DĂ©sorption-ionisation sur silicium
La dĂ©sorption-ionisation sur silicium (en anglais desorption/ionization on silicon ou DIOS) est une mĂ©thode de dĂ©sorption laser douce utilisĂ©e pour gĂ©nĂ©rer des ions (source dâions) en phase gazeuse pour la spectromĂ©trie de masse.
La dĂ©sorption laser douce signifie quâil y a dĂ©sorption-ionisation de grandes molĂ©cules, mais quâil nây a pas de fragmentation (sans rompre les liaisons chimiques). De plus, il sâagit dâune technique sans matrice dans laquelle un Ă©chantillon est dĂ©posĂ© sur le silicium poreux et dĂ©sorbĂ© de la surface de silicium par un laser. DIOS peut ĂȘtre utilisĂ©e pour analyser des molĂ©cules organiques, des peptides et des molĂ©cules biologiques, et pour imager des cellules. Cette technique a dâabord Ă©tĂ© rapportĂ©e par Gary Siuzdak, Jing Wei et Jillian M. Buriak en 1999. Elle a Ă©tĂ© dĂ©veloppĂ©e comme une alternative Ă MALDI (dĂ©sorption-ionisation laser assistĂ©e par matrice), afin dâeffectuer des analyses sans matrices pour les plus petites molĂ©cules.
Principe de base de la technique
Afin dâeffectuer la dĂ©sorption-ionisation sur silicium, quatre plaques poreuses de silicium sont placĂ©es sur une plaque MALDI. Chacune des plaques de silicium poreux contient des points ou des grilles photo-modĂ©lisĂ©s. En effet, la structure nanoporeuse de la surface de silicium est obtenue par un procĂ©dĂ© de gravure photo-Ă©lectrochimique de silicium cristallin. Cette surface peut facilement ĂȘtre oxydĂ©e, ce qui permet Ă la surface du silicium poreux dâĂȘtre chimiquement modifiĂ©e. Par la suite, lâĂ©chantillon Ă analyser est placĂ© sur les plaques de silicium poreux et est laissĂ© Ă sĂ©cher[1]. Les plaques de silicium fournissent donc un cadre pour stocker le solvant et les molĂ©cules dâanalyte. Ensuite, comme le coefficient d'absorption optique du silicium poreux est Ă©levĂ© (jusqu'Ă 105 cmâ1[2]) par rapport Ă la longueur d'onde du laser Ă azote (337 nm), cela permet une absorption trĂšs efficace de l'Ă©nergie laser dirigĂ©e vers la plaque.
La formation des ions en DIOS se fait en deux Ă©tapes: la dĂ©sorption et l'ionisation. Ă la base, le substrat de silicium poreux absorbe l'Ă©nergie laser et sa tempĂ©rature augmente. Ensuite, l'ionisation des analytes se fait de diffĂ©rentes façons. Dans les cas de dĂ©sorption humide oĂč le solvant peut fournir des protons, on observe des rĂ©actions ion-molĂ©cule au sein des pores de la plaque de silicium. Sinon, lorsque la dĂ©sorption nâest pas humide, lâionisation se fait par des rĂ©actions chimiques entre le substrat de silicium et l'analyte[3]. En gĂ©nĂ©ral, le faisceau laser, focalisĂ© sur la plaque de silicium poreux, permet de dĂ©sorber les particules dâanalytes sous forme ionisĂ©s. Ainsi, les analytes ionisĂ©s se dirigent vers un analyseur de masse afin dâeffectuer la spectromĂ©trie de masse de lâĂ©chantillon.
Matériel et montage
Plaque de silicium poreux
Les conditions de prĂ©paration du silicium poreux sont trĂšs importantes puisque la morphologie du silicium poreux dĂ©pend de celles-ci. La plupart des solvants dâaprĂšs-gravure nâont aucun effet sur la performance du DIOS, sauf lâĂ©thanol, qui rĂ©duit lâintensitĂ© des ions dâarriĂšre-plan. La double gravure au laser, oĂč la plaque de silicium est oxydĂ©e aprĂšs la gravure et est ensuite traitĂ©e avec du fluorure dâhydrogĂšne, amĂ©liore la performance du DIOS, mĂȘme si un laser de plus grande force est requis afin de dĂ©sorber les analytes de la plaque DIOS. La porositĂ© des plaques de DIOS est autour de 30-40%, avec des pores de 70â120 nm de diamĂštre qui sont sĂ©parĂ©s dâenviron 100 nm entre eux [4]. De plus, la surface de silicium poreux peut-ĂȘtre modifiĂ©e afin de prĂ©venir lâoxydation de la surface, ce qui dĂ©grade lâutilitĂ© Ă des fins analytiques de la plaque DIOS.
Une façon de produire du silicium poreux pour DIOS est dâutiliser la gravure Ă©lectrochimique. Ainsi, la surface de silicone est hydrophile et contient de lâoxyde de silicium poreux. La section hydrophile est alors entourĂ©e par une rĂ©gion hydrophobe, ce qui aide Ă placer lâĂ©chantillon au bon endroit dans les pores. De plus, la prĂ©paration de plaque de silicium poreux de type n est effectuĂ©e en utilisant la gravure Ă©lectrochimique et en incluant une illumination des deux cĂŽtĂ©s de la plaque.
La grandeur optimale des pores de silicium est dans lâintervalle de 50-200 nm, ce qui permet lâanalyse dâun grand nombre de composĂ©s biologiques. Une autre façon dâobtenir une surface DIOS est de former un fin film de silicone. Le fin film est fabriquĂ© en utilisant un dĂ©pĂŽt chimique en phase vapeur renforcĂ© par plasma. Cette façon de fabriquer la plaque de silicium poreux sâest rĂ©vĂ©lĂ©e efficace par DIOS-MS pour la dĂ©tection de molĂ©cule Ă petit poids molĂ©culaire comme la ubiquitine digĂ©rĂ©e par la trypsine, mais aussi pour les molĂ©cules de grand poids molĂ©culaire comme la thyrocalcitonine (m/z 3605) et lâinsuline (m/z 5735)[4].
Laser
Le laser utilisĂ© est un laser Ă azote de longueur dâonde de 337 nm, et effectue de courtes impulsions vers la plaque DIOS. LâĂ©chantillon alors irradiĂ© est attĂ©nuĂ© avec un filtre de densitĂ© neutre. Les ions observĂ©s aprĂšs cette Ă©tape sont ionisĂ©s par lâaddition dâun proton en [M+H]+[5]. Dâautres techniques de dĂ©sorption laser douce utilisent cependant un laser de longueur dâonde de 266 nm de type Nd:YAG.
Applications
La mĂ©thode de dĂ©sorption-ionisation sur silicium poreux permet l'Ă©tude d'une large gamme de composĂ©s, entre autres celle de peptides, de petites molĂ©cules organiques, de produits naturels et de polymĂšres (avec une petite fragmentation) [5]. Elle peut aussi ĂȘtre utilisĂ©e pour lâanalyse et lâidentification de protĂ©ines. En effet, comme il nây a pas de matrice, elle peut ĂȘtre utilisĂ©e pour identifier des biomolĂ©cules plus petites que MALDI. Elle peut aussi ĂȘtre utilisĂ©e pour surveiller des rĂ©actions sur une surface simple au travers des analyses de masses rĂ©pĂ©tĂ©es. La surveillance de rĂ©actions permet de faire la recherche dâinhibiteurs dâenzymes[6]. DIOS peut aussi ĂȘtre utile pour effectuer lâimagerie de petites molĂ©cules[7].
Avantages et inconvénients
Avantages
- Comme DIOS utilise des surfaces de dépÎt en silicium poreux, elle permet de ne pas utiliser une matrice, contrairement à MALDI (Désorption-ionisation laser assistée par matrice). En effet, le rÎle de la matrice est donc remplacé par la surface de dépÎt en silicium poreux qui piÚge la molécule d'analyte et absorbe l'irradiation laser.
- MALDI et DIOS ont une sensibilitĂ© semblable, mais DIOS permet lâabsence dâinterfĂ©rences de matrice. Ainsi, il y a un faible bruit de fond Ă basse gamme de masse.
- DIOS peut ĂȘtre adaptĂ© sur nâimporte quel appareil de type MALDI.
- Comme les ions ne se fragmentent pas (aucune dĂ©gradation de lâanalyte), il devient possible dâanalyser un mĂ©lange de composĂ©s directement dĂ©posĂ© sur la plaque, sans passer par le processus de sĂ©paration chromatographique.
Inconvénients
- La composition de la plaque de silicium poreux, le délai entre les impulsions, le temps d'attente pour la puissance d'accélération, la longueur d'onde du laser, la densité d'énergie du laser et l'angle d'impact du faisceau laser sont des paramÚtres critiques pour la qualité et la reproductibilité de la méthode.
Notes et références
- (en) Jing Wei, Jillian M. Buriak et Gary Siuzdak, « Desorptionâionization mass spectrometry on porous silicon », Nature, vol. 399,â , p. 243-246 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/20400, lire en ligne, consultĂ© le )
- D. Kovalev, G. Polisski, M. BenâChorin et J. Diener, « The temperature dependence of the absorption coefficient of porous silicon », Journal of Applied Physics, vol. 80,â , p. 5978-5983 (ISSN 0021-8979 et 1089-7550, DOI 10.1063/1.363595, lire en ligne, consultĂ© le )
- Matthieu Bounichou, « La mĂ©thode DIAMS : Desorption/Ionization on self-Assembled Monolayer Surface - Une nouvelle technique de dĂ©sorption ionisation laser sans matrice pour la spectromĂ©trie de masse », UniversitĂ© d'Angers,â , p. 42-44 (lire en ligne)
- (en) Dominic S. Peterson, « Matrix-free methods for laser desorption/ionization mass spectrometry », Mass Spectrometry Reviews, vol. 26,â , p. 19-34 (ISSN 1098-2787, DOI 10.1002/mas.20104, lire en ligne, consultĂ© le )
- (en) Zhouxin Shen, John J. Thomas, Claudia Averbuj et Klas M. Broo, « Porous Silicon as a Versatile Platform for Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry », Analytical Chemistry, vol. 73,â , p. 612-619 (ISSN 0003-2700, DOI 10.1021/ac000746f, lire en ligne, consultĂ© le )
- (en) John J. Thomas, Zhouxin Shen, John E. Crowell et M. G. Finn, « Desorption/ionization on silicon (DIOS): A diverse mass spectrometry platform for protein characterization », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 98,â , p. 4932-4937 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 11296246, PMCID 33141, DOI 10.1073/pnas.081069298, lire en ligne, consultĂ© le )
- (en) Qiang Liu, Zhong Guo et Lin He, « Mass Spectrometry Imaging of Small Molecules Using Desorption/Ionization on Silicon », Analytical Chemistry, vol. 79,â , p. 3535-3541 (ISSN 0003-2700, DOI 10.1021/ac0611465, lire en ligne, consultĂ© le )