Règlement du championnat 2016
Le championnat se déroule d'abord en deux phases, le tournoi d'ouverture (Apertura), avec 15 matchs disputés par équipe (matchs aller) et le tournoi de clôture (Clausura) avec 15 matchs également par équipe (matchs retour). À la fin des deux tournois, on verse les 16 équipes dans deux poules, les Liguillas. En effet, au classement général à l'issue du tournoi de clôture, qui est un classement cumulé des deux tournois, les huit équipes classées impaires (de la 1re à la 15e place) sont versées dans la Liguilla A alors que les huit qui sont classées paires (de la 2e à la 16e place) sont versées dans la Liguilla B. Durant cette 3e phase, 14 matchs sont disputés par équipe (7 matchs aller et 7 matchs retour)[1].
Dans la dernière phase dite de « Play off » (demi-finales et finale de championnat) participent les quatre meilleures équipes au classement général cumulé Apertura + Clausura + Liguillas. Le 1er classé affrontant le 4e et le 2e s'opposant au 3e dans une formule d'élimination directe par matchs aller-retour. En cas d'égalité, la règle des buts marqués à l'extérieur sera appliquée[1].
Les champion, vice-champion et 3e du championnat sont qualifiés à la Copa Libertadores 2017[2]. Les 4e, 5e, 6e et 7e du championnat sont qualifiés à la Copa Sudamericana 2017, privilège également accordé aux vainqueurs des tournois d'ouverture et de clôture, sauf s'ils sont déjà qualifiés à la Copa Libertadores[2]. Enfin les deux équipes les moins bien classées à l'issue du classement général cumulé des trois tournois sont reléguées en deuxième division.