Origine du SARS-CoV-2

En décembre 2019 et janvier 2020, une épidémie à pneumopathie éclate en Chine et touche surtout la province du Hubei. Le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, est désigné comme épicentre de l'épidémie par les autorités locales le 31 décembre 2019[8]. Il est fermé le lendemain même, le 1^er janvier 2020. Le marché de Huanan a la particularité d'offrir une grande diversité de produits issus de la faune sauvage[9]. Les premiers symptômes attribuables a posteriori au SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le 1^er décembre 2019 chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché[10].

Le premier cas exporté hors de la Chine continentale est découvert le 13 janvier en Thaïlande[11]. La situation se dégrade rapidement au niveau mondial, et l'épidémie est déclarée urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS le 30 janvier 2020[12]. C'est la sixième fois seulement que l'OMS déclenche ce niveau d'alerte dans son histoire[13]. Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus se propage via des voyageurs vers différents pays d'Asie[14] - [15] - [16], le 21 janvier en Amérique du Nord[17], le 24 janvier, en Australie[18], en Europe[19] - [20], le 16 février en Afrique[21] et le 26 février en Amérique du Sud[22]. Il s'agit là des premiers cas recensés, en réalité le virus est probablement arrivé plus tôt sur chacun de ces territoires, en y passant inaperçu. Le SARS-CoV-2 circulait probablement en France dès novembre 2019[23].

Mi-février 2020, le plus important foyer hors de Chine est le paquebot de croisière Diamond Princess, en quarantaine dans le port de Yokohama[24]. Dans la troisième semaine de février des foyers secondaires d'importance émergent en Corée du Sud, en Italie et en Iran[25], faisant craindre une installation durable de l'épidémie au niveau mondial[26]. Cette crainte se confirme début mars : le 11 mars, le directeur général de l'OMS déclare que « la COVID-19 peut être qualifiée de pandémie »[27].

Le SARS-CoV-2 a des similitudes avec les Betacoronavirus trouvés chez les chauves-souris et les pangolins[28] - [29]. L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[30] - [31] - [32] :

En matière d'homologie, le SARS-CoV-2 est :

• à 96 % identique à celui de BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013, un coronavirus d'une chauve-souris chinoise du genre Rhinolophe : Rhinolophus affinis[39] - [40] ;
• à 91 % identique à un coronavirus présent chez les pangolins javanais[41] - [42] - [43] - [44] - [45].

De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que le coronavirus RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une chauve-souris[46] - [47].

Il est généralement admis que la transmission zoonotique des coronavirus de la chauve-souris à l'humain passe par une espèce animale intermédiaire. Cet hôte intermédiaire serait un prérequis : les récepteurs comme l'ACE2 sont différents entre un humain et une chauve-souris[48]. Ainsi il est suggéré que le SARS-CoV-1 a passé la barrière inter-espèce via la civette. Le taux d’identité entre le génome du SARS-CoV-1 humain et celui de la souche de civette la plus proche était de 99,52 %[48]. Concernant le MERS-CoV, il est suggéré que la transmission s'est faite via le dromadaire.

De nombreuses hypothèses ont émergé concernant l'hôte intermédiaire du SARS-CoV-2. Une première hypothèse, reprise par la presse, a suggéré deux espèces de serpents, Bungarus multicinctus et Naja atra[49], mais cette hypothèse a rapidement été écartée[50] - [51]. Aucun coronavirus n'est connu à ce jour chez les animaux à sang froid : ils infectent des oiseaux ou plus souvent des mammifères[52].

Des experts[53] - [54] ont avancé l'hypothèse d'un pangolin, un mammifère en danger d'extinction qui fait l'objet d'une consommation illégale en Chine, et qui était en vente sur le marché de Wuhan. On trouve chez le pangolin javanais Manis javanica des coronavirus quasiment identiques, en particulier pour leur spicule protéique[43] - [44] - [45]. Néanmoins, le taux d’identité des nucléotides des pangolins dans la région RBD atteint à peine 89 %, un pourcentage bien inférieur aux taux observés entre les souches de virus isolées chez l’humain et celles infectant les derniers intermédiaires animaux lors des précédentes transmissions zoonotiques comme le SARS-CoV-1[48].

En 2020, il est constaté que de nombreux animaux peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 : les singes, les félidés (chats, tigres), les lapins, le chien viverrin, les furets et le hamster[55]. Il est suggéré que l'infection est le plus souvent bénigne, voire asymptomatique[56]. Le vison d'Amérique est capable de retransmettre la Covid à l'humain. Dans des élevages contaminés, 68 % des personnes en contact ont été infectées au SARS-CoV-2 par des visons[57] - [58]. Pour cette raison 17 millions de visons ont été abattus au Danemark[59]. Enfin, alors qu’auparavant, le SARS-CoV-2 ne pouvait infecter que des rongeurs transgéniques porteurs du récepteur ACE2 humain, depuis 2021 avec l'apparition des variants anglais, sud-africain et brésilien, il a été constaté que le virus se transmet facilement aux rongeurs « sauvages », faisant craindre une accélération incontrôlable de l'évolution des mutants du SARS-CoV-2[60] - [61].

En mars 2023, Florence Débarre découvre dans des données génétiques en ligne que celles-ci montrent pour la première fois que des animaux sensibles au coronavirus étaient présents sur le marché de Wuhan. Conformément aux règles de la base de données Gisaid, son équipe contacte les scientifiques chinois qui ont mis en ligne les données génétiques pour leur demander la permission de les analyser, ce qui, selon elle, a été accordé. Un jour plus tard, ils envoient un e-mail pour partager leur découverte de la présence d'ADN de chien viverrin dans les séquences. Le lendemain, les dossiers sont rendus inaccessibles, apparemment à la demande des chercheurs chinois, dont le virologue George Gao[62]. Cette découverte, selon The Guardian, suscite plusieurs questions : « Pourquoi les résultats des prélèvements effectués dans les premiers mois de Covid-19 ont-ils été cachés à la communauté scientifique pendant plus de trois ans ? Pourquoi la première version de l'étude chinoise affirmait-elle n'avoir trouvé aucun ADN de chien viverrin ? Et pourquoi les séquences génétiques ont-elles été discrètement téléchargées sur Gisaid – laissées en ligne assez longtemps pour être découvertes – puis retirées de la vue du public ? »[62].

Selon Fox News, le virus aurait pu s'être échappé par accident de l'Institut de virologie de Wuhan. L'hypothèse est évoquée par Mike Pompeo, secrétaire d'État des États-Unis citant une enquête en cours de leur administration[63]. Richard Ebright (en), expert américain en biosécurité, estime que « les preuves laissent une base pour exclure que la Covid-19 soit une construction de laboratoire, mais aucune base pour exclure un accident »[64]. Des chercheurs du CNRS donnent du crédit à cette hypothèse[65].

En janvier 2021, l'Organisation mondiale de la santé envoie à Wuhan une équipe pour enquêter sur l'origine du virus[66]. L'enquête, placée en Chine sous surveillance étroite, « n'a pu percer les origines du Covid-19 », mais « les experts de l'OMS ont toutefois jugé hautement improbable l'hypothèse de la fuite depuis un laboratoire de la ville [de Wuhan]. ». Parmi les experts de l'OMS figure Peter Daszak. Le patron de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a néanmoins affirmé le 12 février que « toutes les hypothèses (restaient) sur la table » pour expliquer l'origine de la pandémie[67].

Le 14 mai 2021, 18 scientifiques américains publient dans le magazine Science un article invitant la communauté scientifique à envisager toutes les pistes, notamment celle d'une fuite d'un laboratoire de Wuhan[68].

Le professeur Renaud Piarroux considère, en janvier 2022 : « Je pense qu'il faut maintenant considérer la fuite involontaire à partir d'un laboratoire comme une hypothèse à investiguer sérieusement. »[69] . En juin 2022, il révèle à la télévision française que les recherches sur les coronavirus à Wuhan étaient faites non au niveau des laboratoires P4 mais dans les P2 où la sécurité est bien moindre. Il précise qu'il y a eu des manipulations de la part de certains scientifiques, comme Peter Daszak, pour écarter cette piste et refuser les investigations en profondeur[70].

Peter Daszak, qui travaille pour l'ONG EcoHealth, avait en 2018 pour projet d'inclure un site de clivage de furine sur les virus de type coronavirus pour tester leur infectiosité (Le projet DEFUSE: Defusing the Threat of Bat-Borne Coronaviruses) et avait fait une demande de subvention en ce sens[2]. EcoHealth a collaboré activement avec l’Institut de virologie de Wuhan[71]. En 2014, EcoHealth avait déjà lancé un projet visant à dépister la présence des coronavirus chez des chauves-souris en Chine, à analyser en laboratoire leurs séquences génomiques et à évaluer leur risque d’infecter les humains[71].

Le SARS-CoV-2 contient un site de clivage de furine, cette insertion est récente, puisqu’aucun virus dans le reste de la famille des SARS-CoV[72], ni aucun virus connu proche de SARS-CoV-2 ne la contient[73].

Des expériences de gains de fonction sur les coronavirus ont commencé au début des années 2000 et ont ensuite impliqué le laboratoire de Wuhan (WIV)[74], bien que Peter Daszak nie que des expériences de gains de fonction (GoF) aient pu avoir lieu à l'institut de virologie de Wuhan[71].

Le plus proche parent du SARS-CoV2 est le RaTG13[75] - [76] (anciennement appelé Ra4991[77] - [78]) qui a été découvert en 2013 chez les chauves-souris du Yunnan en Chine[79]. La séquence génomique du RaTG13, issue de l'étude d'un échantillon collecté en 2013 par l'institut de Wuhan[80] - [78], a été publiée en 2020 par Shi Zhengli de l'institut virologique de Wuhan . Une partie du génome du RaTG13 avait déjà été séquencée par l'institut de Wuhan en 2016 sous le nom de Ra4991[81] - [82]. Mais des spécialistes indiquent que RaTG13 a une différence majeure avec Ra4991 au niveau de la partie du génome correspondant à la protéine spike[83], alors que Shi Zhengli avait affirmé que le RaTG13 était un virus déjà connu sous le nom Ra4991[82].

Plusieurs agences fédérales américaines reçoivent la mission de déterminer si la pandémie de Covid-19 a été provoquée par une fuite de laboratoire. En février 2023, deux agences fédérales soutiennent que le virus s'est échappé d'un laboratoire, quatre que le virus est d'origine et de transmission naturelle, et deux ne se sont pas prononcé. Le Département de l'Énergie soutient en février 2023 que la pandémie a « très probablement » été provoquée par une fuite de laboratoire, ainsi que le Federal Bureau of Investigation. La Central Intelligence Agency et une autre restée anonyme n'ont pas tranché. Le National Intelligence Council soutiennent avec un « bas niveau de certitude » que l'origine est naturelle[84]. Le contenu des rapports de ces agences demeurent toutefois classifiés. Selon Guardian, la théorie des fuites de laboratoire manque de preuves tangibles, mais a été redynamisée par ces rapports selon lesquels « les agences gouvernementales américaines ont conclu que c'était possible, mais avec une confiance faible à modérée »[62].