Modification post-transcriptionnelle

Chez les eucaryotes, certains ARN, et en particulier les ARN messagers, subissent une modification de leur extrémité 5', qui la protège contre la dégradation par des exonucléases. Cette modification, appelée coiffe, consiste en l'addition d'une 7-méthylguanosine sur le premier nucléotide de l'ARN, par une liaison 5'-5' triphosphate[1]. Les deux premiers riboses de l'ARN transcrit peuvent aussi subir une méthylation de leur position 2'.

structure de la coiffe à l'extrémité 5' des ARN messagers

Dans le cas des ARN messager, cette coiffe sera ensuite reconnue par un complexe protéique spécifique, comprenant notamment le facteur d'initiation eIF4E, qui permet en particulier le recrutement du ribosome et la traduction en protéine.

Le pré ARNm est d'abord clivé dans le noyau par un complexe protéique, au niveau d'un site consensus de polyadénylation (AAUAAA). Ensuite, on a la réaction de polyadénylation qui consiste en l'addition d'environ 200 résidus adénosine (A) sur le produit de clivage en amont de la coupure, alors que le fragment en aval est rapidement dégradé.

On a, comme pour la coiffe, un complexe protéique de reconnaissance qui comprend la PAB (PolyA Binding protein).

L'épissage consiste soit en l'excision d'une ou plusieurs séquence (intron) d'un ARN (Cis-épissage), soit en la suture de deux ARN différents reformant au point de jonction un intron qui sera excisé par la suite.

L'édition des ARN est un terme qui recouvre différents processus aboutissant à la modification de la séquence de l'ARN.

Sites de méthylation observés sur la cytosine. Le nom des nucléotides méthylés résultants est indiqué.

Les méthylations sont parmi les modifications post-transcriptionnelles des nucléotides les plus fréquentes. On distingue deux grandes classes de méthylation :

• La méthylation du ribose sur la position 2'-OH. Les ribonucléotides 2'-O-méthyles sont résistants à l'hydrolyse par des ribonucléases et par des bases. Ils sont plus contraints et perdent la capacité à former des liaisons hydrogène. Les méthylations des riboses sont fréquentes dans les ARNt, les ARN ribosomiques et au niveau de la coiffe des ARN messagers.
• La méthylation des bases. On observe principalement des N-méthylations, comme la N-7-méthylguanine (m7G), présente dans la coiffe des ARN messagers et dans la boucle variable des ARNt. On trouve aussi des C-méthylations, comme dans la ribothymidine (m5U ou rT) ou la 5-méthylcytosine (m5C) présentes dans les ARNt. Ces modifications affectent les capacités d'appariement des bases, en bloquant certaines positions impliquées dans des liaisons hydrogène. Elles peuvent aussi renforcer les interactions hydrophobes d'empilement des bases dans un duplex.

Ces méthylations sont ajoutées de manière post-transcriptionnelle par des méthyltransférases, des enzymes qui utilisent la S-adénosylméthionine comme cofacteur donneur de méthyle.

Mécanisme de formation des pseudouridines par rotation du cycle pyrimidine de l'uridine

La pseudouridylation est une isomérisation des uridines qui transforme celles-ci en pseudouridines[2] - [3], par inversion du cycle pyrimidine. C'est la modification chimique la plus fréquente dans l'ARN, avec la 2'-O-méthylation. Par rapport à l'uridine, les pseudouridines ont un groupement NH imino additionnel qui peut former des liaisons hydrogène supplémentaires et stabiliser ainsi la structure de l'ARN.

Chez les eucaryotes, la pseudouridylation des ARN ribosomiques s'effectue dans le nucléole et est guidée par les petits ARN nucléolaires. Ceux-ci contiennent une région complémentaire de la zone entourant la pseudouridine à modifier et s'hybrident à l'ARNr cible, au sein d'un complexe de modification comprenant plusieurs protéines.

La thiolation correspond au remplacement de l'atome d'oxygène d'une fonction oxo d'une base par un atome de soufre. Par exemple, les positions 2 ou 4 de l'uridine peuvent subir des thiolations pour donner la 2-thiouridine (s2U)[4] ou la 4-thiouridine (s4U)[5]. On observe en particulier une base thiolée s4U en position 8 de la majorité des ARN de transfert où elle joue un rôle dans la structure tertiaire de ces ARN[6].

La thiolation des uridines a plusieurs conséquences physico-chimiques. Le remplacement de l'oxygène par un soufre abaisse le pK de l'azote N1 de l'uracile vers 8.0-8.5[5], ce qui rend sa protonation plus facile dans des conditions physiologiques. D'autre part, les bases thiolées absorbent dans l'UV proche (340 nm). Cette seconde propriété est responsable de la sensibilité des cellules à l'irradiation dans l'UV proche, qui provoque des photopontages au niveau des thiouridines dans les ARNt[7].

• Coiffe
• Polyadénylation
• Méthylation

• (en) Henri Grosjean et Rob Benne (dir.) Modification and editing of RNA, ASM Press, Washington, 1998, (ISBN 1-55581-133-7)

• The RNA modification database, University of Utah
• Modomics Base de données des mécanismes de modification de l'ARN (Varsovie)