ci parvient sur le codon d'arrĂȘt qui le termine. Le ribosome libĂšre la protĂ©ine terminĂ©e, puis le dernier ARNt et enfin l'ARNm. Ces Ă©tapes nĂ©cessitent l'intervention de facteurs de terminaison.

Les différentes étapes impliquées sont détaillées ci-aprÚs.

ARNm dans le cytoplasme

Dans le cytoplasme des cellules eucaryotes, les ARNm existent sous forme de complexes associĂ©s Ă  des protĂ©ines, sous forme pseudo-circulaire. La coiffe en 5â€Č est en effet reconnue par le facteur de dĂ©marrage de la traduction eIF4E. La queue poly(A) est recouverte par une protĂ©ine spĂ©cifique, la PABP (poly(A) binding protein). Ces protĂ©ines, eIF4E et PABP interagissent toutes les deux avec une mĂȘme protĂ©ine organisatrice, le facteur de dĂ©marrage eIF4G[11]. Ceci conduit Ă  une circularisation de l'ARNm au travers de ce complexe protĂ©ique, ses deux extrĂ©mitĂ©s 5â€Č et 3â€Č Ă©tant ainsi rapprochĂ©es. Ce complexe contient aussi d'autres facteurs de dĂ©marrage, comme eIF4A qui est une ARN hĂ©licase.

Structure en pseudo-cercle de l'ARNm, via l'interaction de la PABP, liée au poly(A), eIF4E, lié à la coiffe, et eIF4G

L'un des effets de la formation de ces complexes circulaires est de permettre le rapprochement de la 5'-UTR et de la 3'-UTR de l'ARNm. Ces deux régions peuvent contenir des signaux d'expression qui vont ainsi pouvoir jouer conjointement sur le recrutement du ribosome. C'est aussi un moyen pour la cellule de vérifier que l'ARNm est complet et contient bien simultanément une coiffe et une queue poly(A) avant de démarrer la traduction.

Recrutement du ribosome

Le recrutement du ribosome sur l'ARNm est une Ă©tape clĂ© de la synthĂšse des protĂ©ines. L'efficacitĂ© de cette Ă©tape dĂ©termine en particulier le taux de synthĂšse final de la ou des protĂ©ines codĂ©es par l'ARNm. C'est Ă  ce niveau que s'exercent la plupart des rĂ©gulations dites traductionnelles de l'expression du gĂ©nome (par opposition aux rĂ©gulations transcriptionnelles qui affectent le taux de synthĂšse de l'ARNm). Le mĂ©canisme de recrutement du ribosome est diffĂ©rent chez les eucaryotes et chez les bactĂ©ries. Chez ces derniĂšres, la petite sous-unitĂ© du ribosome (30S) procĂšde par un mĂ©canisme d'entrĂ©e interne sur l'ARNm, directement sur le codon de dĂ©marrage. À l'inverse, chez les eucaryotes, la sous-unitĂ© 40S est recrutĂ©e Ă  l'extrĂ©mitĂ© 5â€Č de l'ARNm, sur la coiffe, et procĂšde par un mĂ©canisme de balayage (scanning)[10]. Enfin, il existe dans certains cas un mĂ©canisme d'entrĂ©e interne du ribosome chez les eucaryotes, en particulier chez certains ARNm viraux. Ceux-ci nĂ©cessitent des structures particuliĂšres sur l'ARNm, appelĂ©es IRES.

DĂ©marrage de la traduction procaryote

Chez les bactĂ©ries, le dĂ©marrage de la traduction des ARNm correspond Ă  la reconnaissance du codon de dĂ©marrage. Celui-ci est un codon AUG, GUG ou plus rarement UUG, qui doit ĂȘtre prĂ©cĂ©dĂ© sur l'ARNm par une sĂ©quence conservĂ©e riche en purine, appelĂ©e RBS (ribosome-binding site) ou sĂ©quence de Shine & Dalgarno[12]. Ce RBS est en gĂ©nĂ©ral sĂ©parĂ© du codon de dĂ©marrage par 6 Ă  12 nuclĂ©otides. Sa sĂ©quence est complĂ©mentaire de l'extrĂ©mitĂ© 3â€Č de l'ARN ribosomique 16S, il se forme ainsi un appariement entre ARNm et ARNr, juste en amont du codon de dĂ©marrage qui se trouve ainsi prĂ©-positionnĂ© dans le site P, dans la sous-unitĂ© 30S du ribosome.

La formation du complexe de dĂ©marrage fait intervenir trois facteurs d'initiation, appelĂ©s IF1, IF2 et IF3. IF1 vient se localiser au niveau du site A de la sous-unitĂ© 30S et en bloque ainsi l'accĂšs pendant la phase de dĂ©marrage. IF2 s'associe Ă  l'ARNt initiateur portant une formyl-mĂ©thionine qui sera le premier acide aminĂ© incorporĂ© dans la protĂ©ine. IF3 s'associe Ă  la sous-unitĂ© 30S, dont il empĂȘche la rĂ©association avec la sous-unitĂ© 50S.

Le processus se déroule de la maniÚre suivante : la sous-unité 30S associée à IF3 balaie l'ARNm jusqu'à trouver un site RBS auquel elle s'apparie. L'ARNt associé à IF2 rentre dans le site P, canalisé dans ce processus par IF1 qui bloque l'autre site. L'interaction codon-anticodon entre l'ARNm et l'ARNt cale le ribosome sur le bon cadre de lecture ouvert. IF2 hydrolyse une molécule de GTP, IF3 et IF1 quittent le complexe. La sous-unité 50S peut alors s'associer. Le ribosome complet peut alors commencer la traduction au niveau du second codon du cistron.

DĂ©marrage de la traduction eucaryote

Chez les eucaryotes, les ARNm matures existent sous forme de complexes pseudo-circulaires dans le cytoplasme (voir plus haut), associant les facteurs de démarrage eIF4E, eIF4G et eIF4A, ainsi que la PABP. C'est le facteur eIF4G qui joue le rÎle de protéine organisatrice dans ce complexe car il est lié simultanément à la coiffe via eIF4E et à la queue poly(A) via la PABP. Lorsque ces deux interactions sont réalisées, eIF4G peut effectuer le recrutement de la petite sous-unité (40S) du ribosome.

Cette derniĂšre est elle-mĂȘme associĂ©e Ă  plusieurs facteurs au sein d'un complexe de prĂ©-initiation 43S. Celui-ci contient, outre la sous-unitĂ© ribosomique 40S, l'ARNt de dĂ©marrage aminoacylĂ© par la mĂ©thionine associĂ© au facteur eIF2 complexĂ© au GTP, le facteur eIF3 qui maintient la sous-unitĂ© 40S dissociĂ©e de la grande sous-unitĂ©, ainsi que eIF1A et eIF5. Au sein de ce complexe de prĂ©-initiation, eIF3 interagit avec eIF4G au sein du complexe ARNm. Ceci permet le recrutement du ribosome au niveau de la coiffe de l'ARNm. Le complexe d'initiation complet ainsi formĂ© est appelĂ© complexe 48S[13]. Il contient donc :

  • l'ARNm coiffĂ© et polyadĂ©nylĂ© ;
  • la sous-unitĂ© 40S du ribosome ;
  • l'ARNt de dĂ©marrage au site P de la prĂ©cĂ©dente ; cet ARNt est aminoacylĂ© par la mĂ©thionine et associĂ© Ă  eIF2:GTP ;
  • les facteurs de dĂ©marrage eIF1, eIF1A, eIF2 (dĂ©jĂ  citĂ©), eIF3, eIF4A, eIF4B, eIF4E, eIF4G et eIF5.

Ce complexe 48S, recrutĂ© sur la coiffe de l'ARNm, va alors avancer le long de l'ARNm jusqu'Ă  atteindre le premier triplet AUG qui va ĂȘtre reconnu comme codon d'initiation. Cette reconnaissance est renforcĂ©e par la prĂ©sence de nuclĂ©otides conservĂ©s autour du codon AUG qui renforcent l'interaction avec le ribosome. Ce consensus est appelĂ© sĂ©quence de Kozak[14]. Il se forme alors une interaction entre l'anticodon de l'ARNt et ce codon AUG. Ceci permet de caler le ribosome sur le cadre de lecture du gĂšne. Ce « balayage » de l'ARNm par le ribosome est facilitĂ© par l'activitĂ© hĂ©licase de eIF4A qui, avec eIF4B, va ouvrir les structures secondaires Ă©ventuelles prĂ©sentes dans le 5â€Č-UTR. Une fois le codon de dĂ©marrage reconnu et l'interaction codon-anticodon formĂ©e, Il y a hydrolyse du GTP par eIF2, dissociation des facteurs de dĂ©marrage et recrutement de la sous-unitĂ© 60S. Le ribosome assemblĂ© peut alors commencer la synthĂšse de la protĂ©ine.

Démarrage de la traduction dépendant des IRES

Structure de l'IRES situĂ© dans la rĂ©gion 5â€Č non traduite du gĂ©nome du virus de l'hĂ©patite C.

Les IRES (pour internal ribosome entry site) sont des rĂ©gions structurĂ©es de la rĂ©gion 5â€Č-UTR des ARNm qui permettent le recrutement direct du ribosome, indĂ©pendamment de la coiffe en 5â€Č et de certains des facteurs de dĂ©marrage de la traduction. Ces IRES sont principalement utilisĂ©s par des virus qui dĂ©tournent la machinerie de traduction de la cellule infectĂ©e Ă  leur profit. En gĂ©nĂ©ral, le virus produit une enzyme capable d'inactiver un ou plusieurs des facteurs de dĂ©marrage classique, par exemple eIF4G, ce qui abolit la traduction de tous les ARNm cellulaires endogĂšnes. L'ARNm viral utilise alors son IRES pour recruter le ribosome, ce qui lui permet d'ĂȘtre le seul Ă  ĂȘtre traduit dans la cellule. Ce mĂ©canisme a Ă©tĂ© identifiĂ© pour la premiĂšre fois chez le poliovirus[15].

Les IRES correspondent Ă  des rĂ©gions de structure secondaire de l'ARNm, ce qui leur permet d'adopter un repliement tridimensionnel complexe. Cette structure complexe forme alors des interactions spĂ©cifiques avec certains facteurs de traduction ou directement avec le ribosome. Ceci permet de court-circuiter le mĂ©canisme classique de recrutement du ribosome via la coiffe en 5â€Č. Ainsi, par exemple, le virus de l'hĂ©patite C possĂšde un IRES dans sa rĂ©gion 5â€Č-UTR qui recrute directement eIF3, sans nĂ©cessiter l'intervention de eIF4E et eIF4G. Il existe une grande variĂ©tĂ© d'IRES, qui permettent de se passer de plus ou moins de facteurs de dĂ©marrage cellulaires[16].

On a Ă©galement rapportĂ© l'existence d'IRES permettant l'expression de gĂšnes cellulaires, comme c-myc, mĂȘme si la fonctionnalitĂ© de ces IRES reste discutĂ©e[17].


Élongation

Cycle de l'élongation de la traduction par le ribosome. Les ARNt (vert foncé) apportent les acides aminés (carrés) au site A. Une fois l'accommodation codon-anticodon réalisée, il y a formation de la nouvelle liaison peptidique, puis translocation d'un codon du ribosome.

Au cours de la phase d'élongation, l'ARNm traverse le ribosome au niveau d'un sillon de la petite sous-unité. Pendant ce processus, un ou plusieurs ARN de transfert sont associés à l'ARNm au niveau de trois sites présents dans le ribosome :

  • le site A (pour aminoacyl-ARNt) : il accueille les ARNt portant l'acide aminĂ© qui va ĂȘtre ajoutĂ© Ă  la chaĂźne. C'est au niveau du site A que s'effectue le dĂ©codage de l'information gĂ©nĂ©tique, grĂące Ă  la reconnaissance de l'interaction entre le codon sur l'ARNm et l'anticodon sur l'ARNt ;
  • le site P (pour peptidyl-ARNt) : il accueille l'ARNt qui porte la chaĂźne peptidique dĂ©jĂ  synthĂ©tisĂ©e. Ce dernier est toujours appariĂ© Ă  l'ARNm par son anticodon ;
  • le site E (pour l'anglais exit) ou site de sortie : il accueille l'ARNt « nu » aprĂšs transfert de la chaĂźne peptidique sur l'ARNt suivant, juste avant qu'il ne quitte le ribosome.

Ces trois sites sont occupĂ©s sĂ©quentiellement par les ARNt au fur et Ă  mesure de la progression du ribosome sur l'ARNm. À tout instant du processus de traduction, au plus deux de ces trois sites sont occupĂ©s simultanĂ©ment : soit le site P et le site A, soit le site E et le site P.

Le dĂ©but du cycle de synthĂšse dĂ©marre avec le ribosome ayant un seul ARNt fixĂ© au site P par l'interaction codon-anticodon. Celui-ci porte estĂ©rifiĂ© Ă  son extrĂ©mitĂ© 3â€Č le dĂ©but de la chaĂźne peptidique synthĂ©tisĂ©e. Le site A est initialement vacant. Des ARNt aminoacylĂ©s diffusent dans le ribosome de maniĂšre stochastique. Ceux-ci sont associĂ©s Ă  un facteur d'Ă©longation (EF-Tu chez les bactĂ©ries, eEF1 chez les eucaryotes) qui est une GTPase. Le ribosome teste si l'appariement codon-anticodon est correct. C'est la petite sous-unitĂ© du ribosome qui effectue ce contrĂŽle au niveau du site de dĂ©codage. Si l'appariement codon-anticodon n'est pas correct, l'ARNt est rejetĂ© et le processus d'essai-erreur se rĂ©pĂšte. Lorsqu'un ARNt correct s'apparie enfin au codon, le facteur d'Ă©longation hydrolyse une molĂ©cule de GTP, ce qui provoque un changement de conformation du complexe ribosomique et la dissociation du facteur d'Ă©longation. Il y a alors formation de la liaison peptidique entre l'acide aminĂ© portĂ© par l'ARNt au site A et celui portĂ© par l'ARNt au site P. Cette rĂ©action se produit au niveau du site catalytique de la grande sous-unitĂ© du ribosome et conduit au transfert de la chaĂźne peptidique sur l'ARNt liĂ© au site A. Le ribosome recrute alors un facteur de translocation (EF-G chez les bactĂ©ries, eEF2 chez les eucaryotes), lui aussi liĂ© Ă  une molĂ©cule de GTP. Ce facteur utilise l'Ă©nergie d'hydrolyse de ce GTP pour permettre la progression du ribosome sur l'ARNm. L'ARNt nu qui Ă©tait au site P se retrouve dĂ©calĂ© au site E de sortie et l'ARNt qui Ă©tait au site A vient au site P. Le site A redevient ainsi vacant. L'ARNt nu du site E diffuse en dehors du ribosome et on revient dans l'Ă©tat initial pour un nouveau cycle d'Ă©longation.

ARN de transfert

Les ARN de transfert ou ARNt sont des molĂ©cules adaptatrices qui font l'intermĂ©diaire entre le codon portĂ© par l'ARN messager et l'acide aminĂ© qui sera incorporĂ© dans la protĂ©ine en cours de synthĂšse par le ribosome. À l'une de leurs extrĂ©mitĂ©s se trouve une boucle contenant un triplet de nuclĂ©otides, l'anticodon, qui est complĂ©mentaire du codon. Cet appariement codon-anticodon permet la reconnaissance de l'ARNt par le ribosome. Du cĂŽtĂ© opposĂ© Ă  l'anticodon, les ARNt portent un acide aminĂ© attachĂ© par une liaison ester Ă  leur extrĂ©mitĂ© 3â€Č-OH. Chaque cellule contient un ensemble d'ARNt diffĂ©rents, capables de s'apparier aux diffĂ©rents codons et spĂ©cifiques chacun d'un acide aminĂ© donnĂ©. Leurs structures sont analogues, ils adoptent une structure secondaire en forme de feuille de trĂšfle qui se replie en trois dimensions pour former une sorte de « L », avec l'anticodon d'un cĂŽtĂ© et l'acide aminĂ© de l'autre.

Recodage

Le recodage est un Ă©vĂšnement programmĂ©, survenant pendant la lecture de l'ARNm par le ribosome et qui modifie le code initial[18]. La traduction en protĂ©ine rĂ©sultante est donc diffĂ©rente de celle qu'on pourrait dĂ©duire Ă  partir du code gĂ©nĂ©tique standard. Il existe deux principaux Ă©vĂšnements de recodage, avec des mĂ©canismes distincts : le recodage du codon d'arrĂȘt et le dĂ©calage du cadre de lecture.

Le recodage du codon d'arrĂȘt permet Ă  la cellule d'utiliser un codon de terminaison, en gĂ©nĂ©ral le codon UGA, pour insĂ©rer un acide aminĂ© spĂ©cifique. Ce mĂ©canisme est en particulier utilisĂ© pour insĂ©rer la sĂ©lĂ©nocystĂ©ine dans les sĂ©lĂ©noprotĂ©ines. La prĂ©sence du codon UGA ne suffit pas, il faut en plus la prĂ©sence d'une structure secondaire spĂ©cifique sur l'ARNm et l'intervention de facteurs protĂ©iques dĂ©diĂ©s[19].

Le décalage du cadre de lecture est un mécanisme utilisé en particulier par les virus. Dans certaines conditions, le ribosome peut en effet « déraper » et glisser d'un nucléotide sur l'ARNm, ce qui permet de modifier la nature de la protéine synthétisée. Ce mécanisme est par exemple utilisé par le virus du SIDA pour produire les différentes enzymes nécessaires à sa réplication[20].

Ces dĂ©calages du cadre de lecture se produisent Ă  des sites prĂ©cis, au niveau d'une sĂ©quence « glissante », composĂ©e d'un nuclĂ©otide rĂ©pĂ©tĂ©, comme AAAAAAA. Cette sĂ©quence est en gĂ©nĂ©ral suivie d'une structure secondaire stable sur l'ARNm, souvent un pseudonƓud[21]. Le ribosome est gĂȘnĂ© dans sa progression par cette structure, ce qui provoque une pause dans la traduction. Pendant cette pause, il y a un codon AAA au site P du ribosome et un codon AAA au site A. Le ribosome en pause peut alors reculer d'un nuclĂ©otide en conservant ses deux ARNt fixĂ©s. Les appariements entre les codons et les anticodons (AAA / UUU) sont conservĂ©s, du fait de la nature particuliĂšre de la sĂ©quence glissante. La traduction continue alors sur une phase dĂ©calĂ©e. Ce glissement ne s'effectue pas Ă  chaque traduction, mais avec une frĂ©quence qui dĂ©pend de l'environnement et de la structure secondaire sur l'ARN messager. Ainsi le virus (ou la cellule) peut produire deux protĂ©ines distinctes Ă  partir d'un seul ARNm.

Terminaison de la traduction

La terminaison de la traduction des protĂ©ines est le processus qui permet la libĂ©ration de la protĂ©ine terminĂ©e une fois tout le gĂšne lu par le ribosome, ainsi que le recyclage des diffĂ©rents acteurs impliquĂ©s, Ă  savoir les sous-unitĂ©s du ribosome, l'ARNm et le dernier ARNt[22]. Comme l'initiation et l'Ă©longation, cette Ă©tape fait intervenir des protĂ©ines spĂ©cifiques, appelĂ©es facteurs de terminaison de la traduction (RF ou eRF, pour release factors). La terminaison est dĂ©clenchĂ©e par l'arrivĂ©e d'un codon d'arrĂȘt dans le site A du ribosome. À ce stade, la protĂ©ine complĂšte est encore accrochĂ©e par une liaison ester au dernier ARNt situĂ© au site P. Il n'existe normalement pas d'ARNt portant un anticodon complĂ©mentaire du codon d'arrĂȘt et pouvant se lier Ă  l'ARNm au site A. À la place, un premier facteur de terminaison (RF1 ou RF2 chez les bactĂ©ries et eRF1 chez les eucaryotes) se lie au ribosome et interagit avec le codon d'arrĂȘt. Ceci dĂ©clenche l'hydrolyse de la liaison ester entre la protĂ©ine et le dernier ARNt. La protĂ©ine ainsi libĂ©rĂ©e quitte le ribosome. Un second facteur (RF3 ou eRF3) qui est une GTPase se lie alors au ribosome, l'hydrolyse du GTP permettant alors le dĂ©part des deux facteurs. L'ARNt et le l'ARNm sont finalement libĂ©rĂ©s par l'action de RRF (ribosome release factor) et de facteurs d'Ă©longation et d'initiation (EF-G et IF3 chez les bactĂ©ries).

RĂ©gulation de la traduction

Le contrÎle de l'expression des gÚnes peut se faire au niveau de la traduction de l'ARN en protéine. Ce type de régulation agit principalement au niveau de l'étape de démarrage de la traduction par le ribosome. Plus rarement, c'est au niveau de la phase d'élongation ou de terminaison de la traduction qu'on peut avoir un contrÎle. En modulant l'efficacité du recrutement du ribosome au niveau du codon de démarrage, la cellule contrÎle la quantité de protéine qui est produite à partir de l'ARNm.

Dans de nombreux cas, ces mĂ©canismes impliquent des structures spĂ©cifiques sur l'ARNm dont la traduction est rĂ©gulĂ©e. La rĂ©gulation peut faire intervenir un rĂ©gulateur traductionnel exogĂšne qui peut ĂȘtre soit une protĂ©ine, soit un autre ARN qui interfĂšre avec la traduction par le ribosome en rĂ©ponse Ă  un signal extĂ©rieur (concentration d'un mĂ©tabolite, tempĂ©rature, prĂ©sence d'un facteur protĂ©ique
). Ce rĂ©gulateur peut ĂȘtre un activateur ou un rĂ©presseur, comme dans le cas de la rĂ©gulation de la transcription.

La rĂ©gulation de la traduction se passe dans le cytoplasme de la cellule, oĂč se dĂ©roule cette Ă©tape de l'expression des gĂšnes, tandis que la rĂ©gulation de la transcription a lieu dans le noyau (chez les cellules eucaryotes).

Fidélité de la traduction

Le processus de traduction de l'ARNm en protĂ©ine a un taux d'erreur qui est de l'ordre de 10−4, soit un acide aminĂ© incorrect sur 10 000 acides aminĂ©s incorporĂ©s. La fidĂ©litĂ© du mĂ©canisme de traduction de l'ARNm par le ribosome repose sur deux Ă©tapes clĂ©s importantes. Il faut tout d'abord que chaque ARNt porte le bon acide aminĂ© estĂ©rifiĂ© Ă  son extrĂ©mitĂ© 3â€Č, une Ă©tape qui est rĂ©alisĂ©e par une famille d'enzymes, les aminoacyl-ARNt synthĂ©tases. Les aminoacyl-ARNt synthĂ©tases ont souvent une fonction de relecture ou proofreading, comme les ADN polymĂ©rases, qui leur permet de vĂ©rifier que le produit de leur rĂ©action est bien correct et sinon de l'hydrolyser. L'autre Ă©tape critique est la vĂ©rification de l'interaction codon-anticodon par le ribosome, une Ă©tape qui est aussi soumise Ă  un processus de relecture, assistĂ© par le facteur d'Ă©longation de la traduction EF-Tu.

ContrÎle qualité des ARNm

Les cellules vivantes ont développé différents mécanismes de contrÎle qualité ou surveillance des ARNm. Cela permet suivant les cas de vérifier que l'ARNm est intact et qu'il code bien une protéine complÚte. Ceci évite la production de protéines anormales qui en s'accumulant pourraient finir par tuer la cellule. Ces mécanismes sont différents chez les bactéries et chez les eucaryotes.

Chez les eucaryotes, le principal mĂ©canisme de contrĂŽle qualitĂ© est la vĂ©rification de la prĂ©sence de la coiffe et de la queue poly(A). Sans ces Ă©lĂ©ments, l'ARNm n'est pas exportĂ© du noyau et ne peut ĂȘtre traduit car il n'y a pas formation du pseudo-cercle via l'interaction eIF4E-eIF4G-PABP dĂ©crite plus haut. Ainsi, par exemple, si un ARNm est endommagĂ© et subit une coupure chimique ou enzymatique, il ne sera pas traduit, car l'extrĂ©mitĂ© 5â€Č qui porte la coiffe et l'extrĂ©mitĂ© 3â€Č qui porte la queue poly(A) seront sĂ©parĂ©es. Les eucaryotes disposent d'un autre mĂ©canisme de contrĂŽle qualitĂ©, le nonsense-mediated mRNA decay (« dĂ©gradation de l'ARNm par l'intermĂ©diaire du [codon] non-sens »)[23]. Ce mĂ©canisme conduit Ă  la dĂ©gradation des ARNm qui contiennent un codon d'arrĂȘt (dit Ă©galement codon non-sens) prĂ©maturĂ©, rĂ©sultant par exemple d'une mutation dans le gĂ©nome. C'est le ribosome, lors de la premiĂšre traduction de l'ARNm, qui semble ĂȘtre le mĂ©diateur de ce contrĂŽle.

Chez les bactĂ©ries, il existe un mĂ©canisme de contrĂŽle qualitĂ© qui permet de dĂ©bloquer les ribosomes qui sont bloquĂ©s sur un ARNm, par exemple lorsqu'il ne contient pas de codon d'arrĂȘt. Ceci peut se produire si l'ARNm a Ă©tĂ© clivĂ© et qu'il manque la partie 3â€Č qui contient la fin du cadre ouvert de lecture et le codon d'arrĂȘt. Ce mĂ©canisme fait intervenir un ARN spĂ©cifique, l'ARNtm qui permet de dĂ©bloquer le ribosome, par un mĂ©canisme appelĂ© trans-traduction qui fait changer le ribosome de message en cours de synthĂšse. La protĂ©ine incomplĂšte est ainsi Ă©tiquetĂ©e par un peptide qui provoque sa dĂ©gradation rapide dans la cellule et Ă©vite donc l'accumulation de protĂ©ines aberrantes.

DĂ©gradation

La dĂ©gradation des ARN messagers est effectuĂ©e par un complexe protĂ©ique appelĂ© exosome, prĂ©sent dans toutes les cellules eucaryotes et les archĂ©es. La dĂ©gradation est en gĂ©nĂ©ral prĂ©cĂ©dĂ©e par le raccourcissement de la queue poly(A) et par le retrait de la coiffe par une enzyme spĂ©cifique (decapping enzyme). Le dĂ©gradosome agit ensuite de maniĂšre exonuclĂ©olytique, c'est-Ă -dire qu'il hydrolyse progressivement l'ARN Ă  partir d'une de ses extrĂ©mitĂ©s, en l'occurrence Ă  partir de l'extrĂ©mitĂ© 3â€Č.

Chez les bactéries, il existe également un complexe spécifique, de nature différente, appelé dégradosome, chargé de recycler les ARN messagers.

Historique

Cette classe d'ARN a été isolée et étudiée pour la premiÚre fois en 1956 et appelée DNA-like RNA (ARN similaire à l'ADN) par Volkin et Astrachan[24], mais sans que ceux-ci n'en comprennent le rÎle biologique. C'est François Gros qui a réellement caractérisé ces ARN quelques années plus tard[25] à la suite de l'hypothÚse de leur existence formulée par Jacques Monod et François Jacob[26].

Les premiÚres recherches dans les années 1960 portent sur des bactéries, avant de s'orienter dans les années 1970 vers des organismes plus complexes. Mary Edmonds et Aaron Shaktin découvrent alors les structures qui finissent et coiffent les ARN messagers et jouent un rÎle essentiel pour les protéger et les lier aux ribosomes.

En 1993 et 1989, Phillip Sharp et Thomas Cech obtiennent un prix Nobel pour leur recherche sur la spécification de l'ARN et la synthÚse des protéines[27].

Notes et références

  1. « DĂ©couverte de l’ARN messager, en 1961 », sur Institut Pasteur, (consultĂ© le )
  2. Messenger RNA: origins of a discovery, Commentaire publié dans Nature par Alvin M. Weinberg
  3. (en) S. Brenner, F. Jacob et M. Meselson, « An unstable intermediate carrying information from genes to ribosomes for protein synthesis. », Nature, vol. 190,‎ , p. 576-581
  4. Pour une hypothÚse explicative de cette différence, voir l'article sur l'uracile
  5. (en) A.K. Banerjee, « 5'-terminal cap structure in eucaryotic messenger ribonucleic acids », Microbiol. Rev, vol. 44, no 2,‎ , p. 175-205 (PMID 6247631, lire en ligne)
  6. (en) M. Edmonds, « A history of poly A sequences: from formation to factors to function. », Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol., vol. 71,‎ , p. 285-389 (PMID 12102557)
  7. (en) C. Saguez, J.R. Olesen et T.H. Jensen, « Formation of export-competent mRNP: escaping nuclear destruction », Curr. Opin. Cell. Biol., vol. 17,‎ , p. 287-293 (PMID 15901499, DOI 10.1016/j.ceb.2005.04.009)
  8. (en) R. Benne, J. Van den Burg, J.P. Brakenhoff, PR. Sloof, J.H. Van Boom et M.C. Tromp, « Major transcript of the frameshifted coxII gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA. », Cell, vol. 46,‎ , p. 819-826 (PMID 3019552)
  9. (en) C. Job et J. Eberwine, « Localization and translation of mRNA in dendrites and axons. », Nat. Rev. Neurosci., vol. 2,‎ , p. 889-898 (PMID 11733796)
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  12. (en) J. Shine et L. Dalgarno, « The 3'-terminal sequence of Escherichia coli 16S ribosomal RNA: complementarity to nonsense triplets and ribosome binding sites. », Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 71,‎ , p. 1342-1346 (PMID 4598299)
  13. F. Poulin et S. Pyronnet, « Interactions molĂ©culaires et initiation de la synthĂšse protĂ©ique », MĂ©decine Sciences, vol. 16,‎ , p. 617-622
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  24. (en) E. Volkin et L. Astrachan, « Intracellular distribution of labeled ribonucleic acid after phage infection of Escherichia coli. », Virology, vol. 2,‎ , p. 433-437 (PMID 13352773)
  25. (en) F. Gros, H. Hiatt, W. Gilbert, C.G. Kurland, R.W. Risebrough et J.D. Watson, « Unstable ribonucleic acid revealed by pulse labelling of Escherichia coli », Nature, vol. 190,‎ , p. 581-585 (PMID 13708983)
  26. (en) F. Jacob et J. Monod, « Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins. », J. Mol. Biol., vol. 3,‎ , p. 318–356 (PMID 13718526)
  27. « 1960-1990: une archĂ©ologie de l’ARN messager », sur www.heidi.news (consultĂ© le )

Articles connexes

Liens externes

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