Réseau Obépine

Dans les années 1970, des scientifiques avaient déjà[1] - [2], dont en Israel[3] et en France, proposé de surveiller (systématiquement ou non, en zone urbaine) des virus. Ils se sont basés sur des expériences de suivi des virus poliomyélitiques et d' Entérovirus, de Réovirus et d'Adénovirus) dans les eaux usées, dont une expérience faite dans l’agglomération clermontoise de suivi d' Entérovirus (via 4 prélèvements par moi, étudiés parallèlement en élution à partir du sédiment naturel des eaux usées, par adsorption-élution sur hydroxyde d’alumine, et par séparation en deux phases aqueuses) pour décrire les enjeux et aspects techniques et épidémiologiques de cette possibilité d'une nouvelle forme de veille sanitaire potentiellement très efficiente[4].

L'observatoire Obépine est né sous l’impulsion du Comité analyse recherche et expertise (Care) après qu'en mars 2020 une corrélation a été montrée entre le taux de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère dans les eaux usées et l’évolution de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19).

L'observatoire est un complément des données épidémiologiques réalisés à grande échelle. Alors que tous les autres moyens de surveillance sont centrés sur les individus symptomatiques, qui ne représentent qu’une fraction des personnes contaminées, la surveillance environnementale des effluents urbains fournit un signal global, utile, et complémentaire pour toute la population des sujets infectés (symptomatiques, asymptomatiques, présymptomatiques ou paucisymptomatiques) drainée par le même réseau d’eaux usées[5].

Le réseau a aidé à mieux évaluer ce taux global, et à suivre et prévoir l'évolution des foyers de contagion, parfois avec plusieurs jours ou semaines d'avance.

« Obépine » a été programmé pour faire fin 2020 de 300 à 600 analyses par semaine, renseignant aussi sur d'autres maladies épidémiques (ex : gastro-entérite, grippe saisonnière)[6] - [7].

L'observatoire est lancé le 5 mars 2020 en région parisienne, par le laboratoire Eau de Paris, des universitaires (Sorbonne) et l'Institut de recherche biomédicale des armées, avec une aide financière de 500 000 euros du Comité analyse recherche et expertise, et de 3,5 millions d’euros du MESRI.

Au 17 novembre 2020, sur les 158 stations d'épuration nécessaires pour établir un maillage représentatif pour surveiller le SARS-CoV-2 dans les eaux usées, 82 sites de prélèvements sont déjà recrutés et sept laboratoires agréés[8] - [6] dont le laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l’Environnement (LCPME) et le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie de l'institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer)[9].

Ils sont précisés par la lettre de mission de la ministre de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, Frédérique Vidal[12].

Une « banque d'eaux usées » est également prévue car « Contrairement aux Italiens qui ont pu déterminer que le virus circulait chez eux dès le mois de décembre 2019, grâce à des échantillons d’eaux usées qui avaient été conservés, il nous est impossible de remonter aussi loin. Nous ne savons pas quand le virus est arrivé. L’information a été perdue » note Vincent Maréchal (virologue à Sorbonne Université et cofondateur de cet observatoire)[6].

L’analyse des eaux usées permet de détecter la présence de certaines maladies, le suivi de drogues ou encore d'évaluer l’usage domestique de pesticides et différents autres produits.

Le suivi des virus entériques dans les eaux usées avait déjà été réalisé avec de très bonnes corrélations avec l’état épidémique des populations[13].

Des études néerlandaises suggèrent que la détection du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère dans les eaux usées pourrait précéder la détection des premiers malades, qui ne représentent qu’une fraction des personnes contaminées[14]. Pour le microbiologiste et responsable du laboratoire de recherche Eau de Paris : « en moyenne, les données Obépine ont six à sept jours d’avance sur les autres indicateurs »[15].

Lors de la pandémie de Covid-19 en France, le Gouvernement de la République française opte pour un durcissement des mesures sanitaires évitant ou repoussant un troisième confinement car « les traces de virus dans les eaux usées, signal indirect, baissent en Île-de-France. »[16]. Obépine a pu ensuite améliorer la qualité de l'information épidémiologique disponible.