Déroulement
L’édition 2005-2006 met aux prises 18 équipes (l’édition précédente en comprenait 21). Lors du premier tour, ces dix-huit équipes sont divisées en trois groupes de six. Les cinq premiers de chaque groupes sont qualifiés pour un Top 16, ainsi que le meilleur sixième. La FIBA avait hésité à reconduire ce système en début de saison. À la suite de la demande du club russe d’Ekaterinbourg de participer (trois clubs russes étaient donc qualifiés) puis du club polonais de Cracovie, 18 équipes ont été sélectionnées.
    Groupe A
| Prague - Mondeville : 57 - 75Samara - Namur : 70 - 59Valence - Pecs : 64 - 77
 Mondeville - Valence : 81 - 67Pecs - Samara : 80 - 68Namur - Prague : 85 - 84
 Samara - Mondeville : 74 - 61Pecs - Namur :85 - 55Valence - Prague : 80 - 78
 Prague - Samara : 62 - 78Mondeville - Pecs : 61 - 65Namur - Valence : 62 - 77
 Samara - Valence : 81 - 46Mondeville - Namur : 93 - 82Pecs - Prague : 73 - 58
 |  | Mondeville - Prague : 89 - 81Namur - Samara : 60 - 87Pecs - Valence : 83 - 61
 Valence - Mondeville : 76 - 73Samara - Pecs : 60 - 43Prague - Namur : 81 - 73
 Mondeville - Samara : 49 - 83Namur -Pecs : 60 - 68Prague - Valence : 60 - 71
 Samara - Prague : 89 - 71Pecs - Mondeville : 76 - 67Valence - Namur : 74 - 70
 Valence - Samara : 58 - 59Namur - Mondeville : 74 - 68Prague - Pecs : 64 - 66
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- Classement
 
    Groupe B
| Brno - Sopron : 96 - 71Ekaterinbourg - Schio : 60 - 51Bourges - Gdynia : 80 - 56
 Sopron - Ekaterinbourg : 80 - 84Schio - Bourges : 61 - 85Gdynia - Brno : 62 - 81
 Brno - Schio : 93 - 67Bourges - Ekaterinbourg : 77 - 53Gdynia - Sopron : 84 - 81
 Sopron - Bourges : 86 - 74Ekaterinbourg - Brno : 65 - 78Schio - Gdynia : 72 - 96
 Brno - Bourges : 72 - 58Schio - Sopron : 87 - 90Gdynia - Ekaterinbourg : 58 - 71
 |  | Sopron - Brno : 94 - 92Schio - Ekaterinbourg : 69 - 60Gdynia - Bourges : 62 - 76
 Ekaterinbourg - Sopron : 99 - 74Bourges - Schio : 93 - 57Brno - Gdynia : 94 - 60
 Schio - Brno : 69 - 74Ekaterinbourg - Bourges : 55 - 74Sopron - Gdynia : 90 - 76
 Bourges - Sopron : 89 - 69Brno - Ekaterinbourg : 66 - 53Gdynia - Schio : 79 - 81
 Bourges - Brno : 73 - 67Sopron - Schio : 78 - 63Ekaterinbourg - Gdynia : 92 - 75
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- Classement
 
    Groupe C
| Cracovie - Naples : 58 - 69Valenciennes - Dynamo Moscou : 73 - 64Vilnius - Kosice : 65 - 61
 Kosice - Cracovie : 71 - 88Dynamo Moscou - Vilnius : 52 - 43Naples - Valenciennes : 50 - 69
 Dynamo Moscou - Kosice : 67 - 52Valenciennes - Cracovie : 104 - 81Vilnius - Naples : 88 - 44
 Kosice - Valenciennes : 55 - 85Cracovie - Vilnius : 55 - 71Naples - Dynamo Moscou : 55 - 62
 Dynamo Moscou - Cracovie : 68 - 58Vilnius - Valenciennes : 79 - 75Naples - Kosice : 72 - 58
 |  | Naples - Cracovie : 73 - 63Dynamo Moscou - Valenciennes : 56 - 80Kosice - Vilnius : 56 - 71
 Cracovie - Kosice : 69 - 57Vilnius - Dynamo Moscou : 71 - 51Valenciennes - Naples : 85 - 55
 Kosice - Dynamo Moscou : 65 - 82Cracovie - Valenciennes : 55 - 57Naples - Vilnius : 81 - 69
 Valenciennes - Kosice : 86 - 52Vilnius - Cracovie : 80 - 67Dynamo Moscou - Naples : 57 - 44
 Cracovie - Dynamo Moscou : 65 - 72Valenciennes - Vilnius : 68 - 61Kosice - Naples : 67 - 81
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- Classement
 
    Huitièmes de finale.
Les huitièmes se déroulent au meilleur des trois matchs, le match d'appui éventuel se déroulant chez l'équipe recevant lors du premier match.
|  | aller | retour | match-appui | 
 
| Pecs - Gdynia : | 85 - 55 | 66 - 79 | 71 - 47 | 
 
| Brno - Mondeville : | 62 - 44 | 92 - 58 |  | 
 
| Vilnius - Naples : | 71 - 62 | 62 - 52 |  | 
 
| Dynamo Moscou - Valence : | 72 - 59 | 64 - 43 |  | 
 
| Samara  - Namur : | 75 - 52 | 77 - 74 |  | 
 
| Ekaterinburg 	- Sopron : | 77 - 80 | 79 - 89 |  | 
 
| Bourges - Cracovie : | 77 - 69 | 68 - 53 |  | 
 
| Valenciennes - Schio : | 95 - 60 | 84 - 70 |  | 
 
    Quart de finale
Les quarts se déroulent au meilleur des trois matchs, le match d'appui éventuel se déroulant chez l'équipe recevant lors du premier match.
|  | aller | retour | match-appui | 
 
| Valenciennes - Sopron : | 92 - 55 | 74 - 69 | 
 
| Bourges - Brno  : | 59 - 62 | 75 - 65 | 69 - 70 | 
 
| Pecs - Vilnius  : | 79 - 66 | 70 - 79 | 59 - 63 | 
 
| Samara  - Dynamo Moscou : | 74 - 66 | 78 - 71 | 
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    Final Four
 
    Meilleur cinq du Final Four