Nouvelles techniques de sélection des plantes
Les nouvelles techniques de sélection des plantes, appelées aussi « nouvelles techniques de sélection végétale » ou « nouvelles techniques d'amélioration des plantes » (en anglais « new breeding techniques (NBT) ou new plant breeding techniques », sont un ensemble de techniques d'édition génomique employées dans le domaine de la sélection végétale pour développer de nouvelles variétés cultivées (cultivars) de plantes.
Historique
La plupart de ces techniques ont Ă©tĂ© rassemblĂ©es pour la premiĂšre fois sous lâappellation « NBT » par le rapport de 2011 du Centre commun de recherche de lâUnion europĂ©enne[1]. Individuellement, ces techniques peuvent cependant ĂȘtre trĂšs anciennes, comme la pratique de la greffe, ou trĂšs rĂ©centes, comme CRISPR-Cas9 mise au point en 2012.
Techniques
Liste des techniques utilisées dans le cadre des NBT
Selon les travaux du Centre commun de recherche europĂ©en[1] et du Haut Conseil des biotechnologies français[2], lâappellation New Breeding Techniques recouvre lâensemble des techniques suivantes :
- nucléase à doigt de zinc (ZFN) ;
- nucléases effectrices de type activateur de transcription (TALEN) ;
- CRISPR-Cas9 ;
- mutagénÚse dirigée par oligonucléotides ;
- modulation de lâexpression des gĂšnes par RdDM (interfĂ©rence par ARN) ;
- agroinfiltration ;
- greffe (avec emploi dâun greffon et/ou dâun porte-greffe gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©) ;
- cisgénÚse et intragénÚse ;
- biologie de synthĂšse ;
- méganucléase ;
- sélection inverse.
Certaines de ces techniques ne sont pas spĂ©cifiques au domaine vĂ©gĂ©tal, ou ne sont pas rĂ©ellement nouvelles, Ă lâexemple de la pratique de la greffe. En outre, ces diffĂ©rentes techniques sont susceptibles dâĂȘtre utilisĂ©es simultanĂ©ment ou en complĂ©ment dâautres techniques comme la sĂ©lection gĂ©nomique[2]. Par exemple, la capacitĂ© d'Agrobacterium Ă introduire de nouveaux gĂšnes dans une plante (c'est-Ă -dire l'agroinfiltration) est utilisĂ©e comme vecteur pour l'introduction des nuclĂ©ases issues de diffĂ©rentes techniques (ZFN, TALEN ou CRISPR-Cas9)[3] - [4].
Objectifs
Les NBT permettent de produire plusieurs types dâeffets[5] :
IntĂ©rĂȘts
Les New Breeding Techniques se distinguent par leur capacitĂ© Ă cibler et modifier le gĂ©nome des plantes[2], et dâobtenir rapidement des variĂ©tĂ©s stables, Ă la diffĂ©rence des mĂ©thodes classiques de sĂ©lection vĂ©gĂ©tale[6] qui procĂšdent par croisements et qui prennent plusieurs annĂ©es supplĂ©mentaires. Par rapport aux OGM (organismes gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©s), les plantes obtenues par les techniques NBT sont rĂ©putĂ©es se caractĂ©riser par lâabsence dâADN Ă©tranger[6]. De mĂȘme, avec l'utilisation des NBT « rien ne permet de diffĂ©rencier une modification naturelle d'une modification volontaire », estime LĂ©on Otten, chercheur Ă l'Institut de biologie molĂ©culaire des plantes du CNRS. Ainsi, une plante Ă fleurs sur 20 serait naturellement modifiĂ©e par des agrobactĂ©ries, qui y insĂšrent une partie de leurs gĂšnes. Parmi les espĂšces vĂ©gĂ©tales concernĂ©es par ces insertions horizontales de gĂšnes extĂ©rieurs, on compte le thĂ©ier, le houblon, la patate douce, le tabac ou la banane[3] - [7] - [4].
Lâutilisation des NBT vise Ă permettre[6] :
- une action limitĂ©e aux gĂšnes dâintĂ©rĂȘt ;
- lâabsence de recours Ă de lâADN Ă©tranger ;
- lâĂ©dition multiple dâun gĂšne ;
- lâĂ©dition simultanĂ©e de plusieurs gĂšnes ;
- lâĂ©largissement maĂźtrisĂ© de la base gĂ©nĂ©tique dâune espĂšce ;
- le dĂ©veloppement de tout trait dâintĂ©rĂȘt agronomique ou Ă©cologique ;
- la domestication accélérée d'une espÚce.
Risques
Selon le comitĂ© consultatif commun d'Ă©thique de l'INRA, CIRAD et d'Ifremer, « Les risques associĂ©s aux nouvelles techniques dâĂ©dition du gĂ©nome sont pluriels et intriquĂ©s entre eux : environnementaux, sanitaires, agricoles, Ă©conomiques, sociaux et politiques. Ceux spĂ©cifiquement associĂ©s Ă ces nouvelles techniques sont peu nombreux : principalement le bioterrorisme qui reste toutefois une menace abstraite pour les vĂ©gĂ©taux. De la sorte, le prĂ©cĂ©dent des plantes gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©es (PGM, obtenues par transgenĂšse) a permis dâinvestiguer et documenter la plupart des risques environnementaux et sanitaires existants. Pour les risques agricoles, lâĂ©dition du gĂ©nome peut Ă la fois ĂȘtre un facteur rĂ©duisant lâagro-biodiversitĂ© mais aussi une solution pour lâenrichir et rĂ©pondre Ă de nouveaux enjeux. Dans son 11e avis, le ComitĂ© dâĂ©thique analyse Ă©galement les risques Ă©conomiques, sociaux et politiques et relĂšve que diffĂ©rentes interrogations pointent vers une prĂ©occupation commune : faire en sorte que ces nouvelles technologies, associĂ©es aux rĂ©gimes de propriĂ©tĂ© intellectuelle, ne dĂ©possĂšdent pas les citoyens de leur capacitĂ© dâaction sur des objets dâintĂ©rĂȘt commun. Ce qui invite Ă repenser les liens entre techniques et systĂšmes agricoles[8]. »
Applications
Grùce aux NBT, il est possible d'intégrer à des végétaux des traits nouveaux au sein de l'espÚce ou issus d'autres variétés.
Les principales filiÚres agricoles et alimentaires considÚrent que l'utilisation de ces techniques de sélection peuvent avoir de nombreuses applications dans différents domaines[9].
RĂ©sistance aux maladies
Les NBT sont employĂ©es dans des recherches visant Ă dĂ©velopper les rĂ©sistances des plantes Ă diffĂ©rentes maladies. Une variĂ©tĂ© de maĂŻs rĂ©sistante Ă la nĂ©crose lĂ©tale du maĂŻs, destinĂ©e Ă lâAfrique de l'Est, est en cours de crĂ©ation par le CIMMYT en utilisant CRISPR/Cas9[10] - [11]. CRISPR/Cas9 a Ă©galement Ă©tĂ© utilisĂ© pour dĂ©velopper la rĂ©sistance de variĂ©tĂ©s de tomate et de concombre aux potyvirus, en inactivant un gĂšne utilisĂ© par cette famille de virus pour se dĂ©velopper dans les organismes hĂŽtes[12].
En parallÚle, les TALENs sont utilisées dans des recherches visant à développer la résistance du riz aux bactéries Xanthomonas[13] - [14].
La cisgénÚse a également permis à des pommes de terre de devenir résistantes au mildiou, en combinant simultanément trois gÚnes de résistance à cet agent pathogÚne[15].
Adaptation aux conditions environnementales
La technique CRISPR/Cas9 a permis de favoriser l'expression d'un gÚne connu pour accroßtre la tolérance du maïs à la sécheresse en remplaçant le promoteur associé par un promoteur augmentant sa fréquence d'expression[16].
Qualité nutritionnelle et conservation des aliments
Grùce à l'utilisation des TALENs, un gÚne en partie responsable de la synthÚse d'acides gras chez le soja a été éteint, augmentant la part des acides mono-insaturés et réduisant celle des acides gras saturés, améliorant ainsi la qualité nutritionnelle de l'huile extraite de la variété de soja concernée[17].
L'interfĂ©rence par ARN a Ă©galement servi Ă empĂȘcher l'expression d'un gĂšne provoquant la modification de l'amidon de la pomme de terre au contact du froid (conservation rĂ©frigĂ©rĂ©e). Sans cela, l'amidon transformĂ© en sucres rĂ©ducteurs, lorsque la pomme de terre est ensuite mis au contact de hautes tempĂ©ratures (huile de friture), produit des acrylamides, probablement cancĂ©rogĂšnes pour l'homme[18].
DĂ©veloppement de l'agriculture biologique
En pratique, les diffĂ©rentes applications des NBT peuvent ĂȘtre utilisĂ©es pour renforcer la rĂ©sistance des variĂ©tĂ©s cultivĂ©es, en y introduisant des caractĂ©ristiques de variĂ©tĂ©s sauvages (procĂ©dĂ© de « rewilding ») afin dâamĂ©liorer les rendements en agriculture biologique. De cette maniĂšre, les plantes ont moins besoin dâengrais ou des pesticides, objectifs fixĂ©s par lâIFOAM Ă lâagriculture biologique[19].
Selon le comitĂ© Ă©thique commun de l'INRA, CIRAD et d'Ifremer, « les techniques dâĂ©dition de gĂ©nome sont pleinement compatibles avec lâagro-Ă©cologie ». Les scientifiques consultĂ©s Ă©valuent que les objectifs principaux de lâagro-Ă©cologie peuvent ĂȘtre atteints grĂące aux NBT, par exemple l'augmentation de la biodiversitĂ©, la rĂ©duction de la quantitĂ© dâintrants (herbicides, engraisâŠ) ou la suppression de la rĂ©sistance Ă un herbicide par des mutations dirigĂ©es visant Ă revenir Ă la plante sauvage. Les membres du comitĂ© soulignent la nĂ©cessitĂ© de « prendre le temps dâamĂ©liorer, soulignant que les « ciseaux molĂ©culaires » offerts par CRISPR-Cas9 ne pourront apporter les solutions aux problĂšmes de lâagriculture quâĂ la condition quâon leur donne le temps de sâĂ©prouver dans des milieux ouverts », tout en ouvrant les systĂšmes dâĂ©valuation des innovations au-delĂ de l'analyse bĂ©nĂ©fices-risques et de « mener une rĂ©flexion collective et inclusive » Ă laquelle participe la sociĂ©tĂ©[8].
Une position similaire a Ă©tĂ© exprimĂ©e par l'agronome Michel Griffon qui juge que les « nouvelles biotechnologies vĂ©gĂ©tales offrent des opportunitĂ©s trĂšs intĂ©ressantes pour consolider une agriculture ancrĂ©e dans une vision Ă©cologique de la production vĂ©gĂ©tale »[20]. Idem pour Urs Niggli, directeur de l'Institut de recherche sur l'agriculture biologique (Forschungsinstitut fĂŒr biologischen Landbau, FIBL) qui Ă©voque le « grand potentiel » des NBT comme moyen de lutter contre les maladies et d'Ă©viter l'utilisation de pesticides en agriculture biologique[20] - [21]. La FiBL dresse une liste de prioritĂ©s aux NBT appliquĂ©ses Ă l'agriculture biologique[22] :
- la résistance des semences aux maladies ;
- une vitesse de développement rapide des plantes ;
- domination et tolérance aux adventices ;
- résistance à la verse ;
- augmentation de l'assimilation des nutriments grùce au développement du réseau racinaire et de la symbiose avec les organismes du sol ;
- ensemble des traits améliorant la qualité de la plante et de ses produits.
Toutefois, la FiBL s'inquiĂšte des problĂ©matiques d'usage des variĂ©tĂ©s en fonction des formes de propriĂ©tĂ© intellectuelle appliquĂ©es et dĂ©plore le fait que ces techniques soient principalement mises en Ćuvre par les plus importantes entreprises semenciĂšres[22].
Cadre juridique
La Cour de justice de l'Union europĂ©enne dans un jugement rendu sur le statut rĂ©glementaire des variĂ©tĂ©s issues des biotechnologies vĂ©gĂ©tales Ă©tablit que les organismes issus des nouvelles techniques de mutagĂ©nĂšse ne sont pas exclus de la directive 2001/18 et doivent par consĂ©quent ĂȘtre considĂ©rĂ©s comme des OGM[23].
Hors de l'Union europĂ©enne, des Ătats ont adoptĂ© leur rĂ©glementation au dĂ©veloppement des New Breeding Techniques :
- le DĂ©partement de l'Agriculture des Ătats-Unis a indiquĂ© ne pas mettre en place de rĂ©gulation spĂ©cifique pour les plantes crĂ©Ă©es grĂące aux NBT, tant que celles-ci auraient pu ĂȘtre obtenues par les mĂ©thodes de sĂ©lection classiques. Une exception est toutefois prĂ©vue pour les variĂ©tĂ©s de plante sĂ©crĂ©tant ou tolĂ©rantes Ă des pesticides[24] ;
- au Canada, la législation se focalise sur le caractÚre nouveau d'un trait, indépendamment de la maniÚre dont une variété en a été dotée, que ce soit par sélection traditionnelle ou par d'autres méthodes, parmi lesquelles les NBT[25] ;
- au BrĂ©sil, l'autorisation des variĂ©tĂ©s impliquant l'usage des nouvelles techniques de sĂ©lection se base, depuis , sur une Ă©valuation au cas par cas centrĂ©e sur les caractĂ©ristiques de la plante et la prĂ©sence ou non d'ADN d'une autre espĂšce. De plus, la Commission technique nationale de biosĂ©curitĂ© prend en compte l'Ă©ventualitĂ© que la variĂ©tĂ© ait pu ĂȘtre autorisĂ©e dans un autre pays[26] ;
- l'Argentine a adaptĂ© sa lĂ©gislation pour ĂȘtre en accord avec le protocole de CarthagĂšne en privilĂ©giant une approche au cas par cas. Dans l'Ă©ventualitĂ© oĂč il n'y a pas d'ADN provenant d'une autre espĂšce ou d'ADN recombinant dans la plante finale, les autoritĂ©s argentines considĂšrent que les plantes issues font l'objet de la mĂȘme rĂ©glementation que les variĂ©tĂ©s traditionnelles[27] ;
Annexes
Articles connexes
Références
- (en) Maria Lusser, Claudia Parisi, Damien Plan et Emilio RodrĂguez-Cerezo, « New plant breeding techniques - State-of-the-art and prospects for commercial development », Commission europĂ©enne / Joint Research Centre (JRC) / Institute for Prospective Technological Studies (IPTS), (consultĂ© le ).
- Note sur les « nouvelles techniques » du comité scientifique du HCB, site du HCB, le 19 janvier 2016.
- Une plante sur 20 est naturellement génétiquement modifiée, Futura Sciences, le 21 octobre 2019.
- (en) Tatiana V. Matveeva, Léon Otten, « Widespread occurrence of natural genetic transformation of plants by Agrobacterium », Plant Molecular Biology, (consulté le ).
- P. Mollier, « ABC des nouvelles biotechnologies de modifications ciblées du génome », site de l'INRA, le 15 juin 2015.
- P. Rogowsky, Promesses et limites des nouveaux outils de sélection végétale (NBT), présentation lors des rencontres « Agriculture & Innovation 2025 » au salon international de l'agriculture, le 3 mars 2016.
- Transferts génétiques naturels : des plantes OGM partout, site de l'IBMP, le 12 octobre 2019.
- « Analyser les questions Ă©thiques et politiques posĂ©es par lâĂ©dition du gĂ©nome des vĂ©gĂ©taux », sur INRAE.fr, (consultĂ© le )
- Compte rendu du 7Úme colloque des biotechnologies végétales, octobre 2017, AFBV, octobre 2017.
- « DuPont Pioneer and CIMMYT form CRISPR-Cas public/private partnership », CIMMYT.
- « CRISPR/Cas9, la plus médiatisée des NBT », info NBT, 12 octobre 2016.
- J. Chandrasekaran, M. Brumin, D. Wold, D. Leibman, C. Klap, M. Pearlsman, A. Sherman, « Development of broad virus resistance in non-transgenic cucumber using CRISPR/Cas9 technology », Molecular Plant Pathology, vol. 17, no 7, septembre 2016, pp. 1140-53 doi: 10.1111/mpp.12375.
- Ting Li, Bo Liun Martin H. Spalding, Donald P. Weeks et Bing Yang, High-efficiency « TALEN-based gene editing produces disease-resistant rice », Nature Biotechnology, no 30, 7 mai 2012, pp. 390-392 DOI:10.1038/nbt.2199.
- « TALEN, ciseaux moléculaires de la nouvelle génération de NBT », info NBT, 20 novembre 2016.
- A. J. Haverkort, P. C. Struik, R. G. F. Visser, E. Jacobsen, « Applied biotechnology to combat late blight in potato caused by Phytophthora infestans », Potato Research, no 52, août 2009, pp. 249-264 doi: 10.1007/s11540-009-9136-3.
- J. Shi, H. Gao, H. Wang, H. R. Lafitte, R. L. Archibald, M. Yang, S. M. Hakimi, H. Mo, J. E. Habben, « ARGOS8 variants generated by CRISP-Cas9 improve maize grain yield under field drought stress conditions », Plant Biotechnology Journal, vol. 15, no 2, février 2017, pp. 207-216 doi: 10.1111/pbi.12603.
- W. Haun, A. Coffman, B. M. Clasen, Z. L. Demorest, A. Lowy, E. Ray, A. Retterath, T. Stoddard, A. Juillerat, F. Cedrone, L. Mathis, D. F. Voytas, F. Zhang, « Improved soybean oil quality by targeted mutagenesis of the fatty acid desaturase 2 gene family », Plant Biotechnology Journal, 23 mai 2014, doi: 10.1111/pbi.12201.
- B. M. Clasen, T. J. Stoddard, S. Luo, Z. L. Demorest, J. Li, F. Cedrone, R. Tibebu, S. Davison, E. E. Ray, A. Daulhac, A. Coffman, A. Yabandith, A. Retterath, W. Haun, N. J. Baltes, L. Mathis, D. F. Voytas, F. Zhang, « Improving cold storage and processing traits in potato through targeted gene knockout », Plant Biotechnology Journal, vol. 14, no 1, janvier 2016, pp. 169-76 doi: 10.1111/pbi.12370.
- M. M. Andersen, X. Landes, W. Xiang, A. Anyshchenko, J. Falhof, J. T. Ăsterberg, L. I. Olsen, A. K. Edenbrandt, S. E. Vedel, B. J. Thorsen, P. SandĂže, C. Gamborg, K. Kappel, M. G. Palmgren, « Feasibility of new breeding techniques for organic farming », Trends in Plant Science, vol. 20, no 7, 28 mai 2015, p. 426-434.
- Rapport « Les enjeux économiques, environnementaux, sanitaires et éthiques des biotechnologies à la lumiÚre des nouvelles pistes de recherche », site du sénat, le 14 avril 2017.
- « CRISPR hat groĂes Potenzial », Die Tageszeitun, le 6 avril 2016.
- « Plant Breeding Techniques: An assessment for organic farming », document FIBL,â (lire en ligne).
- « CURIA - Documents », sur curia.europa.eu (consulté le ).
- « Secretary Perdue Issues USDA Statement on Plant Breeding Innovation », U.S. Department of Agriculture, 28 mars 2018.
- Stuart J. Smyth, « Canadian regulatory perspectives on genome engineered crops », GM Crops & Foods, vol. 8, 2017, pages 35-43 DOI: 10.1080/21645698.2016.1257468.
- Resolução Normativa no 16, de 15 de janeiro de 2018, site de la Commission technique nationale de biosécurité.
- Agustina I. Whelan et Martin A. Lema, « Regulatory framework for gene editing and other new breeding techniques (NBTs) in Argentina », GM Crops & Foods, vol. 86, 2015, pages 253-265 DOI: 10.1080/21645698.2015.1114698.