Illuminatus !

La trilogie commence par une enquête menée par deux détectives de New York (Saul Goodman et Barney Muldoon) sur le bombardement de Confrontation, un magazine de gauche, et la disparition de son rédacteur en chef, Joe Malik. À travers l'enquête concernant l'assassinat de John F. Kennedy,  de Robert F. Kennedy et de Martin Luther King, les deux compères suivent un jeu de piste laissé sur des notes suggérant l'implication de puissantes sociétés secrètes. Ils sont peu à peu entraînés dans une multitude de théories du complot. Pendant ce temps, un journaliste du magazine, George Dorn, ayant perdu tout soutien de la droite de Mad Dog, est arrêté pour possession de drogue. Il est emprisonné et menacé physiquement, et finit par avoir des hallucinations au sujet de sa propre exécution. La prison est bombardée et il est sauvé par les Discordians, dirigés par l'énigmatique Hagbard Céline, capitaine d'un sous-marin d'or. Hagbard représente les Discordians dans leur éternel combat contre les Illuminati, l'organisation conspiratrice qui contrôle secrètement le monde. Il finance ses opérations par la contrebande de substances illicites.

L'intrigue serpente à travers le monde dans des endroits isolés comme Las Vegas (où une épidémie mortelle de fièvre charbonneuse mutante secrètement développée par le gouvernement américain a été accidentellement déclenchée), Atlantis (où Howard, le marsouin parlant, et ses collaborateurs aident Hagbard à combattre les Illuminati), Chicago (où quelqu'un ressemblant à John Dillinger a été tué il y a plusieurs années) ou encore l'île de Fernando Poo (qui est l'emplacement de la prochaine grande confrontation de la guerre froide entre la Russie, la Chine et les États-Unis).

Le plan diabolique découvert plus tard dans l'histoire concerne la tentative de provoquer la eschaton (la dernière étape) dans le monde immanent, par un système secret de l'American Medical Association, un groupe de rock malfaisant, pour provoquer un Sacrifice humain de masse, dont le but est la libération de suffisamment d' énergie de vie pour donner la vie éternelle à un groupe restreint d'initiés, dont Adolf Hitler.

L'AMA sont quatre frères et sœurs qui constituent quatre des cinq mystérieux "Illuminati Primi. L'identité du cinquième demeure inconnue pour une grande partie de la trilogie. Le premier festival européen Woodstock, tenue à Ingolstadt, en Bavière, est l'endroit choisi pour le sacrifice des victimes imprudentes, par le réveil de bataillons nazis venant du fond du lac voisin Totenkopf. Le conflit est déjoué quand, avec l'aide d'une incarnation de 50 pieds de hauteur de la déesse Eris, les quatre membres de l'AMA sont tués : Wilhelm est tué par le monstrueux extra-terrestre se révélant être Yog-Sothoth, Wolfgang est abattu par John Dillinger, Winifred est noyé par les marsouins, et Werner est pris au piège dans une voiture qui coule au fond de l'eau.

Les principaux protagonistes, désormais rassemblés à bord du sous-marin, sont menacés par le Leviathan, un géant, un monstre marin en forme de pyramide ayant pris continuellement en poids et en taille durant des centaines de millions d'années. La nature improbable de cette rencontre conduit certains des protagonistes à se demander s'ils ne seraient pas de simples personnages dans un livre. Cette idée est rapidement rejetée (ou ignorée) quand ils tournent leur attention vers le monstre à nouveau. La menace est neutralisée lors ce qu'ils offrent leur ordinateur de bord à la créature, lui permettant ainsi de communiquer avec pour se soulager de sa solitude.