SARS-CoV-2 chez le Cerf de Virginie
En 2021 et 2022, des Ă©tudes ont mis en Ă©vidence « une infection gĂ©nĂ©ralisĂ©e de SARS-CoV-2 chez le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) en AmĂ©rique du Nord, avec des centaines d'animaux infectĂ©s dans 24 Ătats amĂ©ricains et plusieurs provinces canadiennes »[1]. En 2021, des Ă©chantillons sanguins recueillis par des chercheurs du dĂ©partement de l'Agriculture des Ătats-Unis ont montrĂ© que 40 % des cerfs de Virginie Ă©chantillonnĂ©s prĂ©sentaient des anticorps prouvant qu'ils sont ou ont Ă©tĂ© infectĂ©s par le SARS-CoV-2 (les pourcentages les plus Ă©levĂ©s concernaient le Michigan (67 %) et la Pennsylvanie (44 %)[2]. L'universitĂ© d'Ătat de Pennsylvanie et des responsables de la faune de l'Iowa ont ensuite montrĂ© que jusqu'Ă 80 % des cerfs de l'Iowa Ă©chantillonnĂ©s d'avril 2020 Ă janvier 2021 Ă©taient positifs pour une infection active par le SARS-CoV-2, plutĂŽt qu'uniquement porteurs d'anticorps issus d'une infection antĂ©rieure. Ces donnĂ©es, confirmĂ©es par le Laboratoire national des services vĂ©tĂ©rinaires, ont alertĂ© les scientifiques sur la possibilitĂ© que le cerf de Virginie soit devenu un rĂ©servoir naturel du coronavirus, autrement dit une possible « usine de production de variants », dont certains Ă©ventuellement retransmissibles Ă l'homme[3].
Ceci a des implications Ă©coĂ©pidĂ©miologiques importantes pour le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandĂ©mie de COVID-19 : il pourrait persister Ă long terme, continuer Ă Ă©voluer chez les cerfs, puis possiblement rĂ©apparaitre chez l'Homme (car dans un « systĂšme Ă plusieurs hĂŽtes rĂ©servoirs »[4], il peut avoir un avantage sĂ©lectif : il ne disparait pas au cas oĂč il disparaĂźtrait chez l'un des rĂ©servoirs individuels[5]). Le Cerf de Virginie est la premiĂšre espĂšce sauvages chez laquelle une transmission du SARS-CoV-2 entre animaux vivant en libertĂ© a Ă©tĂ© documentĂ©e[1]. Lâinfection semble asymptomatique, mais le cerf pourrait propager le virus Ă d'autres animaux (sauvages ou du bĂ©tail) plus vulnĂ©rables[1].
« Le fait que les animaux deviennent un rĂ©servoir viral, servant de source rĂ©calcitrante d'Ă©pidĂ©mies et potentiellement de nouveaux variants du virus » inquiĂšte les chercheurs, dont certains pensent que « le variant Omicron, hautement infectieux, a passĂ© du temps dans un rĂ©servoir animal avant d'apparaĂźtre chez lâhomme »[1]. En mars 2022 une dĂ©claration conjointe de l'Organisation mondiale de la santĂ© (OMS), de l'Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et de l'Organisation mondiale de la santĂ© animale (OIE) a spĂ©cifiquement citĂ© le cerf de Virginie comme exemple d'un rĂ©servoir nouvellement formĂ© au sein de la faune[6].
En mars 2022, dans l'Utah, une autre espÚce, le Cerf mulet, a aussi été testée positive au SARS-CoV-2. Au début du mois d'avril 2020, aucune autre espÚce de cervidés ne semble avoir été observée porteuse du virus.
Vulnérabilité des populations de Cerf de Virginie au virus SARS-CoV-2
En 2021, on sait que la protĂ©ine du rĂ©cepteur ACE2 (cible du virus sur les cellules de lâorganisme quâil infecte) et chez le Cerf de Virginie similaire Ă celle de l'Homme.
Ce cerf a Ă©tĂ© expĂ©rimentalement infectĂ© (Cf. Publication de janvier 2021, faite par des chercheurs du dĂ©partement amĂ©ricain de l'agriculture (USDA) aprĂšs inoculation nasale de faons captifs, qui ont ensuite (entre 3 et 5 jours aprĂšs l'infection) Ă©mis le virus dans leur mucus nasal et leurs excrĂ©ments ; ils ont aussi pu propager l'infection Ă d'autres faons, y compris dans des enclos adjacents[7]. D'autres ongulĂ©s, tels que les vaches, les moutons et les chĂšvres n'y sont pas sensibles[1]. Le cerf de Virginie semble aussi pouvoir ĂȘtre « rĂ©infectĂ© » par un autre variant du virus (phĂ©nomĂšne dĂ©crit par Kuchipudi Ă partir d'Ă©chantillons faits en dĂ©cembre et janvier 2022 (un cerf avait des anticorps contre Omicron, mais aussi contre le variant Delta[8].
Un nombre élevé de copies d'ARN viral a souvent été retrouvé dans les échantillons de ganglions de cerfs (allant de 2,7 copies à 2,3 à 106 copies par millilitre), suggérant que de nombreux cerfs avaient probablement une charge virale élevée[5].
Curieusement, en 2022, en Autriche et Allemagne oĂč des chevreuils (Capreolus capreolus), des cerfs Ă©laphe (Cervus elaphus) et des daims (Dama dama) ont Ă©tĂ© testĂ©s pour le virus, ils semblent tous Ă©pargnĂ©s, mĂȘme dans les zoos[9]⊠alors que « Toutes les donnĂ©es sur les rĂ©cepteurs ACE2 suggĂšrent que les espĂšces de cerfs europĂ©ens devraient ĂȘtre aussi sensibles que les cerfs de Virginie »[1].
Prévalence du virus chez le Cerf de Virginie
En Amérique du Nord, en 2021 et 2022, des variants du SARS-COV-2 circulent abondamment chez le Cerf de Virginie. Et ils « reflÚtent généralement ceux qui se propagent chez les humains proches. Des études suggÚrent aussi que le SARS-CoV-2 dans la nature pourrait déjà explorer de nouvelles voies d'évolution grùce à des mutations du virus »[1].
385 Ă©chantillons sanguins de cerfs de Virginie prĂ©levĂ©s de janvier Ă mars 2021 ont Ă©tĂ© Ă©tudiĂ©s dans le cadre normal de la surveillance des maladies de la faune dans l'Illinois, du Michigan, de l'Ătat de New York et de Pennsylvanie : 40 % d'entre eux contenaient des anticorps anti-SARS-CoV-2 (rĂ©sultat publiĂ© en prĂ©impression en juillet 2021)[1]. Il fallait encore vĂ©rifier que ces anticorps ne provenaient pas dâinfections par dâautres coronavirus chez les cerfs[1].
L'effort d'échantillonnage a donc été amplifié, et étendu à une grande partie de l'Amérique du Nord.
Ă partir de dĂ©cembre 2020, les tests PCR ont commencĂ© Ă ĂȘtre positifs (ex. : en 2021, dans lâOhio, 129 cerfs Ă©taient positifs pour l'ARN viral du SARS-CoV-2 sur 360 animaux Ă©chantillonnĂ©s entre janvier et mars 2021)[1]. En Iowa 33 % de 283 ganglions lymphatiques rĂ©tropharyngĂ©s de cerfs Ă©chantillonnĂ©s entre avril 2020 et janvier 2021 Ă©taient Ă©galement positifs pour le SARS-CoV-2 (surtout en novembre-dĂ©cembre 2020, pĂ©riode coĂŻncidant avec celle d'un pic Ă©pidĂ©miologique humain[5]. Dans lâOhio, plus de 50 % des gĂ©nomes viraux sĂ©quencĂ©s chez le cerf de Virginie Ă©taient les mĂȘmes que ceux trouvĂ©s chez les humains malades de la Covid-19 dans cet Ătat.
Le virus « humain » semble sâĂȘtre propagĂ© chez les cerfs Ă au moins six reprises, et les mutations observĂ©es chez les cerfs montrent que l'infection se propageait rapidement entre cerfs[1] - [10].
Des cerfs infectĂ©s ont ensuite Ă©tĂ© trouvĂ©s dans 24 des 30 Ătats amĂ©ricains oĂč un Ă©chantillonnage a Ă©tĂ© signalĂ© - mais aussi au QuĂ©bec[11], en Ontario[12], au Saskatchewan, dans le Manitoba, au Nouveau-Brunswick et en Colombie-Britannique, bien que les taux de sĂ©ropositivitĂ© au Canada aient Ă©tĂ© plus faible, Ă 1-6 %. Fin dĂ©cembre 2021, des chercheurs dĂ©couvrent que le variant hautement transmissible d'Omicron a contaminĂ© des cerfs de Virginie vivant Ă Staten Island (l'un des cinq arrondissements de la ville de New York)[8]. En Ontario, dĂšs novembre-dĂ©cembre 2021, dans un travail publiĂ© en prĂ©impression de fĂ©vrier 2021 des chercheurs dĂ©celaient et signalaient des signes d'Ă©volution Ă long terme du virus chez le cerf de Virginie[12].
Sex-ratio
Les mùles sont plus touchés par le virus que les femelles, comme c'est le cas avec l'encéphalopathie des cervidés et de la tuberculose, probablement car les mùles ont un domaine vital plus grand, se déplacent plus, et ont plus de contacts avec d'autres cerfs lors de la saison de reproduction (automne-hiver). Une autre raison est la dynamiques propre aux groupes sociaux de cerfs célibataires mùles[13], qui forment des groupes lùches de deux à six individus se touchant et se léchant souvent, alors que les cerfs matriarcaux vivent avec leur harde de femelles et leurs faons[1].
HypothĂšses explicatives
Proximité avec l'Homme
Le cerf de Virginie approche souvent l'Homme ; il est aussi Ă©levĂ© pour sa viande, et des lieux de rĂ©habilitation accueillent des faons orphelins. Les cerfs captifs ont souvent des contacts avec lâHomme et parfois avec des cerfs sauvages, ils peuvent aussi sâenfuir ou ĂȘtre relĂąchĂ©s dans la nature, mais selon Vanessa Hale « il n'y a probablement pas assez de contacts directs dans aucun de ces scĂ©narios pour expliquer les centaines de cas dĂ©tectĂ©s jusqu'Ă prĂ©sent, sans parler des innombrables autres qui n'ont tout simplement pas Ă©tĂ© enregistrĂ©s »[10].
Des cerfs pourraient sâinfecter en enfonçant leur museau dans des masques jetĂ©s ou en mangeant des vĂ©gĂ©taux contaminĂ©s et/ou en buvant de lâeau contaminĂ© par lâHomme.
RĂŽle de l'agrainage et de la chasse ?
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On a aussi constaté, « notamment, aprÚs le pic de cas humains de novembre 2020 dans l'Iowa » que les infections de cerfs par le SARS-CoV-2 ont coïncidé « avec le début de l'hiver et le pic de la saison de chasse au cerf »[14].
- L'agrainage apportĂ© par les chasseurs qui nourrissent et appĂątent ainsi les cerfs, pourrait ĂȘtre l'une sources humaines de virus, et il favorise le regroupement d'animaux normalement Ă©parpillĂ©s[10] (situation connue pour ĂȘtre propice Ă la contagion inter-individus)[5].
Ainsi, lors de la deuxiÚme semaine de janvier 2021, en fin de saison de chasse réguliÚre, les cinq échantillons de RPLN de cerfs récoltés étaient tous positifs pour l'ARN du SARS-CoV-2[5].
Et durant les 7 derniĂšres semaines (du 23 novembre 2020 Ă la fin de la saison de chasse le 10 janvier 2021), 80 des 97 Ă©chantillons de ganglions lymphatiques de cerfs de tout l'Ătat (82,5 %) Ă©taient positifs pour le SARS-CoV-2[5].
L'agrainage prĂ©sente l'inconvĂ©nient d'aussi attirer et nourrir des micromammifĂšres (ex. : souris) et leurs prĂ©dateurs (ex. : vison, chat) connus pour ĂȘtre sensibles ou potentiellement sensible au virus SARS-CoV-2[15].
- Pour obtenir de beaux trophées, les chasseurs offrent aux cervidés des compléments minéraux, souvent sous forme de pierre à lécher (sels minéraux) que, localement, tous les cerfs lÚchent réguliÚrement (au risque de se transmettre des microbes)[16].
Vecteurs de contagion des cerfs ?
On sait que le virus infectieux est prĂ©sent dans les excrĂ©ments des animaux infectĂ©s (homme y compris) et qu'il a aussi une certaine capacitĂ© persistance dans l'eau (au moins une semaine quand la charge virale est importante)[17], et que les eaux usĂ©es contiennent souvent de l'ARN viral mais on nây a pas trouvĂ© le virus lui-mĂȘme et on trouve des cerfs contaminĂ©s loin des lieux habitĂ©s[18]. Enfin, le vison d'AmĂ©rique et/ou peut-ĂȘtre le chat sauvage pourraient aussi ĂȘtre des intermĂ©diaires[1]. Ces modes dâinfection peuvent co-exister[1], faisant craindre que le cerf puisse devenir un rĂ©servoir du SARS-CoV-2 et une source possible d'Ă©pidĂ©mies rĂ©currentes chez d'autres animaux (humains y compris), tout comme le chameau est devenu un rĂ©servoir naturel du coronavirus MERS-CoV-2. Dans ce, le SARS-CoV-2 pourrait muter et se recombiner avec d'autres coronavirus dangereux pour d'autres animaux partageant des pĂąturages avec des cerfs (vaches, moutons, chĂšvresâŠ)[1].
Territorialité/mobilité du Cerf de Virginie
Cet animal vit sur quelques kilomĂštres carrĂ©s presque toute lâannĂ©e, mais au moment de la reproduction (octobre - fĂ©vrier), il se dĂ©place plus (de quelques dizaines de km Ă une centaine de 100 kilomĂštres parfois ; et quand il y a beaucoup de neige plusieurs groupes peuvent cohabiter dans des zones mieux protĂ©gĂ©es en ForĂȘt (autre occasion de contagions inter-individus et inter-groupes)[1].
Origine humaine des infections de cerfs ?
DĂ©but 2021, les parents viraux les plus proches des virus infectant les cerfs de Virginie Ă©taient ceux trouvĂ©s chez de personnes du Michigan prĂšs d'un an plus tĂŽt ; le virus circule donc depuis de mois chez les cerfs, et note la virologue canadienne Mubareka, et comme ceci a pu ĂȘtre dĂ©montrĂ© avec un Ă©chantillonnage trĂšs clairsemĂ©, il semble que d'autres choses se passent dans la faune sauvage. Ainsi, une prĂ©impression de fĂ©vrier 2021 fait Ă©tat de variants Alpha et Delta du SARS-CoV-2 trouvĂ©s chez des cerfs en Pennsylvanie en novembre 2021[19].
Les gĂ©nomes Alpha y Ă©taient distincts de ceux trouvĂ©s chez l'homme et ont Ă©tĂ© trouvĂ©s des mois aprĂšs que Delta soit devenu prĂ©dominant chez l'Homme, Ă©voquant une Ă©volution indĂ©pendante du variant Alpha au sein de la population de cervidĂ©s. On soupçonne aussi que dans un cas au moins, c'est le cerf qui a pu infecter un humain et non l'inverse (sans le sud-ouest de lâOntario)[1].
Si ce phĂ©nomĂšne est courant, le virus pourrait ne pas s'estomper, mais continuer Ă longtemps circuler tout en Ă©voluant[1]. En mars 2021, l'USDA a Ă©tĂ© mission (avec 300 millions de dollars de subvention) pour enquĂȘter sur les animaux sensibles au SARS-CoV-2, dont en Ă©chantillonnant des cerfs durant la saison de chasse 2022-2023 dans au moins 27 Ătats[1]. Et des inoculations expĂ©rimentales doivent montrer si les variants telles que Omicron et Delta se comportent diffĂ©remment chez le cerf de Virginie, et quels autres animaux sauvages elles peuvent infecter (dont cerf mulet et wapiti, deux autres cervidĂ©s)[1].
Transmission
Comme chez l'homme, le SARS-CoV-2 se développe et se réplique dans les voies respiratoires supérieures des cerfs, avec un accent particulier sur les structures nasales. Le virus a aussi été retrouvé ailleurs, notamment dans les amygdales, les ganglions lymphatiques et les tissus du systÚme nerveux central des cerfs[20].
Les installations de cervidĂ©s en captivitĂ©, oĂč les cerfs sont gardĂ©s Ă proximitĂ© pour les reproducteurs ou pour la chasse, ont prĂ©sentĂ© des niveaux de transmission extrĂȘmement Ă©levĂ©s, avec des niveaux d'infection active dĂ©passant 90 % dans une installation[21].
Le cerfs de Virginie a un rĂ©cepteur ACE2 similaire Ă celui des humains exposĂ©s au SARS-CoV-2, de mĂȘme que les espĂšces de cerfs eurasiatiques, telles que le Chevreuil, le Cerf Ă©laphe et les daims, mais curieusement, ces derniers n'ont pas prĂ©sentĂ© de cas d'infection (actuelle ou passĂ©e) dĂ©tectĂ©es durant des deux premiĂšres annĂ©es de la pandĂ©mie de Covid-19. La forte densitĂ© des populations de cerfs de Virginie en AmĂ©rique du Nord et ses interactions plus frĂ©quentes avec l'Homme pourraient expliquer pourquoi il a subi les vagues Ă©pidĂ©miques aux Ătats-Unis et au Canada et non ailleurs[1].
Mutations et variantes
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En 2021, une Ă©tude de l'universitĂ© d'Ătat de l'Ohio montre que les humains ont transmis le SARS-CoV-2 au cerf de Virginie Ă au moins six reprises (avec six mutations alors rares chez l'homme[22].
Les donnĂ©es des tests de Pennsylvanie ont montrĂ© que des gĂ©nomes d'une souche divergente de la variante Alpha avaient Ă©tĂ© trouvĂ©s chez le cerf de Virginie en novembre 2021, longtemps aprĂšs qu'elle avait cessĂ© d'ĂȘtre la souche dominante chez l'homme. Cela suggĂ©rait que la variante Alpha avait continuĂ© Ă Ă©voluer de maniĂšre indĂ©pendante chez le cerf sans qu'il soit nĂ©cessaire de le rĂ©infecter par contact humain direct ou indirect[1].
Une Ă©tude de la population de cerfs de Virginie de New York sur Staten Island, commençant en dĂ©cembre 2021, a rĂ©vĂ©lĂ© que les cerfs sauvages avaient dĂ©jĂ contractĂ© le variant Omicron, qui venait de devenir rĂ©pandue chez l'homme. L'un des cerfs activement infectĂ©s avait des niveaux prĂ©existants Ă©levĂ©s d'anticorps, ce qui suggĂšre que les cerfs peuvent ĂȘtre continuellement rĂ©infectĂ©s par le SARS-CoV-2[23].
Clade Ontario WTD
Au début de 2022, des chercheurs canadiens ont annoncé la découverte d'une nouvelle variante du SARS-CoV-2 dans le cadre d'une étude conduite en Ontario de novembre à décembre 2021 sur le cerf de Virginie. Cette variante baptisée « clade WTD de l'Ontario » a infecté au moins une personne ayant été en contact étroit avec des cerfs locaux, marquant potentiellement le premier cas de transmission du cerf à l'homme[24].
La derniÚre fois qu'un parent de ce clade viral avait été vu, c'était 10 à 12 mois auparavant, chez l'homme et le vison, de l'autre cÎté de la frontiÚre internationale au Michigan. Les chercheurs pensent que la variante est apparue chez un animal hÎte pendant cette période, car les mutations du clade WTD de l'Ontario étaient trÚs différentes des souches circulantes trouvées chez l'homme, mettant en évidence 76 mutations par rapport au virus d'origine[25] - [1].
L'Ă©vĂšnement ancestral de transmission vison-humain dans le Michigan a Ă©galement montrĂ© des preuves de transmission de l'animal Ă l'homme, entraĂźnant quatre infections humaines qui ont Ă©tĂ© largement ignorĂ©es du public lors de leur dĂ©couverte fin 2020, et annoncĂ©es uniquement par les Centres pour le contrĂŽle et la prĂ©vention des maladies (CDC) aux Ătats-Unis quelques mois plus tard, en mars 2021. Le CDC a dĂ©fendu sa dĂ©cision en notant que ses dĂ©couvertes n'Ă©taient pas « surprenantes ou inattendues », puisque des Ă©vĂ©nements similaires de croisement vison-humain avaient dĂ©jĂ Ă©tĂ© documentĂ©s en Europe[26].
EspÚce apparentée également touchée
Les responsables de la faune de l'Utah ont annoncé qu'une étude de terrain menée de novembre à décembre 2021 a détecté le premier cas de SARS-CoV-2 chez le Cerf mulet. Plusieurs cerfs mulet avaient des anticorps anti-SARS-CoV-2, et un cerf femelle du comté de Morgan étaient en cours d'infection active (par le variant Delta[27]. Les cerfs de Virginie, capables de s'accoupler et de s'hybrider avec le cerf mulet, ont migré dans le comté de Morgan et d'autres habitats traditionnels du cerf mulet depuis au moins le début des années 2000[28].
Notes et références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalitĂ© issu de lâarticle de WikipĂ©dia en anglais intitulĂ© « SARS-CoV-2 in white-tailed deer » (voir la liste des auteurs).
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