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Liste de phytovirus

Liste de phytovirus (virus s'attaquant aux organismes végétaux) classé par familles et par genres.

La taxinomie des virus phytopathogènes (virus de plantes) est fondée, comme pour toutes les familles et genres de virus, sur des critères de différenciation taxinomiques essentiels qui sont la présence ou l'absence d'une enveloppe virale, la symétrie de la capside (structure qui entoure le génome) et la nature du génome. L'acide nucléique qui constitue le génome présent dans le virion, peut être constitué d'ARN (RNA, la très grande majorité) ou d'ADN (DNA), dont la forme peut être linéaire ou circulaire, segmentée ou non segmentée ; la structure de l'acide nucléique peut être monocaténaire (à simple brin, ss) ou bicaténaire (à double brin, ds). Selon la polarité de l'acide nucléique à simple brin, on distingue des génomes à polarité négative ss(-), positive ss(+) et ambisens ss(-/+) . Chez certains virus de plantes, lors de la propagation par une transcriptase inverse (RT), l'ARN est transcrit en ADN.

La plupart des familles énumérées ci-dessous ne comprennent que des virus affectant les plantes, seules quatre familles (et huit genres) : Reoviridae (Fijivirus, Oryzavirus, Phytoreovirus), Rhabdoviridae (Cytorhabdovirus, Nucleorhabdovirus, Tenuivirus), Tymoviridae (Marafivirus), Tospoviridae (Orthotospovirus), comprennent aussi des espèces de virus des animaux[1]. Plusieurs genres de virus des végétaux ne sont pas encore, selon les dispositions de l'ICTV, rattachés à une famille (non classés).

Liste des genres classés par familles

Selon ICTV[2].

Groupe Famille Sous-famille Genre Génome Enveloppe virale Symétrie / Forme
Royaume : Riboviria
IV Alphaflexiviridae Allexivirus, Lolavirus, Mandarivirus, Platypuvirus, Potexvirus, ss(+)RNA absente en hélice, filamenteux
III Amalgaviridae Amalgavirus dsRNA absente
V Aspiviridae Ophiovirus ss(-)RNA, segmenté (3-4) absente en hélice, filamenteux
IV Benyviridae Benyvirus ss(+)RNA, segmenté (4-5) absente en hélice, en bâtonnet
IV Betaflexiviridae Quinvirinae Carlavirus, Foveavirus, Robigovirus ss(+)RNA absente en hélice, filamenteux
Trivirinae Capillovirus, Chordovirus, Citrivirus, Divavirus, Prunevirus, Ravavirus, Tepovirus, Trichovirus, Vitivirus, Wamavirus
IV Botourmiaviridae Ourmiavirus ss(+)RNA, segmenté (3) absente icosaédrique, bacilliforme
IV Bromoviridae Alfamovirus, Anulavirus, Bromovirus, Cucumovirus, Ilarvirus, Oleavirus ss(+)RNA, segmenté (3) absente icosaédrique, sphérique à bacilliforme
VII Caulimoviridae Badnavirus, Caulimovirus, Cavemovirus, Dioscovirus, Petuvirus, Rosadnavirus, Solendovirus Soymovirus, Tungrovirus, Vaccinivirus[3] dsDNA (RT), circulaire absente icosaédrique, bacilliforme
III Chrysoviridae Alphachrysovirus ds(+)RNA, linéaire, segmenté (3-4) absente icosaédrique
IV Closteroviridae Ampelovirus, Closterovirus, Crinivirus, Velarivirus ss(+)RNA, linéaire absente en hélice, filamenteux
IV Endornaviridae Alphaendornavirus dsRNA(+), linéaire – [4] –
V Fimoviridae Emaravirus ss(-)RNA, segmenté (2) absente en hélice, en bâtonnet
IV Kitaviridae Blunervirus, Cilevirus, Higrevirus ssRNA(+), linéaire – –
IV Luteoviridae Luteovirus, Polerovirus, Enamovirus ss(+)RNA, linéaire absente icosaédrique, sphérique
IV Mayoviridae Idaeovirus, Pteridovirus ssRNA(+), linéaire – –
VI Metaviridae Metavirus ssRNA-RT – –
III Partitiviridae Alphapartitivirus, Betapartitivirus, Deltapartitivirus dsRNA, segmenté (2) absente icosaédrique, sphérique
V Phenuiviridae Coguvirus, Rubodvirus, Tenuivirus ss(+/-)RNA et (-)RNA[5], segmenté (4-6) absente filamenteux[6]
IV Potyviridae Arepavirus, Bevemovirus, Brambyvirus, Bymovirus, Celavirus, Ipomovirus, Macluravirus, Poacevirus, Potyvirus, Roymovirus, Rymovirus, Tritimovirus ss(+)RNA, linéaire absente en hélice, filamenteux
VI Pseudoviridae Pseudovirus, Sirevirus ssRNA (RT) – [7] icosaédrique, sphérique
III Reoviridae[8] Sedoreovirinae Phytoreovirus dsRNA, segmenté (10-12) absente icosaédrique, sphérique
Spinareovirinae Fijivirus, Oryzavirus
V Rhabdoviridae[9] Alphanucleorhabdovirus, Betanucleorhabdovirus, Cytorhabdovirus, Dichorhavirus, Gammanucleorhabdovirus, Varicosavirus ss(-)RNA, linéaire présente en hélice, bacilliforme
IV Secoviridae Cheravirus, Sadwavirus, Sequivirus, Torradovirus, Waikavirus ss(+)RNA, linéaire absente icosaédrique, sphérique
Comovirinae Comovirus, Fabavirus, Nepovirus
IV Solemoviridae Polemovirus, Sobemovirus ss(+)RNA, linéaire absente icosaédrique, sphérique
IV Tombusviridae Calvusvirinae Umbravirus ss(+)RNA, linéaire absente icosaédrique, sphérique
Procedovirinae Alphacarmovirus, Alphanecrovirus, Aureusvirus, Avenavirus, Betacarmovirus, Betanecrovirus, Gallantivirus, Gammacarmovirus, Macanavirus, Machlomovirus, Panicovirus, Pelarspovirus, Tombusvirus, Zeavirus
Regressovirinae Dianthovirus
V Tospoviridae Orthotospovirus ss(-/+)RNA et (-)RNA, segmenté (3)[10] présente icosaédrique, sphérique
IV Tymoviridae Tymovirus, Marafivirus, Maculavirus ss(+)RNA, linéaire absente icosaédrique, sphérique
IV Virgaviridae Furovirus, Goravirus, Hordeivirus, Pomovirus, Pecluvirus, Tobamovirus, Tobravirus ss(+)RNA, segmenté (3) absente en hélice, en bâtonnet
IV Incertae sedis Albetovirus ss(+)RNA, linéaire absente en hélice, en bâtonnet
IV Incertae sedis Aumaivirus ss(+)RNA, linéaire absente en hélice, en bâtonnet
IV Incertae sedis Papanivirus ss(+)RNA, linéaire absente en hélice, en bâtonnet
IV Incertae sedis Virtovirus ss(+)RNA, linéaire absente en hélice, en bâtonnet
Royaume : Monodnaviria
II Geminiviridae Becurtovirus, Begomovirus, Capulavirus, Curtovirus, Eragrovirus, Grablovirus, Mastrevirus, Topocuvirus, Turncurtovirus ss(+/-)DNA, circulaire, segmenté (1-2) absente icosaédrique, sphérique[11]
II Genomoviridae Gemycircularvirus ss(+)DNA absente icosaédrique, sphérique
II Nanoviridae Nanovirus, Babuvirus ss(+)DNA, circulaire, segmenté (6-9) absente icosaédrique, sphérique
Viroïdes
Viroïdes Avsunviroidae Avsunviroid, Elaviroid, Pelamoviroid ssRNA absente
Viroïdes Pospiviroidae Apscaviroid, Cocadviroid, Coleviroid, Hostuviroid, Pospiviroid ssRNA absente

Notes et références
  1. (en) Fanny Balique, Hervé Lecoq, Didier Raoult & Philippe Colson, « Can Plant Viruses Cross the Kingdom Border and Be Pathogenic to Humans? », Viruses, vol. 7, no 4,‎ , p. 2074–2098 (DOI 10.3390/v7042074, lire en ligne).
  2. (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », sur ICTV, (consulté le ).
  3. (en) « Notes on Genus: Solendovirus », Description of Plant Viruses (DPV) (consulté le ).
  4. Virus présents uniquement dans les cellules, il n’existe aucun virion extracellulaire.
  5. Un segment est toujours ss(-)RNA, les autres segments 3.5 ont une polarité ambisens.
  6. Complexe de nucléoprotéines.
  7. Les particules icosaédriques ne sont présentes au niveau intracellulaire, pas de virions extracellulaires.
  8. La famille comprend aussi des genres de virus des vertébrés, des insectes et des champignons.
  9. Comprend également des genres de virus des vertébrés et des insectes.
  10. Les segments M et S sont ambisens, le segment L est à polarité négative.
  11. Particules toujours jumelées (géminées), capsides icosaédriques formant un virion.

Sources
  • (en) C. M. Fauquet, M. A. Mayo et al., Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, Londres, San Diego, Elsevier academic press, , 1259 p. (ISBN 0-12-249951-4).
  • (en) Sondra D. Lazarowitz, « Plant Viruses », dans David M. Knipe, Peter M. Howley (eds.-in-chief), Fields’ Virology, t. 2, Philadelphie, , 5e éd. (ISBN 0-7817-6060-7), p. 641-705.
  • (de) Gerhart Drews, Günter Adam et Cornelia Heinze, Molekulare Pflanzenvirologie, Berlin, , 262 p. (ISBN 3-540-00661-3).


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