Eubacteriales
Les Eubacteriales – anciennement Clostridiales – sont un ordre de bactéries contenant un mélange d'organismes Gram positifs et Gram négatifs de la classe des Clostridia. Son nom provient d’Eubacterium qui est le genre type de cet ordre.
| Règne | Bacteria |
|---|---|
| Embranchement | Bacillota |
| Classe | Clostridia |
- Desulfotomaculales Watanabe et al. 2019
- Heliobacteriales Cavalier-Smith 2006
- Clostridiales Prévot 1953
Taxonomie
Cet ordre est décrit dès 1917 par R.E. Buchanan[1]. Il est longtemps distinct de l'ordre des Clostridiales proposé en 1953 par A.R. Prévot[2]. Les deux ordres sont validés en 1980 par leur intégration aux Approved Lists of Bacterial Names publiées dans l'IJSEM[3].
En 2018, X. Zhang et al. créent la famille des Hungateiclostridiaceae par reclassement de plusieurs espèces de l'ordre des Clostridiales formant un taxon décrit comme monophylétique[4]. L'année suivante, B.J. Tindall rapporte les conséquences de cette création sur la nomenclature d'après les règles de l'ICSP[5]. Zhang et al. ont placé dans le même ordre qu'ils nomment encore « Clostridiales » les espèces Clostridium butyricum – espèce type du genre Clostridium – et Eubacterium limosum – type du genre Eubacterium. Cela conduit à considérer comme des synonymes hétérotypiques les ordres dont ces genres sont eux-mêmes les genres types, à savoir Clostridiales et Eubacteriales (règle n°24a du code de nomenclature bactérienne). Le nom retenu pour le taxon dans lequel ils sont réunis est déterminé par l'ordre de publication des deux noms (règles n°24b(1) et 38 du même code). L'auteur conclut que, Eubacteriales Buchanan 1917 étant antérieur à Clostridiales Prévot 1953, c'est le premier nom qui doit être retenu. Ce raisonnement est validé par la LPSN (7 décembre 2022)[6] qui présente Eubacteriales comme le nom correct et Clostridiales comme un synonyme.
Liste des familles
Familles validement publiées
Selon la LPSN (7 décembre 2022)[6] :
- Caldicoprobacteraceae Yokoyama et al. 2010
- Christensenellaceae Morotomi et al. 2012
- Clostridiaceae Pribram 1933
- Defluviitaleaceae Jabari et al. 2012
- Desulfitobacteriaceae Stackebrandt 2020
- Eubacteriaceae Ludwig et al. 2010
- Gracilibacteraceae Lee et al. 2010
- Heliobacteriaceae Madigan & Asao 2010
- Lachnospiraceae Rainey 2010
- Oscillospiraceae Peshkoff 1940
- Peptococcaceae Rogosa 1971
- Peptoniphilaceae Johnson et al. 2014
- Peptostreptococcaceae Ezaki 2010
- Proteinivoracaceae corrig. Kevbrin et al. 2014
- Symbiobacteriaceae Shiratori-Takano et al. 2014
- Syntrophomonadaceae Zhao et al. 1993
- Vallitaleaceae Quéméneur et al. 2019
- Xylanivirgaceae Liu et al. 2020
Familles en attente de publication valide
Selon la LPSN (7 décembre 2022)[6] les familles suivantes sont en attente de publication valide (Ca. signifie Candidatus) :
- « Athiorhodaceae » Molisch 1907
- « Ca. Betainaceae » Jones et al. 2019
- « Endosporaceae » Rahn 1937
- « Lactobacteriaceae » Orla-Jensen 1921
- « Mogibacteriaceae » Wylensek et al. 2020
- « Parvobacteriaceae » Rahn 1937
- « Pumilibacteraceae » Afrizal et al. 2022
Notes et références
- Buchanan RE « Studies on the Nomenclature and Classification of the Bacteria: III. The Families of the Eubacteriales » J Bacteriol. 1917;2(4):347-350. Accès libre.
- Prévot AR « B. » In : Hauduroy P, Ehringer G, Guillot G, Magrou J, Prévot AR, Rosset, Urbain A (eds) Dictionnaire des bactéries pathogènes : pour l'homme, les animaux et les plantes. 2ème édition. Masson, Paris, 1953.
- Skerman VBD, McGowan V & Sneath PHA « Approved Lists of Bacterial Names » Int J Syst Bacteriol. 1980;30(1):225-420. Accès libre.
- Zhang X et al. « Petroclostridium xylanilyticum gen. nov., sp. nov., a xylan-degrading bacterium isolated from an oilfield, and reclassification of clostridial cluster III members into four novel genera in a new Hungateiclostridiaceae fam. nov. » Int J Syst Evol Microbiol. 2018;68(10):3197-3211. Accès libre.
- Tindall BJ « The names Hungateiclostridium Zhang et al. 2018, Hungateiclostridium thermocellum (Viljoen et al. 1926) Zhang et al. 2018, Hungateiclostridium cellulolyticum (Patel et al. 1980) Zhang et al. 2018, Hungateiclostridium aldrichii (Yang et al. 1990) Zhang et al. 2018, Hungateiclostridium alkalicellulosi (Zhilina et al. 2006) Zhang et al. 2018, Hungateiclostridium clariflavum (Shiratori et al. 2009) Zhang et al. 2018, Hungateiclostridium straminisolvens (Kato et al. 2004) Zhang et al. 2018 and Hungateiclostridium saccincola (Koeck et al. 2016) Zhang et al. 2018 contravene Rule 51b of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes and require replacement names in the genus Acetivibrio Patel et al. 1980 » Int J Syst Evol Microbiol. 2019;69(12):3927-3932. Accès libre.
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 7 décembre 2022
Liens externes
- (en) Référence NCBI : Clostridiales (taxons inclus)
- (en) Référence Tree of Life Web Project : Clostridiales
- (en) Référence Catalogue of Life : Clostridiales Prévot, 1953 (consulté le )
- (en) Référence World Register of Marine Species : taxon Clostridiales (+ liste espèces)