Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement

Au sein de cette thématique, l'agroforesterie est un sujet important[4].

INRAE compte un centre-siège "bi-sites", à Paris et à Antony (Hauts-de-Seine) et 18 centre régionaux en métropole et dans les territoires d'outre-mer. Ces 18 centres, leurs implantations et leurs axes de recherche sont[6] :

• Antilles-Guyane (Guadeloupe, Guyane), axé sur les problématiques agri-environnementales insulaires et continentales tropicales[7] ;
• Bourgogne-Franche-Comté (Dijon, Époisses, Poligny), axé sur l’agroécologie, le goût et l’alimentation, les territoires ruraux et périurbains[8] ;
• Bretagne-Normandie (Rennes, Caen, Quimper, Ploudaniel), axé sur la durabilité des systèmes et des filières agricoles sur les territoires à forte densité de production et urbanisés[9] ;
• Clermont - Auvergne-Rhône-Alpes (Clermont-Ferrand, Aurillac, Laqueuille, Saint-Genès-Champanelle, Marcenat (Cantal), Montoldre), axé sur la nutrition humaine préventive, les céréales, la qualité des produits, les territoires, l’élevage à l’herbe, la robotique appliquée à l’agriculture, le fonctionnement de l’arbre[10] - [11];
• Corse (San Giuliano, Corte), axé sur le changement climatique, la différenciation sur les marchés, la gestion durable des ressources, la génétique, les enjeux de santé, les recherches partenariales et participatives[12] ;
• Grand Est-Colmar (Colmar), axé sur les innovations pour une viticulture durable[13] ;
• Grand Est-Nancy (Champenoux, Mirecourt), axé sur l’adaptation des écosystèmes et des sols forestiers, agricoles et urbains aux changements globaux, et la gestion durable de ces territoires[14] ;
• Hauts-de-France (Estrées-Monts, Laon, Arras, Villeneuve d'Ascq), axé sur la multi-performance de systèmes de grandes cultures pour une bioéconomie durable, et l’hygiène des procédés agro-alimentaires[15] ;
• Île-de-France - Jouy-en-Josas-Antony (Jouy-en-Josas, Antony, Saclay-Palaiseau), axé sur la biologie animale, la microbiologie, les sciences de l'aliment et de la chaîne du froid, la gestion des déchets, l'hydrologie, les eaux continentales et les eaux usées[16] ;
• Île-de-France - Versailles-Grignon (Versailles, Thiverval-Grignon), axé sur la biologie des plantes, de l’agriculture et de l’écologie, de l’alimentation et des aliments[17] ;
• Lyon-Grenoble - Auvergne-Rhône-Alpes (Lyon, Grenoble, Thonon-les-Bains), axé sur l'eau, les risques naturels, l'aménagement du territoire, la nutrition humaine et la biologie des plantes[18] ;
• Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux (Villenave d'Ornon, Cestas, Saint-Pée-sur-Nivelle), axé sur les sciences du végétal, l'écologie et l'environnement, les sciences humaines et sociales, les neurosciences et la nutrition[19] ;
• Nouvelle-Aquitaine-Poitiers (Lusignan, Surgères), axé sur les prairies, les productions animales et les territoires, pour une agriculture performante et durable[20] ;
• Occitanie-Montpellier (Montpellier, Marseillan-Plage, Gruissan, Narbonne), qui se caractérise par son ouverture vers les pays du sud et sa spécificité méditerranéenne[21] ;
• Occitanie-Toulouse (Toulouse, Roquefort-sur-Soulzon), axé sur la biologie, les biotechnologies et l'agronomie, les sciences végétales, animales et la gestion de la santé, les sciences économiques et sociales et de l’information[22] ;
• Pays de la Loire (Nantes, Angers), axé sur la santé des productions agricoles (végétales et animales), la transformation durable des agro-bioressources (aliments et matériaux) et la qualité sanitaire et nutritionnelle des aliments[23] ;
• Provence-Alpes-Côte d’azur (Avignon, Antibes-Juan-les-Pins), axé sur les enjeux spécifiques aux objets et territoires méditerranéens : agroécologie et adaptation de l’agriculture et des forêts au changement climatique, ressources hydriques, risques naturels, nutrition humaine[24] ;
• Val de Loire (Nouzilly, Orléans, Bourges), axé sur la dynamique des sols et la gestion de l’environnement, la biologie intégrative des arbres et de la biodiversité associée pour la gestion durable des écosystèmes forestiers, la biologie animale intégrative et la durabilité des systèmes d’élevage et l'Infectiologie et le « One Health »[25].

INRAE comporte 14 départements scientifiques au sein desquels s'insèrent les équipes présentes dans les centres de recherche, une équipe pouvant être sous la tutelles de plusieurs départements[26] :

• Action, transitions et territoires (ACT), qui étudie les transformations de l’agriculture, des systèmes socio-écologiques et des systèmes alimentaires[26] ;
• Agroécosystèmes (AGROECOSYSTEM) qui cherche à comprendre le fonctionnement et l'évolution des agroécosystèmes[26] ;
• Alimentation humaine (ALIM-H) qui étudie les comportements alimentaires et leurs relations avec la santé, le bien-être et l'environnement[27] ;
• Écosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques (AQUA) qui étudie le fonctionnement et l'évolution des écosystèmes aquatiques, du cycle de l’eau et des cycles biogéochimiques[26] ;
• Biologie et amélioration des plantes (BAP) qui vise à produire des connaissances fondamentales et opérationnelles sur le fonctionnement des plantes en interaction avec leur environnement, pour comprendre et optimiser le fonctionnement des agrosystèmes[28] ;
• Écologie et biodiversité (ECODIV) qui des étudie la structure, le fonctionnement et l’évolution des écosystèmes forestiers, prairiaux et aquatiques[29] ;
• Économie et sciences sociales (ECOSOCIO) qui cherche à comprendre le fonctionnement et les évolutions économiques et sociales de l’agriculture, des industries agroalimentaires et agro-industries, et de l’alimentation en lien avec les enjeux environnementaux et à éclairer les débats publics et les décisions publiques et privées. Le département ECOSOCIO est le collectif francophone de recherche le plus important en sciences sociales appliquées à l’agriculture, l’alimentation et l’environnement[30] ;
• Génétique animale (GA) qui vise à aider à concevoir des systèmes d’élevage agroécologiques, en contribuant à leurs performances économiques, environnementales et sociales grâce à une meilleure compréhension de la diversité génétique des populations animales domestiques[31] ;
• Mathématiques et numérique (MATHNUM) qui est consacré aux recherches en mathématiques, informatique, sciences de la donnée et technologies du numérique[32] ;
• Microbiologie et chaîne alimentaire (MICA) qui développe des recherches en microbiologie fondamentale et appliquée focalisées sur l'alimentation, la santé animale et humaine et les biotechnologies[33];
• Physiologie animale et systèmes d’élevage (PHASE) qui vise à la conception de systèmes d'élevage durables[34];
• Santé animale (SA) qui étudie la santé des animaux d’élevage en lien avec la santé humaine pour prévenir, détecter et lutter contre les maladies dues aux agents infectieux et chimiques[26] ;
• Santé des plantes et environnement (SPE) qui a pour finalité la protection et la santé des cultures dans le respect de l’environnement, de la plante au paysage[35] ;
• Aliments, produits biosourcés et déchets (TRANSFORM) qui étudie les processus de transformation de matières organiques en aliments et produits bio-sourcés pour valoriser des résidus de l’activité humaine[26].

INRAE participe ou a participé au développement d'applications mobiles, avec notamment pour objectif de favoriser la science participative chez les professionnels ou les citoyens[37].

Ces applications sont tournées vers :

• les plantes :
  • Pl@ntNet[38], application lancée en 2013, dans le cadre d'un projet débuté en 2009 et qui permet l'identification des plantes à partir de photographies, grâce à des méthodes d'apprentissage automatique. En 2019, l'application revendiquait 20 000 espèces de plantes identifiées, et plus de 10 millions de téléchargements dans 180 pays ;
  • Vigil’encre[39], une application permettant documenter la présence de l'encre du châtaignier, une maladie causée par des agents pathogènes racinaires ;
  • les Di@gnoplant[40], une suite de 9 applications qui aident à diagnostiquer les maladies des plantes, proposent des méthodes de lutte alternatives, permettent de déclarer un début d’épidémie ou signaler un pathogène émergent. Les applications concernent les tomates, les salades, le melon, la courgette, la vigne, le tabac, les pommes et les prunes. La neuvième application, « Di@gnoplant Biocontrôle » permet d’identifier, de mieux connaître et de gérer les principaux ravageurs des cultures, ainsi que les acteurs de la lutte biologique ;
  • VigiJardin[41], qui synthétise les connaissances sur les principaux ravageurs et maladies que peuvent observer les jardiniers sur différentes espèces végétales et aide à les diagnostiquer ;
  • Vigi-Horti, qui permet d'accéder à des fiches qui décrivent et permettent d'identifier les nuisibles de huit catégories de plantes d’ornement.
• les insectes, en particulier les tiques et les espèces invasives :
  • Signalement Tique[42], pour cartographier le risque de piqûre de tique en France ;
  • Agiir[43], pour étudier à grande échelle la répartition en France de plusieurs insectes envahissant.
• les rivières :
  • CrowdWater[44], qui permet de collecter des données sur les rivières intermittentes à l'échelle européenne.

Le projet Le French Gut[45] est une initiative de science participative majeure portée par l'unité MetaGenoPolis de INRAE en collaboration l'AP-HP et des partenaires publics (AgroParis Tech, Institut national de la santé et de la recherche médicale) ainsi que 11 partenaires privés. Le projet a pour objectif de cartographier le microbiote intestinal humain de 100 000 volontaires en France par analyse métagénomique d'échantillons de selles afin de mieux comprendre sa relation avec le régime alimentaire, les modes de vie et la santé. Cette étude à grande échelle commencée en 2022 dont le coût s'élève à 32 M€ sur 5 ans a déjà convaincu environ 3000 participants dans les 10 jours suivants son lancement[46]. Les chercheurs espèrent que le projet contribuera à l'élaboration de recommandations nutritionnelles préventives et à de nouvelles stratégies thérapeutiques.