David Sankoff
David Sankoff, né le , est un mathématicien, bioinformaticien, informaticien et linguiste canadien. Professeur au département de mathématiques et statistiques de l'Université d'Ottawa, détient la chaire de recherche du Canada en génomique mathématique, tout en étant membre du département de biologie et de l'école des sciences de l'information. Il a lancé la revue scientifique "Language Variation and Change" (Cambridge) et est membre des comités éditoriaux de plusieurs revues scientifiques dans les domaines de la bioinformatique, de la biologie computationnelle et de la linguistique. David Sankoff est reconnu comme un pionnier en linguistique computationnelle et en génomique computationnelle, et comme l'un des pères fondateurs de la bioinformatique. Il a notamment joué un rôle important dans l'introduction de la programmation dynamique[2] pour la résolution de problèmes comme l'alignement de séquences. Il a également été à l’origine des recherches sur le repliement des ARN, la reconstruction phylogénétique, les réarrangements génomiques, et bien des aspects de la génomique comparative. Selon [3], "Michael Waterman and David Sankoff are responsible for transforming bioinformatics from a ‘stamp collection' of ill-defined problems into a rigorous discipline with important biological applications".
| Naissance |
Montréal, Québec (Canada) |
|---|---|
| Nationalité |
 Canadien |
| Domaines | Biochimie, bio-informatique |
|---|---|
| Institutions |
Université d'Ottawa Université de Montréal Centre de recherches mathématiques Institut canadien de recherches avancées Institut national de la statistique de Papouasie-Nouvelle-Guinée [1] |
| Diplôme | Université McGill B.Sc. (1963), M.Sc. (1965), Ph.D. (1969) |
| Directeur de thèse | David Andrew Dawson |
| Renommé pour |
Variable rules analysis Alternance de code linguistique Alignement de séquences Structure secondaire Bio-informatique |
| Distinctions |
Membre honoraire de la Société royale du Canada, 1995 Chaire de recherche du Canada,2002-2016 Fellow, International Society for Computational Biology, ISCB Senior Scientist Accomplishment Award, 2003 Weldon Memorial Prize, 2004 |
Carrière académique
David Sankoff a publié son premier article scientifique en 1963[4] alors qu'il était étudiant en mathématiques à l'Université McGill. Dès son doctorat, il a formalisé rigoureusement plusieurs concepts importants en socio-linguistique et en linguistique historique, comme la glottochronologie[5].
Après avoir obtenu son doctorat en mathématiques, David Sankoff a obtenu un premier poste à l'Université de Montréal en 1969. En 1971, il mit au point la première version de l'algorithme de l'algorithme de Needleman-Wunsch ayant une complexité en temps quadratique[6]. En 1973, avec Robert Cedergren, David Sankoff mit au point une méthode d'estimation conjointe d'un alignement de séquences et d'un arbre phylogénétique[7], posant ainsi les bases de la génomique comparative. En 1980, Robert Cedergren et David Sankoff fondèrent le premier groupe de recherche en bioinformatique a l'Université de Montréal[8]. David Sankoff a travaillé sur des problèmes de structure secondaire, réarrangement de génomes, alignement de séquences, évolution des génomes et de phylogénétique[9].
Prix
- Sankoff fut le premier récipiendaire du prix International Society for Computational Biology's Senior Scientist Award en 2003.
- Membre honoraire de la Société royale du Canada (1995)
- Fellow de l'International Society for Computational Biology
- Prix Marcel-Vincent (1977)[10]
- Ontario Distinguished Researcher Award (2002)
- Weldon Memorial Prize (2004)
- University of Ottawa Excellence in Research Award[11] (2013)
Références
-
- (en) David Sankoff, In Meyerhoff, Miriam and Naomi Nagy (eds.), Social Lives in Language – Sociolinguistics and multilingual speech communities: Celebrating the work of Gillian Sankoff (pp. 179–194), Amsterdam, John Benjamins, (lire en ligne), « How to Predict the Evolution of a Bilingual Community »
- DOI 10.1093/bioinformatics/16.1.41
- DOI 10.1371/journal.pcbi.0020105
- J. D. Friesen, D. Sankoff et L. Siminovitch, « Radiobiological Studies of Vaccinia Virus », Virology, vol. 21, no 3,‎ , p. 411–424 (PMID 14081366, DOI 10.1016/0042-6822(63)90203-4)
- David Sankoff, « On the rate of replacement of word-meaning relationships », Language, vol. 46, no 3,‎ , p. 564-569 (lire en ligne)
- D. Sankoff, « Matching sequences under deletion-insertion constraints », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 69, no 1,‎ , p. 4–6 (PMID 4500555, PMCID 427531)
- D Sankoff, C. Morel et R. J. Cedergren, « Evolution of 5S RNA and the non-randomness of base replacement », Nature New Biology, vol. 245,‎ , p. 232-234 (PMID 4201431)
- « History of the Robert Cedergren Centre », sur centrerc.umontreal.ca (consulté le )
- « ISCB Senior Scientist Award to Sankoff », sur iscb.org (consulté le )
- « Prix Acfas Thérèse Gouin-Décarie (Prix Marcel-Vincent avant 2013) », sur Acfas PRIX, (consulté le )
- « David Sankoff - Excellence in Research Award », sur research.uottawa.ca (consulté le )