Champignon phytopathogène

La colonisation de l'hôte par les champignons phytopathogènes (ou par d'autres agents pathogènes) peut se faire selon deux modes principaux : biotrophe, lorsque l'agent pathogène colonise des tissus vivants, ou nécrotrophe lorsqu'il tue les cellules végétales, à l'aide de toxines, avant de les coloniser. Une catégorie intermédiaire est celle des hémibiotrophes qui commencent par une phase biotrophe avant de devenir nécrotrophes[6] - [7].

Les champignons nécrotrophes admettent généralement une vaste gamme de plantes hôtes tandis que les espèces biotrophes montrent une grande spécialisation souvent à l'égard d'une seule espèce végétale. La plupart des espèces biotrophes sont des parasites obligatoires, avec une phase de survie saprophyte limitée. Il est généralement impossible de les cultiver artificiellement, à quelques exceptions près comme Podosphaera fusca ou Blumeria graminis[8].

Les deux groupes les plus importants de champignons phytopathogènes biotrophes sont ceux qui provoquent les rouilles (Basidiomycètes) et les oïdiums (Ascomycètes)[9].

Selon Australian Centre for International Agricultural Research(ACIAR)[10] et BioMed Research International[11].

Selon une enquête internationale menée en 2012 auprès de mycologues par la revue Molecular Plant Pathology, on a identifié les dix espèces ou genres de champignons phytopathogènes les plus importants, en tenant compte tant des aspects scientifiques qu'économiques. Ces organismes pathogènes, dont six sur dix attaquent plus spécifiquement les cultures de céréales, seraient les suivants[12] :

1. Magnaporthe oryzae, agent de la pyriculariose du riz ;
2. Botrytis cinerea, agent de la pourriture grise ;
3. Puccinia spp., agents de rouilles affectant notamment les Poaceae (dont les céréales et plus particulièrement le blé) ;
4. Fusarium graminearum, agent de la fusariose du maïs et de la fusariose ou gale du blé ;
5. Fusarium oxysporum, agent de la fusariose vasculaire qui affecte de nombreuses plantes cultivées ;
6. Blumeria graminis, agent de l'oïdium des céréales ;
7. Mycosphaerella graminicola, agent de la septoriose du blé ;
8. Colletotrichum spp., agents des anthracnoses affectant de nombreuses plantes, notamment arbres fruitiers, plantes maraîchères et ornementales, et causant des pertes post-récolte importantes chez les fruits et légumes entreposés ;
9. Ustilago maydis, agent du charbon du maïs et organisme modèle pour la recherche en phytopathologie et en génétique des plantes ;
10. Melampsora lini, agent de la rouille du lin, qui doit sa place dans le classement à son rôle de « système modèle » pour l'étude de l'immunité chez les plantes.

Plusieurs espèces de champignons phytopathogènes ont été classées comme agents potentiels de guerre biologique par l'armée américaine.

Ces espèces sont les suivantes[13] :

• Colletotrichum coffeanum, responsable de l'anthracnose des baies du caféier,
• Cochiliobolus miyabeans (Helminthosporium oryzae), responsable de l'helminthosporiose du riz,
• Microcyclus ulei (syn. Dothidella ulei), responsable de la maladie sud-américaine des feuilles de l'hévéa,
• Puccinia graminis (syn. Puccinia graminis fsp. tritici), agent de la rouille noire du blé,
• Puccinia striiformis (syn. Puccinia glumarium), agent de la rouille jaune des graminées,
• Pyricularia grisea (syn. Pyricularia oryzae), responsable de la pyriculariose du riz.