Histoire de Mayotte

Il se dessine, au travers des sources gréco-romaines des I^er et II^e siècles (Pline l'Ancien et l'anonyme du Périple de la Mer Érythrée) que la région de l'océan Indien occidental était déjà connue, notamment pour la chasse des tortues de mer alimentant le commerce de l'écaille. Un peuplement saisonnier ou des visites ponctuelles par des pêcheurs sont donc envisageables dès le début du premier millénaire de notre ère. Les découvertes récentes du professeur tanzanien Félix Chami en Grande Comore (grotte de Malé) permettaient d'envisager un « âge de pierre » durant cette époque pré-islamique, cependant encore très peu documenté et sans trace archéologique probante à Mayotte.

Comme pour les autres îles de l'archipel des Comores, les premières populations documentées débutent au VIII^e siècle (le site archéologique de Koungou, au nord de Mayotte, a fourni des charbons datés par carbone 14 de ce siècle[1]). L'origine de ces premiers habitants est multiple, Africains bantous et Austronésiens (ou Protomalgaches) originaires de l'archipel indonésien (Kalimantan et Célèbes). Si l'arrivée d'Austronésiens se comprend par leur volonté de commercer avec l'Afrique, la présence bantoue serait le résultat soit de migrations volontaires venues coloniser l'ensemble comoro-malgache, soit les signes d'une traite ancienne du fait des Austronésiens. En effet, au X^e siècle, le persan Borzog ibn Shariyar, dans les Merveilles de l'Inde, rapporte la présence de « Wac wac » (Austronésiens) à la côte du pays des Zenj (Zanguebar) venus quérir des esclaves.

En effet, dès le IX^e siècle, le commerce entretenu par les Austronésiens entre Madagascar et la côte africaine où se développent les sociétés swahilies est très intense et repose notamment sur l'exportation de fer produit à Mayotte (site de Dembeni, IX^e – XII^e siècle)[2]. Dès cette époque, des marchands arabo-persans font escale dans l'archipel (nécropole de Bagamoyo) introduisant avec eux l'islam dans l'île.

Il semble que les premiers habitants appartiennent déjà aux premiers peuples swahilis, caractérisés par une culture d'origine bantoue[3] répandue sur l'ensemble des rivages de l'Afrique orientale de la Somalie au Mozambique, entretenant des relations encore mal connues avec les populations malgaches, d'origine austronésienne[4]. Mayotte et Anjouan ont été occupées apparemment plus tardivement car les deux îles se différencient de l'ensemble des Comores par une évolution linguistique spécifique. Le commerce maritime, très actif dès cette époque, atteste de contacts avec le Moyen-Orient musulman. Les plus vieux vestiges d'occupation humaine ont été retrouvés à Acoua, et datent de cette période[5] ; les premières populations n'étaient vraisemblablement pas musulmanes, et ne se seraient islamisées que plus tard, au contact des marchands arabes. Mayotte est alors une étape dans le commerce entre l'Afrique et Madagascar, comme l'attestent les données archéologiques du site d'Ironi Bé à Dembeni[2].

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  Plage de Koungou, au nord de Mayotte où a été reconnu le plus ancien site archéologique de l'archipel des Comores (VIII^e siècle)
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  Vase, X^e siècle, découvert par C.Allibert sur le site de Bagamoyo (Petite Terre), il servait de « couvercle » à un petit four à chaux de technologie austronésienne.
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  Bas relief du temple de Borobudur (Java, Indonésie) avec représentation d'un navire austronésien du IX^e siècle.

Vue aérienne de Dembeni.

Situé sur la côte orientale de Mayotte, surplombant une plaine côtière fertile, le site ancien de Dembeni (près du village actuel de Tsararano) est le plus important site médiéval de l'île tant par sa taille — plusieurs hectares — que pour ce qui a été trouvé à la suite des recherches archéologiques, principalement conduites par Claude Allibert.

La superficie et la taille de certains dépotoirs témoignent d'une concentration humaine très élevée. La métallurgie y est attestée. Les lingots de fer ainsi produits étaient destinés au monde indien et au Moyen-Orient. On a pensé jusque que dans les années 1980 que la prospérité de Dembeni était due au commerce du fer[6]. Mais des recherches menées en 2013 semblent montrer que Dembeni était également une place de redistribution des produits malgaches, surtout le cristal de roche[6]. Celui-ci était extrait de mines malgaches et était débité à Dembeni, où étaient retirés scories et parties impures[6].

Il était ensuite revendu à des marchands arabes, juifs et persans[6], le cristal de roche étant recherché par des ateliers d'Irak, d'Égypte et de Perse pour la confection d'objets de luxe. Des textes persans de l'époque indiquent d'ailleurs que le cristal de roche venait d'une île de la cote des Zandj[6]. La période de prospérité de Dembeni correspond à la période de production des plus belles pièces de cristal de roche en Égypte et en Iran[6]. Ces activités expliquent l'incroyable prospérité du site où des objets originaires de Madagascar, du Moyen-Orient et même de Chine (porcelaine blanche Tang du IX^e siècle[7]) ont été retrouvés en quantité. Une céramique originale, à engobe rouge et parfois graphitée, que l'on retrouve en abondance (peut-être la preuve d'une production locale) connaît une diffusion importante entre le IX^e et le X^e siècle, de la côte occidentale de Madagascar aux cités swahilies africaines et jusqu'à la péninsule arabique, où des exemplaires ont été retrouvés sur le site archéologique de Sharma (X^e – XII^e siècle), en Hadramaout.

Quant à l'origine des Dembeniens, on s'accorde à reconnaître dans leur culture les caractéristiques des populations austronésiennes ou « proto malgaches », bien que certains indices trahissent une présence bantoue.

Ce site, malheureusement attaqué par l'urbanisation, n'a pas livré tous ses secrets : aucune sépulture n'y a été encore découverte et l'on ignore encore par conséquent si les Dembeniens étaient islamisés. Enfin les causes de l'abandon du lieu restent mal expliquées : une modification des réseaux commerciaux pourrait expliquer son déclin à partir du XII^e siècle lorsque des comptoirs tenus par des islamisés se développent directement à Madagascar et réduisent l'archipel des Comores au seul rôle d'escale.

Si le déclin du site de Dembeni au XII^e siècle est manifeste, d'autres communautés villageoises de taille réduite poursuivent néanmoins la mise en valeur agricole de l'île, jetant la trame villageoise actuelle.

Les premières enceintes fortifiées apparaissent (rempart de Majicavo, d'Acoua, etc.) et signalent dès cette haute époque l'existence de potentats locaux attribuables à des chefferies. L'élevage du zébu, déjà présent lors de la période Dembeni, se généralise : nombre de ces enclos villageois sont des enclos pastoraux. La constitution de cheptel, la maîtrise du commerce et l'islamisation participent à l'apparition d'une aristocratie. Ainsi s'élabore dès le XI^e siècle une période nouvelle qui préfigure la structuration politique de l'archipel des Comores en sultanats : l'époque des Fani. Ce terme désigne les chefs, hommes ou femmes islamisés, dirigeant l'espace villageois, entité politique alors indépendante.

L'archipel des Comores constitue la frontière sud de l'aire culturelle swahilie qui se développe à partir de la fin du Moyen Âge dans cette région que l'on appelle en Europe le Zanguebar ; Mayotte constitue également le point de contact de cet ensemble avec la culture malgache, très différente, ce qui fait très tôt de cette île un carrefour d'influences — mais aussi une cible guerrière. Les influences venues de l'ensemble de l'océan Indien, mais aussi de la côte africaine, chamboulée par l'irruption des Bantous, et de la côte malgache, ne cessent de façonner la société swahilie insulaire. Une immigration bantoue et malgache (Sakalava) commence progressivement.

Mayotte, comme le reste de l'archipel, entre alors sous l'influence de la culture swahilie, influence qui s'explique comme à Ngazidja et à Ndzuani par l'installation de nouveaux clans originaires de la côte swahilie et sudarabique, venus principalement pour s'enrichir du commerce régional et propager l'islam. Ces nouvelles influences transforment profondément la société qui adopte le même mode de vie que les populations swahilies de la côte africaine. C'est alors que des petites bourgades se constituent, prospérant du commerce des esclaves principalement et de l'exportation des productions agricoles (viandes, riz). Les premières habitations en pierre, résidences des élites révélées par l'archéologie, apparaissent dès le XIV^e siècle. Les rivalités entre ces localités et peut-être déjà entre les îles, se traduisent par la multiplication des sites fortifiés. Les principales localités d'alors sont Mtsamboro, Acoua, Tsingoni, Bandrélé... qui connaissent un fort développement et amorcent un processus d'urbanisation.

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  Aperçu de la fouille du quartier des notables d'Acoua avec vestiges de constructions des XIV^e – XV^e siècles.
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  Restitution d'une habitation aisée à Acoua, au XV^e siècle.

Si les sépultures islamiques de la nécropole de Bagamoyo (IX^e – X^e siècle) témoignent d'une présence ancienne de l'islam dans l'île, le nombre croissant de découvertes de sépultures musulmanes datées des XI^e et XII^e siècles atteste d'une islamisation massive des élites mahoraises autour du XII^e siècle, ce qui rejoint les écrits d'al Idrisi qui au XII^e siècle rapporte que les élites de l'archipel sont musulmanes (il s'agit alors de la première mention écrite de l'archipel des Comores)[2]. Si l'islam sunnite chaféite, développé à la côte swahilie, est imposé par le sultanat shirazi au XV^e siècle, il n'en a pas toujours été ainsi puisque le soufisme chiite et l'ibadisme ont laissé des traces sur l'île : au travers du nom de certains fani, de la vénération des tombes des saints – ziara – et de l'existence sur le site de Mitseni des vestiges d'une mosquée ibadite antérieure à la mosquée chaféite, enfin dans la légende, datée des XIV^e et XV^e siècles, de Matsingo et de son époux Mwarabu (l'Arabe), ce dernier veut enseigner l'islam chaféite aux chefs de l'île et voit le refus de certains prétextant qu'ils ont déjà leurs propres traditions islamiques.

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  Tombe (colonne basaltique dressée) sur le site de Mitseni
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  Couloir latéral occidental et porte nord de la mosquée de Polé (Petite Terre), XV^e – XIX^e siècle.

Minaret de la Mosquée de Tsingoni, la plus ancienne mosquée en activité de France. Si la mosquée remonte au moins au XVI^e siècle, le minaret est bien postérieur.

Bien que des sépultures islamiques aient été découvertes dans la nécropole de Bagamoyo (Petite-Terre) pour les IX^e – X^e siècles, aucune mosquée remontant à cette haute époque n'a encore été révélée à Mayotte, d'une part parce que la recherche archéologique est encore très insuffisante dans ce domaine et d'autre part parce que les édifices religieux de cette époque étaient construits en matériaux périssables et n'ont donc laissé peu de traces visibles pour orienter une fouille archéologique.

Une vingtaine de mosquées anciennes existent à Mayotte et la très grande majorité sont en ruine du fait de l'abandon de ces anciens villages à la fin du XVIII^e siècle. Leur datation est très incertaine : les plus anciennes pourraient remonter au XIV^e siècle mais seule la date de la mosquée de Tsingoni est aujourd'hui acquise grâce à une inscription conservée dans son mihrab. En effet, le sultan Aïssa (ou Ali) ben Mohamed embellit la première mosquée signalée dès 1521 par l'ajout d'un mihrab en 1538[9].

Les mosquées anciennes de l'île présentent les mêmes grandes caractéristiques empruntées à l'architecture religieuse swahili elle-même copiée des mosquées du Hadramaout : une salle de prière avec mihrab encadré par deux couloirs latéraux accessibles par une cour où est placé un bassin pour les ablutions. Ces mosquées n'ont pas de minaret et, de taille modeste, ne peuvent accueillir qu'une cinquantaine d'hommes. Les toitures étaient principalement réalisées avec une couverture végétale à deux pans, mais Tsingoni possédait une toiture plate soutenue par des piliers dans la salle de prière. Les murs, construits en blocs de pierre et de corail sont généralement couverts d'enduit de chaux et ne possèdent pas d'autre décoration. Le mihrab de Tsingoni, réalisé à partir de corail sculpté, est à ce titre un exemplaire remarquable et unique dans l'île de l'art religieux dont on retrouve des parallèles à Domoni (Anjouan) et dans les anciennes cités swahili de la côte africaine.

La société d'alors, est dominée par l'aristocratie Fani. Cosmopolite, elle est le fruit du brassage entre l'ancienne aristocratie et les nouveaux clans. L'essentiel de la population n'en reste pas moins composée d'esclaves qui ont grandement contribué à peupler et mettre en valeur l'île. En effet, au cours des XIII^e – XIV^e siècles, le nombre de villages ne cesse d'augmenter, et cette croissance démographique est si soudaine que seul le recours à l'esclavage peut expliquer.

C'est d'ailleurs à cette époque que se développent les ports Antalaotra de la côte malgache, ports dont la prospérité est due à l'exportation des esclaves originaires des hauts plateaux malgaches (pays Hova) vers le Moyen-Orient via les Comores et les cités swahili. De nombreux indices (témoignages portugais) laissent entendre que les Comores importent aussi des esclaves africains. On entrevoit alors que dès les XIV^e – XV^e siècle, « l'élevage des esclaves » décrit en 1521 par Piri Reis est une spécialité déjà ancienne des Comores.

C'est donc dans une société largement intégrée au grand commerce, et principalement la traite des esclaves, et ayant adopté depuis plus d'un siècle le mode de vie swahili que vont s'épanouir au XV^e siècle les premiers sultanats fondés par des princes swahilis de la lignée prestigieuse des Shirazi.

Il s’agit de la liste la plus complète connue à ce jour. Découverte en 1979, elle fut étudiée et publiée par Claude Allibert et Saïd Inzoudine.

Chaque Fani est associé à une localité :

1 : Deux Fani sont ainsi connus pour les villages de Bandrélé et Shungi. 2 : Localité inconnue

Les anciens mwalimu de Mayotte (manuscrit de Mkadara ben Mohamed, 1931).
Ce manuscrit fournit une liste des anciens mwalimu, légèrement différente de la liste précédente.

Les Shirazi constituent un clan prestigieux et charismatique présent dans tout l'Océan indien occidental. Il s'agit de groupes islamisés originaire du golfe Persique (notamment de Siraf, le port de Shiraz) et qui s'établirent à la faveur des contacts commerciaux sur le littoral africain où ils fondèrent des sultanats (on peut à leur sujet parler de diaspora chiite en Afrique orientale). Ils s'établirent ainsi d'abord à Mogadiscio et à Barawa dans le Bénadir à partir du IX^e siècle. On retrouve des princes shirazi à Kilwa, à partir du XII^e siècle, ainsi que sur l'île de Zanzibar au XIII^e siècle. L'important changement dynastique connu à Kilwa à la fin du XIII^e siècle avec l'avènement du sultan al-Hassan bin Talib entraîne l'exil de princes shirazi vers les Comores. C'est en effet au XIII^e siècle où se situe l'arrivée de princes shirazi aux Comores (légendes de l'arrivée de princesses shirazi à Ngazidja, mariage de la fille du fani Othman de Domoni à un « Arabe »). À cette première vague succède au XV^e siècle une nouvelle installation de shirazi à Anjouan et à Mayotte, celle-ci aboutissant à la création de véritables sultanats. À cette date, les princes « shirazi » qui s'établirent aux Comores étaient, comme le reste des islamisés de la côte africaine swahilie depuis le XIII^e siècle, convertis à l'islam sunnite chaféite. C'est l'instauration des sultanats shirazi aux Comores qui conduisit à l'adoption du chaféisme dans ces îles, gommant les anciennes traditions islamiques anciennement établies (chiite, zaydite, ibadite qui purent s'y établir entre le X^e et le XIII^e siècle).

L'archipel des Comores constitue la frontière sud de l'aire culturelle swahilie qui se développe à partir de la fin du Moyen Âge dans cette région que l'on appelle à l'époque le Zanguebar ; Mayotte constitue également le point de contact de cet ensemble avec la culture malgache, très différente, ce qui fait de cette île un carrefour d'influences - mais aussi une cible stratégique. Les influences venues de l'ensemble de l'océan Indien, mais aussi de la côte africaine, chamboulée par l'irruption des Bantous, et de la côte malgache, ne cessent de façonner la société swahilie insulaire. Une immigration bantoue et malgache (Sakalaves) commence insensiblement[10], tandis que les contacts avec des ciilisations éloignées (autant européennes qu'asiatiques) se développent.

En 1453, la chute de Constantinople ferme brutalement les routes commerciales qui reliaient l'Europe à l'Orient. S'ouvre alors l'âge d'or du commerce maritime (dominé dans un premier temps par les Portugais, rivaux des Arabes), qui contourne l'Afrique pour atteindre l'Inde et la Chine : le canal du Mozambique se retrouve donc subitement au cœur de la principale route commerciale au monde, entraînant une importante période de prospérité pour les nombreuses îles et cités-États de l'aire culturelle swahilie.

L'île de Mayotte (« Mawutu ») est mentionnée pour la première fois en 1490 sous la plume du navigateur arabe Ahmed Ibn Majid, signe d'une montée en importance au niveau commercial[2]. Les Portugais entament des relations commerciales à partir de 1557, avec la visite de la flotte de Baltazar Lobo da Sousa[2].

Jusqu'à la fin du XV^e siècle, l'île de Mayotte est morcelée en territoires indépendants commandés par des chefs, les "Fani". Ces derniers, hommes ou femmes (islamisés comme en témoignent les patronymes musulmans que la tradition leur attribue) constituent une aristocratie d'influence swahili et malgache héritière des siècles passés. Venu d'Anjouan où le clan shirazi est établi depuis plusieurs générations, Attoumani ben Mohamed, par mariage avec la fille du puissant fani de Mtsamboro (Mwalimu Poro) fonde la première dynastie princière de l'île. De ce mariage naquit Jumbe Amina qui épousa le sultan d'Anjouan, Mohamed ben Hassan. Par ce mariage, le sultanat d'Anjouan, dominant déjà Mohéli, étendait son influence à Mayotte. De ce mariage naquit Aïssa ben Mohamed. Celui-ci hérita, par sa mère Amina, du droit de régner sur le sultanat de Mayotte, qui dès lors affirma son indépendance vis-à-vis du sultanat d'Anjouan. La capitale fut alors transférée de Mtsamboro à Tsingoni (« Chingoni ») vers 1530. En 1538 était inaugurée la mosquée royale de Tsingoni, en partie conservée aujourd'hui. Ce sultanat, perpétuellement menacé par les projets d'annexion comoriens et malgaches, est reconnu jusqu'au début du XIX^e siècle. C'est de cette époque que date l'établissement de l'islam sunnite chaféite et de l'Islam chiite pratiqué à Mayotte[5].

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  Relevé des inscriptions scellées dans le mihrab et donnant son année de construction.
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  Mausolées shirazi de Tsingoni, ces tombes royales sont similaires aux sépultures à dôme de l'archipel de Lamu.

Le règne d'Aïssa (40 ans d'après certaines traditions) est une période de prospérité pendant laquelle le sultanat est consolidé (domination de tous les anciens Fani qui conservent néanmoins une partie de leurs anciens pouvoirs en exerçant localement la fonction de vizir), affirme son indépendance vis-à-vis d'Anjouan (fortification de localités de la côte occidentale -face à Anjouan-), et s'ancre dans la culture swahili (développement dans plusieurs localités de quartiers urbains en pierre, alliances matrimoniales avec les clans hadrami de l'archipel swahili de Pate, « plaque tournante » entretenant des réseaux commerciaux entre Madagascar, les Comores et la péninsule sudarabique (notamment pour la traite des esclaves malgaches). C'est en 1557, durant le règne d'Aïssa, qu'une flotte portugaise commandée par Baltazar Lobo da Susa explore l'île, seulement signalée par les Portugais en 1506.

La succession des règnes s’appuie sur les différentes traditions existantes - notamment celle du cadi Omar Aboubacar de 1865 - confrontées aux sources historiques disponibles.

Caraque portugaise, d'après un portulan du XVI^e siècle

Lorsqu'une flotte portugaise baptise l'île de Mayotte, en janvier 1507, l'île du Saint Esprit, en référence à l'un des navires de l'escadre, cela fait plus de six siècles que cette île est connue et fréquentée par des navigateurs arabes. Déjà au XV^e siècle, Ibn Majid signale l'île de « Maouta » alors que l'archipel d'Al Qomor est décrit au XII^e siècle par Al Idrisi. D'après les archives de l'amirauté portugaise, Mayotte est cartographiée par Diego Ribeiro en 1527. Il semble que les premiers Européens à en fouler le sol soient l'équipage de la flotte de Baltazar Lobo da Susa, en 1557, puisqu'il est le premier a nous en livrer une description précise sur ses habitants. Cependant, les récifs de corail de Mayotte représentent un danger mortel pour les bateaux : c'est pourquoi jusqu'au XVIII^e siècle, l'île n'est pas un lieu d'escale ordinaire pour les grandes flottes et n'accueille que quelques grands navires européens venus s'y ravitailler par nécessité. Mais chaque description qu'elle fournit par ces relations de voyages sont très précieuses en l'absence de sources historiques directes comoriennes. Les seuls bateaux pouvant accoster sans risque à Mayotte étaient les navires souples typiques de la culture swahilie appelés « Mtepe », qui ne craignaient pas les récifs ou bancs de sable et pouvaient s'échouer sans risque directement sur les plages, sans besoin de port[7].

En 1521, l'amiral et cartographe ottoman Piri Reis visite Mayotte. Il la décrit en ces termes dans son Kitab-i Bahrije :

« La seconde île est nommée Magota. On dit que les Portugais y ont mis des hommes. Elle a un Chah. Sa population est noire et blanche. Ils sont chafi'i, parmi eux point d'hypocrisie. Elle a une ville nommée Chin Kuni [Tsingoni]. N'y règnent que des cheikhs.[9]. »

À partir du XVII^e siècle, les navigateurs européens recommandent aux navires en route pour les Indes de faire une pause atlantique au Cap-Vert au printemps et une pause indienne aux Comores en septembre, afin de profiter au mieux des courants de mousson, ce qui fait de l'archipel une place commerçante majeure de cette partie du monde[7].

À partir des années 1740, le sultanat de Mayotte subit les attaques répétées de son voisin anjouanais. La chronique du cadi Omar Aboubacar ignore pourtant cet aspect historique : cet auteur, « protégé » du sultan d’Anjouan Salim I^er, attribue davantage la ruine du sultanat aux razzias malgaches. Les sources historiques européennes signalent pourtant à plusieurs reprises ces incursions dont le principal enjeu est la capture d’esclaves qui sont ensuite vendus aux trafiquants négriers français. Parfois ceux-ci fournissent une aide précieuse lors de ces incursions et reçoivent comme salaire du sultan d’Anjouan des centaines de captifs.

Dzaoudzi, 1855, gravure tirée du Magazine pittoresque, dessin de Lebreton.

L’origine de ces incursions est cependant liée à des querelles dynastiques, remontant à la fin du XVII^e siècle, lorsque Echati, une fille du sultan de Mayotte, Omar ben Ali, épouse un haut notable anjouanais Houssein Mwé Fani. Leur fille règne sur Mayotte au début du XVIII^e siècle sous le nom de sultane Mwanao binti Mwe Fani. Mais celle-ci est évincée du pouvoir par son oncle, Aboubakar ben Omar. On comprend alors le désir de Salim I^er de placer sur le trône de Mayotte un descendant d’un haut dignitaire anjouanais dont la famille est connue pour sa fidélité au sultan et l’exercice de très hautes fonctions à Anjouan (gouverneur de Mutsamoudou et commandant des armées…).

C’est ainsi que le second fils de Mwe Fani, Salimou ben Mwé Fani, renverse son oncle Aboubacar avec l’aide anjouanaise et devient sultan de Mayotte. Cette conquête s’est certainement déroulée en 1727, d’après les écrits de Mathieu de Gesnes.

Cependant le nouveau sultan Salim très vite va se retourner contre le sultanat d’Anjouan, refusant de faire allégeance au nouveau sultan d’Anjouan Ahmed, successeur du sultan Salim. Il s’ensuit une nouvelle incursion militaire anjouanaise qui cette fois-ci se solde par un cuisant échec lors de la bataille de Zidakani (petite cuvette à l’ouest de Tsingoni) vers 1750.

Le sultan Ahmed ne cessera tout au long de son règne de renouveler les tentatives de conquêtes : en 1781, d’après William Jones, deux garnisons ont ainsi été établies à Mayotte tandis qu’en 1783, une nouvelle expédition est préparée, de même en 1789 où des naufragés arrivant à Anjouan signalent l’absence du sultan et de nombreux habitants partis en campagne militaire à Mayotte.

En 1790 et 1791, deux expéditions sont commandées par le fils du sultan Ahmed, Salim mais sans davantage de succès malgré l’aide de deux trafiquants français[14] L’assassinat de Salim ben Ahmed et l’avènement de Abdallah I^er d'Anjouan puis les incursions malgaches sur l’archipel mettent un terme à un demi-siècle de tentatives du sultanat d’Anjouan à s’imposer sur son voisin mahorais, mais sans réel succès.

À la fin du XVIII^e siècle, une riche famille omanaise de Zanzibar s'établit à Tsingoni, et y fait fortune. Le principal héritier de cette famille (Salih ben-Mohammed ben-Béchir el-Mondzary el-Omany) épouse alors la fille du vieux sultan Boina Kombo ben Salim et devient héritier légitime du trône : après avoir abandonné l'Ibadisme pour le Chaféisme en vigueur dans la région, il devient sultan sous le nom de Salim II, jusqu'à sa mort en 1807 ou 1815 selon les sources. C'est notamment lui qui transfère la capitale de Tsingoni à Dzaoudzi, localité alors plus facile à fortifier contre les attaques de pirates — Tsingoni est laissée à l'abandon[15].

Le dernier sultan shirazien, Mouana-Mâddi, est assassiné en 1829 : son fils Bana-Kombo (ou Bwana Combo) trouve refuge auprès du roi sakalave du Iboina à Madagascar, Andriantsoly, avec lequel son père avait conclu un pacte d'alliance[15]. Andriantsoly aide le jeune Bana-Kombo à reconquérir son trône, et obtient en échange la moitié de l'île. Cet état de fait entraîna rapidement une rivalité entre les deux co-souverains, et après quelques batailles Andriantsoly exila Bana-Kombo à Mohéli. Celui-ci tenta alors de s'allier au sultan local d'origine malgache Ramanateka, qui préféra cependant le spolier pour devenir co-sultan de Mayotte à sa place. Ambitieux, il chasse Andriantsoly de Mayotte en 1836 pour régner sans partage sur l'île, mais regagne ensuite Mohéli. Andriantsoly s'allie alors au sultan Abdallah d'Anjouan pour récupérer l'île[15]. Guerrier converti à l'islam et aussi diplomate respecté auprès des communautés swahilies et malgaches, Andrian Souly devient ainsi le sultan reconnu de l'île dont il s'efforce tant bien que mal de préserver la souveraineté malgré les continuelles hostilités et menaces.

Après un siècle de troubles, Mayotte est totalement dépeuplée, passant de 12 000 habitants au XVI^e siècle à moins de 5 000 lors des premiers recensements effectués après la prise de possession de l'île par les Français en 1843. De nombreuses localités pourtant jadis prospères sont abandonnées telle la capitale Tsingoni, délaissée vers 1795 pour le rocher fortifié de Dzaoudzi. La Grande Terre n'est alors réellement peuplée que sur la pointe Choa (Pointe Mahabou à Mamoudzou), tandis que de rares hameaux occupent le reste de l'île.

• C. Allibert, Mayotte, plaque tournante et microcosme de l’océan Indien occidental : son histoire avant 1841, Paris, Ed Anthropos 1984.
• C. Allibert, « Le site de Dembeni, Mayotte » Études Océan Indien (Ceroi-Inalco), n^o 11, p. 63-172, 1989.
• C. Allibert, « Une description turque de l’océan Indien occidental dans le Kitab-i Bahrije de Piri Re’ïs (1521) », Études de l’Océan Indien n^o 10,p. 9-52 Publications Langues’O 1991
• C. Allibert, « La chronique d’Anjouan par Saïd Ahmed Zaki », Études de l’Océan Indien n^o 29, p. 7-92 Publications Langues’O 2000.
• C. Allibert, « L’interdépendance de l’archéologie et de l’anthropologie culturelle dans l’océan Indien occidental. L’exemple de Mayotte, Études de l’océan Indien » n^o 33-34, Publications Langues’O 2003.
• C. Allibert, « L’apport shirazi dans l’océan Indien occidental, ya mkobe, revue du Centre National de Documentation et de Recherche Scientifique », n^o 12-13 décembre 2005, p. 133-141, KOMEDIT 2005.
• C. Allibert, « Peut-il y avoir une occupation pré-dembénienne à Mayotte? », Taarifa (Mayotte, Archives départementales de Mayotte), n^o 1, p. 17-30, 2009.
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• H.D. Liszkowski, Mayotte et les Comores : Escales sur la route des Indes aux XVe et XVIIIe siècles, Mayotte, Editions du Baobab, coll. « Mémoires », 2000, 414 p. (ISBN 2-908301-18-0).
• H. D. Liszkowski, « Le commerce d’escale au XVII^e siècle, dans l’océan Indien, à partir de nouvelles données archéologiques, Études de l’océan Indien » n^o 33-34, p. 33-77, Publications Langues’O, 2003.
• J. Martin, Comores : quatre îles entre pirates et planteurs, Tome 1, L’Harmattan, 1983.
• M.Pauly, « développement de l'architecture domestique en pierre à Mayotte, XIII^e – XVII^e siècle », in Archéologie, histoire et anthropologie des mondes insulaires, p. 603-631, Paris, Karthala, 2010.
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• Th. Vernet, « Les réseaux de traite de l’Afrique orientale : côte swahili, Comores et nord-ouest de Madagascar (vers 1500-1750) », Cahiers des Anneaux de la Mémoire, 9, p. 67-107, 2006.

• Jean Martin, Histoire de Mayotte : département français, Paris, Les Indes savantes, 2010, 184 p. + pl. (ISBN 978-2-84654-234-0)
• Élise Ralser (dir.), Mayotte 2009 : questions sur l'avenir du 101^e département, Association de la Recherche en Droit dans l'Océan Indien [sous la direction, Sainte-Clotilde (Réunion), 2009, 239 p. (numéro spécial de la Revue juridique de l'Océan indien, 2009)
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• « Les Comores », Encyclopédie géographique universelle Marco Polo, Paris, Grange Batelière, 1973, p. 515-514.
• Articles de Marie-France Rombi, « Les Comores » et Jean-Louis Miège, « Histoire de l'océan Indien », Encyclopaedia Universalis, Paris, 2001.
• Archives de l'Université de Marseille, sur l'océan Indien et les Comores en particulier.
• Vasile Tara, Jean-Claude Woillet, Madagascar, Mascareignes et Comores, Connaissance des îles, Société continentale d'éditions modernes illustrées, Paris, 1969, 384 pages.
• Boisadam Philippe, Mais que faire de Mayotte ? Analyse chronologique de l'affaire de Mayotte 1841 - 2000, Éditions L'Harmattan, 2009, 531 p. (ISBN 978-2-296-22650-0 et 2-296-22650-7, lire en ligne)
• Gérard-François Dumont, « Découvrir Mayotte, une géopolitique singulière », sur DiploWeb.com, 18 mars 2018.

• Histoire des Comores
• Esclavage dans la Corne de l'Afrique, Traite négrière dans le sud-ouest de l'océan Indien
• Esclavage à Madagascar, Esclavage aux Comores, Esclavage à Bourbon, Esclavage à Maurice
• Engagisme à La Réunion, Engagisme à Maurice
• Civilisation islamique, Traite arabe
• Zanguebar (Zenj, Zanj), Culture swahilie, Oman, Yémen, Chiraz
• Raids ottomans sur la côte swahilie, Piri Reis

• Explication de vote du représentant de la France au conseil de sécurité de l'ONU sur la question des Comores

Pour en savoir plus sur l'histoire pré-coloniale :

• Société d'Histoire et d'Archéologie de Mayotte