ADN A
L'ADN A est une forme de la double hélice d'ADN proche de l'ADN B — la forme naturellement la plus courante de cette molécule — dans laquelle les bases nucléiques sont plus inclinées par rapport à l'axe de la double hélice, ce qui augmente le diamètre de la structure ainsi que le nombre de paires de bases par unité de longueur de la double hélice. Le diamètre d'un ADN A est typiquement de 2,3 nm (contre 2,0 nm pour l'ADN B) tandis que la double hélice s'allonge en moyenne de 0,24 nm par paire de bases, contre 0,32 nm pour l'ADN B). Ceci a pour effet d'élargir le grand sillon et de rendre le petit sillon plus étroit.
Cette forme d'ADN dériverait de la forme B par déshydratation et se rencontrerait de ce fait essentiellement dans les échantillons de matériel génétique utilisés en cristallographie aux rayons X. La forme A serait également celle des hybrides bicaténaires d'ADN et d'ARN.
| Paramètre | ADN A | ADN B | ADN Z |
|---|---|---|---|
| Sens de l'hélice | droite | droite | gauche |
| Motif répété | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
| Rotation par paire de bases | 32,7° | 34,3° | 60°/2 |
| Paire de bases par tour d'hélice | 11 | 10,5 | 12 |
| Pas de l'hélice par tour | 2,82 nm | 3,32 nm | 4,56 nm |
| Allongement de l'axe par paire de bases | 0,24 nm | 0,32 nm | 0,38 nm |
| Diamètre | 2,3 nm | 2,0 nm | 1,8 nm |
| Inclinaison des paires de bases sur l'axe de l'hélice | +19° | −1,2° | −9° |
| Torsion moyenne (propeller twist) | +18° | +16° | 0° |
| Orientation des substituants des bases sur les résidus osidiques | anti | anti | Pyrimidine : anti, Purine : syn |
| Plissement / torsion endocyclique du furanose (Sugar pucker) | C3’-endo | C2’-endo | Cytosine : C2’-endo, Guanine : C3’-endo |
Notes et références
- (en) Richard R Sinden, DNA structure and function, Academic Press, , 398 p. (ISBN 0-12-645750-6)
- (en) Rich A, Norheim A, Wang AHJ, « The chemistry and biology of left-handed Z-DNA », Annual Review of Biochemistry, vol. 53,‎ , p. 791–846 (PMID 6383204, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.004043)
- (en) Ho PS, « The non-B-DNA structure of d(CA/TG)n does not differ from that of Z-DNA », Proc Natl Acad Sci USA, vol. 91, no 20,‎ , p. 9549–9553 (PMID 7937803, PMCID 44850, DOI 10.1073/pnas.91.20.9549, Bibcode 1994PNAS...91.9549H)