Pseudouridine
La pseudouridine (notĂ©e Ï) est un ribonuclĂ©oside dĂ©rivĂ© de l'uridine. On la trouve dans certains ARN non codants, comme les ARN de transfert ou les ARN ribosomiques. La pseudouridine n'est pas incorporĂ©e lors du processus de transcription, mais rĂ©sulte d'une modification post-transcriptionnelle de certains rĂ©sidus d'uridine. C'est la modification de base la plus frĂ©quente dans l'ARN, elle est retrouvĂ©e chez l'ensemble des organismes vivants.
| Pseudouridine | |
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| Structure de la pseudouridine | |
| Identification | |
|---|---|
| Nom UICPA | 5-[(2S,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxyméthyl)oxolan-2-yl]-1H-pyrimidine-2,4-dione |
| No CAS | |
| PubChem | 15047 |
| ChEBI | 17802 |
| SMILES | |
| InChI | |
| Propriétés chimiques | |
| Formule | C9H12N2O6 [IsomĂšres] |
| Masse molaire[1] | 244,201 4 ± 0,010 2 g/mol C 44,27 %, H 4,95 %, N 11,47 %, O 39,31 %, |
| Unités du SI et CNTP, sauf indication contraire. | |
Structure
La pseudouridine est le produit d'une isomĂ©risation de l'uridine, rĂ©sultat d'une rotation de 180° du cycle pyrimidine autour de l'axe passant par les atomes N3 et C6 du cycle. Cette rotation ne modifie pas les propriĂ©tĂ©s d'appariement Watson-Crick par rapport Ă l'uridine, mais modifie la nature de la liaison glycosidique entre le ribose et la base[2]. Les bases des nuclĂ©otides naturels sont liĂ©es Ă l'ose par un atome d'azote (liaison CâN). Dans la pseudouridine, celle-ci est remplacĂ©e par une liaison CâC. Les rĂ©sidus de pseudouridine possĂšdent en contrepartie un second groupe NH capable de former une liaison hydrogĂšne supplĂ©mentaire. Cette capacitĂ© est utilisĂ©e dans certains ARN pour stabiliser leur structure. L'une des boucles des ARNt porte un rĂ©sidu de pseudouridine conservĂ© impliquĂ© dans la stabilisation de la structure tridimensionnelle. Pour cette raison, cette boucle est appelĂ©e boucle « TÏC », d'aprĂšs la sĂ©quence conservĂ©e centrĂ©e sur la pseudouridine.
SynthĂšse
La pseudouridine est incorporée dans l'ARN par une classe d'enzymes appelées pseudouridine synthases qui catalysent l'isomérisation du cycle uracile[3].
Utilisation diagnostique
Le dosage du taux de pseudouridine dans l'urine est utilisé comme élément diagnostique pour le dépistage d'un certain nombre de pathologies, en particulier les cancers. Le métabolisme transcriptionnel est en effet augmenté dans les tumeurs malignes et donne lieu à une production accrue de pseudouridine, lors de la dégradation des ARN. La pseudouridine, résistante en raison de sa liaison glycosidique C-C, est éliminée dans les urines.
Notes et références
- Masse molaire calculĂ©e dâaprĂšs « Atomic weights of the elements 2007 », sur www.chem.qmul.ac.uk.
- (en) Cohn W.E., « Pseudouridine, a carbon-carbon linked ribonucleoside in ribonucleic acids: isolation, structure, and chemical characteristics. », J. Biol. Chem., vol. 235,â , p. 1488-1498 (PMID 13811056)
- (en) Cortese R., Kammen H.O., Spengler S.J., Ames B.N., « Biosynthesis of pseudouridine in transfer ribonucleic acid. », J. Biol. Chem., vol. 249,â , p. 1103-1108 (PMID 4592259)