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Nouvelles techniques de sélection des plantes

Les nouvelles techniques de sélection des plantes, appelées aussi « nouvelles techniques de sélection végétale » ou « nouvelles techniques d'amélioration des plantes » (en anglais « new breeding techniques (NBT) ou new plant breeding techniques », sont un ensemble de techniques d'édition génomique employées dans le domaine de la sélection végétale pour développer de nouvelles variétés cultivées (cultivars) de plantes.

Historique

La plupart de ces techniques ont Ă©tĂ© rassemblĂ©es pour la premiĂšre fois sous l’appellation « NBT » par le rapport de 2011 du Centre commun de recherche de l’Union europĂ©enne[1]. Individuellement, ces techniques peuvent cependant ĂȘtre trĂšs anciennes, comme la pratique de la greffe, ou trĂšs rĂ©centes, comme CRISPR-Cas9 mise au point en 2012.

Techniques

Liste des techniques utilisées dans le cadre des NBT

Selon les travaux du Centre commun de recherche europĂ©en[1] et du Haut Conseil des biotechnologies français[2], l’appellation New Breeding Techniques recouvre l’ensemble des techniques suivantes :

Certaines de ces techniques ne sont pas spĂ©cifiques au domaine vĂ©gĂ©tal, ou ne sont pas rĂ©ellement nouvelles, Ă  l’exemple de la pratique de la greffe. En outre, ces diffĂ©rentes techniques sont susceptibles d’ĂȘtre utilisĂ©es simultanĂ©ment ou en complĂ©ment d’autres techniques comme la sĂ©lection gĂ©nomique[2]. Par exemple, la capacitĂ© d'Agrobacterium Ă  introduire de nouveaux gĂšnes dans une plante (c'est-Ă -dire l'agroinfiltration) est utilisĂ©e comme vecteur pour l'introduction des nuclĂ©ases issues de diffĂ©rentes techniques (ZFN, TALEN ou CRISPR-Cas9)[3] - [4].

Objectifs

Les NBT permettent de produire plusieurs types d’effets[5] :

IntĂ©rĂȘts

Les New Breeding Techniques se distinguent par leur capacitĂ© Ă  cibler et modifier le gĂ©nome des plantes[2], et d’obtenir rapidement des variĂ©tĂ©s stables, Ă  la diffĂ©rence des mĂ©thodes classiques de sĂ©lection vĂ©gĂ©tale[6] qui procĂšdent par croisements et qui prennent plusieurs annĂ©es supplĂ©mentaires. Par rapport aux OGM (organismes gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©s), les plantes obtenues par les techniques NBT sont rĂ©putĂ©es se caractĂ©riser par l’absence d’ADN Ă©tranger[6]. De mĂȘme, avec l'utilisation des NBT « rien ne permet de diffĂ©rencier une modification naturelle d'une modification volontaire », estime LĂ©on Otten, chercheur Ă  l'Institut de biologie molĂ©culaire des plantes du CNRS. Ainsi, une plante Ă  fleurs sur 20 serait naturellement modifiĂ©e par des agrobactĂ©ries, qui y insĂšrent une partie de leurs gĂšnes. Parmi les espĂšces vĂ©gĂ©tales concernĂ©es par ces insertions horizontales de gĂšnes extĂ©rieurs, on compte le thĂ©ier, le houblon, la patate douce, le tabac ou la banane[3] - [7] - [4].

L’utilisation des NBT vise à permettre[6] :

  • une action limitĂ©e aux gĂšnes d’intĂ©rĂȘt ;
  • l’absence de recours Ă  de l’ADN Ă©tranger ;
  • l’édition multiple d’un gĂšne ;
  • l’édition simultanĂ©e de plusieurs gĂšnes ;
  • l’élargissement maĂźtrisĂ© de la base gĂ©nĂ©tique d’une espĂšce ;
  • le dĂ©veloppement de tout trait d’intĂ©rĂȘt agronomique ou Ă©cologique ;
  • la domestication accĂ©lĂ©rĂ©e d'une espĂšce.

Risques

Selon le comitĂ© consultatif commun d'Ă©thique de l'INRA, CIRAD et d'Ifremer, « Les risques associĂ©s aux nouvelles techniques d’édition du gĂ©nome sont pluriels et intriquĂ©s entre eux : environnementaux, sanitaires, agricoles, Ă©conomiques, sociaux et politiques. Ceux spĂ©cifiquement associĂ©s Ă  ces nouvelles techniques sont peu nombreux : principalement le bioterrorisme qui reste toutefois une menace abstraite pour les vĂ©gĂ©taux. De la sorte, le prĂ©cĂ©dent des plantes gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©es (PGM, obtenues par transgenĂšse) a permis d’investiguer et documenter la plupart des risques environnementaux et sanitaires existants. Pour les risques agricoles, l’édition du gĂ©nome peut Ă  la fois ĂȘtre un facteur rĂ©duisant l’agro-biodiversitĂ© mais aussi une solution pour l’enrichir et rĂ©pondre Ă  de nouveaux enjeux. Dans son 11e avis, le ComitĂ© d’éthique analyse Ă©galement les risques Ă©conomiques, sociaux et politiques et relĂšve que diffĂ©rentes interrogations pointent vers une prĂ©occupation commune : faire en sorte que ces nouvelles technologies, associĂ©es aux rĂ©gimes de propriĂ©tĂ© intellectuelle, ne dĂ©possĂšdent pas les citoyens de leur capacitĂ© d’action sur des objets d’intĂ©rĂȘt commun. Ce qui invite Ă  repenser les liens entre techniques et systĂšmes agricoles[8]. »

Applications

Grùce aux NBT, il est possible d'intégrer à des végétaux des traits nouveaux au sein de l'espÚce ou issus d'autres variétés.

Les principales filiÚres agricoles et alimentaires considÚrent que l'utilisation de ces techniques de sélection peuvent avoir de nombreuses applications dans différents domaines[9].

RĂ©sistance aux maladies

Les NBT sont employĂ©es dans des recherches visant Ă  dĂ©velopper les rĂ©sistances des plantes Ă  diffĂ©rentes maladies. Une variĂ©tĂ© de maĂŻs rĂ©sistante Ă  la nĂ©crose lĂ©tale du maĂŻs, destinĂ©e Ă  l’Afrique de l'Est, est en cours de crĂ©ation par le CIMMYT en utilisant CRISPR/Cas9[10] - [11]. CRISPR/Cas9 a Ă©galement Ă©tĂ© utilisĂ© pour dĂ©velopper la rĂ©sistance de variĂ©tĂ©s de tomate et de concombre aux potyvirus, en inactivant un gĂšne utilisĂ© par cette famille de virus pour se dĂ©velopper dans les organismes hĂŽtes[12].

En parallÚle, les TALENs sont utilisées dans des recherches visant à développer la résistance du riz aux bactéries Xanthomonas[13] - [14].

La cisgénÚse a également permis à des pommes de terre de devenir résistantes au mildiou, en combinant simultanément trois gÚnes de résistance à cet agent pathogÚne[15].

Adaptation aux conditions environnementales

La technique CRISPR/Cas9 a permis de favoriser l'expression d'un gÚne connu pour accroßtre la tolérance du maïs à la sécheresse en remplaçant le promoteur associé par un promoteur augmentant sa fréquence d'expression[16].

Qualité nutritionnelle et conservation des aliments

Grùce à l'utilisation des TALENs, un gÚne en partie responsable de la synthÚse d'acides gras chez le soja a été éteint, augmentant la part des acides mono-insaturés et réduisant celle des acides gras saturés, améliorant ainsi la qualité nutritionnelle de l'huile extraite de la variété de soja concernée[17].

L'interfĂ©rence par ARN a Ă©galement servi Ă  empĂȘcher l'expression d'un gĂšne provoquant la modification de l'amidon de la pomme de terre au contact du froid (conservation rĂ©frigĂ©rĂ©e). Sans cela, l'amidon transformĂ© en sucres rĂ©ducteurs, lorsque la pomme de terre est ensuite mis au contact de hautes tempĂ©ratures (huile de friture), produit des acrylamides, probablement cancĂ©rogĂšnes pour l'homme[18].

DĂ©veloppement de l'agriculture biologique

En pratique, les diffĂ©rentes applications des NBT peuvent ĂȘtre utilisĂ©es pour renforcer la rĂ©sistance des variĂ©tĂ©s cultivĂ©es, en y introduisant des caractĂ©ristiques de variĂ©tĂ©s sauvages (procĂ©dĂ© de « rewilding ») afin d’amĂ©liorer les rendements en agriculture biologique. De cette maniĂšre, les plantes ont moins besoin d’engrais ou des pesticides, objectifs fixĂ©s par l’IFOAM Ă  l’agriculture biologique[19].

Selon le comitĂ© Ă©thique commun de l'INRA, CIRAD et d'Ifremer, « les techniques d’édition de gĂ©nome sont pleinement compatibles avec l’agro-Ă©cologie ». Les scientifiques consultĂ©s Ă©valuent que les objectifs principaux de l’agro-Ă©cologie peuvent ĂȘtre atteints grĂące aux NBT, par exemple l'augmentation de la biodiversitĂ©, la rĂ©duction de la quantitĂ© d’intrants (herbicides, engrais
) ou la suppression de la rĂ©sistance Ă  un herbicide par des mutations dirigĂ©es visant Ă  revenir Ă  la plante sauvage. Les membres du comitĂ© soulignent la nĂ©cessitĂ© de « prendre le temps d’amĂ©liorer, soulignant que les « ciseaux molĂ©culaires » offerts par CRISPR-Cas9 ne pourront apporter les solutions aux problĂšmes de l’agriculture qu’à la condition qu’on leur donne le temps de s’éprouver dans des milieux ouverts », tout en ouvrant les systĂšmes d’évaluation des innovations au-delĂ  de l'analyse bĂ©nĂ©fices-risques et de « mener une rĂ©flexion collective et inclusive » Ă  laquelle participe la sociĂ©tĂ©[8].

Une position similaire a Ă©tĂ© exprimĂ©e par l'agronome Michel Griffon qui juge que les « nouvelles biotechnologies vĂ©gĂ©tales offrent des opportunitĂ©s trĂšs intĂ©ressantes pour consolider une agriculture ancrĂ©e dans une vision Ă©cologique de la production vĂ©gĂ©tale »[20]. Idem pour Urs Niggli, directeur de l'Institut de recherche sur l'agriculture biologique (Forschungsinstitut fĂŒr biologischen Landbau, FIBL) qui Ă©voque le « grand potentiel » des NBT comme moyen de lutter contre les maladies et d'Ă©viter l'utilisation de pesticides en agriculture biologique[20] - [21]. La FiBL dresse une liste de prioritĂ©s aux NBT appliquĂ©ses Ă  l'agriculture biologique[22] :

  • la rĂ©sistance des semences aux maladies ;
  • une vitesse de dĂ©veloppement rapide des plantes ;
  • domination et tolĂ©rance aux adventices ;
  • rĂ©sistance Ă  la verse ;
  • augmentation de l'assimilation des nutriments grĂące au dĂ©veloppement du rĂ©seau racinaire et de la symbiose avec les organismes du sol ;
  • ensemble des traits amĂ©liorant la qualitĂ© de la plante et de ses produits.

Toutefois, la FiBL s'inquiĂšte des problĂ©matiques d'usage des variĂ©tĂ©s en fonction des formes de propriĂ©tĂ© intellectuelle appliquĂ©es et dĂ©plore le fait que ces techniques soient principalement mises en Ɠuvre par les plus importantes entreprises semenciĂšres[22].

Cadre juridique

La Cour de justice de l'Union europĂ©enne dans un jugement rendu sur le statut rĂ©glementaire des variĂ©tĂ©s issues des biotechnologies vĂ©gĂ©tales Ă©tablit que les organismes issus des nouvelles techniques de mutagĂ©nĂšse ne sont pas exclus de la directive 2001/18 et doivent par consĂ©quent ĂȘtre considĂ©rĂ©s comme des OGM[23].

Hors de l'Union europĂ©enne, des États ont adoptĂ© leur rĂ©glementation au dĂ©veloppement des New Breeding Techniques :

  • le DĂ©partement de l'Agriculture des États-Unis a indiquĂ© ne pas mettre en place de rĂ©gulation spĂ©cifique pour les plantes crĂ©Ă©es grĂące aux NBT, tant que celles-ci auraient pu ĂȘtre obtenues par les mĂ©thodes de sĂ©lection classiques. Une exception est toutefois prĂ©vue pour les variĂ©tĂ©s de plante sĂ©crĂ©tant ou tolĂ©rantes Ă  des pesticides[24] ;
  • au Canada, la lĂ©gislation se focalise sur le caractĂšre nouveau d'un trait, indĂ©pendamment de la maniĂšre dont une variĂ©tĂ© en a Ă©tĂ© dotĂ©e, que ce soit par sĂ©lection traditionnelle ou par d'autres mĂ©thodes, parmi lesquelles les NBT[25] ;
  • au BrĂ©sil, l'autorisation des variĂ©tĂ©s impliquant l'usage des nouvelles techniques de sĂ©lection se base, depuis , sur une Ă©valuation au cas par cas centrĂ©e sur les caractĂ©ristiques de la plante et la prĂ©sence ou non d'ADN d'une autre espĂšce. De plus, la Commission technique nationale de biosĂ©curitĂ© prend en compte l'Ă©ventualitĂ© que la variĂ©tĂ© ait pu ĂȘtre autorisĂ©e dans un autre pays[26] ;
  • l'Argentine a adaptĂ© sa lĂ©gislation pour ĂȘtre en accord avec le protocole de CarthagĂšne en privilĂ©giant une approche au cas par cas. Dans l'Ă©ventualitĂ© oĂč il n'y a pas d'ADN provenant d'une autre espĂšce ou d'ADN recombinant dans la plante finale, les autoritĂ©s argentines considĂšrent que les plantes issues font l'objet de la mĂȘme rĂ©glementation que les variĂ©tĂ©s traditionnelles[27] ;

Annexes

Articles connexes

Références

  1. (en) Maria Lusser, Claudia Parisi, Damien Plan et Emilio Rodríguez-Cerezo, « New plant breeding techniques - State-of-the-art and prospects for commercial development », Commission européenne / Joint Research Centre (JRC) / Institute for Prospective Technological Studies (IPTS), (consulté le ).
  2. Note sur les « nouvelles techniques » du comité scientifique du HCB, site du HCB, le 19 janvier 2016.
  3. Une plante sur 20 est naturellement génétiquement modifiée, Futura Sciences, le 21 octobre 2019.
  4. (en) Tatiana V. Matveeva, Léon Otten, « Widespread occurrence of natural genetic transformation of plants by Agrobacterium », Plant Molecular Biology, (consulté le ).
  5. P. Mollier, « ABC des nouvelles biotechnologies de modifications ciblées du génome », site de l'INRA, le 15 juin 2015.
  6. P. Rogowsky, Promesses et limites des nouveaux outils de sélection végétale (NBT), présentation lors des rencontres « Agriculture & Innovation 2025 » au salon international de l'agriculture, le 3 mars 2016.
  7. Transferts génétiques naturels : des plantes OGM partout, site de l'IBMP, le 12 octobre 2019.
  8. « Analyser les questions Ă©thiques et politiques posĂ©es par l’édition du gĂ©nome des vĂ©gĂ©taux », sur INRAE.fr, (consultĂ© le )
  9. Compte rendu du 7Úme colloque des biotechnologies végétales, octobre 2017, AFBV, octobre 2017.
  10. « DuPont Pioneer and CIMMYT form CRISPR-Cas public/private partnership », CIMMYT.
  11. « CRISPR/Cas9, la plus médiatisée des NBT », info NBT, 12 octobre 2016.
  12. J. Chandrasekaran, M. Brumin, D. Wold, D. Leibman, C. Klap, M. Pearlsman, A. Sherman, « Development of broad virus resistance in non-transgenic cucumber using CRISPR/Cas9 technology », Molecular Plant Pathology, vol. 17, no 7, septembre 2016, pp. 1140-53 doi: 10.1111/mpp.12375.
  13. Ting Li, Bo Liun Martin H. Spalding, Donald P. Weeks et Bing Yang, High-efficiency « TALEN-based gene editing produces disease-resistant rice », Nature Biotechnology, no 30, 7 mai 2012, pp. 390-392 DOI:10.1038/nbt.2199.
  14. « TALEN, ciseaux moléculaires de la nouvelle génération de NBT », info NBT, 20 novembre 2016.
  15. A. J. Haverkort, P. C. Struik, R. G. F. Visser, E. Jacobsen, « Applied biotechnology to combat late blight in potato caused by Phytophthora infestans », Potato Research, no 52, août 2009, pp. 249-264 doi: 10.1007/s11540-009-9136-3.
  16. J. Shi, H. Gao, H. Wang, H. R. Lafitte, R. L. Archibald, M. Yang, S. M. Hakimi, H. Mo, J. E. Habben, « ARGOS8 variants generated by CRISP-Cas9 improve maize grain yield under field drought stress conditions », Plant Biotechnology Journal, vol. 15, no 2, février 2017, pp. 207-216 doi: 10.1111/pbi.12603.
  17. W. Haun, A. Coffman, B. M. Clasen, Z. L. Demorest, A. Lowy, E. Ray, A. Retterath, T. Stoddard, A. Juillerat, F. Cedrone, L. Mathis, D. F. Voytas, F. Zhang, « Improved soybean oil quality by targeted mutagenesis of the fatty acid desaturase 2 gene family », Plant Biotechnology Journal, 23 mai 2014, doi: 10.1111/pbi.12201.
  18. B. M. Clasen, T. J. Stoddard, S. Luo, Z. L. Demorest, J. Li, F. Cedrone, R. Tibebu, S. Davison, E. E. Ray, A. Daulhac, A. Coffman, A. Yabandith, A. Retterath, W. Haun, N. J. Baltes, L. Mathis, D. F. Voytas, F. Zhang, « Improving cold storage and processing traits in potato through targeted gene knockout », Plant Biotechnology Journal, vol. 14, no 1, janvier 2016, pp. 169-76 doi: 10.1111/pbi.12370.
  19. M. M. Andersen, X. Landes, W. Xiang, A. Anyshchenko, J. Falhof, J. T. Østerberg, L. I. Olsen, A. K. Edenbrandt, S. E. Vedel, B. J. Thorsen, P. SandÞe, C. Gamborg, K. Kappel, M. G. Palmgren, « Feasibility of new breeding techniques for organic farming », Trends in Plant Science, vol. 20, no 7, 28 mai 2015, p. 426-434.
  20. Rapport « Les enjeux économiques, environnementaux, sanitaires et éthiques des biotechnologies à la lumiÚre des nouvelles pistes de recherche », site du sénat, le 14 avril 2017.
  21. « CRISPR hat großes Potenzial », Die Tageszeitun, le 6 avril 2016.
  22. « Plant Breeding Techniques: An assessment for organic farming », document FIBL,‎ (lire en ligne).
  23. « CURIA - Documents », sur curia.europa.eu (consulté le ).
  24. « Secretary Perdue Issues USDA Statement on Plant Breeding Innovation », U.S. Department of Agriculture, 28 mars 2018.
  25. Stuart J. Smyth, « Canadian regulatory perspectives on genome engineered crops », GM Crops & Foods, vol. 8, 2017, pages 35-43 DOI: 10.1080/21645698.2016.1257468.
  26. Resolução Normativa no 16, de 15 de janeiro de 2018, site de la Commission technique nationale de biosécurité.
  27. Agustina I. Whelan et Martin A. Lema, « Regulatory framework for gene editing and other new breeding techniques (NBTs) in Argentina », GM Crops & Foods, vol. 86, 2015, pages 253-265 DOI: 10.1080/21645698.2015.1114698.
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