Mycota (classification phylogénétique)
Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Mycota (Fungi, Mycètes), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.
Arbre phylogénétique
Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.
Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
▲ └─o Fungi ou Mycota ├─o │ ├─o Neocallimastigomycetes │ └─? Chytridiomycota s.s. │ ├─o Monoblepharidomycetes │ └─o Chytridiomycetes └─o ├─o Blastocladiomycota ou Blastocladiomycetes └─o Zygomycota (paraphylétique) ├─? │ ├─o Microsporidia ► │ └─o Rozella ├─o │ ├─o │ │ ├─o Olpidium │ │ └─o Basidiobolales │ ├─o Entomophthoromycotina │ └─o │ ├─o Zoopagomycotina │ └─o Kickxellomycotina └─o ├─o Mucormycotina ou Mucoromycotina └─o Symbiomycota ├─o Dikarya │ ├─o Basidiomycota ► │ └─o Ascomycota ► └─o Glomeromycota
▲ └─o Fungi ou Mycota ├─o │ ├─o Neocallimastigomycetes ou Neocallimastigales │ └─? Chytridiomycota s.s. │ ├─o Monoblepharidomycetes ou Monoblepharidales │ │ ├─o Gonapodyaceae │ │ ├─o Harpochytriaceae │ │ ├─o Monoblepharidaceae │ │ └─o Oedogoniomycetaceae │ └─o Chytridiomycetes │ ├─o │ │ ├─o Cladotrichiales │ │ └─o Polytrichiales │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Lobulomycetales │ │ └─o Synchytrium │ └─o │ ├─o Chytridiales │ │ ├─o Chytridiaceae │ │ └─o Chytriomycetaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Spizellomycetales │ │ └─o Rhizophlyctidales │ │ ├─o Rhizophlyctidaceae │ │ ├─o Sonoraphlyctidaceae │ │ ├─o Arizonaphlyctidaceae │ │ └─o Borealophlyctidaceae │ └─o Rhizophydiales │ ├─o Entophlyctis helioformis │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Protrudomycetaceae │ │ └─o │ │ ├─o Angulomycetaceae │ │ └─o Aquamycetaceae │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Kappamycetaceae │ │ └─o │ │ ├─o Alphamycetaceae │ │ └─o Gorgonomycetaceae │ └─o │ ├─o Terramycetaceae │ └─o │ ├─o Operculomyces laminatus │ └─o │ ├─o Coralloidiomyces digitatus │ └─o │ ├─o Rhizophlyctis harderi │ └─o │ ├─o Batrachochytrium dendrobatidis │ ├─o Globomycetaceae │ └─o │ ├─o Pateramycetaceae │ └─o Rhizophydiaceae └─o ├─o Blastocladiomycota ou Blastocladiomycetes ou Allomycetes ou Blastocladiales │ ├─o Physodermataceae │ └─o │ ├─o Coelomomycetaceae │ └─o │ ├─o Sorochytriaceae │ ├─o Blastocladiaceae │ └─o Catenariaceae └─o Zygomycota (paraphylétique) ├─? │ ├─o Microsporidia ► │ └─o Rozella ├─o │ ├─o │ │ ├─o Olpidium │ │ └─o Basidiobolales │ ├─o Entomophthoromycotina ou Entomophthorales │ │ ├─o Ancylistaceae │ │ ├─o Entomophthoraceae │ │ └─o Neozygitaceae │ └─o │ ├─o Zoopagomycotina ou Zoopagales │ │ ├─o Helicocephalidaceae │ │ ├─o Piptocephalidaceae │ │ ├─o Sigmoideomycetaceae │ │ └─o Zoopagaceae │ └─o Kickxellomycotina │ ├─o Dimargaritales │ └─o │ ├─? Asellariales │ └─o │ ├─o │ │ ├─o Orphella │ │ └─o Kickxellales │ └─o │ ├─o Spiromyces │ └─o Harpellales └─o ├─o Mucormycotina │ ├─o Mortierellales │ └─o │ ├─o Endogonales │ └─o Mucorales │ ├─o Umbelopsidiaceae │ └─o Mucoraceae └─o Symbiomycota ├─o Dikarya │ ├─o Basidiomycota ► │ └─o Ascomycota ► └─o Glomeromycota ├─o Paraglomerales └─o ├─o Archaeosporales │ ├─o Archaeosporaceae │ └─o │ ├─o Ambisporaceae │ └─o Geosiphonaceae └─o ├─o Glomerales └─o Diversisporales ├─? Dentiscutataceae ├─? Racocetraceae ├─? Scutellosporaceae ├─o Gigasporaceae └─o ├─o Pacisporaceae └─o ├─o Acaulosporaceae └─o Diversisporaceae
Agent de la chytridiomycose (Batrachochytrium sp.)
Cladochytrium menyanthis
Débat scientifique relatif à la phylogénie des Mycota
Au sein des Opisthocontes monophylétiques, la monophylie des Mycètes est également avérée, à condition d'en éliminer plusieurs groupes protistes autrefois considérés comme des « Champignons inférieurs » (et dont le nom scientifique se termine toujours avec le suffixe « -myc- »), et classés aujourd'hui parmi les Straménopiles, donc très loin de notre clade, ou les Mésomycétozoaires, c'est-à-dire plus près des Animaux que des Fungi.
Aujourd'hui, les analyses s'accordent sur la paraphylie des Chytridiomycètes et peut-être des Zygomycètes, mais divergent sur la place exacte des Microsporidies qui sont peut-être des Zygomycètes plutôt que le groupe frère des Mycètes. La proximité des Gloméromycètes (autrefois classés parmi les Zygomycètes) et des « Champignons supérieurs » ne semble plus devoir être remise en question, non plus que la monophylie de ceux-ci et des deux groupes qui les constituent (Ascomycètes et Basidiomycètes).
Les Chytridiomycètes s.l. s'avèrent être le grade primitif des Mycètes. En leur sein, les Blastocladiales s.l. sont peut-être plus proches parents des Zygomycètes que des Chytridiomycètes proprement dits. Parmi ces derniers, les Spizellomycètes eux-mêmes se sont avérés polyphylétiques, et les Olpidiacés en ont été retirés, Rozella étant peut-être plus proche des Microsporidies, Olpidium des Basidiobolales, etc.
Classification selon Cavalier-Smith 1998
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.). Ses « Entéromycètes » sont aujourd'hui considérés comme des Mésomycétozoaires, plus proches des Animaux que des Mycètes.
▲ └─o règne des Fungi ├─o sous-règne des Eomycota (paraphylétique) │ ├─o embranchement des Archemycota (paraphylétique) │ │ ├─o sous-embranchement des Dictyomycotina (paraphylétique) │ │ │ ├─o classe des Chytridiomycetes │ │ │ │ ├─o sous-classe des Rumpomycetidae │ │ │ │ │ ├─o ordre des Chytridiales │ │ │ │ │ └─o ordre des Monoblepharidales │ │ │ │ └─o sous-classe des Spizomycetidae │ │ │ │ ├─o ordre des Spizellomycetales │ │ │ │ └─o ordre des Neocallismatigales │ │ │ └─o classe des Enteromycetes │ │ │ ├─o ordre des Eccrinales │ │ │ └─o ordre des Amoebidiales │ │ └─o sous-embranchement des Melanomycotina │ │ ├─o infra-embranchement des Allomycotina │ │ │ └─o classe des Allomycetes │ │ │ ├─o ordre des Blastocladiales │ │ │ └─o ordre des Coelomomycetales │ │ │ └─o famille des Coelomomycetaceae │ │ └─o infra-embranchement des Zygomycotina (paraphylétique) │ │ ├─o super-classe des Eozygomycetia │ │ │ ├─o classe des Bolomycetes │ │ │ │ └─o ordre des Basidiobolales │ │ │ └─o classe des Glomomycetes (peut-être paraphylétique) │ │ │ ├─o Glomales │ │ │ └─o Endogonales │ │ └─o super-classe des Neozygomycetia │ │ ├─o classe des Zygomycetes │ │ │ ├─o sous-classe des Mucoromycetidae │ │ │ │ ├─o ordre des Mucorales │ │ │ │ └─o ordre des Mortierellales │ │ │ └─o sous-classe des Meromycetidae │ │ │ ├─o │ │ │ │ ├─o Dimargaritales │ │ │ │ └─o Kickxellales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o Piptocephalaceae │ │ │ └─o Cuninghamellales │ │ └─o classe des Zoomycetes │ │ ├─o sous-classe des Entomycetidae │ │ │ ├─o ordre des Entomophorales │ │ │ └─o ordre des Zoopagales │ │ └─o sous-classe des Pedomycetidae │ │ ├─o super-ordre des Trichomycetalia │ │ │ ├─o ordre des Harpellales │ │ │ └─o ordre des Asellariales │ │ └─o super-ordre des Pyxomycetalia │ │ ├─o ordre des Laboulbeniales │ │ └─o ordre des Pyxidiophorales │ └─o embranchement des Microsporidia │ ├─o classe des Minisporea │ └─o classe des Microsporea │ ├─o sous-classe des Pleistophorea │ └─o sous-classe des Disporea └─o sous-règne des Neomycota ├─o embranchement des Ascomycota │ ├─o sous-embranchement des Hemiascomycotina (peut-être paraphylétique) │ │ ├─o classe des Taphrinomycetes │ │ ├─o classe des Geomycetes │ │ │ └─o ordre des Geosiphonales │ │ │ └─o famille des Geosiphonaceae │ │ └─o classe des Endomycetes │ │ ├─o sous-classe des Dipomycetidae │ │ └─o sous-classe des Saccharomycetidae │ └─o sous-embranchement des Euascomycotina │ ├─o classe des Discomycetes │ │ ├─o sous-classe des Calycomycetidae │ │ ├─o sous-classe des Lecomycetidae │ │ └─o sous-classe des Pezomycetidae │ ├─o classe des Pyrenomycetes │ │ ├─o sous-classe des Verrucomycetidae │ │ └─o sous-classe des Ostiomycetidae │ ├─o classe des Loculomycetes │ │ ├─o sous-classe des Dendromycetidae │ │ └─o sous-classe des Loculoascomycetidae │ └─o classe des Plectomycetes └─o embranchement des Basidiomycota ├─o sous-embranchement des Septomycotina (peut-être paraphylétique) │ └─o classe des Septomycetes │ ├─o sous-classe des Sporidiomycetidae │ │ ├─o Erythrobasidiales │ │ └─o Sporidiales │ └─o sous-classe des Uredomycetidae │ ├─o Uredinales │ └─o Septobasidiales └─o sous-embranchement des Orthomycotina ├─o super-classe des Hemibasidiomycetia │ └─o classe des Ustomycetes │ ├─o ordre des Ustilaginales │ └─o ordre des Tilletiales └─o super-classe des Hymenomycetia ├─o classe des Gelimycetes (paraphylétique) │ ├─o sous-classe des Tremellomycetidae │ ├─o sous-classe des Dacrymycetidae │ └─o sous-classe des Auromycetidae └─o classe des Homobasidiomycetes ├─o sous-classe des Clavomycetidae └─o sous-classe des Pileomycetidae
Classification proposée par Adl et al. 2005
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Mycètes.
▲ └─o Fungi ├─o Basidiomycota ├─o Urediniomycetes ├─o Ustilaginomycetes ├─o Ascomycota │ ├─o Neolecta │ ├─o Taphrinomycotina │ │ ├─o Pneumocystis │ │ ├─o Schizosaccharomycetes │ │ └─o Taphrinomycetes │ ├─o Saccharomycetes │ └─o Pezizomycotina │ ├─o Arthoniomycetes │ ├─o Dothideomycetes │ ├─o Chaetothyriomycetes │ ├─o Eurotiomycetes │ ├─o Pezizomycetes │ ├─o Laboulbeniomycetes │ ├─o Lecanoromycetes │ ├─o Leotiomycetes │ ├─o Lichinomycetes │ ├─o Orbiliomycetes │ └─o Sordariomycetes ├─o Microsporidia ├─o Glomeromycota ├─o Zygomycota │ ├─o Dimargaritales │ ├─o Harpellales │ ├─o Kickxellales │ ├─o Zoopagales │ ├─o Basidiobolus │ ├─o Mucorales (peut-être paraphylétique) │ ├─o Endogonales │ └─o Entomophthorales └─o Chytridiomycetes ├─o Blastocladiales │ ├─o Blastocladiaceae │ ├─o Catenariaceae │ ├─o Coelomomycetaceae │ ├─o Physodermataceae │ └─o Sorochytrium ├─o Monoblepharidales │ ├─o Gonapodyaceae │ ├─o Monoblepharidaceae │ └─o Oedogoniomycetaceae ├─o Spizellomycetales │ ├─o Spizellomycetaceae │ └─o Olpidiaceae ├─o Neocallimastigaceae └─o Chytridiales (paraphylétique)
En savoir plus
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Sources bibliographiques de référence
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- Thomas Cavalier-Smith, « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews, vol. 73, 1998, pp. 203-266
Sources internet
- « Arbre taxonomique de l'Inventaire national du Patrimoine naturel », partiel et non phylogénétique
- « Chytrid Fungi Online »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)
- Mikko's Phylogeny Archive
- The Taxonomicon
- « Palaeos.org »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)
- « Micro*scope »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?)
- NCBI Taxonomy Browser
- The Tree of Life Web Project