Gene Wiki

Gene Wiki est un wiki qui vise à décrire les relations et les fonctions de tous les gènes humains. Il a été créé pour transférer des informations à partir de ressources scientifiques vers les articles de Wikipédia[1] - [2] - [3]. Le projet Gene Wiki a également lancé la publication d'articles de synthèse sur des gènes spécifiques dans la revue Gene, ainsi que l'édition des pages spécifiques au gène dans Wikipedia[4].

Objectifs et portée du projet

Nombre d'articles

Le génome humain contient environ 20 000 à 25 000 gènes codant des protéines[5]. Le but du projet Gene Wiki est de créer des articles pour chaque gène humain notable, c'est-à-dire chaque gène dont la fonction a été assignée dans la littérature scientifique évaluée par des pairs. Environ la moitié des gènes humains ont une fonction assignée. Par conséquent, le nombre total d'articles concernés par le projet Gene Wiki devrait être de l'ordre de 10 000 à 15 000. À ce jour, environ 11 000 articles ont été créés ou enrichis[6]. Une fois que les articles de base ont été établis, l'espoir et l'attente est que ceux-ci seront annotés et verront leur contenu augmenté par des éditeurs allant de l'expérience du public profane, aux étudiants, professionnels et universitaires[1].

Protéines codées par des gènes

La majorité des gènes codent des protéines, par conséquent la compréhension de la fonction d'un gène nécessite généralement la compréhension de la fonction de la protéine correspondante. En plus d'inclure des informations de base sur le gène, le projet comprend donc également des informations sur la protéine codée par le gène. Les informations sont d'abord importées dans Wikidata. En janvier 2016, au total, 59 721 gènes humains et 73 355 gènes de souris ont été importés du National Center for Biotechnology Information, le Centre américain pour les informations biotechnologiques, et 27 306 protéines humaines et 16 728 protéines de souris ont été importées du sous-ensemble Swissprot d'UniProt [7]. À partir de Wikidata, les infobox de Wikipédia sont ensuite éditées. De plus, "un terminal SPARQL et l'exportation de fonctionnalités vers plusieurs formats standard (JSON, XML) permettent aux scientifiques d'utiliser les données".

Sources du projet

Les ébauches d'articles pour le projet Gene Wiki sont créées par un bot informatique et contiennent des liens vers les bases de données de gènes et de protéines suivantes :

HUGO Gene Nomenclature Committee - nom générique officiel
Entrez - base de données de gènes
OMIM (Mendelian Inheritance in Man) - base de données répertoriant toutes les maladies connues avec une composante génétique
Amigo - Gene Ontology
HomoloGene - gènes homologues chez d'autres espèces
SymAtlasRNA - motif d'expression génique dans les tissus[8]
Protein Data Bank - structure 3D de la protéine codée par le gène
UniProt (ressource protéique universelle) - un référentiel central de données sur les protéines

Références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Gene Wiki » (voir la liste des auteurs).

J. W. Huss, C. Orozco, J. Goodale, C. Wu, S. Batalov, T. J. Vickers, F. Valafar et A. I. Su, « A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function », PLoS Biol., vol. 6, n^o 7,‎ juillet 2008, e175 (PMID 18613750, PMCID 2443188, DOI 10.1371/journal.pbio.0060175).
J. W. Huss, « SciVee Pubcast: A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function » (version du 24 juillet 2010 sur Internet Archive).
J. W. Huss, P. Lindenbaum, M. Martone, D. Roberts, A. Pizarro, F. Valafar, J. B. Hogenesch et A. I. Su, « The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation », Nucleic Acids Res., vol. 38, n^o Database issue,‎ janvier 2010, D633–9 (PMID 19755503, PMCID 2808918, DOI 10.1093/nar/gkp760, lire en ligne).
G. Tsueng, B. M. Good, P. Ping, E. Golemis, I. Hanukoglu, W. van, A. J. ijnen et A. I. Su, « Gene Wiki Reviews-Raising the quality and accessibility of information about the human genome. », Gene, vol. 592, n^o 2,‎ 2 mai 2016, p. 235–8 (PMID 27150585, DOI 10.1016/j.gene.2016.04.053).
M. Clamp, B. Fry, M. Kamal, X. Xie, J. Cuff, M. F. Lin, M. Kellis, K. Lindblad-Toh et E. S. Lander, « Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 104, n^o 49,‎ décembre 2007, p. 19428–33 (PMID 18040051, PMCID 2148306, DOI 10.1073/pnas.0709013104).
« Gene Wiki Pages », Pages that link to (tl), Wikipedia, the free encyclopedia (consulté le 27 janvier 2015).
(en) Sebastian Burgstaller-Muehlbacher, Andra Waagmeester, Elvira Mitraka, Julia Turner, Tim Putman, Justin Leong, Chinmay Naik, Paul Pavlidis, Lynn Schriml, Benjamin M. Good et Andrew I. Su, « Wikidata as a semantic framework for the Gene Wiki initiative », Database, vol. 2016,‎ 1^er janvier 2016, p. 015 (ISSN 1758-0463, PMID 26989148, PMCID 4795929, DOI 10.1093/database/baw015).
(en) A. I. Su, T. Wiltshire, S. Batalov, H. Lapp, K. A. Ching, D. Block, J. Zhang, R. Soden, M. Hayakawa, G. Kreiman, M. P. Cooke, J. R. Walker et J. B. Hogenesch, « A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes », Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 101, n^o 16,‎ avril 2004, p. 6062–7 (PMID 15075390, PMCID 395923, DOI 10.1073/pnas.0400782101).