Histoire de l'Association de la jeunesse auxerroise

Émile Combes, président du conseil favorable à la séparation de l'Église et de l'État.

En mars 1887, Apollinaire Geste, vicaire de l'église Saint-Pierre, fonde à Auxerre le patronage Saint-Joseph. Le futur abbé Deschamps en devient le président à 19 ans. Baccalauréat en poche, Ernest Deschamps est embauché dans l'étude de Maître Guimard à Auxerre en qualité de troisième clerc puis de second clerc chez Maître Frété à Joigny en 1890[D 1]. En 1892 il s'expatrie comme premier clerc dans l'étude de Maître Boutfol notaire à Argenteuil près de Paris. Il participe alors largement à la vie du patronage local, la Saint-Georges d'Argenteuil dont il assure la vice-présidence, faisant profiter la Saint Joseph d'Auxerre de l'expérience de son nouveau patronage[D 2] dont les statuts et le fonctionnement sont cités en exemple par le Bulletin des patronages et mûrit sa vocation dans l'exil[D 3]. Sur le point d'acquérir une étude notariale, il abandonne son projet à la mort de son père en 1896 pour entrer au grand séminaire de Sens. Ordonné prêtre le 24 juin 1900[D 4], il est nommé vicaire à la cathédrale Saint-Étienne d'Auxerre et directeur du patronage paroissial Saint-Joseph[D 5].

À la fin du XIX^e siècle, l'idée d'une séparation de l'Église et de l'État fait son apparition, afin de remettre en cause le Concordat de 1801 institué entre Napoléon I^er et le Saint-Siège. En 1901, la loi sur la liberté d'association dispose qu'« aucune congrégation religieuse ne peut se former sans une autorisation donnée par une loi »[1]. Le 4 septembre 1904, Émile Combes, président du Conseil depuis 1902, prononce à Auxerre un discours sur la séparation de l'Église et de l'État devant deux mille personnes[2]. Après la démission d'Émile Combes à la suite de l'affaire des fiches, c'est son successeur, Maurice Rouvier, qui mène la séparation jusqu'à son terme.

À Auxerre, en réaction à la loi de séparation de l'Église et de l'État votée le 9 décembre 1905, Ernest Deschamps, vicaire de la cathédrale Saint-Étienne d'Auxerre et directeur du patronage Saint-Joseph, profite de l'existence de la loi de 1901 qui lui permet de transformer son association cultuelle, en association sportive, par la création, le 29 décembre 1905, d'une société sportive et d'éducation basée sur des principes chrétiens[3] : l'Association de la jeunesse auxerroise (AJA)[4]. Les sections pratiquées au sein du club sont la gymnastique masculine, la clique (batterie-fanfare), la préparation militaire, le tir et bien sûr le football[5]. Le 1^er janvier 1906, l'AJA s'affilie à la Fédération gymnastique et sportive des patronages de France (FGSPF)[6].

L'AJA qui pense s'affilier à la FGSPF dès 1905 décide d'organiser des matches avec les clubs membres de la fédération. Elle dispute ainsi son premier match « officiel » le 5 novembre 1905 contre les Rupins de Bourgogne de Migennes en présence de Charles Simon, secrétaire général de la FGSPF[6] et ami de l'abbé Deschamps[7]. L'AJA s'impose alors comme le meilleur club bourguignon de la FGSPF en remportant chaque année le Championnat de Bourgogne FGSPF entre 1906 et 1914. Au niveau national l'AJA s'incline en finale du championnat de France des patronages[8] 1909 contre les Bons Gars de Bordeaux (défaite 5-1 à Gentilly)[9]. La saison suivante l'AJA est éliminée en demi-finale par le Patronage Olier sur le score de 9 à 0 le 17 avril 1910.

Lors de la Première Guerre mondiale, l'AJA perd cinquante-sept de ses cent trente-deux membres masculins[10]. En 1918, l'AJA est contrainte de libérer le terrain de l'Ocrerie qu'elle occupe depuis 1905[11]. Lors de la saison 1917-1918 l'AJA participe à la première Coupe de France de football, ce qui en fait l'un des quarante-huit membres fondateurs. Le 7 octobre 1917, l'AJA est éliminé au premier tour par l'Alliance vélo-sportive auxerroise sur le score de 6 buts à 1. En 1920, l'AJA s'affilie à la Fédération française de football et à la Ligue de Bourgogne-Franche-Comté[11]. L'AJA participe alors aux championnats départementaux. Elle remporte le titre de champion de l'Yonne en 1929 et participe à son premier championnat de Bourgogne en 1931. En 1936-1937, connaissant des difficultés financières, l'AJA renonce à disputer le championnat de Bourgogne. Elle le dispute à nouveau en 1941[12].

Pendant la Seconde Guerre mondiale, malgré l'occupation allemande, l'AJA continue d'exister. Elle perd trois joueurs au cours de ce conflit : son gardien de but, Pierre Bureau (abattu le 9 juillet 1944 dans un bois près du Val-de-Mercy[13]), et deux de ses coéquipiers, Gaston Martin et Charles Paquot, tués par la Milice française car ils sont résistants[14].

En 1946, l'AJA remporte à nouveau le titre de champion de l'Yonne et accède à la division d'honneur de Bourgogne. Cette même année, l'AJA réalise le doublé en gagnant la Coupe de l'Yonne de football. Peu de temps après, Pierre Grosjean devient le premier entraîneur officiel du club[15]. L'après-guerre est marqué par les derbys contre le Stade auxerrois, le club laïc de la ville d'Auxerre. Le 1^er décembre 1949, l'abbé Deschamps meurt et l'année suivante, le stade de la route de Vaux est rebaptisé Stade de l'Abbé-Deschamps. En 1950, Georges Hatz est nommé entraîneur de l'AJA. L'AJA rate la montée en Championnat de France Amateurs en 1951 sur tapis vert car son gardien de but possède une double licence[16]. En 1952, faute d'argent, l'AJA ne peut conserver Georges Hatz. C'est alors une valse d'entraîneurs qui commence à l'AJA : 1952-1953, Marc Olivier ; 1953-1955, M. Pignault ; 1955-1956, Pierre Meunier ; 1956-1958, Jacques Boulard ; 1958-1959, Joseph Holmann ; 1959-1961, Christian Di Orio. En 1958, l'AJA est même reléguée en Promotion d'Honneur de Bourgogne, mais remonte dès la saison suivante en division d'honneur de Bourgogne.

En 1961, Jean Garnault devient président de l'AJA et propose à Guy Roux de revenir jouer à Auxerre (il y a joué de 1952 à 1957). Guy Roux accepte à la condition de devenir entraîneur-joueur[17]. L'AJA qui a reçu plusieurs CV d'entraîneurs (dont ceux de Jean Baratte et Bolek Tempowski[14]) choisit finalement Guy Roux car c'est le moins cher[18]. L'AJA est alors déficitaire de 8 000 francs et est obligé de couper du bois, plutôt que d'utiliser du charbon, afin de chauffer le vestiaire pour faire des économies[19]. À 23 ans, Guy Roux, devient le onzième entraîneur de l'AJA depuis la libération (sur un total de dix-sept saisons). De 1962 à 1964, Guy Roux effectue son service militaire à Trèves en compagnie de Lionel Jospin[20]. Il est alors remplacé à l'AJA par Gagneux et Jacques Chevalier. En 1963, Jean Garnault est élu président de la Ligue de Bourgogne. Il est remplacé à la tête de l'AJA par Jean-Claude Hamel. L'AJA évolue en Division d'Honneur jusqu'en 1970. À l'issue de la saison 1969-1970, l'AJA remporte en effet le championnat de Bourgogne de Division d'Honneur et est ainsi promue en Division 3. L'AJA évolue dans le groupe centre de la Division 3. L'AJA se renforce en recrutant le Lensois Kalman Gerencseri[21] et André Fefeu, ancien joueur professionnel à Saint-Étienne avec qui il a gagné le championnat et la Coupe[22]. Guy Roux fait également venir le capitaine de l'équipe de France amateurs, François Chevat[23]. Pour ses deux premières saisons à ce niveau, l'AJA termine à la troisième place. En 1972-1973, l'AJA termine sixième mais la saison est embellie par la Coupe de France où l'AJA atteint les trente-deuxièmes de finale. La saison suivante, l'AJA termine quatrième et monte en deuxième division car les trois clubs qui la devancent sont des réserves d'équipes professionnelles qui n'ont pas le droit d'évoluer en deuxième division : Lyon, Saint-Étienne, Marseille.

Le 17 août 1974, l'AJA dispute sa première rencontre de Division 2 face à Hazebrouck et s'impose 2 buts à 1. L'AJA évolue alors en Division 2 avec le statut amateur. Elle doit toutefois engager à plein temps un secrétaire administratif et financier : Jean Edy. Afin d'assurer son maintien en Division 2, l'AJA recrute le gardien polonais Marian Szeja, qui est remplaçant au FC Metz, et l'international olympique Gérard Hallet. La saison qui suit, l'AJA recrute Serge Mesonès, Dominique Cuperly, Jean-Marc Schaer et Lucien Denis[22]. Lors de ses deux premières saisons en Division 2, l'AJA termine à chaque fois à la dixième place. Lors de la saison 1975-1976, l'AJAA atteint pour la première fois de son histoire les seizièmes de finale de la Coupe de France où elle s'incline contre l'Olympique de Marseille (0-0 à Auxerre, défaite 2-0 à Marseille).

La saison suivante, l'AJA arrive de nouveau en seizième de finale de la Coupe de France. Le 12 mars 1977, la réception de l'AS Saint-Étienne attire 15 000 spectateurs au stade[24]. Auxerre termine cette saison-là à la cinquième place puis la suivante à la quatrième place. Lors de la septième journée du championnat 1978-1979, Jean-Jacques Annaud qui réalise le film Coup de tête, filme les supporters auxerrois à l'occasion du match Auxerre-Troyes. Coup de tête raconte l'épopée d'un petit club, l'AS Trincamp, en Coupe de France. L'AJA semble s'en inspirer puisqu'elle atteint cette même saison la finale de la Coupe de France. L'AJA n'avait jusqu'alors jamais dépassé les seizièmes de finale. En quart de finale, l'AJA bat le LOSC, pensionnaire de Division 1, avant d'éliminer en demi-finale le Racing Club de Strasbourg, futur champion de France de Division 1. C'est la première fois depuis 1933 qu'un club amateur se qualifie pour la finale et la première fois depuis 1959 qu'un club de deuxième division atteint ce niveau[25]. Le 16 juin 1979, en finale au Parc des Princes, Auxerre s'incline contre le FC Nantes, 4 buts à 1 après prolongation. Cette épopée épuise l'AJA qui rate la montée en Division 1 en terminant une nouvelle fois à la quatrième place.

Cette montée au plus haut niveau est obtenue dès la saison suivante. Il faut cependant attendre la dernière journée du championnat. Auxerre est alors à égalité de points avec Avignon (quarante-deux points) et reçoit l'AS Cannes, troisième du groupe avec quarante points. Pendant ce temps, Avignon reçoit le Paris FC. L'AJA s'impose 2 buts à 1 et devance Avignon grâce à une meilleure différence de buts. Auxerre s'adjuge ensuite le titre de champion de France de Division 2 en battant le FC Tours qui a terminé premier du groupe A.

Auxerre fait ses premiers pas en Division 1 le 24 juillet 1980 contre le Sporting Club de Bastia à Toulon (car le terrain des Corses est suspendu). Auxerre s'incline 2-0. Le 20 novembre 1980, Andrzej Szarmach signe à Auxerre après avoir enfin obtenu le bon de sortie de la Fédération polonaise de football. Il débute deux jours plus tard à domicile contre Lyon et inscrit le premier de ses quatre-vingt-quatorze buts en Division 1. Pour sa première saison en Division 1, l'AJA réussit deux performances : le 13 décembre 1980, elle s'impose au Parc des Princes contre le Paris Saint-Germain (3-2), puis le 7 avril 1981, l'AJA s'impose au Stade Marcel-Saupin contre le FC Nantes (1-0), qui n'a plus perdu un match à domicile depuis cinq ans et quatre-vingt-douze matchs (invincibilité allant du 15 avril 1976 au 7 avril 1981). L'AJA termine à la dixième place au classement final. Les deux saisons suivantes, l'AJA termine quinzième puis huitième.

Lors de la saison 1983-1984, l'AJA monte pour la première fois sur le podium en se classant troisième. L'AJA occupe même, pour la première fois de son histoire, la première place du classement, de la 5^e à la 10^e journée à la suite d'une série de sept victoires consécutives (de la 2^e à la 9^e journée). Patrice Garande termine meilleur buteur du championnat avec vingt-et-une réalisations. Garande remporte quelques semaines plus tard la médaille d'or aux Jeux olympiques de Los Angeles avec l'équipe de France olympique tandis que Joël Bats et Jean-Marc Ferreri gagnent le Championnat d'Europe 1984 avec l'équipe de France. Cet été-là, Auxerre recrute Michel N'Gom. International espoir, il a quitté le Paris Saint-Germain pour franchir un palier en rejoignant l'AJA. Lors des matchs de préparation, il inscrit cinq buts en dix matchs[26]. Le dernier week-end avant la reprise du championnat, il se rend à Paris pour voir ses anciens coéquipiers. Malheureusement, il décède à la suite d'un accident de la circulation le 12 août 1984. Afin de lui rendre hommage, un des salons du stade de l'Abbé Deschamps porte son nom[27]. La saison 1984-1985 voit Auxerre découvrir la Coupe d'Europe pour la première fois de son histoire en participant à la Coupe UEFA. Le tirage au sort ne lui est pas favorable puisqu'elle est opposée au Sporting Portugal. Le 19 septembre 1984, au Stade José Alvalade, elle dispute donc sa première rencontre européenne et s'incline 2 buts à 0. Le match retour a lieu le 3 octobre 1984. L'AJA réussit à remonter ses deux buts en retard grâce à un doublé de Szarmach. L'AJA cède cependant dans les prolongations en concédant deux buts. Auxerre termine la saison à la quatrième place. Grâce à la victoire de l'AS Monaco, troisième du championnat, en Coupe de France, l'AJA se qualifie pour la Coupe UEFA.

L'intersaison 1985 voit Joël Bats rejoindre le Paris Saint-Germain. Auxerre recrute Bruno Martini pour prendre sa succession. En UEFA, l'AJA hérite du Milan AC comme adversaire. Au match aller, l'AJA s'impose 3-1. Les deux équipes ratent un penalty et Paolo Maldini dispute ce jour-là[28] son premier match en coupe d'Europe. Au match retour, l'AJA s'incline 3 buts à 0 et est éliminée. Septième en championnat et quart-de-finaliste en Coupe de France, l'AJA n'est pas européen une troisième saison d'affilée. Auxerre termine quatrième en 1986-1987, se fait éliminer encore une fois au premier tour de la Coupe UEFA la saison suivante : défaite 2-0 en Grèce contre le Panathinaïkos puis victoire trop courte au retour 3-2. La saison 1988-1989 voit l'AJA terminer cinquième en championnat et atteindre les demi-finales de la Coupe de France où elle est éliminée par l'Olympique de Marseille, futur vainqueur de l'épreuve. Grâce à sa cinquième place en championnat, l'AJA retrouve la Coupe UEFA et y réalise son premier beau parcours. Lors du tour préliminaire, l'AJA réalise son premier exploit. Battu 0-1 à domicile par le Dinamo Zagreb, elle s'impose 3-1 en Yougoslavie et se qualifie pour les trente-deuxièmes de finale. Auxerre bat successivement les Albanais du KS Apolonia Fier, les Finlandais de RoPS Rovaniemi et les Grecs de l'Olympiakos Le Pirée avant d'être éliminée en quart de finale par la Fiorentina. En parallèle à cette aventure, l'AJA termine à la sixième place en championnat. Lors de l'été 1990, l'AJA vend Basile Boli et recrute Enzo Scifo, Alain Roche et Zbigniew Kaczmarek. Auxerre termine à la troisième place après avoir été leader du championnat après quinze journées.

En 1991-1992, Auxerre est éliminée en seizième de finale de la Coupe UEFA par Liverpool puis termine quatrième en Division 1. Cet été 1992, l'AJA vend Alain Roche, Jean-Marc Ferreri tout en recrutant Frank Verlaat, Gérald Baticle et Moussa Saïb. L'AJA effectue alors un somptueux parcours en UEFA. Auxerre élimine le Lokomotiv Plovdiv puis le tout récent FC Copenhague. En huitième de finale, l'AJA élimine les Belges du Standard de Liège. En quart de finale, l'AJA est opposée à l'Ajax d'Amsterdam tenant du titre et invaincu en Coupe d'Europe depuis deux ans. Avant d'affronter l'Ajax, Auxerre reste sur cinq défaites en championnat[29]. Auxerre réalise un gros match et s'impose 4 à 2 à domicile. Au match retour Auxerre s'incline 1-0 et se qualifie pour la demi-finale. La demi-finale oppose l'AJA au Borussia Dortmund. Au match aller, en Allemagne, l'AJA s'incline 2 buts à 0. Lors du match retour, 18 400 spectateurs encouragent l'AJA qui ouvre la marque dès la huitième minute. Les deux équipes se livrent alors un match d'une très grande intensité. Aucune des deux équipes ne ferme le jeu, et l'attaquant suisse de Dortmund, Stéphane Chapuisat se procure de nombreuses occasions. À la soixante-et-onzième minute, Vahirua tire un coup franc qui est envoyé au fond des filets de la tête par Verlaat. Deux minutes plus tard, Baticle et Cocard partent au but. Baticle décale Cocard qui du bout du pied pousse la balle vers le but vide. Alors que le ballon va rentrer, un défenseur allemand la sort in extremis. À l'issue du temps réglementaire, il y a donc égalité parfaite entre l'AJA et Dortmund et c'est la prolongation. Elle est marquée par une expulsion dans chaque camp (Kutowski pour Dortmund, et Guerreiro pour l'AJA). Le score n'évolue pas, les deux équipes se départagent aux tirs au but. Alors que le score est de 6-5, Stéphane Mahé échoue dans sa tentative. Auxerre est éliminée et l'image de Stéphane Mahé, en larmes, est ancrée dans la mémoire des supporters auxerrois. Bien que terminant sixième du championnat, Auxerre est de nouveau qualifié pour la Coupe UEFA à la suite de l'affaire OM-VA. L'OM étant suspendu en C1, il est remplacé par Monaco qui est inscrit d'abord pour la Coupe UEFA. La place de Monaco est alors attribuée à l'AJA[30]. Mais contrairement à l'épopée de la saison précédente, l'AJA est éliminée dès le premier tour par le Tenerife de Fernando Redondo[31]. L'AJA se rattrape avec le championnat (troisième) mais aussi en remportant le premier trophée majeur de son histoire, la Coupe de France. Après avoir écarté des équipes de division inférieure lors des premiers tours, l'AJA élimine Nantes en demi-finale avant de s'imposer 3 buts à 0 au Parc des Princes en finale contre Montpellier[32]. La saison suivante, Auxerre termine quatrième en championnat et est quart de finaliste de la Coupe des Coupes : Auxerre est éliminé par Arsenal à l'Abbé-Deschamps (1-0) après avoir pourtant obtenu le nul 1-1 à Highbury[33].

Guy Roux.

L'intersaison auxerroise est marquée par de nombreux transferts. Baticle, Guerreiro, Mahé, Martini, et Verlaat quittent l'AJA tandis que Guivarc'h, Tasfaout et Laurent Blanc rejoignent les rangs du club. L'AJA quitte rapidement l'Europe avec une élimination en seizième de finale de la Coupe UEFA contre Nottingham Forest. Le club s'incline à domicile 1-0 après avoir tiré vingt-six fois au but. À la trente-troisième minute, le défenseur de Nottignham Ian Woan repousse la balle derrière la ligne de but mais l'arbitre italien Pierluigi Collina ne valide pas le but[34]. En championnat, l'AJA commence par un bilan équilibré avec une victoire, un nul et une défaite après trois journées. Le 24 novembre 1995, le Paris Saint-Germain Football Club (PSG) est sacré champion d'automne avec sept points d'avance sur l'AJA et le FC Metz. Le 16 décembre 1995, pour la dernière journée avant la trêve hivernale, le PSG compte six points d'avance sur le RC Lens et dix sur le club auxerrois. Le PSG s'incline alors trois fois de suite en championnat : d'abord contre l'AS Monaco, puis le 11 février 1996, lors de la vingt-septième journée, le PSG est battu à domicile par le Montpellier HSC 3 buts à 2 alors qu'ils mènent 2-0 à un quart d'heure de la fin, le club parisien perd ensuite au RC Strasbourg. L'AJA en profite et ne pointe plus qu'à trois points du PSG avec un match en retard. En parallèle à ces trois défaites en championnat, le PSG est éliminé de la Coupe de France, en huitième de finale, par l'AJA (3-1). Le PSG se ressaisit ensuite et reprend cinq points d'avance sur l'AJA à l'issue de la trente-et-unième journée, Auxerre ayant par ailleurs perdu son match en retard. Lors de la journée suivante de championnat, le PSG se déplace à Auxerre. Trois jours après avoir éliminé Parme en quart de finale de la Coupe des Coupes, le PSG est battu 3 buts à 0. Le PSG ne compte plus que deux points d'avance sur l'AJA. Auxerre s'empare de la tête du classement lors de la journée qui suit en s'imposant au Lille OSC quatre buts à zéro, pendant que le PSG s'incline à domicile 3-2 contre le FC Metz. Auxerre est alors en tête du championnat avec un point d'avance sur le PSG et trois sur le FC Metz qui compte alors un match en retard.

Le 13 avril 1996, en demi-finale de la Coupe de France, l'AJA élimine l'Olympique de Marseille au Vélodrome lors de la séance des tirs au but. La trente-quatrième journée de championnat voit l'AJA et le PSG s'imposer (contre les Girondins de Bordeaux et l'OGC Nice) puis, lors de la trente-cinquième, faire tous les deux matchs nul (contre le SC Bastia et le FC Martigues). Auxerre prend de l'avance lors de la journée suivante en battant Saint-Étienne pendant que le PSG est battu à domicile par le Lille OSC. Auxerre compte quatre points d'avance à deux journées de la fin et peut être sacré dès l'avant dernière journée en réalisant un match nul à En Avant de Guingamp. Le 4 mai, Auxerre remporte la deuxième Coupe de France de son histoire en battant Nîmes en finale 2 buts à 1. Le 11 mai 1996, Auxerre décroche le nul à l'EA Guingamp, pendant que le PSG est tenu en échec chez les Girondins de Bordeaux, et que le FC Metz s'incline au FC Nantes. L'AJA est sacré champion de France pour la première fois de son histoire, et réalise ainsi le doublé Coupe-Championnat. Lors de la dernière journée, devant 22 500 spectateurs (record d'affluence du club), Auxerre bat le FC Nantes, le précédent champion, pour ce qui ressemble à une passation de pouvoir. Après ce doublé, Laurent Blanc, Sabri Lamouchi et Corentin Martins sont sélectionnés pour le Championnat d'Europe de football 1996 où ils arrivent en demi-finale. Un peu plus tard, Taribo West remporte la médaille d'or aux Jeux olympiques d'Atlanta avec le Nigeria.

Après cet imprévisible doublé, l'AJA perd trois de ses cadres à l'intersaison : Blanc, Cocard, Martins. Pour sa première participation à la Ligue des champions, l'AJA signe deux exploits en allant s'imposer à Glasgow contre les Rangers et à Amsterdam face à l'Ajax. Auxerre est ensuite éliminée en quart de finale par le Borussia Dortmund, futur vainqueur de l'épreuve. Toutefois l'AJA s'estime lésée par l'arbitrage, à cause d'un but valable refusé à Laslandes lors du match aller. Auxerre termine également sixième du championnat qui la qualifie seulement pour la Coupe Intertoto 1997. Auxerre la remporte et accède à la Coupe UEFA 1997-1998. Elle écarte le Deportivo La Corogne, l'OFI Crète, le FC Twente[35] avant d'être éliminée en quart de finale par la Lazio de Rome[36]. Auxerre termine septième du championnat et est qualifiée pour la Coupe Intertoto 1998, où elle est éliminée par l'Espanyol Barcelone.

La saison 1998-1999 est délicate pour l'AJA qui ne se sauve que lors de la dernière journée en s'imposant à domicile contre le Stade rennais. Lors de la saison 1999-2000, Auxerre renoue avec le haut du tableau en terminant huitième. Mais l'événement de la saison est marqué par l'annonce du départ à la retraite de Guy Roux. Il est remplacé par l'entraîneur de l'équipe réserve Daniel Rolland. Cette même année, l'AJA devient une société anonyme à objet sportif (SAOS). Daniel Rolland ne reste entraîneur de l'AJA qu'une seule saison. En effet, après un an d'absence, Guy Roux redevient entraîneur. Il conserve la tactique 4-5-1 mise en place par Daniel Rolland, après avoir observé que les huit quarts de finaliste de la Ligue des Champions 2000-2001 évoluent tous avec ce schéma.

En 2003, Auxerre remporte la Coupe de France.

Le vendredi 23 novembre 2001, Guy Roux qui ne sent pas bien, se rend au service cardiologie de l'hôpital d'Auxerre. Le médecin l'ausculte et le fait immédiatement transférer à l'hôpital Cochin à Paris afin d'y subir des examens complémentaires. Le médecin lui signale qu'il a une ou deux artères bouchées et l'envoie alors à l'hôpital Saint-Joseph où il est opéré en urgence d'un double pontage coronarien[37]. Alain Fiard qui est alors l'entraîneur adjoint assure l'intérim pendant la convalescence de Guy Roux. Ce dernier reprend sa place en janvier 2002. S'appuyant sur la génération des Cissé, Mexès, Boumsong, Kapo, l'AJA termine troisième du championnat avec notamment vingt-deux réalisations de Cissé qui termine meilleur buteur du championnat de France à égalité avec le Bordelais Pauleta. Le club se qualifie pour la seconde fois de son histoire pour la Ligue des Champions après avoir écarté le Boavista Porto lors du tour préliminaire. L'AJA est ensuite éliminée lors de la phase de poule mais réussit l'exploit de s'imposer 2 buts à 1 contre Arsenal à Highbury. Auxerre est la seule équipe française à s'être imposée dans ce stade. À l'issue de la saison, Auxerre remporte sa troisième Coupe de France en battant le PSG en finale. Boumsong, Mexès, Kapo et Cissé participent ensuite à la Coupe des confédérations 2003 qu'ils remportent en battant en finale le Cameroun de leur coéquipier Perrier-Doumbé.

Maillot porté à l'occasion du centenaire contre le FC Chakhtior Donetsk.

En 2003-2004, l'AJA termine quatrième et Cissé termine de nouveau meilleur buteur du championnat en ayant inscrit vingt-six buts. Mais à l'issue de cette saison l'AJA perd plusieurs de ses cadres : Cissé rejoint Liverpool, Mexès signe à l'AS Roma, Olivier Kapo s'engage avec la Juventus et Boumsong est recruté par les Glasgow Rangers. Malgré ces départs, l'AJA remporte la Coupe de France 2005 contre Sedan. À l'issue du match, Guy Roux annonce son départ à la retraite.

À l'issue de la saison 2004-2005, l’AJA célèbre son centenaire par de nombreux événements. Ces festivités sont organisées les 2 et 3 juillet 2005. Toutefois, une exposition consacrée à l’AJA ouvre ses portes au public dès le 17 juin. Le 2 juillet 2005 une plaque est posée au premier siège de l’AJA, 4 place de Saint-Étienne. Une gerbe de fleurs est également déposée sur la tombe de l’abbé Deschamps. Le soir, l’AJA affronte le FC Chakhtior Donetsk pour le match de centenaire. Le match, qui est gratuit comme toutes les manifestations du centenaire, voit les deux équipes se séparer sur un match nul (1 à 1). Pour l’occasion, l’AJA porte un maillot bleu ciel et or[38].

Yann Lachuer en 2006.

Le 7 juin 2005, Jacques Santini succède à Guy Roux. Malgré une saison correcte (sixième), le courant entre Santini et les dirigeants ne passe pas. Son contrat est résilié le 16 mai 2006 après une seule saison à la tête de l'équipe première. Le 20 mai 2006 Auxerre engage Jean Fernandez qui vient de démissionner de son poste d'entraîneur de l'Olympique de Marseille. Pour sa première saison au club, Fernandez conduit l'AJA à la huitième place en championnat. Cette saison 2006-2007 voit l'AJA atteindre la barre symbolique des cent matchs européens (le 14 décembre 2006 contre Livourne)[39], puis le 14 avril 2007, à l'occasion de la trente-deuxième journée du championnat de France, l'AJA dispute son millième match en première division contre Toulouse[40].

Ireneusz Jelen attaquant de l'AJA entre 2006 et 2011.

Lors de la saison 2007-2008, l'AJA connaît un début de championnat délicat avec six défaites lors des sept premières journées. L'AJA obtient finalement son maintien lors de l'avant-dernière journée. Lors de la dernière journée, Lyon vient s'imposer à l'Abbé-Deschamps et remporte son septième titre. C'est le second club, après Lens en 1998, qui est sacré à Auxerre lors de la dernière journée. Lors de la saison 2008-2009, l'AJA termine à la 8^e place. Après un début de saison délicat (15^e à la trêve), l'AJA réussit une meilleure seconde partie de saison, s'imposant au Stade Gerland face à Lyon et au Parc des Princes face au PSG. Entre la 32^e et la 37^e journée, l'AJA remporte six matchs d'affilée. Le 6 juillet 2009, le président Hamel en place depuis 1963 part à la retraite. Il est remplacé par Alain Dujon[41].

L'AJA commence la saison 2009-2010 par trois défaites consécutives. Elle inscrit son premier point lors de la cinquième journée et reste invaincue jusqu'à la quinzième journée. Le club enchaîne même sept victoires d'affilée entre la septième et la quatorzième journée. À l'issue de cette dernière, l'AJA s'empare de la tête du classement. Cette série de victoires s'achève lors de la quinzième journée par une défaite au Parc des Princes face au Paris Saint-Germain. L'AJA rentre ensuite dans le rang et est cinquième à la trêve. Mais le club repart ensuite de l'avant et enchaîne douze matchs sans défaite entre la 24^e et la 35^e journée. Lors de celle-ci, Auxerre, alors 2^e, reçoit le 30 avril le leader du championnat, l'Olympique de Marseille, dans le match au sommet de journée. Les hommes de Jean Fernandez pointent à 5 points de ceux de Didier Deschamps. Les deux équipes ne parviennent cependant pas à se départager (0-0). Lors de la journée suivante, l'AJA est battue en fin de match à l'Olympique lyonnais (2-1) et voit ses chances de terminer sur le podium s'amenuiser. Ainsi lors de l'ultime journée, Auxerre doit absolument battre le FC Sochaux et espérer un faux pas de Lille (2^e) ou de Lyon (3^e). Alors que les Nordistes sont battus à Lorient, les Bourguignons arrachent la victoire au stade Bonal grâce à un doublé du latéral droit Cédric Hengbart (2-1). L'AJA termine donc 3^e derrière Marseille et Lyon gagnant le droit de disputer le barrage de la Ligue des champions. Le club doit avant tout ce succès à sa défense, la meilleure du championnat (29 buts encaissés). Mais il le doit aussi à la réussite de son buteur, Ireneusz Jeleń (14 buts) profitant de son entente remarquable avec son capitaine Benoît Pedretti et son compère de l'attaque, Daniel Niculae le meilleur passeur de l'équipe.

Auxerre commence la saison 2010-2011 par trois matchs nuls en championnat. Le club affronte le Zénith Saint-Pétersbourg lors des barrages d'accès à la phase de poule de la Ligue des Champions. Les russes - tête de série - sont considérés comme les grands favoris de cette double confrontation. Pourtant après une défaite à l'aller (0-1), Auxerre s'impose au retour (2-0) et se qualifie donc pour la phase de poules de la Ligue des Champions. Mais rapidement décimée par les blessures (Ireneusz Jeleń et Anthony Le Tallec notamment), le club s'enfonce au classement et essuie 3 défaites de rang en Ligue des champions. Tombés dans le groupe de la mort, les auxerrois sont successivement dominés par le Milan AC (0-2), le Real Madrid (0-1) et l'Ajax Amsterdam (1-2) sans démériter pour autant. La roue tourne néanmoins et Auxerre entame sa remontée alignant 8 matchs consécutifs sans défaite toutes compétitions confondues malgré un effectif amputé de nombreux éléments. Au cours de cette période, l'AJA s'impose notamment au Parc des Princes face au PSG (3-2) et surtout écarte l'Ajax Amsterdam 2-1 lors de la 4^e journée de la Ligue des champions. Malheureusement, cette série est stoppée nette par le Milan AC. Les Lombards battent une nouvelle fois l'AJA sur un score identique qu'au match aller et les éliminent de la compétition. Entre le 20 novembre 2010 et le 26 février 2011, l'AJA ne remporte aucun de ses 16 matchs, toutes compétitions confondues et plonge au classement. Cette mauvaise série est stoppée début mars lors d'une victoire contre le Paris SG. Le club termine finalement la saison à la 9^e place en ayant néanmoins lutté jusqu'à la dernière journée pour son maintien[42].

Avant la fin du championnat les « anciens » dirigeants du club en désaccord avec le politique menée par Alain Dujon fondent le Collectif d'Appoigny bientôt renommé AJA 2015[43]. On trouve à sa tête l'ex vice-président et homme d'affaires Gérard Bourgoin, l'ex entraineur Guy Roux mais aussi l'ex président Jean-Claude Hamel qui avait pourtant favorisé la prise du pouvoir d'Alain Dujon. Ils sont soutenus par d'anciens joueurs comme l'emblématique gardien Fabien Cool. Ce collectif obtient la tenue d'une assemblée générale de l'association AJA en vue d'un vote de confiance ou de défiance pour la direction le 19 mai. Le jour même la justice interdit à sept nouveaux membres de l'association favorables au clan Dujon de prendre part au scrutin. Dans la soirée, ce dernier décide de faire appel de cette décision et quitte l'assemblée avec ses soutiens en estimant que celle-ci était reportée. Restés seuls -et majoritaires- les membres du collectif élisent malgré tout un nouveau président de l'association en la personne d'Henri Maupoil ainsi que plusieurs représentants au sein de la SAOS (gérant le club professionnel). Cette assemblée générale sera par la suite validée par le tribunal de commerce d'Auxerre malgré l’opposition du clan Dujon. Quelques jours plus tard Gérard Bourgoin est ainsi élu président de la SAOS et remplace Alain Dujon démissionnaire.

Le 2 juin, malgré les efforts du nouveau président pour le convaincre de rester, Jean Fernandez — en fin de contrat — décide de quitter son poste d'entraineur pour s'engager à Nancy[44] ; Laurent Fournier est désigné pour succéder à Fernandez. Venu de Strasbourg, l'ancien entraîneur du PSG est préféré à Paul Le Guen[45]. Fournier reste au club jusqu'en mars 2012, à la suite d'une défaite contre le promu Evian TG qui place le club en très mauvaise position à 10 journées de la fin du championnat. Laurent Fournier est alors remplacé par Jean-Guy Wallemme. Jamais depuis 1961 et la nomination de Guy Roux l'AJA n'avait limogé un entraineur en cours de saison[46]. Walleme ne peut éviter en fin de saison la relégation de l'AJA, qui est officiellement reléguée en Ligue 2, après 32 saisons passées dans l'élite après une défaite contre Marseille[47].

Cette bibliographie présente quelques ouvrages de référence de base. Les ouvrages utilisés pour la rédaction de cet article sont suivis du symbole .

• Antoine Demeaux, L'abbé Deschamps (1868-1949) : Fondateur de l'A.J.A., Auxerre, Société des sciences historiques et naturelles de l'Yonne, 1999, 137 p. (ISBN 2-9511836-2-3, BNF 38966194)
• Valentin Labani, Cœur AJA : Les joueurs de la décennie. De Cissé à Pedretti, Champs-sur-Yonne, Éditions AJA Magazine, 2009 (ISBN 978-2-9531829-1-0).
• Valentin Labani et Jean-Pierre Dubord, Passion AJA, Champs-sur-Yonne, Éditions AJA Magazine, 2008 (ISBN 978-2-9531829-0-3).
• Valentin Labani, L'AJA toujours là : Le livre de la saison 2009-2010, Champs-sur-Yonne, Éditions AJA Magazine, 2010.
• Pierre Bonnerue, AJA 100 ans : Livre du centenaire, Auxerre, studio Y. Yvonneau, 2005.
• (de) Günter Rohrbacher-List, Merci Guy Roux : Das Wunder AJ Auxerre. 21 Jahre in der Französischen Division 1, Ludwigshafen-sur-Rhin, Books on Demand GmbH, 2001 (ISBN 3-8311-1581-8)
• Jean-Pierre Guilletat et Christian Sautier, Une saison avec les grands d'Europe, L'Yonne Républicaine, 1997.
• Jean-Pierre Guilletat et Christian Sautier, La saison des champions, L'Yonne Républicaine, 1996.
• Astolfo Cagnacci, Auxerre : Le système Roux, Paris, Solar, coll. « Sports 2025 », 1995 (ISBN 2-263-02331-3).
• Christophe Hutteau, Cap sur l'Europe : La saison 1994/1995 de l'A.J. Auxerre, Éditions Christophe Hutteau, 1995.
• Serge Bressan et Joël Perreau, Dix ans parmi l'élite : l'A.J. Auxerre, Lyon, La Manufacture, coll. « Les Olympiques », 1989 (ISBN 2-7377-0163-5).
• Serge Mesonès, Jean-Pierre Guilletat et Michel Moreau, A.J. Auxerre ou l'aventure programmée, Auxerre, studio Y. Yvonneau, 1984 (ISBN 2-905470-00-3).
• Collectif, AJ Auxerre : La saga, Auxerre, L'Yonne républicaine, 2010.
• Guy Roux, Entre nous : Mémoires, Paris, Plon, 2006 (ISBN 2-259-20391-4).

• Chaillotine et l'A.J. Auxerre. Avec eux, pour gagner ! Avec eux, pour l'Europe ! Didier Couedic. Promo Pub IDF 1987.
• Auxerre - La méthode Guy Roux. Le fabuleux parcours européen 93. Anaconda Productions - TF1 Vidéo 1993.
• AJ Auxerre, toute l'histoire. DVD - Goodideas. 2005.