Observatoire de la biodiversité

Une première mission, générale, est d'acquérir des données et des indicateurs (d'état, pressions et réponses). Celles-ci peuvent être nécessaires pour répondre aux engagements de la Convention sur la diversité biologique adoptée à Rio en 1992, qui stipule en effet qu'en 2010, tous les états du monde vont devoir publier le bilan de leurs avancées concernant la conservation de la biodiversité. Dans l'UE, les États-membres et certaines administrations doivent aussi rendre des comptes au parlement ou à la Commission européenne en matière de biodiversité. Les observatoires permettent aussi de hiérarchiser les priorités, et partager l'information avec la société civile et certaines ONG environnementales.

Des lacunes apparaîtront inévitablement dans les données, que les observatoires pourront alors identifier, classer et hiérarchiser en termes d'enjeux pour tenter de les combler (ex : environnement nocturne, diversité microbienne, diversité des espèces vivant sous le sol, dans le bois-mort, dans les eaux profondes, etc.).

Outre cette mission d'acquisition et de rendu de faits et données (le « porté à connaissance »), trois autres approches complémentaires sont ou non retenues par ces observatoires ;

• Fonction de recherche fondamentale ; sur le fonctionnement des écosystèmes et des réseaux écologiques, les liens entre biodiversité et climat, les processus de résilience écologique et leurs limites, etc.
• Fonctions applicatives ; pour appuyer ou valider certaines certifications (écocertification, écosociocertification...), ou méthodes et stratégies de génie écologique visant à restaurer, protéger et gérer la biodiversité. Les indicateurs suivis peuvent ainsi améliorer la réalisation, le fonctionnement et l'évaluation des corridors biologiques restaurés dans le cadre des réseaux écologiques et trames vertes. Les données collectées et synthétisées peuvent aussi servir à alimenter le profil environnemental régional ou local quand il existe) et/ou à produire des documents d'aide et de conseil ou compléter divers outils d'aménagement du territoire (ex : Plan local d’urbanisme, les chartes environnementales, plans et schéma d’aménagement ou de gestion (dont gestion différentiée..., SCOT intercommunaux, Espace naturel sensible, réserves naturelles régionales, etc. Il peut aussi compléter le travail d'intégration de la trame verte et bleue et plus généralement de prise en compte de la biodiversité (ordinaire ou non) dans les SCOTs (par exemple l'observatoire de la biodiversité du Nord-Pas-de-Calais a publié fin 2014 un « État des lieux de la biodiversité dans les territoires des Schémas de cohérence territoriale »[3] librement consultable et utilisable par les habitants et collectivités.
• Fonctions prospectives ; De la même manière que pour le climat, des modèles peuvent proposer divers scénarios capables d'éclairer les décideurs et le public, pour l'aménagement.

Selon leurs moyens et missions, et selon leur territoire de compétence, ces observatoires peuvent considérer diverses échelles spatiotemporelles ; du local (ex : diversité microbienne ou de la microfaune d'un sol, observatoire des impacts d'une autoroute par exemple) à des échelles plus globales. En Europe, des observatoires ou moyens de mesure doivent aussi être mis en place pour mesurer le respect des objectifs de la directive cadre sur l'eau (bon état écologique des milieux aquatiques et zones humides d'ici 2015)

Aucun moyen scientifique ou technique disponible ne permettrait d'observer ni même connaître toute la biodiversité (on ne connait qu'un peu plus de 1,4 million d'espèces, sur un total estimé de 30 à 100 millions). Les observatoires s'intéressent donc prioritairement à des espèces patrimoniales, espèces clé, espèces déterminantes ou jugées bioindicatrices. Des approximations sont ensuite possibles sur la base d'extrapolation de données acquises dans les différents habitats.
Comme dans le domaine du développement durable, il n'existe pas de mesure absolue de la biodiversité, mais on admet de l'évaluer au moyen d'indicateurs.

Les observatoires de la biodiversité chercheront donc à évaluer et croiser :

• des Indicateurs de biodiversité (sauvage et/ou domestique) aux échelles génétiques et des espèces, populations, biocénoses, communautés et écosystèmes et/ou ;
• des données (descripteurs) concernant les habitats et leur degré de naturalité, fragmentation, etc. et/ou ;
• des données temporelles (ex : évolution des taux d’extinction[4] ou de régression d'espèce ou de diversité génétique)
• des données concernant les réseaux écologiques et leurs fonctionnalités, et/ou ;
• des données concernant les relations Homme-biodiversité (« état », « pression », « réponse »..)

Ces données concernent différents niveaux écologiques (de la diversité génétique à celle qui existe à l'échelle des biomes ou de la biosphère), biogéographiques et séries temporelles. Elles peuvent concerner les espèces sauvages, mais aussi domestiquées ou présentant un intérêt pour la médecine, l'industrie pharmaceutique et agroalimentaire et chimique en particulier).

Un observatoire de la biodiversité s'intéresse tant aux espèces ou habitats existants (menacés ou non), qu'à ceux qui ont disparu (récemment ou non, dans le cas d'une écologie rétrospective) s'appuyant notamment sur la palynologie, ainsi qu'à leurs fonctions et interactions.

Elles sont rassemblées ou agrégées pour prendre tout leur sens, éventuellement au sein d'une structure ou d'un système supra-national (Europe, ONU, OCDE.. avec Imoseb par exemple).

Outre leur financement, les principales difficultés rencontrées par les observatoires de l'environnement sont ;

• l'accès à la donnée
• la complexité de certains sujets (biodiversité, fragmentation écopaysagère, naturalité, diversité génétique par exemple)
• le manque de standardisation
• la rareté de certaines données statistiques anciennes nécessaires à caler ou valider des modèles (dans les domaines d'étude de tendance, pour la prospective, par exemple dans le domaine de la biodiversité.
• le manque d'homogénéité dans les protocoles,
• le manque de définitions partagées, ou leur variation dans le temps, ainsi que la difficulté de travailler avec un grand nombre de pays et donc de langues.
• les questions juridiques liées à l'information environnementale