Ascomycota (classification phylogΓ©nΓ©tique)
Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Ascomycota (Ascomycètes), c'est-à -dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.
Arbre phylogΓ©nΓ©tique
Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.
Le symbole β² renvoie Γ la partie immΓ©diatement supΓ©rieure de l'arbre phylogΓ©nΓ©tique du vivant. Le signe βΊ renvoie Γ la classification phylogΓ©nΓ©tique du groupe considΓ©rΓ©. Tout nΕud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indΓ©termination de la phylogΓ©nie interne du groupe considΓ©rΓ©.
Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.
Γ la suite d'un taxon, sa pΓ©riode d'apparition, quand elle est connue, peut Γͺtre indiquΓ©e suivant la lΓ©gende suivante : (PlΓ©) : PlΓ©istocΓ¨ne ; (Pli) : PliocΓ¨ne ; (Mio) : MiocΓ¨ne ; (Oli) : OligocΓ¨ne ; (Γoc) : ΓocΓ¨ne ; (Pal) : PalΓ©ocΓ¨ne ; (CrΓ©) : CrΓ©tacΓ© ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : CarbonifΓ¨re ; (DΓ©v) : DΓ©vonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Γdiacarien. Pour plus de prΓ©cision si possible, (-) : infΓ©rieur ; (~) : moyen ; (+) : supΓ©rieur.
β² ββo Ascomycota ββo Taphrinomycotina β ββ? Archaeorhizomycetes β ββo Neolectomycetes β ββo β ββo β β ββo Pneumocystidomycetes β β ββo Schizosaccharomycetes β ββo Taphrinomycetes ββo Saccharomyceta ββo Saccharomycotina ou Saccharomycetes ββo Pezizomycotina ββo Pezizomycetes ββo ββo Orbiliomycetes ββo Leotiomyceta ββo Geoglossomycetes ββo ββo Sordariomyceta β ββo Leotiomycetes β ββo β ββo Laboulbeniomycetes β ββo Sordariomycetes ββo ββo Lichinomycetes ββo ββo Dothideomyceta β ββo Arthoniomycetes β ββo Dothideomycetes ββo ββo Eurotiomycetes ββo Lecanoromycetes
Arbre dΓ©veloppΓ©
β² ββo Ascomycota ββ? Amorphothecaceae ββ? Coniocybaceae ββ? Mastodiaceae ββ? Xanthopyreniaceae ββo Taphrinomycotina β ββ? Archaeorhizomycetes β ββo Neolectomycetes ou Neolectales β ββo β ββo β β ββo Pneumocystidomycetes ou Pneumocystidales β β ββo Schizosaccharomycetes ou Schizosaccharomycetales β ββo β ββo Saitoella β ββo Taphrinomycetes ou Taphrinales β ββo Protomycetaceae β ββo Taphrinaceae ββo Saccharomyceta ββo Saccharomycotina ou Saccharomycetes ou Saccharomycetales β ββo groupe Trichomonascacus β ββo groupe Zygozyma β ββo β β ββo groupe Pichia β β ββo groupe Dipodascus β β ββo groupe Metschnikowia β ββo β ββo groupe Candida albicans β ββo groupe Candida oligophaga β ββo groupe Scheffersomyces β ββo groupe Saccharomycopsis β ββo groupe Wickerhamomyces β ββo groupe Candida ovalis β ββo groupe Saccharomyces ββo Pezizomycotina ββ? Batistiaceae ββ? Thelocarpaceae ββ? Medeolariales ββo Pezizomycetes ou Pezizales β ββ? Chorioactidaceae β ββ? Glaziellaceae β ββ? Helvellaceae β ββ? Karstenellaceae β ββ? Rhizinaceae β ββ? Sarcoscyphaceae β ββ? Tuberaceae β ββo β β ββo Ascobolaceae β β ββo Pezizaceae β ββo β ββo β β ββo Caloscyphaceae β β ββo β β ββo Morchellaceae β β ββo Discinaceae β ββo β ββo Sarcosomataceae β ββo β ββo Ascodesmidaceae β ββo Pyronemataceae ββo ββo Orbiliomycetes ou Orbiliales ββo Leotiomyceta ββo Geoglossomycetes ou Geoglossales ββo ββo Sordariomyceta β ββo Leotiomycetes β β ββ? Myxotrichaceae β β ββo Neobulgaria β β ββo β β ββo Rhytismatales β β β ββo Ascodichaenaceae β β β ββo Cryptomycetaceae β β β ββo Cudoniaceae β β β ββo Rhytismataceae β β ββo Helotiales (paraphylΓ©tique) β β ββ? β β β ββo Cyttariales β β β ββo Erysiphales β β ββ? β β β ββo Pseudeurotiaceae β β β ββo Thelebolales β β ββ? Ascocorticiaceae β β ββ? Bulgariaceae β β ββ? Hemiphacidiaceae β β ββ? Loramycetaceae β β ββ? Phacidiaceae β β ββ? Vibrisseaceae β β ββo Leotiaceae β β ββo β β ββo Dermateaceae β β β ββo Peziculoideae β β β ββo Naevioideae β β β ββo Pseudopezizoideae β β β ββo Dermateoideae β β β ββo Mollisioideae β β ββo β β ββo Helotiaceae (paraphylΓ©tique) β β β ββo Hyaloscyphaceae β β ββo β β ββo Sclerotiniaceae β β ββo Rutstroemiaceae β ββo β ββo Laboulbeniomycetes β β ββo Pixidiophorales β β ββo Laboulbeniales β β ββo Ceratomycetaceae β β ββo Laboulbeniaceae β ββo Sordariomycetes β ββ? Koralionastetales β ββ? Meliolales β ββ? Phyllachorales β ββ? Trichosphaeriales β ββo Lulworthiales β β ββo Lulworthiaceae β β ββo Spathulosporaceae β ββo β ββo Hypocreomycetidae β β ββo β β β ββo Glomerellales β β β β ββo Australiascaceae β β β β ββo Glomerellaceae β β β β ββo Plectosphaerellaceae β β β β ββo Reticulascaceae β β β ββo Microascales β β β ββo Ceratocystidaceae β β β ββo Chadefaudiellaceae β β β ββo Gondwanamycetaceae β β β ββo Halosphaeriaceae β β β ββo Microascaceae β β ββo β β ββo β β β ββo Melanosporales β β β ββo Coronophorales β β β ββo Bertiaceae β β β ββo Chaetosphaerellaceae β β β ββo Nitschkiaceae β β β ββo Scotechiniaceae β β ββo Hypocreales β β ββo Bionectriaceae β β ββo Ceratostomataceae β β ββo Clavicipitaceae β β ββo Cordycipitaceae β β ββo Hypocreaceae β β ββo Nectriaceae β β ββo Niessliaceae β β ββo Ophiocordycipitaceae β ββo β ββo Xylariomycetidae ou Xylariales β β ββo Amphisphaeriaceae β β ββo Clypeosphaeriaceae β β ββo Diatrypaceae β β ββo Graphostromataceae β β ββo Hyponectriaceae β β ββo Xylariaceae β ββo Sordariomycetidae β ββ? Amplistromataceae β ββ? Apiosporaceae β ββ? Catabotrydaceae β ββ? Helminthosphaeriaceae β ββ? Jobellisiaceae β ββo β β ββo Coniochaetales β β ββo β β ββo β β β ββo Boliniales β β β ββo Chaetosphaeriales β β ββo Sordariales β β ββo Cephalothecaceae β β ββo Chaetomiaceae β β ββo Lasiosphaeriaceae β β ββo Pleurotremataceae β β ββo Sordariaceae β ββo β ββo Magnaporthales β ββo β ββo β β ββo β β β ββo Papulosaceae β β β ββo β β β ββo Lanspora β β β ββo Phomatospora β β ββo β β ββo β β β ββo Thyridiaceae β β β ββo Annulatascaceae β β ββo Ophistomatales β β ββo Kathistaceae β β ββo Ophiostomataceae β ββo β ββo Togninia β ββo β ββo Calosphaeriales β β ββo Calosphaeriaceae β β ββo Pleurostomataceae β ββo Diaporthales β ββo Cryphonectriaceae β ββo Diaporthaceae β ββo Gnomoniaceae β ββo Melanconidaceae β ββo Pseudoplagiostomataceae β ββo Sydowiellaceae β ββo Valsaceae ββo ββo Lichinomycetes β ββo Eremithallales β ββo Lichinales β ββo Heppiaceae β ββo Lichinaceae β ββo Peltulaceae ββo ββo β ββo Candelariales β ββo β ββo Symbiotaphrina β ββo Dothideomyceta β ββo Arthoniomycetes ou Arthoniales β β ββo Arthoniaceae β β ββo Chrysotrichaceae β β ββo Opegraphaceae β β ββo Roccellaceae β β ββo Roccellographaceae β ββo Dothideomycetes β ββ? Argynnaceae β ββ? Asterinaceae β ββ? Eremomycetaceae β ββ? Meliolinaceae β ββ? Micropeltidaceae β ββ? Parodiopsidaceae β ββ? Planistromellaceae β ββ? Polystomellaceae β ββ? Strigulaceae β ββ? Acrospermales β ββ? Microthyriales β ββo Dothideomycetidae β β ββo β β β ββo Dothideales β β β β ββo Dothideaceae β β β β ββo Dothioraceae β β β ββo Myriangiales β β β ββo Elsinoaceae β β β ββo Myriangiaceae β β ββo Capnodiales β β ββo Capnodiaceae β β ββo Coccodiniaceae β β ββo Davidiellaceae β β ββo Dissoconiaceae β β ββo Euantennariaceae β β ββo Piedraiaceae β β ββo Schizothyriaceae β β ββo Teratosphaeriaceae β ββo Pleosporomycetidae β ββo Tubeufiaceae β ββo β ββo β β ββo β β β ββo Kirschsteiniothelia β β β ββo Hysteropatella β β ββo β β ββo Mycosphaerellaceae β β ββo β β ββo Phaeotrichum β β ββo β β ββo Tyrannosorus β β ββo Venturiales β β ββo Sympoventuriaceae β β ββo Venturiaceae β ββo β ββo β β ββo Botryosphaeriales β β ββo Trypetheliales β ββo β ββo Jahnulales ou Aliquandostipitaceae β ββo β ββo Patellariales β ββo β ββo Mytilinidiales β ββo β ββo Hysteriales β ββo Pleosporales β ββ? Aigialaceae β ββ? Amniculicolaceae β ββ? Arthopyreniaceae β ββ? Cucurbitariaceae β ββ? Dacampiaceae β ββ? Diademaceae β ββ? Dothidotthiaceae β ββ? Fenestellaceae β ββ? Hypsostromataceae β ββ? Lentitheciaceae β ββ? Lindgomycetaceae β ββ? Lophiostomataceae β ββ? Massariaceae β ββ? Massarinaceae β ββ? Melanommataceae β ββ? Montagnulaceae β ββ? Morosphaeriaceae β ββ? Naetrocymbaceae β ββ? Phaeotrichaceae β ββ? Shiraiaceae β ββ? Teichosporaceae β ββ? Tetraplosphaeriaceae β ββo Delitschiaceae β ββo β ββo β β ββo Didymosphaeriaceae β β ββo Testudinaceae β ββo β ββo Pleomassariaceae β ββo β ββo Sporormiaceae β ββo Pleosporineae β ββo β β ββo Ascochyta β β ββo Didymellaceae β ββo β ββ? Phaeosphaeriaceae β ββo Leptosphaeriaceae β ββo Pleosporaceae ββo ββo Eurotiomycetes β ββo Mycocaliciomycetidae ou Mycocaliciales β β ββo Mycocaliciaceae β β ββo Sphinctrinaceae β ββo β ββo Dactylosporaceae β ββo β ββo Chaetothyriomycetidae β β ββ? Rhynchostomataceae β β ββo Pyrenulales β β β ββo Pyrenulaceae β β β ββo β β β ββo Monoblastiaceae β β β ββo Requienellaceae β β ββo β β ββo Chaetothyriales β β β ββo Chaetothyriaceae β β β ββo Herpotrichiellaceae β β ββo Verrucariales β β ββo Adelococcaceae β β ββo Verrucariaceae β ββo Eurotiomycetidae β ββo Coryneliales β ββo β ββo Eurotiales β β ββo Elaphomycetaceae β β ββo Monascaceae β β ββo Trichocomaceae β ββo Onygenales β ββo Ascosphaeraceae β ββo Eremascaceae β ββo β ββo Arachnomycetaceae β ββo β ββo Ajellomycetaceae β ββo Arthrodermataceae β ββo Gymnoascaceae β ββo Onygenaceae ββo Lecanoromycetes ββo Acarosporomycetidae ou Acarosporales ββo ββo Ostropomycetidae β ββ? Protothelenellaceae β ββ? Thelenellaceae β ββo β β ββo Umbilicariales β β ββo β β ββo Ramalinaceae β β ββo Hypocenomyce β ββo β ββo Loxosporaceae β ββo β ββo Pertusariales β β ββ? Megasporaceae β β ββo Icmadophilaceae β β ββo β β ββo Coccotremataceae β β ββo Pertusariaceae β ββo β ββo β β ββo Baeomycetales β β ββo Hymeneliaceae β ββo β ββo Agyriales β β ββo Agyriaceae β β ββo Elixiaceae β β ββo Anamylopsoraceae β ββo Ostropales (paraphylΓ©tique) β ββ? Asterothyriaceae β ββ? Graphidaceae β ββ? Odontotremataceae β ββ? Phaneromycetaceae β ββ? Porinaceae β ββ? Solorinellaceae β ββo Trapeliopsis β ββo β ββo Placopsis β ββo β ββo Stictidaceae β ββo Gyalectales β ββo Coenogoniaceae β ββo β ββo Gyalectaceae β ββo Thelotremataceae ββo Lecanoromycetidae ββ? Bacidiaceae ββ? Biatorellaceae ββ? Brigantiaeaceae ββ? Ectolechiaceae ββ? Fuscideaceae ββ? Pachyascaceae ββ? Phlyctidaceae ββ? Vezdaeaceae ββo Schistophoron ββo ββo β ββo Sphaerophoraceae β ββo Stereocaulaceae ββo ββo Rhizocarpaceae ββo ββo β ββo Caliciales β β ββo Caliciaceae β β ββo Physciaceae β ββo Teloschistales β ββo Letrouitiaceae β ββo Megalosporaceae β ββo Teloschistaceae ββo ββo β ββo Lecidea β ββo Peltigerales β ββo Collematineae β β ββo Coccocarpiaceae β β ββo Collemataceae β β ββo Pannariaceae β ββo Peltigerineae β ββo Placynthiaceae β ββo Nephromataceae β ββo β ββo Lobariaceae β ββo Peltigeraceae ββo Lecanorales s.s. ββo Anziaceae ββo Aphanopsidaceae ββo Arthrorhaphidaceae ββo Catillariaceae ββo Cetradoniaceae ββo Cladoniaceae ββo Crocyniaceae ββo Gypsoplacaceae ββo Haematommataceae ββo Lecanoraceae ββo Megalariaceae ββo Micareaceae ββo Miltideaceae ββo Mycoblastaceae ββo Ophioparmaceae ββo Parmeliaceae ββo Pilocarpaceae ββo Porpidiaceae ββo Psoraceae ββo Tephromelataceae
En savoir plus
Sources bibliographiques de rΓ©fΓ©rence
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- Conrad L. Schoch, Gi-Ho Sung, Francesc LΓ³pez-GirΓ‘ldez, Jeffrey P. Townsend, Jolanta Miadlikowska, ValΓ©rie Hofstetter, Barbara Robbertse, P. Branton Matheny, Frank Kauff, Zheng Wang, CΓ©cile Gueidan, Rachael M. Andrie, Kristin Trippe, Linda M. Ciufetti, Anja Wynns, Emily Fraker, Brendan P. Hodkinson, Gregory Bonito, Johannes Z. Groenewald, Mahdi Arzanlou, G. Sybren de Hoog, Pedro W. Crous, David Hewitt, Donald H. Pfister, Kristin Peterson, Marieka Gryzenhout, Michael J. Wingfield, AndrΓ© Aptroot, Sung-Oui Suh, Meredith Blackwell, David M. Hillis, Gareth W. Griffith, Lisa A. Castlebury, Amy Y. Rossman, H. Thorsten Lumbsch, Robert LΓΌcking, Burkhard BΓΌdel, Alexandra Rauhut, Paul Diederich, Damien Ertz, David M. Geiser, Kentaro Hosaka, Patrik Inderbitzin, Jan Kohlmeyer, Brigitte Volkmann-Kohlmeyer, Lizel Mostert, Kerry O'Donnell, Harrie Sipman, Jack D. Rogers, Robert A. Shoemaker, Junta Sugiyama, Richard C. Summerbell, Wendy Untereiner, Peter R. Johnston, Soili Stenroos, Alga Zuccaro, Paul S. Dyer, Peter D. Crittenden, Mariette S. Cole, Karen Hansen, James M. Trappe, Rebecca Yahr, FranΓ§ois Lutzoni et Joseph W. Spatafora : Β« The Ascomycota Tree of Life: A Phylum-wide Phylogeny Clarifies the Origin and Evolution of Fundamental Reproductive and Ecological Traits Β», Syst. Biol., vol. 58, nΒ°2, 2009, pp. 224β239
- Timothy Y. James, Frank Kauff, Conrad L. Schoch, P. Brandon Matheny, ValΓ©rie Hofstetter, Cymon J. Cox, Gail Celio, CΓ©cile Gueidan, Emily Fraker, Jolanta Miadlikowska, H. Thorsten Lumbsch, Alexandra Rauhut, ValΓ©rie Reeb, A. Elizabeth Arnold, Anja Amtoft, Jason E. Stajich, Kentaro Hosaka, Gi-Ho Sung, Desiree Johnson, Ben OβRourke, Michael Crockett, Manfred Binder, Judd M. Curtis, Jason C. Slot, Zheng Wang, Andrew W. Wilson, Arthur SchΓΌΓler, Joyce E. Longcore, Kerry OβDonnell, Sharon Mozley-Standridge, David Porter, Peter M. Letcher, Martha J. Powell, John W. Taylor, Merlin M. White, Gareth W. Griffith, David R. Davies, Richard A. Humber, Joseph B. Morton, Junta Sugiyama, Amy Y. Rossman, Jack D. Rogers, Don H. Pfister, David Hewitt, Karen Hansen, Sarah Hambleton, Robert A. Shoemaker, Jan Kohlmeyer, Brigitte Volkmann-Kohlmeyer, Robert A. Spotts, Maryna Serdani, Pedro W. Crous, Karen W. Hughes, Kenji Matsuura, Ewald Langer, Gitta Langer, Wendy A. Untereiner, Robert LΓΌcking, Burkhard BΓΌdel, David M. Geiser, AndrΓ© Aptroot, Paul Diederich, Imke Schmitt, Matthias Schultz, Rebecca Yahr, David S. Hibbett, FranΓ§ois Lutzoni, David J. McLaughlin, Joseph W. Spatafora et Rytas Vilgalys : Β« Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny Β», Nature, vol. 443, 2006, pp. 818-822
Sources internet
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