Les équipes sont réparties en 4 poules géographiques . Chaque équipe affronte les autres de sa poule en matchs aller-retour (programme double, c'est-à-dire 2 confrontations par journée).
Les 2 premiers de chaque poule sont répartis en 1/4 de finale pour l'accession à la Division 2 en programme de 2 fois 9 manches. Les 4 gagnants passent en demi-finale en programme de 2 fois 9 manches. Les vainqueurs s'affrontent pour le titre dans une finale au meilleur des 3 matchs. Le vainqueur affrontera le perdant du Play-Down de la Division 2.
Les 3 derniers de chaque poule sont répartis en deux poules de Play-Down où ils s'affrontent pour le maintien en Nationale 1, les deux derniers de chaque poule sont relégués en régionale.
Les clubs de l'édition 2013
En 2013, la Division 2 s'est intercalée entre la première division du baseball français et la Nationale 1. Les 6 clubs ayant participé aux play-off de Nationale 1 en 2012 étaient qualifiés pour monter en Division 2 en 2013. Les Indians de Boé-Bon-Encontre ont renoncé à cette montée et restent en Nationale 1 2013. L'équipe réserve des Barracudas de Montpellier n'accède pas non plus à la Division 2 et reste en Nationale 1 2013. Autre conséquence de la création de la Division 2, aucun club d'Élite 2012 n'est rétrogradé en Nationale 1 en 2013. Les Seagulls de Cherbourg renoncent au championnat 2013 de Nationale 1 et sont rétrogradés en championnat régional.
Les vainqueurs du quart de finale sont qualifiés en demi finale. Les vainqueurs sont qualifiés pour la finale du championnat.
Date
Recevant
Visiteur
Match 1
Match 2
Match 3
Notes
Clermont
La Rochelle
6 - 11
0 - 6
/
Eysines
Montpellier 2
4 - 2
6 - 7
8 - 6
Rouen 2
Rennes
18 - 6
1 - 11
2 - 13
Paris 2
Ronchin
16 - 6
11 - 4
/
1/2 Finale
Date
Recevant
Visiteur
Match 1
Match 2
Match 3
Notes
La Rochelle
Eysines
2 - 7
1 - 5
Rennes
Paris 2
11 - 2
2 - 4
5 - 2
Les matchs 2 et 3 ont été reportés au 1er septembre en raison de la pluie
Finale
La finale se joue au meilleur des 3 rencontres les 7 et . Le vainqueur est champion et joue un barrage de montée contre le perdant du play-down de la division 2.
Match
Date
Recevant
Visiteur
Score
1
Eysines
Rennes
6 - 1
2
Eysines
Rennes
5 - 11
3
Eysines
Rennes
1 - 16
Play-down
Équipes
Les équipes classé 3e à 5e de chaque poule sont réparties en deux poules. Les deux derniers de chaque poule sont relégués en régionale