Consortium de séquençage du génome de la pomme de terre
Le consortium de séquençage du génome de la pomme de terre (PGSC, acronyme de Potato Genome Sequencing Consortium) est un consortium international ayant pour objectif le séquençage du génome de la pomme de terre (Solanum tuberosum L.).
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Ce consortium a été lancé en janvier 2006 à l'initiative du département de la sélection végétale de l'université de Wageningue. Il regroupait à l'origine 13 groupes de recherches provenant d'Argentine, Brésil, Chili, Chine, États-Unis, Inde, Irlande, Nouvelle-Zélande, Pays-Bas, Pologne, Pérou, Royaume-Uni et Russie[1].
Le génome de la pomme de terre se compose de 12 chromosomes et sa taille est estimée à 840 millions de paires de bases. Le travail de séquençage a porté sur deux variétés diploïdes, RH89-039-16, variété diploïde hétézygote et DM1-3 516R44, variété homozygote (monoploïde doublée)[2].
La première ébauche de séquence du génome de la pomme de terre a été annoncée en 2011 dans la revue Nature. L'assemblage, qui couvre 95 % des gènes de la pomme de terre, est mis à la disposition des chercheurs dans le domaine public et publié sur le site du PGSC, www.potatogenome.net [3] - [4].
Membres
Le consortium de séquençage du génome de la pomme de terre regroupe des représentants de 17 instituts ou universités de 13 pays différents[5] :
Argentine, Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
Chili, Instituto de Investigaciones Agropecuarias
Chine
- Institut de génomique de Pékin
- Académie chinoise des sciences agronomiques
États-Unis,
Inde, Central Potato Research Institute
Irlande, Teagasc Agriculture and Food Development Authority
Italie, Ente per le Nuove tecnologie, l'Energia e l'Ambiente
Nouvelle-Zélande, New Zealand Institute for Crop and Food Research
Pays-Bas, Université de Wageningen
Pérou,
- Centre international de la pomme de terre
- Université péruvienne Cayetano Heredia
Pologne, Institut de biochimie et biophysique de l'Académie polonaise des sciences.svg.png.webp)
Royaume-Uni,
Russie, Centre de bioingénierie de l'Académie des sciences de Russie
Notes et références
- (en) Richard G. F. Visser, Christian W. B. Bachem, Jan M. de Boer, Glenn J. Bryan, Swarup K. Chakrabati, Sergio Feingold, Robert Gromadka, Roeland C. H. J. van Ham, Sanwen Huang, Jeanne M. E. Jacobs8, Boris Kuznetsov, Paulo E. de Melo, Dan Milbourne, Gisella Orjeda, Boris Sagredo et Xiaomin Tang, « Sequencing the Potato Genome: Outline and First Results to Come from the Elucidation of the Sequence of the World’s Third Most Important Food Crop », American Journal of Potato Research, Potato Association of America, (lire en ligne, consulté le ).
- (en) « Introduction », Potato Genome Sequencing Consortium (consulté le ).
- (fr) « Une équipe internationale de scientifiques du Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) a annoncé qu'elle a publié la première ébauche de séquence du génome de la pomme de terre. », Association française des biotechnologies végétales, (consulté le ).
- (en) « Genome sequence and analysis of the tuber crop potato », Nature, Nature Publishing Group, vol. 475, , p. 189–195 (lire en ligne, consulté le ).
- (en) « Members », Potato Genome Sequencing Consortium (consulté le ).