Phytophthora

Ces organismes autrefois classés parmi les champignons sont aujourd'hui rattachés aux straménopiles. En effet, bien que présentant un aspect morphologique semblable aux champignons de par la présence de mycélium, leur biologie (métabolisme, cycle de reproduction sexuée) est très différente. La confusion taxonomique des oomycètes avec les champignons phytopathogènes a entraîné un retard dans l'acquisition de connaissances sur ce phytopathogène majeur.

Les Phytophthora sont des parasites qui ont des modes d'infection de type biotrophe, nécrotrophe et hémibiotrophe. Selon l'espèce considérée, une souche peut être pas, peu ou très pathogène et plus ou moins virulente selon les conditions de l'environnement et l'espèce hôte infectée. La gamme d'hôtes peut être étroite et limitée à quelques espèces (Phytophthora infestans) ou bien large et englobant plusieurs genres et familles de végétaux différents (Phytophthora ramorum, Phytophthora cinnamomi)[3].

Les Phytophthora sont diploïdes à l'état végétatif et présentent des cycles de reproduction asexuée et sexuée. Le cycle de reproduction asexuée se réalise à l'aide de sporanges et de zoospores ainsi que de chlamydospores pour certaines espèces. Le cycle de reproduction sexuée fait intervenir la production de gamétanges où se déroule la méiose (anthéridie et oogone) qui fusionneront pour former une oospore. Ils peuvent croître et se reproduire in vitro sans plante-hôte en milieux liquides ou gélosés, synthétiques ou à base d'extraits végétaux. Cependant, la présence de certains produits comme les stérols sont essentiels pour la fabrication des oospores.

On sait que ces organismes peuvent être transportés par les canaux et cours d'eau [4].

Phytophthora peut aussi toucher les arbres (semis et racines des hêtres matures par exemple), peut être au cours de co-infections ou d'infections opportunistes (après des gels, sécheresses ou pluies polluées par exemple).

Dans toute l'Europe, une espèce de Phytophthora, P. xalni, est responsable de dépérissements massifs d'aulnes en bord de rivières depuis la fin des années 1990. Cette espèce est un hybride stérile qui craint les extrêmes du climat. Elle est favorisée par le réchauffement du climat dans le NE de la France (hivers moins froids), mais craint les étés caniculaires du SE.

On l'a cru cause première des dépérissements presque foudroyants de marronniers observés dans les années 2000, mais il pourrait n'être qu'un agent secondaire opportuniste, car non systématiquement trouvé. Le marronnier serait plutôt victime de la bactérie Pseudomonas syringae.

En 2012, après des pluies printanières prolongées, on a constaté[5] en Allemagne du sud, une mortalité importante des pousses basses de l'année, chez de jeunes hêtres (en sous-étage, jusqu’à une hauteur de 2 m) ; les nécroses touchant parfois aussi les tissus de l’année précédente. Une cinquantaine de branches ont été analysées, et un spécimen du genre Phytophthora retrouvé dans presque 70 % des cas. Il semblait provenir du sol et remonter vers les parties aériennes (via les éclaboussures de pluie, ou via des spores remontés par des insectes et/ou escargots)[5]. Des forestiers craignent que la régénération naturelle et artificielle du hêtre, notamment en sous-étage en soit affectée (par un ralentissement de croissance et affaiblissement des jeunes plants, notamment sur sols très humides ou peu drainants et déjà infesté par Phytophthora).

C'est un groupe d'espèces qui co-évolue probablement depuis très longtemps avec les plantes, en s'adaptant par de multiples stratégies à leurs systèmes de défense. Il est possible que les activités humaines (échanges et transports de produits agricoles, sylvicoles et horticoles) aient pu contribuer à propager certaines souches pathogènes dans le monde (mildiou de la pomme de terre par exemple) ou à les favoriser en dégradant les sols et la diversité des végétaux cultivés. Des souches introduites peuvent attaquer des espèces indigènes. Par exemple, un colloque[6] a indiqué qu'en Australie en 2001 Phytophthora cinnamomi affectait directement 2000 des 9000 espèces indigènes du continent.
En 2010, on en connaissait 98 espèces[7], mais malgré les progrès de la systématique moléculaire, des confusions sont encore possibles dans la reconnaissance de nouvelles espèces et des difficultés persistent dans l'identification des espèces. Ceci est en partie dû au fait que certaines séquences de la GenBank sont encore mal identifiées (à partir de cultures parfois mal annotées). Des complexes d'espèces de P. capsici, P. citricola, P. cryptogea, P. dreschleri, P. megasperma pourront faire l'objet de révision taxonomie[7].

Certains sont considérés comme des pathogènes émergents, faisant l'objet de suivis dans certains pays :

• Phytophthora cactorum, responsable d'une maladie du pommier communément appelée Chancre du collet,
• Phytophthora infestans, responsable du mildiou de la pomme de terre,
• Phytophthora cinnamomi, responsable de maladies racinaires sur Rhododendron, de la maladie de l'encre du châtaignier (Europe, Amérique du Nord) et de l'encre du chêne (Q. robur, Q. rubra, Q. ilex, Q. suber, Europe).
• Phytophthora ramorum, responsable de maladies foliaires sur Rhododendron et diverses plantes ornementales ainsi que de la maladie de la mort subite du chêne aux États-Unis.

Un traitement au Trichoderma harzianum peut être efficace dans certaines conditions[8].

En préventif, l'Aliette, un fongicide systémique autorisé en France est efficace sur la plupart des plantes, tout en ménageant les mycorhizes et la pédofaune.

Liste des espèces selon GBIF (19 avril 2022)[1] :

• (en) Référence BioLib : Phytophthora de Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022)
• (en) Référence Catalogue of Life : Phytophthora (consulté le 19 avril 2022)
• (en) Référence Index Fungorum : Phytophthora (+ liste espèces) (+ MycoBank) (consulté le 20 avril 2022)
• (fr+en) Référence GBIF : Phytophthora de Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022)
• (fr) Référence INPN : Phytophthora de Bary, 1876 (TAXREF) (consulté le 19 avril 2022)
• (en) Référence IRMNG : Phytophthora de Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022)
• (fr+en) Référence ITIS : Phytophthora Bary, 1876 (consulté le 19 avril 2022)
• (en) Référence MycoBank : Phytophthora (consulté le 20 avril 2022)
• (en) Référence OEPP : Phytophthora de Bary (consulté le 19 avril 2022)
• (en) Référence The Taxonomicon : Phytophthora de Bary (1876) (consulté le 19 avril 2022)
• (en) Référence World Register of Marine Species : taxon Phytophthora de Bary, 1876 (+ liste espèces) (consulté le 19 avril 2022)