Archaea (classification phylogénétique)

Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.

Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.

Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

▲
└─o Archaebacteria ou Archaea
  ├─o Thaumarchaeota
  │ ├─o Cenarchaeales
  │ ├─o Nitrosopumilales
  │ └─? Nitrosocaldales
  └─o
    ├─o
    │ ├─o Korarchaeota
    │ └─o Crenarchaeota ou Eocyta
    │   ├─o Thermoproteales
    │   │ ├─o Thermoproteaceae
    │   │ └─o Thermofilaceae
    │   └─o
    │     ├─o Sulfolobales
    │     └─o
    │       ├─? Fervidicoccales
    │       ├─o Acidilobales
    │       │ ├─o Caldisphaeraceae
    │       │ └─o Acidilobaceae
    │       └─o Desulfurococcales ou Igneococcales
    │         ├─o Desulfurococcaceae
    │         └─o Pyrodictiaceae
    └─o Euryarchaeota
      ├─? groupes "ARMAN"
      ├─o Nanoarchaeota
      ├─? Nanohaloarchaea
      └─o
        ├─o Thermococcales
        └─o
          ├─o
          │ ├─o Methanopyrales
          │ └─o
          │   ├─o Methanobacteriales
          │   │ ├─o Methanobacteriaceae
          │   │ └─o Methanothermaceae
          │   └─o Methanococcales
          │     ├─o Methanococcaceae
          │     └─o Methanocaldococcaceae
          └─o
            ├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales
            │ ├─o Thermoplasmataceae
            │ └─o
            │   ├─o Picrophilaceae
            │   └─o Ferroplasmataceae
            └─o
              ├─o Archaeoglobales
              └─o
                ├─o Halobacteriales
                └─o Methanomicrobia
                  ├─o Methanosarcinales
                  │ ├─o Methanosarcinaceae
                  │ ├─o Methanosaetaceae
                  │ └─o Methermicoccaceae
                  ├─o Methanocellales
                  └─o Methanomicrobiales
                    ├─o Methanospirillaceae
                    ├─o Methanocorpusculaceae
                    └─o Methanomicrobiaceae

Si, aujourd'hui, malgré la grande distance séparant les deux principales divisions archéennes, la monophylie du groupe semble acquise (contre l'enracinement des Eucaryotes au sein des Éocytes), la question controversée est celle de l'origine des bactéries méthanogènes : caractère apparu une seule fois tardivement (cf. Gao et Gupta), ou bien une seule fois à la base des Euryarchées (et perdu dans certains groupes ensuite), ou bien à plusieurs reprises. La découverte de nouvelles Archées qui ont vraisemblablement divergé à la base de l'arbre, ou des « nanoorganismes acidophiles archéens de la mine de Richmond » (dits ARMAN), permet de mieux entrevoir la diversité du groupe, en attendant une vue satisfaisante sur sa phylogénie.

─o division des Archaebacteria
 ├─o sous-division des Euryarchaeota
 │ ├─o super-classe des Neobacteria
 │ │ ├─o classe des Methanothermea (probablement paraphylétique)
 │ │ │ ├─o ordre des Methanobacteriales
 │ │ │ └─o
 │ │ │   ├─o ordre des Methanomicrobiales
 │ │ │   ├─o ordre des Methanococcales
 │ │ │   └─o ordre des Methanopyrales
 │ │ ├─o classe des Archaeoglobea
 │ │ │ └─o ordre des Archaeoglobales
 │ │ └─o classe des Halomebacteria
 │ │   ├─o ordre des Methanosarcinales
 │ │   └─o ordre des Halobacteriales
 │ └─o super-classe des Eurythermea (probablement paraphylétique)
 │   ├─o classe des Protoarchaea
 │   └─o classe des Picrophilea
 └─o sous-division des Crenarchaeota
   └─o classe des Crenarchaeota
     ├─o
     │ ├─o ordre des Thermoproteales
     │ ├─o ordre des Sulfolobales
     │ └─o ordre des Desulfurococcales
     ├─o ordre des Cenarchaeales
     └─? Korarchaeota

─o domaine des Archaea
 ├─o embranchement des Crenarchaeota
 │ └─o classe des Thermoprotei
 │   ├─o ordre des Thermoproteales
 │   │ ├─o famille des Thermoproteaceae
 │   │ └─o famille des Thermofilaceae
 │   ├─o ordre des Caldisphaerales
 │   │ └─o famille des Caldisphaeraceae
 │   ├─o ordre des Desulfurococcales
 │   │ ├─o famille des Desulfurococcaceae
 │   │ └─o famille des Pyrodictiaceae
 │   └─o ordre des Sulfolobales
 │     └─o famille des Sulfolobaceae
 └─o embranchement des Euryarchaeota
   ├─o classe des Methanobacteria
   │ └─o ordre des Methanobacteriales
   │   ├─o famille des Methanobacteriaceae
   │   └─o famille des Methanothermaceae
   ├─o classe des Methanococci
   │ └─o ordre des Methanococcales
   │   ├─o famille des Methanococcaceae
   │   └─o famille des Methanocaldococcaceae
   ├─o classe des Methanomicrobia
   │ ├─o ordre des Methanomicrobiales
   │ │ ├─o famille des Methanomicrobiaceae
   │ │ ├─o famille des Methanocorpusculaceae
   │ │ └─o famille des Methanospirillaceae
   │ └─o ordre des Methanosarcinales
   │   ├─o famille des Methanosarcinaceae
   │   └─o famille des Methanosaetaceae
   ├─o classe des Halobacteria
   │ └─o ordre des Halobacteriales
   │   └─o famille des Halobacteriaceae
   ├─o classe des Thermoplasmata
   │ └─o ordre des Thermoplasmatales
   │   ├─o famille des Thermoplasmataceae
   │   ├─o famille des Picrophilaceae
   │   └─o famille des Ferroplasmataceae
   ├─o classe des Thermococci
   │ └─o ordre des Thermococcales
   │   └─o famille des Thermococcaceae
   ├─o classe des Archaeoglobi
   │ └─o ordre des Archaeoglobales
   │   └─o famille des Archaeoglobaceae
   └─o classe des Methanopyri
     └─o ordre des Methanopyrales
       └─o famille des Methanopyraceae

└─o Archaea
  ├─o Crenarchaeota
  │ ├─o Thermoproteales
  │ └─o
  │   ├─o Sulfolobales
  │   └─o Desulfurococcales
  └─o Euryarchaeota
    ├─? Nanoarchaeota
    └─o
      ├─o Thermoplasmatales
      │ ├─o Thermoplasmataceae
      │ └─o
      │   ├─o Picrophilaceae
      │   └─o Ferroplasmataceae
      └─o
        ├─o Halobacteriales
        ├─o Thermococcales
        └─o
          ├─o Archaeoglobales
          └─o
            ├─o Methanosarcinales
            │ ├─o Methanosarcinaceae
            │ └─o Methanosaetaceae
            └─o
              ├─o Methanomicrobiales
              └─o
                ├─o Methanococcales
                └─o
                  ├─o Methanopyrales
                  └─o Methanobacteriales

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