Microsporidia (classification phylogénétique)

Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.

Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.

Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

▲
└─o Microsporidia
  ├─o Haplophasea
  │ ├─o Chytridiopsida
  │ └─o Glugeida
  └─o Dihaplophasea
    ├─o Meiodihaplophasida
    └─o Dissociodihaplophasida

▲
└─o Microsporidia
  ├─? Coccosporidae
  ├─? Cougourdellidae
  ├─? Gurleyidae
  ├─? Hesseidae
  ├─? Ordosporidae
  ├─? Telomyxidae
  ├─? Tubulinosematidae
  ├─o Metchnikovellidae
  └─o
    ├─o Haplophasea
    │ ├─o Chytridiopsida
    │ │ ├─o Burkeidae
    │ │ ├─o Buxtehudiidae
    │ │ ├─o Chytridiopsidae
    │ │ └─o Enterocytozoonidae
    │ └─o Glugeida
    │   ├─o Abelsporidae
    │   ├─o Encephalitozoonidae
    │   ├─o Glugeidae
    │   ├─o Microfilidae
    │   ├─o Pleistophoridae
    │   ├─o Tuzetiidae
    │   └─o Unikaryonidae
    └─o Dihaplophasea
      ├─o Meiodihaplophasida
      │ ├─o Amblyosporidae
      │ ├─o Burenellidae
      │ └─o Thelohanioidea
      │   ├─o Cylindrospiridae
      │   ├─o Duboscqiidae
      │   ├─o Janacekiidae
      │   ├─o Pereziidae
      │   ├─o Striatosporidae
      │   └─o Thelohaniidae
      └─o Dissociodihaplophasida
        ├─o Ovavesiculoidea
        │ ├─o Ovavesiculidae
        │ └─o Tetramicridae
        ├─o Culicosporoidea
        │ ├─o Culicosporellidae
        │ ├─o Culicosporidae
        │ ├─o Golbergiidae
        │ └─o Spragueidae
        └─o Nosematoidea
          ├─o Caudosporidae
          ├─o Ichthyosporidiidae
          ├─o Mrazekiidae
          ├─o Nosematidae
          ├─o Pseudonosematidae
          └─o Pseudopleistophoridae

• 
  Glugea stephani (Haplophasea)
• 
  Fibrillanosema spore

Les années 2000 ont démontré l'origine zygomycète des Microsporidies. Mais tant que leur place exacte dans l'arbre n'est pas déterminée, certains auteurs préfèrent continuer à en faire le groupe-frère de tous les autres champignons regroupés sous le terme d'Eumycètes.

La phylogénie interne du groupe n'est pas élucidée. Les analyses moléculaires montrent que les regroupements sur base morphologique ne sont pas monophylétiques, y compris au niveau des genres.