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Coronavirus de chauve-souris WIV16 lié au SRAS

Le virus WIV16 est une souche de coronavirus associé au SRAS (espèce SARSr-CoV).

Coronavirus de chauve-souris WIV16 lié au SRAS
Description de l'image Defaut 2.svg.
Classification
Type Virus
Domaine Riboviria
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus
Espèce SARSr-CoV

Forme

Bat SL-CoV WIV16

Son génome, publié en 2016, a une similitude de 96 % avec la séquence entière du génome du SRAS-CoV-1 responsable l'épidémie de SRAS.

Comme le SARS-CoV et le SARS-CoV-2, il utilise l'ACE2 comme récepteur pour infecter les cellules.

Découverte

Le virus WIV16 a été découvert et isolé avec succès en 2013 dans les échantillons fécaux de la chauve-souris Rhinolophus sinicus à Kunming dans le Yunnan.

Virologie

La longueur du génome est de 30290 bases et sa similarité de séquence avec le SRAS-CoV-1 est de 96 % (contre 95,6 % pour le virus WIV1 et 95,4 % pour le virus SHC014), ce qui en fait le virus connu le plus proche du SRAS-CoV-1. En particulier, sa protéine spiculaire présente une similitude de séquence d'acides aminés de 97 % avec le SRAS-CoV-1, ce qui est supérieur aux autres SRASr-CoV de chauve-souris connus. Comme le WIV1, la similitude au niveau du domaine de liaison au récepteur (RBD) est de 95 %.

En revanche, sa similarité est plus faible, au niveau de la séquence ORF8 (environ 40 %)[1]. Le virus WIV16 et le virus WIV ont tous deux un autre cadre de lecture ouvert entre ORF6 et ORF7. ORFX code une protéine auxiliaire, qui est unique à ces deux souches virales et peut inhiber l'interféron β dans les cellules hôtes et stimuler l'expression de NF-κB (réponse immunitaire)[2].

Parmi les virus de chauve-souris liés au SRAS, seuls les virus WIV16 et WIV1 ont été isolés avec succès à partir d'échantillons et cultivés dans des cellules in vitro[3] - [2].

Position phylogénétique


16BO133 (zh), 82.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Jeolla du Nord, Corée du Sud[4]


Rf1 (zh), 87.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Yichang, Hubei[5]

HKU3 (zh), 87.9 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Hong Kong & Guangdong[6]

LYRa11, 90.9% to SARS-CoV-1, Rhinolophus affinis, Baoshan, Yunnan[7]

Rp3 (zh), 92.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus pearsoni, Nanning, Guangxi[5]

YNLF_31C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan[8]

YNLF_34C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan[8]



SHC014-CoV, 95.4 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan[9]

WIV1, 95.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan[9]

WIV16, 96.0 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus Kunming, Yunnan[3]

Civet SARS-CoV (en), 99.8 % / SARS-CoV-1, Paguma larvata, Canton, Chine[6]

SARS-CoV-1 (100 %)

SARS-CoV-2, 79 % / SARS-CoV-1[10]


Références
  1. Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W et al., « Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. », J Virol, vol. 90, no 6,‎ , p. 3253-6 (PMID 26719272, PMCID 4810638, DOI 10.1128/JVI.02582-15, lire en ligne).
  2. Zeng LP, Gao YT, Ge XY, Zhang Q, Peng C, Yang XL et al., « Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response. », J Virol, vol. 90, no 14,‎ , p. 6573-6582 (PMID 27170748, PMCID 4936131, DOI 10.1128/JVI.03079-15, lire en ligne)
  3. Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W, « Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. », J Virol, vol. 90, no 6,‎ , p. 3253-6 (PMID 26719272, PMCID 4810638, DOI 10.1128/JVI.02582-15, lire en ligne)
  4. Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK, « Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. », Virus Genes, vol. 55, no 4,‎ , p. 545-549 (PMID 31076983, PMCID 7089380, DOI 10.1007/s11262-019-01668-w, lire en ligne)
  5. W. Li, « Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses », Science, vol. 310, no 5748,‎ , p. 676–679 (ISSN 0036-8075, DOI 10.1126/science.1118391)
  6. Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi, Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition., John Wiley & Sons, (lire en ligne), « BAT CORONAVIRUSES »
  7. He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y, « Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China. », J Virol, vol. 88, no 12,‎ , p. 7070-82 (PMID 24719429, PMCID 4054348, DOI 10.1128/JVI.00631-14, lire en ligne)
  8. Susanna K. P. Lau, Yun Feng, Honglin Chen, Hayes K. H. Luk, Wei-Hong Yang, Kenneth S. M. Li, Yu-Zhen Zhang, Yi Huang, Zhi-Zhong Song, Wang-Ngai Chow, Rachel Y. Y. Fan, Syed Shakeel Ahmed, Hazel C. Yeung, Carol S. F. Lam, Jian-Piao Cai, Samson S. Y. Wong, Jasper F. W. Chan, Kwok-Yung Yuen, Hai-Lin Zhang, Patrick C. Y. Woo et S. Perlman, « Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination », Journal of Virology, vol. 89, no 20,‎ , p. 10532–10547 (ISSN 0022-538X, DOI 10.1128/JVI.01048-15)
  9. Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li et Xing-Lou Yang, « Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor », Nature, vol. 503, no 7477,‎ , p. 535–8 (PMID 24172901, PMCID 5389864, DOI 10.1038/nature12711, Bibcode 2013Natur.503..535G)
  10. Hu Ben, Guo Hua, Zhou Peng et Shi Zheng-Li, « Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. », Nature Reviews Microbiology, no 19,‎ , p. 141-154 (DOI 10.1038/s41579-020-00459-7, lire en ligne)
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