L'Essence de la décision

Selon le premier modèle, Allison explique la crise en trois phases :

1. le président John F. Kennedy a révélé en 1961 que l'URSS disposait de bien moins de missiles balistiques intercontinentaux (ICBM) qu'elle n'en prétendait, mettant à mal le mythe américain du missile gap (en). En réponse, Nikita Khrouchtchev ordonna d'installer à Cuba des missiles nucléaires à plus courte portée, marquant un point en rehaussant la puissance soviétique. Après l'échec de l'invasion de la Baie des cochons, l'URSS pensait que les États-Unis s'abstiendraient d'une réponse violente.
2. Kennedy et ses conseillers de l'EXCOMM (en) (Comité exécutif du Conseil de sécurité nationale) envisageaient toutes les options : de l'invasion de Cuba à la passivité complète. Finalement, ils ont décidé de proclamer l'embargo contre Cuba. Selon eux, cette mesure permettrait que la situation ne dégénère pas en guerre et contraindrait l'URSS à jouer le prochain coup.
3. En raison de la doctrine de destruction mutuelle assurée, un compromis a été trouvé, l'URSS a cédé et retiré ses missiles de Cuba, et les États-Unis ont retenu des missiles américains installés en Europe.

La Maison-Blanche, « centre » officiel des décisions des États-Unis.

Selon Allison, la première théorie n'arrive pas à rendre compte de certains faits, comme la décision soviétique de ne camoufler les missiles qu'après qu'ils ont été photographiés par les avions U-2.

Citant les travaux de sociologie des organisations de James March et d'Herbert Simon, qui soulignaient les tendances lourdes des organisations bureaucratiques à mener leur propre politique, Allison proposa les énoncés suivants :

1. Lorsqu'ils sont confrontés à une crise, les dirigeants ne la regardent pas en tant que tout mais la fragmentent en plusieurs parties sur lesquelles doivent travailler différentes agences et organisations.
2. Les dirigeants se mettent d'accord sur la première réponse « satisfaisante » au lieu d'évaluer toutes les alternatives possibles en raison de ressources limitées notamment temporelles (principe de la rationalité limitée).
3. Ils préfèrent les solutions qui limitent l'incertitude à court terme.
4. Les organisations agissent en suivant des procédures et des « répertoires » d'action fixés.
5. En raison du temps et des ressources importantes requises pour prévoir et organiser des actions au sein d'une grande organisation ou d'un gouvernement, les dirigeants sont de fait limités aux plans préexistants.

Anatoli Dobrynine, l'ambassadeur de l'URSS à Washington. Il n'aurait pas été informé par son gouvernement du déploiement des missiles[4], et Allison devinait juste lorsque sans documents, il affirmait que Kennedy lui concèderait, via son frère, Robert Kennedy, le retrait des missiles de Turquie.

Avec ce nouveau modèle, Allison explique ainsi le déroulement de la crise :

1. L'URSS n'avait jamais établi de base de missiles nucléaires à l'étranger. Elle confiait cette mission à plusieurs agences, qui ont suivi leurs procédures propres, Mais elles n'étaient toutefois pas adaptées aux conditions cubaines. Des erreurs ont donc été commises, et États-Unis ont donc rapidement appris l'existence des missiles, une des raisons étant des casernes de troupes soviétiques déguisées mais avec des étoiles de l'Armée rouge visibles du ciel.
2. Kennedy et ses conseillers ne considéraient guère d'autres options que l'embargo ou un bombardement, qui était soutenu presque à l'unanimité au début de la crise. Une telle attaque, cependant, aurait créé une incertitude lourde puisque l'aviation n'était pas sûre de détruire tous les missiles d'un coup. En outre, Kennedy souhaitait une attaque « chirurgicale », mais les dégâts collatéraux prévisibles étaient importants. L'alternative de l'embargo a ainsi été choisie, les forces marines étant suffisantes sur place, et un plan d'embargo préexistait, que Kennedy a réussi à communiquer directement avec les capitaines des navires.
3. L'URSS n'ayant pas de plan préétabli en réponse à une action ferme de Washington, elle a décidé donc de se retirer.

Le général Curtis LeMay : partisan de la manière forte, ce « faucon » croyait en l'inéluctabilité d'une Troisième Guerre mondiale.

Le troisième modèle complémentaire, s'inspirant de Richard Neustadt, fondateur de la John F. Kennedy School of Government dont Allison deviendra doyen, et de Samuel P. Huntington, souligne les jeux de pouvoir entre politiques et la nécessité pour le dirigeant suprême de réunir un consensus autour de lui. Allison insiste donc ici sur le charisme des dirigeants et sur la division entre les dirigeants du conglomérat d'organisations constituant l'État.

En dépit du manque avoué de données concernant la politique interne de l'URSS, Allison propose alors l'explication suivante :

1. Khrouchtchev était sous le feu de critiques grandissantes émanant du Præsidium en raison de la déclaration de Kennedy selon laquelle l'URSS manquait d'ICBM et l'échec du blocus de Berlin. En outre, alors que l'économie soviétique était en butte à des difficultés, les dirigeants militaires s'opposaient à la décision de Khrouchtchev de réduire le budget de la défense. Placer des missiles à Cuba aurait ainsi été une façon facile et économe pour lui de regagner du prestige interne.
2. L'échec du débarquement de la Baie des cochons avait poussé le Parti républicain à mettre la politique cubaine au premier plan en appelant à une réponse forte plutôt que diplomatique. Bien qu'au début, le conseil de l'EXCOMM préconisait majoritairement un bombardement aérien, les plus proches conseillers du président, dont son frère et ministre de la Justice Robert Kennedy et le conseiller spécial Theodore Sorensen, optaient pour l'embargo. Au même moment, le président Kennedy était en désaccord avec ceux qui soutenaient les bombardements, comme le général de l'aviation, Curtis LeMay. En outre, le fiasco de la Baie des cochons le poussait à se méfier des conseils de la CIA. Il a décidé ainsi finalement de déclarer l'embargo.
3. Ayant perdu la face à Cuba, Khrouchtchev a attiré l'attention sur les missiles PGM-19 Jupiter de l'OTAN, basés en Turquie. Kennedy a refusé publiquement de négocier mais a ordonné à son frère Robert de négocier avec l'ambassadeur soviétique, Anatoli Dobrynine, qui a obtenu le retrait des missiles, ce qui sera effectué quelques mois plus tard. Cet accord, qui était secret à l'époque, a peut-être été deviné dès 1971 par Allison. Ou il en a eu connaissance à la lecture d'une phrase de l'ouvrage posthume de Robert Kennedy, Thirteen Days (1968), relatif à cette crise et faisant état pour la première fois d'un prochain retrait des missiles Jupiter de Turquie et d'Italie jugées obsolètes. Publiquement, Kennedy a également promis de ne jamais envahir Cuba.