ADN B
L'ADN B est la forme a priori la plus courante de la double hélice d'ADN constituant le matériel génétique des cellules vivantes[1]. Décrite en 1953 par Crick et Watson, elle est caractérisée par un diamètre d'environ 2 nm et un allongement moyen de 0,34 nm par paire de bases ajoutée, chaque tour d'hélice comprenant entre 10,4 et 10,5 paires de bases en solution. Elle possède deux sillons inégaux typiquement de 2,2 nm pour le grand sillon et de 1,2 nm pour le petit sillon[2]. Il en résulte que les bases nucléiques sont plus accessibles de l'extérieur au niveau du grand sillon, et c'est typiquement à ce niveau que se lient sélectivement des protéines telles que les facteurs de transcription en fonction de la séquence de l'ADN[3].
| Paramètre | ADN A | ADN B | ADN Z |
|---|---|---|---|
| Sens de l'hélice | droite | droite | gauche |
| Motif répété | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
| Rotation par paire de bases | 32,7° | 34,3° | 60°/2 |
| Paire de bases par tour d'hélice | 11 | 10,5 | 12 |
| Pas de l'hélice par tour | 2,82 nm | 3,32 nm | 4,56 nm |
| Allongement de l'axe par paire de bases | 0,24 nm | 0,32 nm | 0,38 nm |
| Diamètre | 2,3 nm | 2,0 nm | 1,8 nm |
| Inclinaison des paires de bases sur l'axe de l'hélice | +19° | −1,2° | −9° |
| Torsion moyenne (propeller twist) | +18° | +16° | 0° |
| Orientation des substituants des bases sur les résidus osidiques | anti | anti | Pyrimidine : anti, Purine : syn |
| Plissement / torsion endocyclique du furanose (Sugar pucker) | C3’-endo | C2’-endo | Cytosine : C2’-endo, Guanine : C3’-endo |
Notes et références
- (en) Timothy J. Richmond et Curt A. Davey, « The structure of DNA in the nucleosome core », Nature, vol. 423, no 6936,‎ , p. 145-150 (PMID 12736678, DOI 10.1038/nature01595, Bibcode 2003Natur.423..145R, lire en ligne)
- (en) Richard Wing, Horace Drew, Tsunehiro Takano, Chris Broka, Shoji Tanaka, Keiichi Itakura et Richard E. Dickerson, « Crystal structure analysis of a complete turn of B-DNA », Nature, vol. 287, no 5784,‎ , p. 755-758 (PMID 7432492, DOI 10.1038/287755a0, Bibcode 1980Natur.287..755W, lire en ligne)
- (en) C. O. Pabo et R. T. Sauer, « Protein-DNA Recognition », Annual Review of Biochemistry, vol. 53,‎ , p. 293-321 (PMID 6236744, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.001453, lire en ligne)
- (en) Richard R Sinden, DNA structure and function, Academic Press, , 398 p. (ISBN 0-12-645750-6)
- (en) Rich A, Norheim A, Wang AHJ, « The chemistry and biology of left-handed Z-DNA », Annual Review of Biochemistry, vol. 53,‎ , p. 791–846 (PMID 6383204, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.004043)
- (en) Ho PS, « The non-B-DNA structure of d(CA/TG)n does not differ from that of Z-DNA », Proc Natl Acad Sci USA, vol. 91, no 20,‎ , p. 9549–9553 (PMID 7937803, PMCID 44850, DOI 10.1073/pnas.91.20.9549, Bibcode 1994PNAS...91.9549H)