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Liste d'espèces dont le génome est séquencé

La liste ci-dessous, non exhaustive, présente des espèces dont le génome a été complètement séquencé à la date du .

Projets de séquençage globaux, voire de tout le Vivant dans le monde

Après que ce travail ait été fait (en 30 ans environ) chez l'Homme, il existe plusieurs projets visant à séquencer le génome d'un grand nombre d'espèces de quelques groupes taxonomiques[1] :

  • le projet Genoma 10K veut séquencer 10 000 génomes de vertébrés (environ pour chaque genre)[1] ;
  • le projet I5K souhaite déchiffrer le génome de 5000 arthropodes[1] ;
  • le projet B10K voudrait déchiffrer les génomes de chacune des environ 10 500 espèces d'oiseaux[1].

Et un autre projet, bien plus ambitieux encore (« Earth BioGenome Project » ou EBP, préparé depuis 2015 et présenté au BioGenomics2017 lors d'une réunion organisée par l'Initiative du Smithsonian sur la génomique de la biodiversité), vise à séquencer l'ensemble des espèces connues de la planète[1]. Selon ses auteurs cela coûterait plusieurs milliards de dollars, mais pas plus que la somme dépensée pour financer l'ensemble des démarches effectuées pour séquencer le génome humain[1]. L'EBP pourrait inclure les projets cités plus haut, mais plusieurs défis sont à relever : outre que le budget d'un tel projet serait sans doute plus difficile à réunir que celui qui a été nécessaire pour étudier le génome humain, il faudrait aussi trouver de l'ADN de qualité pour chaque échantillon à analyser, et l'associer à des métadonnées que les musées ne possèdent pas toujours (lieu exact du prélèvement, description fine de l'organisme, etc.)[1]. Des normes d'échantillonnage seraient à mettre en place avant l'opération.
Le Global Genome Biodiversity Network pourrait fournir à partir du réseau des muséums et banques biologiques une partie de l'ADN nécessaire, mais dans bien des cas il faudrait retourner dans la nature retrouver des spécimens vivants et en rapporter des biopsies ou sources d'ADN convenablement préparées pour ne pas contaminer les échantillons[1]. C'est un travail qui pourrait être plus couteux que les analyses génétique elles-mêmes[1]. Harris Lewin (spécialiste en génomique évolutionniste de l'Université de Californie estime qu'une première étape vers cet objectif audacieux serait l'analyse génomique précise d'un membre de chaque famille d'eucaryote (environ 9000 en tout comprenant des plantes, des animaux et des organismes unicellulaires). Ensuite un séquençage moins précis pourrait concerner une espèce choisie dans chacun des 150 000 à 200 000 genres, et enfin porter via un séquençage à basse résolution sur une partie du génome des 1,5 million d'espèces eucaryotes connues restant (avec possibilité d'affiner le séquençage pour des espèces d'intérêt particulier).
Selon ses auteurs un parallèle peut être fait entre ce projet d'EBP et le Human Genome Project qui il y a trois décennies était tout aussi ambitieux, controversé et, à l'époque « techniquement impossible », mais qui a néanmoins abouti et qui est devenu la base d'une industrie valant aujourd'hui environ 20 milliards de dollars.

Eubacteria

Epsilonproteobacteria
  • Thimicrospira denitrificans
  • Wollinella succinogenes
[réf. nécessaire]

Deltaproteobacteria
  • Anaeromyxobacter dehalogenans
  • Bdellovibrio bacteriovorus
  • Desulfotalea psychrophila
  • Desulfovibrio desulfuricans
  • Desulfuvibrio vulgaris
  • Desulfuromonas acetoxidans
  • Geobacter metallireducen
  • Geobacter sulfurreducens
  • Pelobacter carbinolicus
[réf. nécessaire]

Alphaproteobacteria
[réf. nécessaire]

Betaproteobacteria
[réf. nécessaire]

Eukaryota

Plantes

Quelques éléments de la Liste d'espèces de plantes dont le génome est séquencé:

Champignon

Insectes

Coleoptera

Diptera

Culicidae

  • Aedes aegypti, moustique (2007)[8]
  • Anopheles albimanus, moustique (2014)[5]
  • Anopheles arabiensis, moustique (2014)[5]
  • Anopheles atroparvus, moustique (2013)[5]
  • Anopheles christyi, moustique (2014)[5]
  • Anopheles culicifacies, moustique (2014)[5]
  • Anopheles darlingi, moustique (2013)[9]
  • Anopheles dirus, moustique (2014)[5]
  • Anopheles epiroticus, moustique (2013)[5]
  • Anopheles farauti, moustique (2014)[5]
  • Anopheles funestus, moustique (2006) [10]
  • Anopheles gambiae, moustique (2002)[11]
  • Anopheles maculatus, moustique (2013)[5]
  • Anopheles melas, moustique (2014)[5]
  • Anopheles merus, moustique (2014)[5]
  • Anopheles minimus, moustique (2014)[5]
  • Anopheles nili, moustique (2011)[12]
  • Anopheles quadriannulatus, moustique (2014)[5]
  • Anopheles sinensis, moustique (2014)[13]
  • Anopheles stephensi, moustique (2014)[14]
  • Culex quinquefasciatus, moustique (2010)[15]

Psychodidae

Drosophilidae

Syrphidae

Phoridae

  • Megaselia abdita, mouche phoride (2013)[22]

Hemiptera

Hymenoptera

Formicidae

  • Acromyrmex echinatior fourmis (2011)[24]
  • Atta cephalotes, fourmis (2011)[25]
  • Atta colombica, fourmis (2012)
  • Camponotus floridanus, fourmis (2010)[26]
  • Cardiocondyla obscurior, fourmis (2012)
  • Cyphomyrmex costatus, fourmis (2011)
  • Formica selysi, fourmis (2012)
  • Harpegnathos saltator, fourmis (2010)[26]
  • Lasius flavus, fourmis (2019)
  • Lasius niger, fourmis (2019)
  • Linepithema humile, fourmis (2011)[27]
  • Monomorium pharaonis, fourmis
  • Myrmecia crosslandi, fourmis
  • Myrmecia pilosula, fourmis
  • Mystrium rogeri, fourmis
  • Odontomachus hastatus, fourmis
  • Paraponera clavata, fourmis
  • Paratrachymyrmex cornetzi, fourmis (2015)
  • Pogonomyrmex barbatus, fourmis (2011)
  • Pogonomyrmex colei, fourmis (2015)
  • Pseudomyrmex gracilis, fourmis
  • Solenopsis invicta, fourmis (2011)[28] - [29]
  • Tetramorium caespitum, fourmis (2015)
  • Trachymyrmex septentrionalis, fourmis
  • Vollenhovia emeryi, fourmis (2015)
  • Vollenhovia nipponica, fourmis (2015)

Apidae

Pteromalidae

Lepidoptera

Bombycidae

Nymphalidae

Plutellidae

Phthiraptera

Pediculidae

Pediculus humanus, pou (2010)[35]

Autres Invertébrés

Poissons

Batraciens

Oiseaux

Mammifères

Notes et références
  1. Pennisi E (2017), "Biologists propose to sequence the DNA of all life on Earth" ; Science / News ; 24 février 2017 , 1 Posted in: BiologyScientific Community DOI: 10.1126/science.aal0824
  2. (en) J. Parkhill, B. W. Wren, K. Mungall, J.M. Ketley, C. Churcher, D. Basham, T. Chillingworth, R.M. Davies, T. Feltwell et al., « The genome sequence of the food-borne pathogen Campylobacter jejuni reveals hypervariable sequences », Nature, vol. 403, no 6670,‎ , p. 665-668 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/35001088, lire en ligne)
  3. (en) Sebastian Suerbaum, Christine Josenhans, Torsten Sterzenbach, Bernd Drescher, Petra Brandt, Monica Bell, Marcus Dröge, Berthold Fartmann, Hans-Peter Fischer et al., « The complete genome sequence of the carcinogenic bacterium Helicobacter hepaticus », PNAS, vol. 100, no 13,‎ , p. 7901-7906 (ISSN 0027-8424, DOI 10.1073/pnas.1332093100, lire en ligne)
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  10. Krzywinski J, et al. Analysis of the complete mitochondrial DNA from Anopheles funestus: an improved dipteran mitochondrial genome annotation and a temporal dimension of mosquito evolution. Mol Phylogenet Evol 2006 May
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  39. (en) http://www.sciencedaily.com/releases/2009/11/091105143708.htm

Voir aussi

Bibliographie

Articles connexes
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