Flore du Jura

Le massif du Jura s'est plissé et faillé au Crétacé supérieur en réaction à la poussée des Alpes (-35 à -3 millions d'années).

Les roches sont essentiellement sédimentaires, constituées à 95 % de calcaires et de marnes et se sont formées en milieu marin au cours des ères secondaires et tertiaires.

Le socle ancien (granites essentiellement, gneiss…) n'affleure qu'en bordure du massif, au niveau du massif de la Serre au nord de Dole et au sud des Vosges.

• Le Trias affleure à la périphérie des massifs du socle primaire et au niveau du chevauchement du Jura sur la Bresse. Il est constitué de roches détritiques et d'évaporites (sel gemme, gypse) qui se sont formés dans un contexte continental (lagunes, lacs, fleuves).
• Les terrains du Jurassique correspondent à des calcaires (roches dures) et des marnes (roches friables) disposés en millefeuilles.
• Les roches du Crétacé sont surtout des calcaires déposés en milieu marin ou laguno-lacustres. Elles affleurent surtout au niveau des synclinaux de la Haute-Chaîne. La série est incomplète dans le Jura du fait du plissement.

Les terrains du Tertiaire correspondent à des dépôts lacustres (molasses) et fluviatiles nourris par l'érosion des reliefs. Trois bassins continuent de fonctionner en périphérie du Jura : le fossé bressan, le fossé du Rhin et le bassin suisse.

Les cailloutis de la forêt de Chaux (immense forêt de 300 km²) et du Sundgau correspondent à des matériaux siliceux d'origine alpine datant d'une époque où les rivières alpines se jetaient dans le Rhin-Doubs. Ce fleuve puissant a déposé ses plus gros galets en débouchant dans le sud du fossé rhénan puis au niveau de la plaine bressane.

Le substrat est souvent masqué par des formations superficielles correspondant à des dépôts résultant de l'érosion des roches et déposés sur les versants et les plaines alluviales.

Ce sont des dépôts glaciaires détritiques datant de deux glaciations :

• Riss sur le front externe (Lons-le Saulnier, Salins, Ornans) avec des glaciers jurassiens au centre et des glaciers alpins au nord et au sud (matériaux d'origine mixte, calcaires et siliceux).
• Würm sur le front interne en retrait de 10 à 30 km du précédent (Arinthod, Frasne, Morteau) avec des glaciers jurassiens uniquement (matériaux calcaires).

Elles se sont mises en place à la suite de la dernière glaciation (Würm) par comblement des lacs glaciaires installés dans les dépressions mal drainées. Elles se situent surtout au niveau de la Haute-Chaîne et de la retombée méridionale des Vosges. La matière organique s'est déposée jusqu'à isoler le haut-marais des ruissellements qui n'est alors plus alimenté que par les eaux de pluie pauvres en sels minéraux.

Sables, graviers et limons se sont déposés en terrasses emboîtées (alternance de phase d'alluvionnement et de creusement).

Ils correspondent à des amoncellements de détritus de roches : éboulis au pied des falaises par fragmentation, dépôts marneux par glissement, dépôts de limons fins et argiles par ruissellement.

 Les habitats aquatiques sont très diversifiés et colonisent les lacs, les étangs, le lit mineur des cours d'eau ou leurs annexes (mortes, mares), ainsi que les gouilles et chenaux des tourbières. Leur répartition est conditionnée par la profondeur, la clarté, la température de l'eau, sa teneur en carbonates (pH), en sels minéraux et en nutriments.

Les herbiers aquatiques pionniers des eaux claires (Charetea) sont constitués par quelques espèces de characées (Nitella et Chara).

Les communautés flottant librement à la surface de l'eau, à caractère annuel (Lemnetea), sont dominées par les lentilles d'eau (genre Lemna, Spirodela) et quelques autres espèces comme le riccia flottant (Riccia fluitans), la morène des grenouilles (Hydrocharis morsus-ranae) ou l'utriculaire méridionale (Utricularis australis).

Les groupements de plantes vivaces enracinées au fond de l'eau (Potametea) hébergent les nénuphars (Nymphaea alba et Nuphar lutea) ainsi que diverses espèces de potamots (Potamogeton, Groenlandia), d'élodées (Elodea), de cornifles (Ceratophyllum), de myriophylles (Myriophyllum), d'étoiles d'eau (Callitriche) ou de renoncules aquatiques (Ranunculus fluitans, Ranunculus trichophyllus, etc). On rencontre quelques espèces patrimoniales comme les naïades (Najas), le petit nénuphar (Nymphoides peltata) ou la rare hottonie des marais (Hottonia palustris).

Les gouilles et chenaux des tourbières (Utricularietea), abritent diverses espèces de mousses (Sphagnum, Drepanocladus) et d'utriculaires (Utricularia minor).

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  herbier de Chara
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  groupements flottants de lentilles d'eau (Spirodela polyrhiza) et cornifle
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  lentilles d'eau (Lemna minor, L. minuta)
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  morène des grenouilles
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  nénuphar jaune
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  nénuphar blanc
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  potamot nageant et myriophylle en épi
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  potamot dense
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  élodée du Canada
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  cornifle immergé
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  étoile d'eau
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  renoncule flottante
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  renoncule à feuilles capillaires
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  utriculaire méridionale
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  sphaignes
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  Naïade marine
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  hottonie des marais
• 
  petit nénuphar

• A. Magnin et F. Hétier, Observations sur la flore du Jura et du Lyonnais, Besançon, 1897 (lire en ligne)
• Yorick Ferrez, Jean-François Prost et al., Atlas des plantes rares ou protégées de Franche-Comté, Turriers, Naturalia publications - Société d'Horticulture du Doubs et des Amis du Jardin Botanique, 2001, 310 p. (ISBN 2909717364)
• Jean-François Prost, Catalogue des plantes vasculaires de la chaîne jurassienne, Lyon, Société linnéenne de Lyon, 2000, 428 p. (ISBN 2950551491)
• Y. Ferrez, G. Bailly, T. Beaufils, R. Collaud, M. Caillet, T. Fernez, F. Gillet et al., Synopsis des groupements végétaux de Franche-Comté, Besançon, Société botanique de Franche-Comté, Conservatoire botanique national de Franche-Comté, coll. « Les Nouvelles Archives de la Flore jurassienne et du nord-est de la France », 2011, 282 p., chap. 1
• Y. Ferrez et al., Liste rouge régionale de la flore vasculaire de Franche-Comté, Besançon, Conservatoire botanique national de Franche-Comté, 2014, 13 p.
• V. Bichet et M. Campy, Montagnes du Jura - Géologie et Paysages, Besançon, Néo Éditions, 2008, 303 p. (ISBN 9782914741613)

• Faune du Jura

• Site du groupe d'étude floristique du Jura et du Jura bernois
• Nouvelles archives de la flore jurassienne
• Conservatoire botanique national de France-Comté (atlas en ligne)