Natura 2000 en France

L'article 17 de la directive Habitats impose une évaluation tous les six ans de l'état de conservation des habitats et espèces, par domaine biogéographique. Des évaluations ont eu lieu en 2013 et 2019[13]. La directive oiseaux impose aux États-membres d'adresser à la commission européenne une synthèse sur les moyens mis en œuvre pour la protection des oiseaux, dans son article 12.

Une première évaluation provisoire du réseau français a été menée pour la période 1995-2006 par divers experts regroupés par le MEDAD et le MNHN. Présentées en octobre 2007 cette évaluation a porté sur 132 habitats naturels et 290 espèces[14] - [15]. Elle montre que même dans les zones Natura 2000, un grand nombre d'habitats et d'espèces sont dans un mauvais état de conservation : 53 % des habitats qui inscrits au titre de Natura 2000 sont en état de conservation « défavorable ou mauvais », de même que 43 % des 199 espèces de faune suivies et 43 % des 91 espèces floristiques patrimoniales suivies. Une analyse plus détaillée de cette évaluation doit être néanmoins faite, tous les groupes d'espèces ne sont pas en mauvais état de conservation (les mammifères sont jugés en bon état de conservation, à l'inverse des amphibiens par exemple), des nuances doivent être apportées selon le domaine biogéographique considéré.

On rappellera également que les habitats et espèces inscrits au titre de Natura 2000 ne sont pas représentatifs de la biodiversité, mais des espèces rares, et qui plus est du territoire européen, ce qui ne reflète pas la situation de l'un ou l'autre des États membres de l'Union.

En 2015, le réseau natura 2000 français comptait 1758 sites pour 12,5 % de la superficie du territoire terrestre métropolitain.

La mission d'évaluation faisait le constat d'un climat largement apaisé sur la question du réseau Natura 2000, mais recommandait l'amélioration des mécanismes budgétaires et de suivi financier et le maintien du budget pour éviter que des tensions ne ressurgissent[16].

En 2021, le réseau français compte 1756 sites Natura 2000, pour une superficie terrestre de 71 111 km² et 132 610 km² pour le domaine marin, ce qui représente 12,96 % du territoire national français[17].

Selon l'analyse de Paul Rouveyrol et Maya Leroy, publiée en janvier 2021, il existe des différences de conservation entre région biogéographique : dans les régions atlantiques et continentales les habitats et espèces sont dans un état de conservation fortement dégradé, par comparaison les régions méditerranéenne et alpine sont dans un meilleur état de conservation. Il faut dire que ces régions sont mieux couvertes par le réseau Natura 2000[18].

En matière de résultats, les deux chercheurs relèvent quatre points[18] :

• Les espèces d'oiseaux spécialistes des milieux agricoles déclinent moins vite dans les sites Natura 2000 qu'en dehors, selon les données du STOC.
• Les communes dans lesquelles on trouve des ZPS ou ZSC ont perdu moins de surface de prairie permanente entre 2000 et 2010 que les autres.
• La quantité d'arbres de fort diamètre a plus augmenté dans les sites qu'en dehors.
• Les sites, aujourd'hui classés en Natura 2000, subissaient une urbanisation et un développement des grandes cultures moins rapide que dans le reste du territoire français. C'est toujours le cas, même s’il est difficile d'y voir un effet du classement.

En termes de moyens, les Mesures agro-environnementales et climatiques mobilisent la plus grosse part du budget, à l'échelle nationale[18].

Chaque site Natura 2000 est géré par une « structure porteuse » désignée lors de la création du site. Il ne peut s'agir que d'une collectivité territoriale ou d'un groupement de collectivités territoriales concerné(e) par le site. Si aucune collectivité ne s'engage, c'est l'État qui le prend en charge.

Un comité de pilotage (dit Copil), équivalent du comité consultatif d'une réserve naturelle, doit veiller à la bonne application du droit et au bon déroulement de la gestion du site. Il regroupe des représentants des acteurs en présence sur le site : associations, agriculteurs, collectivités, pouvoirs publics, chasseurs, pêcheurs, etc. Selon le ministère de la transition écologique, 60% des Copil sont présidés par des élus[19], le reste étant par défaut présidé par des préfets.

La structure porteuse doit élaborer un document d'objectifs (couramment appelé DOCOB), Celui-ci dresse l'état des lieux naturels et socio-économiques et établit les objectifs de gestion du site, pour la conservation du patrimoine naturel, l'information et la sensibilisation du public, le travail réalisé en collaboration avec les acteurs locaux. Le DocOb comprend un échéancier des actions prévues. La rédaction peut être confiée à un tiers, le rédacteur du DocOb est appelé « Opérateur ». Sur le terrain, le suivi des actions réalisées peut être confié à une autre entité qui sera qualifiée de « structure animatrice »[20].

Le document d'objectifs d'un site est mis à la disposition du public dans toutes les mairies situées sur le territoire du site en question.

Les propriétaires fonciers peuvent s'engager sur des actions prévues dans une « charte Natura 2000 », tandis que les exploitants et autres ayants droit (propriétaires compris) peuvent s'engager sur des « contrats », enfin les travaux sans rapport avec la protection de la nature sont soumis à des « études d'incidence ».

L'entretien des haies fait partie des objectifs de certains contrats Natura 2000 visant à conserver le bocage traditionnel, ici dans le Boulonnais, Pas-de-Calais, France.

Il existe 3 types de contrat Natura 2000 : agricoles, forestier ou « ni-ni ».

Pour les terres agricoles ce sont les MAEC, « Mesures agro-environnementales et climatiques » (appelées MAET avant 2013, ou CAD avant 2007). Un contrat Natura 2000 indique la liste des « bonnes pratiques agro-environnementales » que le contractant s'engage à appliquer, ainsi que le descriptif des engagements qui, allant au-delà de ces bonnes pratiques, ouvrent droit à une contrepartie financière.

Les mesures agro-environnementales visent souvent à maintenir des pratiques agricoles anciennes, favorables à la biodiversité, comme le pâturage extensif, l'entretien du bocage ou de mares.

Le financement est assuré en partie par l'État et par l'Union européenne via le second pilier de la PAC et le FEADER géré par les régions. La rémunération du contractant est versée par l'Agence de Service et de Paiement (fusion en 2009 du CNASEA (Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles) et de l'Agence unique de paiement).

Les contrats sont signés entre l'État et les propriétaires foncier ou les utilisateurs du terrain, leur rédaction nécessite cependant un important travail technique et administratif de la part des animateurs. Ce travail a tendance à être rendu invisible par la forme du contrat[21].

Les Chartes Natura 2000 sont un nouvel outil contractuel mis en place par le gouvernement français, progressivement depuis 2005[22]. Spécifique à chaque site et décrite dans le document d'objectifs, la charte Natura 2000 peut être considérée comme un contrat Natura 2000 simplifié : elle décrit les bonnes pratiques agro-environnementales auxquelles les propriétaires de terrain en site Natura 2000 peuvent souscrire, sans les contraindre trop fortement. Cet engagement permet néanmoins d'être exonéré de la taxe foncière sur les terrains non bâtis. Le signataire de la charte peut s'engager sur cinq ou dix ans, indépendamment ou en plus d'un contrat Natura 2000.

Une circulaire interministérielle du 30 avril 2007 précise le contenu de la charte Natura 2000, les modalités de son élaboration dans le cadre du DOCOB et la procédure d’adhésion à la charte[23].

Pour tout projet d'envergure non prévus par le DOCOB, la directive Habitats prévoit une procédure d'évaluation d'impact sur le site (pour une ZSC comme pour une ZPS). Si le projet peut avoir un impact important, il est annulé, sauf dérogation exceptionnelle pour des raisons impératives d'intérêt public (santé publique, sécurité publique, bénéfice économique et social vital, ou bénéfice environnemental indirect). Les projets soumis à ces études d'incidences sont répertoriés dans une liste nationale complétée par 2 listes départementales. Il peut s'agir de modification ou de rédaction de documents de planification, de projets de travaux, de manifestation ou de tout type d'interventions[24].

À la suite d'un recours de l'association France Nature Environnement, dans sa décision n^o 437613 du 15 novembre 2021, le conseil d'État impose au gouvernement d'interdire ou de réglementer l'usage des pesticides dans les zones Natura 2000[25], dans un délai de 6 mois.

Environ 10% de la SAU en France serait comprise dans des sites Natura 2000, soit approximativement 3 millions d'hectares, dont la moitié est constitué de prairie permanente où l'usage de pesticides est limité voir absent[26].

Les conservatoires d'espaces naturels sont structures animatrices de 200 sites Natura 2000, pour une surface de 180 000 ha. La ligue pour la protection des oiseaux anime 50 sites Natura 2000 soit 4 % du réseau français[27].

• Réseau Natura 2000
• Aire protégée de France

• Liste des sites Natura 2000 en France, classés par région et avec liens vers leurs fiches respectives. Sur le site de l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN).