Émirat djihadiste

• Abdelmalek Droukdal pour l'Europe et le Maghreb.
• Abou Hamza Al-Mouhajer, pour l'Irak (Al-Qaïda en Irak).
• Aereef Sumarso pour l'Asie du Sud-Est
• Amin ul-Haq pour le sous-continent indien (région indo-pakistanaise).
• Habib Akdash pour le Proche-Orient (Syrie, Jordanie, Liban, Turquie)
• Salah al-Awadi pour le Moyen-Orient
• Saoud al-Aouataybi pour le golfe Persique
• Tohir Yo‘ldosh pour l'Asie centrale

Les experts pensent qu'en multipliant les attentats de petite et moyenne envergure, ceux-ci focalisent la traque antiterroriste sur les réseaux régionaux, laissant plus de champ libre aux commandos d'élite du « Département des opérations extérieures », dirigé jusqu'en mai 2005 par Abou Faraj al-Libbi, pour mettre en œuvre des opérations de plus grande envergure.

• Abou Faraj al-Libbi, alias Dr. Tawfiq, libyen, chef des actions terroristes d'Al-Qaïda au Pakistan, responsable du « Département des opérations extérieures », arrêté en mai 2005.
• Abou Khabab, ingénieur égyptien, responsable pour Al-Qaida de la sécurité interne depuis 2002 et dirige la Force 55, garde loyale à Oussama ben Laden. Historiquement responsable du programme chimique de l'organisation. Tué au Pakistan le 28 juillet 2008.
• Abdelkrim al-Medjati, marocain, responsable de l'émirat djihadiste décentralisé en Europe et au Maghreb. Auteur réel des attentats de Casablanca en mai 2003, de Riyad et de Madrid en 2004. Tué en Arabie saoudite en avril 2005.
• Abou Mohamed al-Masri, égyptien, responsable de la propagande d'Al-Qaida et donc de la réalisation et de la diffusion des messages audio et vidéo.
• Ahmed al-Hisawi, saoudien, un des responsables des finances d'Al-Qaida depuis 1998.
• Ahmed Omar Saïd Cheikh, britannique, responsable de l'enlèvement et de l'assassinat du journaliste Daniel Pearl, arrêté au Pakistan.
• Khalfan Gailani, responsable des attentats en Afrique depuis 1998, et arrêté en juin 2004, à Lahore, au Pakistan.
• Mohamed Ali Abou Homam, égyptien, arrêté en octobre 2004, par les services antiterroristes français et britannique.
• Mohammed al-Guerbouzi, marocain, un responsable des filières maghrébines (GICM), et des attentats de Madrid en mars 2004 et de Londres en juillet 2005, en fuite.
• Mohammed Atef, égyptien, ancien policier, coordonnateur des attentats du 11 septembre 2001 et pilote du premier avion qui s'est écrasé contre le World Trade Center.
• Naim Noor Khan, ingénieur pakistanais, responsable des opérations extérieures d'Al-Qaïda, arrêté en juin 2004, à Lahore.
• Ramzi Bin al-Shibh, un des trésoriers d'Al-Qaida, arrêté à Karachi en 2002.
• Saïd Arif, algérien, activiste terroriste arrêté à Damas et extradé en France le 17 juin 2004.
• Yasser al-Jaziri, responsable et superviseur des communications d'Al Qaida, arrêté.

• Hassan el-Haski, marocain, un des responsbles des attentats en Espagne, arrêté aux îles Canaries, en décembre 2004.
• José Padilla, alias Abdullah al-Muhajir, soupçonné de préparer une « bombe radiologique », détenu dans une prison militaire américaine.
• Mohammed al-Kahtani, est le « 20e pirate de l'air », enfermé à la prison de Guantanamo.
• Mounir al-Motassadeq, soupçonné d'être complice des attaques du 11 septembre 2001, condamné pour « appartenance à une organisation terroriste » d'Al-Qaida constituée autour du pilote kamikaze Mohammed Atta.
• Nizar Trabelsi, condamné à dix ans de prison en 2003, pour avoir projeté un attentat contre la base militaire américaine de Kleine-Brogel.
• Richard Reid, britannique, arrêté en décembre 2001
• Saajit Badat, britannique, arrêté en novembre 2003.
• Zacarias Moussaoui, franco-marocain, arrêté en août 2001.

• Force 55
• Groupes djihadistes en Europe
• Groupe islamique combattant marocain
• Harakat ul-Mujahidin
• Jemaah Islamiyah en Malaisie
• Institut islamique al-Fatah à Damas
• Mouvement islamique d'Ouzbékistan