Variants Kappa et Delta du SARS-CoV-2

Détecté le 5 octobre 2020 près de Nagpur en Inde, le variant B.1.617(.1) présente 15 mutations dont deux affectent le domaine de liaison de la protéine spiculaire :

• L452R, détectée chez les variants B.1.427/B.1.429 (Californie)[7] ;
• E484Q, affectant le même acide aminé que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens[8].

Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elles pourraient lui permettre d'échapper aux anticorps (post-infection ou vaccinaux)[1] - [9]. Elles lui valent le qualificatif — impropre[Note 1] — de « double mutant »[10].

Le 10 mai 2021, ce variant B.1.617 a été classé comme « préoccupant » par l'OMS[11]. Le 11 mai 2021, l'OMS note qu'il « pourrait y avoir des différences importantes entre les trois sous-lignées » mais que « les données actuellement disponibles sont trop limitées » pour pouvoir les différencier[12].

Des cas de mucormycose[Note 2] sont signalés en Inde chez des patients guéris de la Covid-19[13]. Il semblerait toutefois que ce soit la conjonction d'un diabète de type 2[14] et d'un traitement à base de corticoïdes affaiblissant le système immunitaire qui favorise l'infection mucorale et non le virus SARS-CoV-2 lui-même[15].

Le 31 mai 2021, l'OMS adopte des lettres grecques pour nommer les variants les plus importants, en remplacement de leur origine géographique, potentiellement stigmatisante :

• la lignée B.1.617.1 devient le variant Kappa et est déclassé variant d’intérêt ;
• la lignée B.1.617.2, la plus dynamique, devient le variant Delta, classé variant préoccupant ;
• la troisième lignée s'est peu répandue hors de l'Inde.

Le variant Delta se déploie en Europe (4^e vague) au détriment du variant Alpha. Il se caractérise par[16] - [17] :

• 2 substitutions dans le domaine de liaison aux récepteurs cellulaires (L452R et T478K), facilitant la liaison au récepteur ACE2 ;
• 1 substitution près du site de clivage S1/S2 par la furine (P681R), facilitant la fusion avec la membrane cellulaire ;
• 1 substitution (T19R) et 1 double délétion (157-158del) dans le domaine antigénique NTD, contribuant à l'échappement aux anticorps neutralisants.

Depuis août 2021, les variants Delta ont été subdivisés dans le système de désignation de la lignée Pango en variantes AY.1 à AY.28. Cependant, il n'existe aucune information permettant de savoir si cette classification est corrélée avec des changements dans les caractéristiques biologiques du virus.

À partir d'août 2021, AY.4 à AY.11 sont prédominants au Royaume-Uni, AY.12 en Israël, AY.2, AY.3, AY.13, AY.14, AY. 25 aux États-Unis, AY 20 aux États-Unis et au Mexique, AY 15 au Canada, AY 16 au Kenya, AY 17 en Irlande et en Irlande du Nord, AY 19 en Afrique du Sud, AY 21 en Italie et en Suisse, AY.22 au Portugal, AY.24 en Indonésie et AY.23 en Indonésie, à Singapour, au Japon et en Corée du Sud.

En avril 2021, il s'était propagé dans au moins huit pays. Des rapports de terrain le décrivent comme plus contagieux[18].

Santé publique France écrit le 8 avril 2021 : « Ce variant a été détecté sporadiquement en Angleterre, Allemagne, au Canada et à Singapour. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe. »[7]

Fin avril, il s'avère que ce variant circule aux Fidji. Il y a été apporté par deux patients rapatriés d'Inde. Un soldat en centre de quarantaine a alors été contaminé en touchant leurs bagages. Il a ensuite contaminé une femme de ménage, qui n'a pas informé les autorités de signes cliniques de sa maladie et s'est déplacée librement en dehors du centre de quarantaine, contaminant de nombreuses autres personnes[19] - [20].

Le 29 avril 2021, l'agence régionale de santé de Nouvelle-Aquitaine annonce que le variant indien a été détecté pour la première fois en France, dans le département de Lot-et-Garonne, sur un patient revenu d'Inde. Le lendemain, la Direction générale de la Santé révèle que deux nouveaux cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône et que d'autres cas suspects sont en cours d'investigation dans d'autres régions, concernant toujours des personnes venues d'Inde.

En mai 2021, certains médias considèrent que le variant dit indien est plus contagieux que le variant dit britannique. Au Royaume-Uni, le variant dit britannique ne représente plus que 90 % des virus qui se propagent contre 10 % pour le variant dit indien[21].

Au 8 juin 2021, le Royaume-Uni — pour réagir au variant Delta qui supplante les autres variants — recommande officiellement de réduire les déplacements au minimum[22]. En effet, le variant double chaque semaine le nombre de personnes hospitalisées au Royaume-Uni, dont 90% non vaccinées avec deux doses[23].

En juin 2021, le variant quintuple chaque quinzaine le nombre de personnes flash-testées en France[24], c'est-à-dire qu'il est multiplié par 2.2 chaque semaine. Le 23 juin 2021, Gabriel Attal, porte-parole du gouvernement, annonce que ce variant représente 9 à 10 % des contaminations en France, mais que ce nombre est bien plus élevé dans le département des Landes où il atteint 70 %[25].

Toutefois, en France, on recherche des mutations plutôt que des variants[26]. Le 28 juin, la mutation L452R apparaît dans 25,8 % des tests[27].

Le 17 juillet, la propagation du variant delta en Espagne conduit au confinement nocturne dans les communes catalanes de plus de 5 000 habitants[28].

Le lendemain, les Pyrénées Orientales — département français voisin de la Catalogne — ferme les bars, restaurants, établissements de plage, débits de boissons temporaires et épiceries de nuit, de 23 h à 6 h[29].

Le 23 juillet, l'Occitanie atteint un taux d'incidence de 200 pour 100 000, et de 651 pour 100 000 chez les 20-29 ans[30].

Au 1 aout 2021, l'Occitanie atteint un taux d'incidence de 420 pour 100 000, et de 1200 cas pour 100 000 habitants dans la tranche 20-30 ans[31]. Le 4 aout, le plan blanc est déclenché à Toulouse et en Occitanie[32].

Lors d'un test RT-PCR, le variant Kappa peut être distingué notamment par la mutation E484Q. La mutation L452R, quant à elle, permet de distinguer aussi bien le variant Kappa que le variant Delta[37].