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DĂ©sorption-ionisation sur silicium

La dĂ©sorption-ionisation sur silicium (en anglais desorption/ionization on silicon ou DIOS) est une mĂ©thode de dĂ©sorption laser douce utilisĂ©e pour gĂ©nĂ©rer des ions (source d’ions) en phase gazeuse pour la spectromĂ©trie de masse.

La dĂ©sorption laser douce signifie qu’il y a dĂ©sorption-ionisation de grandes molĂ©cules, mais qu’il n’y a pas de fragmentation (sans rompre les liaisons chimiques). De plus, il s’agit d’une technique sans matrice dans laquelle un Ă©chantillon est dĂ©posĂ© sur le silicium poreux et dĂ©sorbĂ© de la surface de silicium par un laser. DIOS peut ĂȘtre utilisĂ©e pour analyser des molĂ©cules organiques, des peptides et des molĂ©cules biologiques, et pour imager des cellules. Cette technique a d’abord Ă©tĂ© rapportĂ©e par Gary Siuzdak, Jing Wei et Jillian M. Buriak en 1999. Elle a Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©e comme une alternative Ă  MALDI (dĂ©sorption-ionisation laser assistĂ©e par matrice), afin d’effectuer des analyses sans matrices pour les plus petites molĂ©cules.

Principe de base de la technique

SchĂ©ma de la configuration expĂ©rimentale d’un systĂšme DIOS-MS (adaptĂ©e de Jing Wei, Jillian M. Buriak & Gary Siuzdak[1])

Afin d’effectuer la dĂ©sorption-ionisation sur silicium, quatre plaques poreuses de silicium sont placĂ©es sur une plaque MALDI. Chacune des plaques de silicium poreux contient des points ou des grilles photo-modĂ©lisĂ©s. En effet, la structure nanoporeuse de la surface de silicium est obtenue par un procĂ©dĂ© de gravure photo-Ă©lectrochimique de silicium cristallin. Cette surface peut facilement ĂȘtre oxydĂ©e, ce qui permet Ă  la surface du silicium poreux d’ĂȘtre chimiquement modifiĂ©e. Par la suite, l’échantillon Ă  analyser est placĂ© sur les plaques de silicium poreux et est laissĂ© Ă  sĂ©cher[1]. Les plaques de silicium fournissent donc un cadre pour stocker le solvant et les molĂ©cules d’analyte. Ensuite, comme le coefficient d'absorption optique du silicium poreux est Ă©levĂ© (jusqu'Ă  105 cm−1[2]) par rapport Ă  la longueur d'onde du laser Ă  azote (337 nm), cela permet une absorption trĂšs efficace de l'Ă©nergie laser dirigĂ©e vers la plaque.

La formation des ions en DIOS se fait en deux Ă©tapes: la dĂ©sorption et l'ionisation. À la base, le substrat de silicium poreux absorbe l'Ă©nergie laser et sa tempĂ©rature augmente. Ensuite, l'ionisation des analytes se fait de diffĂ©rentes façons. Dans les cas de dĂ©sorption humide oĂč le solvant peut fournir des protons, on observe des rĂ©actions ion-molĂ©cule au sein des pores de la plaque de silicium. Sinon, lorsque la dĂ©sorption n’est pas humide, l’ionisation se fait par des rĂ©actions chimiques entre le substrat de silicium et l'analyte[3]. En gĂ©nĂ©ral, le faisceau laser, focalisĂ© sur la plaque de silicium poreux, permet de dĂ©sorber les particules d’analytes sous forme ionisĂ©s. Ainsi, les analytes ionisĂ©s se dirigent vers un analyseur de masse afin d’effectuer la spectromĂ©trie de masse de l’échantillon.

Matériel et montage

Plaque de silicium poreux

Les conditions de prĂ©paration du silicium poreux sont trĂšs importantes puisque la morphologie du silicium poreux dĂ©pend de celles-ci. La plupart des solvants d’aprĂšs-gravure n’ont aucun effet sur la performance du DIOS, sauf l’éthanol, qui rĂ©duit l’intensitĂ© des ions d’arriĂšre-plan. La double gravure au laser, oĂč la plaque de silicium est oxydĂ©e aprĂšs la gravure et est ensuite traitĂ©e avec du fluorure d’hydrogĂšne, amĂ©liore la performance du DIOS, mĂȘme si un laser de plus grande force est requis afin de dĂ©sorber les analytes de la plaque DIOS. La porositĂ© des plaques de DIOS est autour de 30-40%, avec des pores de 70–120 nm de diamĂštre qui sont sĂ©parĂ©s d’environ 100 nm entre eux [4]. De plus, la surface de silicium poreux peut-ĂȘtre modifiĂ©e afin de prĂ©venir l’oxydation de la surface, ce qui dĂ©grade l’utilitĂ© Ă  des fins analytiques de la plaque DIOS.

Une façon de produire du silicium poreux pour DIOS est d’utiliser la gravure Ă©lectrochimique. Ainsi, la surface de silicone est hydrophile et contient de l’oxyde de silicium poreux. La section hydrophile est alors entourĂ©e par une rĂ©gion hydrophobe, ce qui aide Ă  placer l’échantillon au bon endroit dans les pores. De plus, la prĂ©paration de plaque de silicium poreux de type n est effectuĂ©e en utilisant la gravure Ă©lectrochimique et en incluant une illumination des deux cĂŽtĂ©s de la plaque.

La grandeur optimale des pores de silicium est dans l’intervalle de 50-200 nm, ce qui permet l’analyse d’un grand nombre de composĂ©s biologiques. Une autre façon d’obtenir une surface DIOS est de former un fin film de silicone. Le fin film est fabriquĂ© en utilisant un dĂ©pĂŽt chimique en phase vapeur renforcĂ© par plasma. Cette façon de fabriquer la plaque de silicium poreux s’est rĂ©vĂ©lĂ©e efficace par DIOS-MS pour la dĂ©tection de molĂ©cule Ă  petit poids molĂ©culaire comme la ubiquitine digĂ©rĂ©e par la trypsine, mais aussi pour les molĂ©cules de grand poids molĂ©culaire comme la thyrocalcitonine (m/z 3605) et l’insuline (m/z 5735)[4].

Laser

Le laser utilisĂ© est un laser Ă  azote de longueur d’onde de 337 nm, et effectue de courtes impulsions vers la plaque DIOS. L’échantillon alors irradiĂ© est attĂ©nuĂ© avec un filtre de densitĂ© neutre. Les ions observĂ©s aprĂšs cette Ă©tape sont ionisĂ©s par l’addition d’un proton en [M+H]+[5]. D’autres techniques de dĂ©sorption laser douce utilisent cependant un laser de longueur d’onde de 266 nm de type Nd:YAG.

Applications

La mĂ©thode de dĂ©sorption-ionisation sur silicium poreux permet l'Ă©tude d'une large gamme de composĂ©s, entre autres celle de peptides, de petites molĂ©cules organiques, de produits naturels et de polymĂšres (avec une petite fragmentation) [5]. Elle peut aussi ĂȘtre utilisĂ©e pour l’analyse et l’identification de protĂ©ines. En effet, comme il n’y a pas de matrice, elle peut ĂȘtre utilisĂ©e pour identifier des biomolĂ©cules plus petites que MALDI. Elle peut aussi ĂȘtre utilisĂ©e pour surveiller des rĂ©actions sur une surface simple au travers des analyses de masses rĂ©pĂ©tĂ©es. La surveillance de rĂ©actions permet de faire la recherche d’inhibiteurs d’enzymes[6]. DIOS peut aussi ĂȘtre utile pour effectuer l’imagerie de petites molĂ©cules[7].

Avantages et inconvénients

Avantages

  • Comme DIOS utilise des surfaces de dĂ©pĂŽt en silicium poreux, elle permet de ne pas utiliser une matrice, contrairement Ă  MALDI (DĂ©sorption-ionisation laser assistĂ©e par matrice). En effet, le rĂŽle de la matrice est donc remplacĂ© par la surface de dĂ©pĂŽt en silicium poreux qui piĂšge la molĂ©cule d'analyte et absorbe l'irradiation laser.
  • MALDI et DIOS ont une sensibilitĂ© semblable, mais DIOS permet l’absence d’interfĂ©rences de matrice. Ainsi, il y a un faible bruit de fond Ă  basse gamme de masse.
  • DIOS peut ĂȘtre adaptĂ© sur n’importe quel appareil de type MALDI.
  • Comme les ions ne se fragmentent pas (aucune dĂ©gradation de l’analyte), il devient possible d’analyser un mĂ©lange de composĂ©s directement dĂ©posĂ© sur la plaque, sans passer par le processus de sĂ©paration chromatographique.

Inconvénients

  • La composition de la plaque de silicium poreux, le dĂ©lai entre les impulsions, le temps d'attente pour la puissance d'accĂ©lĂ©ration, la longueur d'onde du laser, la densitĂ© d'Ă©nergie du laser et l'angle d'impact du faisceau laser sont des paramĂštres critiques pour la qualitĂ© et la reproductibilitĂ© de la mĂ©thode.

Notes et références

  1. (en) Jing Wei, Jillian M. Buriak et Gary Siuzdak, « Desorption–ionization mass spectrometry on porous silicon », Nature, vol. 399,‎ , p. 243-246 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/20400, lire en ligne, consultĂ© le )
  2. D. Kovalev, G. Polisski, M. Ben‐Chorin et J. Diener, « The temperature dependence of the absorption coefficient of porous silicon », Journal of Applied Physics, vol. 80,‎ , p. 5978-5983 (ISSN 0021-8979 et 1089-7550, DOI 10.1063/1.363595, lire en ligne, consultĂ© le )
  3. Matthieu Bounichou, « La mĂ©thode DIAMS : Desorption/Ionization on self-Assembled Monolayer Surface - Une nouvelle technique de dĂ©sorption ionisation laser sans matrice pour la spectromĂ©trie de masse », UniversitĂ© d'Angers,‎ , p. 42-44 (lire en ligne)
  4. (en) Dominic S. Peterson, « Matrix-free methods for laser desorption/ionization mass spectrometry », Mass Spectrometry Reviews, vol. 26,‎ , p. 19-34 (ISSN 1098-2787, DOI 10.1002/mas.20104, lire en ligne, consultĂ© le )
  5. (en) Zhouxin Shen, John J. Thomas, Claudia Averbuj et Klas M. Broo, « Porous Silicon as a Versatile Platform for Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry », Analytical Chemistry, vol. 73,‎ , p. 612-619 (ISSN 0003-2700, DOI 10.1021/ac000746f, lire en ligne, consultĂ© le )
  6. (en) John J. Thomas, Zhouxin Shen, John E. Crowell et M. G. Finn, « Desorption/ionization on silicon (DIOS): A diverse mass spectrometry platform for protein characterization », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 98,‎ , p. 4932-4937 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 11296246, PMCID 33141, DOI 10.1073/pnas.081069298, lire en ligne, consultĂ© le )
  7. (en) Qiang Liu, Zhong Guo et Lin He, « Mass Spectrometry Imaging of Small Molecules Using Desorption/Ionization on Silicon », Analytical Chemistry, vol. 79,‎ , p. 3535-3541 (ISSN 0003-2700, DOI 10.1021/ac0611465, lire en ligne, consultĂ© le )
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