Chlorovirus
Chlorovirus, également connu sous le nom de virus Chlorella, est un genre de virus géants à ADN double brin, de la famille des Phycodnaviridae. Ce genre se trouve à l'échelle mondiale dans les environnements d'eau douce[2] - [3] où des microalgues dulcicoles leur servent d'hôtes naturels. On dénombre 19 espèces de Chlorovirus[4] - [5].
| Type | Virus |
|---|---|
| Domaine | Varidnaviria |
| Règne | Bamfordvirae |
| Embranchement | Nucleocytoviricota |
| Classe | Megaviricetes |
| Ordre | Algavirales |
| Famille | Phycodnaviridae |
Le Chlorovirus a été initialement découvert en 1981 par Russel H. Meints, James L. Van Etten, Daniel Kuczmarski, Kit Lee et Barbara Ang alors qu'ils tentaient de cultiver des algues du genre Chlorella. Des particules virales ont été découvertes dans les cellules 2 à 6 heures après avoir été isolées, suivies d'une lyse après 12 à 20 heures. Ce genre viral était initialement connu sous le nom de Chlorella virus ou par celui de l’espèce type HVCV (Hydra viridis Chlorella virus)[6] - [7].
Bien que relativement nouvelle pour les virologues et donc peu étudiée, l'espèce, le chlorovirus ATCV-1, que l'on trouve couramment dans les lacs, s'est récemment avérée capable d'infecter les humains[8]. De nouvelles études portant sur les effets de l'infection sur modèle murin sont engagées[8] - [9].
Structure et génome
Les virus du genre Chlorovirus sont enveloppés, avec des géométries icosaédriques et sphériques, et une symétrie T=169 (nombre de triangulation). Le diamètre est d'environ 100 à 220 nm. Les génomes sont linéaires, généralement à copie unique, composés d'ADN double brin et d'une longueur d'environ 330 kb. L'ADNdb est fermé par une extrémité en épingle à cheveux. Les génomes présentent généralement plusieurs centaines de cadres de lecture ouverts[4]. En tant que groupe, les Chlorovirus codent 632 familles de protéines ; cependant, chaque virus individuel ne possède que 330 à 416 gènes codant des protéines. Concernant les systèmes de modification de l'ADN, les Chlorovirus ont des bases méthylées dans des sections spécifiques de leur séquence d'ADN. Certains Chlorovirus contiennent également des introns et des intéines, bien que cela reste rare dans le genre[10].
Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (PBCV-1) a un diamètre de 190 nm[10] et un axe quintuple[11]. Les sommets entre faces forment une pointe saillante, qui est la première partie du virus à aborder l'hôte[12]. La capside externe recouvre une seule membrane bicouche lipidique, qui est obtenue à partir du réticulum endoplasmique de l'hôte[11]. Certains capsomères sur la coque externe ont des fibres qui s'étendent à distance du virus pour faciliter son ancrage sur l'hôte[13] - [12].
| Genre | Structure | Symétrie | Capside | Arrangement génomique | Segmentation génomique |
|---|---|---|---|---|---|
| Chlorovirus | Icosahédrique | T=169 | Enveloppé | Linéaire | Monopartite |
HĂ´tes
Les Chlorovirus infectent certaines algues vertes unicellulaires du genre Chlorella qui sont très spécifiques à l'espèce et même à la souche. Elles établissent généralement des relations endosymbiotiques avec le protozoaire Paramecium bursaria (en), le célentéré Hydra viridissima, l'héliozoon Acanthocystis turfacea et d'autres animaux ou protozoaires d'eau douce ou marins. Les virus ne peuvent pas infecter ces « zoochlorelles (en) » lorsqu'elles sont dans leur phase symbiotique, et il n'y a aucune preuve qu'elles poussent sans leurs hôtes dans les eaux indigènes[14]. On a également découvert récemment que les Chlorovirus peuvent infecter les humains, ce qui a conduit à étudier sa pathogénicité chez la souris[8].
Liste des espèces
- Acanthocystis turfacea chlorella virus 1 (en)
- Hydra viridis Chlorella virus 1
- Paramecium bursaria Chlorella virus 1
- Paramecium bursaria Chlorella virus A1
- Paramecium bursaria Chlorella virus AL1A
- Paramecium bursaria Chlorella virus AL2A
- Paramecium bursaria Chlorella virus BJ2C
- Paramecium bursaria Chlorella virus CA4A
- Paramecium bursaria Chlorella virus CA4B
- Paramecium bursaria Chlorella virus IL3A
- Paramecium bursaria Chlorella virus NC1A
- Paramecium bursaria Chlorella virus NE8A
- Paramecium bursaria Chlorella virus NY2A
- Paramecium bursaria Chlorella virus NYs1
- Paramecium bursaria Chlorella virus SC1A
- Paramecium bursaria Chlorella virus XY6E
- Paramecium bursaria Chlorella virus XZ3A
- Paramecium bursaria Chlorella virus XZ4A
- Paramecium bursaria Chlorella virus XZ4C
Notes et références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Chlorovirus » (voir la liste des auteurs).
- ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 30 janvier 2021
- Quispe CF, Sonderman O, Seng A, Rasmussen B, Weber G, Mueller C, Dunigan DD, Van Etten JL, « Three-year survey of abundance, prevalence and genetic diversity of chlorovirus populations in a small urban lake », Archives of Virology, vol. 161, no 7,‎ , p. 1839–47 (PMID 27068168, DOI 10.1007/s00705-016-2853-4, S2CID 8751019, lire en ligne)
- Short SM, « The ecology of viruses that infect eukaryotic algae », Environmental Microbiology, vol. 14, no 9,‎ , p. 2253–71 (PMID 22360532, DOI 10.1111/j.1462-2920.2012.02706.x)
- « Viral Zone », ExPASy (consulté le )
- « Virus Taxonomy: 2020 Release », International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), (consulté le )
- Russel H. Meints, James L. Van Etten, Daniel Kuczmarski, Kit Lee et Barbara Ang, « Viral infection of the symbiotic chlorella-like alga present in Hydra viridis », Virology, vol. 113, no 2,‎ , p. 698–703 (PMID 18635088, DOI 10.1016/0042-6822(81)90198-7)
- (en) Ryo Hoshina, Mayumi Shimizu, Yoichi Makino, Yoshihiro Haruyama, Shin-ichiro Ueda, Yutaka Kato, Masahiro Kasahara, Bun-ichiro Ono et Nobutaka Imamura, « Isolation and characterization of a virus (CvV-BW1) that infects symbiotic algae of Paramecium bursaria in Lake Biwa, Japan », Virology Journal, vol. 7,‎ , p. 222 (ISSN 1743-422X, PMID 20831832, PMCID 2949830, DOI 10.1186/1743-422X-7-222)
- Yolken RH, Jones-Brando L, Dunigan DD, Kannan G, Dickerson F, Severance E, Sabunciyan S, Talbot CC, Prandovszky E, Gurnon JR, Agarkova IV, Leister F, Gressitt KL, Chen O, Deuber B, Ma F, Pletnikov MV, Van Etten JL, « Chlorovirus ATCV-1 is part of the human oropharyngeal virome and is associated with changes in cognitive functions in humans and mice », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 111, no 45,‎ , p. 16106–11 (PMID 25349393, PMCID 4234575, DOI 10.1073/pnas.1418895111
, Bibcode 2014PNAS..11116106Y) - Marilyn S. Petro, Irina V. Agarkova et Thomas M. Petro, « Effect of Chlorovirus ATCV-1 infection on behavior of C57Bl/6 mice », Journal of Neuroimmunology, vol. 297,‎ , p. 46–55 (PMID 27397075, DOI 10.1016/j.jneuroim.2016.05.009, S2CID 38573451)
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- Cristian F. Quispe, Ahmed Esmael, Olivia Sonderman, Michelle McQuinn, Irina Agarkova, Mohammed Battah, Garry A. Duncan, David D. Dunigan, Timothy P.L. Smith, Cristina De Castro, Immacolata Speciale, Fangrui Ma et James L. Van Etten, « Characterization of a new chlorovirus type with permissive and non-permissive features on phylogenetically related algal strains », Virology, vol. 500,‎ , p. 103–113 (PMID 27816636, PMCID 5127778, DOI 10.1016/j.virol.2016.10.013)
- James L. Van Etten et David D. Dunigan, « Chloroviruses: not your everyday plant virus », Trends in Plant Science, vol. 17, no 1,‎ , p. 1–8 (PMID 22100667, PMCID 3259250, DOI 10.1016/j.tplants.2011.10.005)
- James L. Van Etten, David D. Dunigan et Richard C. Condit, « Giant Chloroviruses: Five Easy Questions », PLOS Pathogens, vol. 12, no 8,‎ , e1005751 (PMID 27536965, PMCID 4990331, DOI 10.1371/journal.ppat.1005751)
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Références biologiques
- (en) Référence ICTV : Phycodnaviridae (consulté le )
- (en) Référence ICTV : Chlorovirus (consulté le )