Atlantis no Nazo

Les objets qui aident le joueur peuvent être trouvés à certains endroits de chaque zone. Leurs effets perdurent jusqu'à ce que le joueur perde une vie, mais certains peuvent durer encore plus longtemps. Les objets que le joueur possède actuellement sont affichés au début de chaque niveau. L'objet ampoule allume l'écran dans les zones sombres chaque fois que Wynn lance un bâton de dynamite. L'objet chaussure permet à Wynn de marcher sur les nuages, et l'objet « S » cause des dégâts à tous les ennemis présents dans l'écran chaque fois qu'il lance un bâton de dynamite, même s'il tombe dans un trou ou sort de l'écran. L'objet « ↑ » fait gagner 3 points au joueur chaque fois que ce-dernier appuie sur la touche haut. L'objet « 2 » fait que les ennemis vaincus rapportent des points et que la valeur des coffres au trésor double. L'élément horloge ralentit le compte à rebours de la minuterie, et l'élément de microphone permet au joueur d'arrêter les mouvements de l'ennemi en parlant dans le microphone de la deuxième manette. L'objet étoile fait que Wynn devient invincible aux ennemis et aux projectiles, mais le joueur peut toujours perdre en tombant dans un trou sans fond ou en manquant de temps.

Comme expliqué précédemment, il est possible de sauter des zones par des pasges situés à l'intérieur de chaque niveau. Les passages ouverts peuvent être utilisés directement, mais les passages fermés doivent d'abord être ouverts en faisant exploser un bâton de dynamite avant de pouvoir y entrer.

Les passages secrets peuvent également être révélés en faisant exploser de la dynamite à certains endroits, en tombant dans certains trous, en faisant des attaques-suicides à certains endroits ou en sautant dans certains espaces. L'attaque-suicide est une technique qui tire parti du système du jeu où Wynn tombe à travers l'écran chaque fois qu'il est pris dans l'explosion de sa propre dynamite. Le joueur ne perd pas de vie avant que Wynn disparaisse complètement de l'écran, il est donc possible de tomber dans des zones et des passages auparavant inaccessibles. Cependant, le joueur perd l'objet ampoule à chaque fois qu'il fait une attaque-suicide, même si cela amène à passer dans une autre zone.

De nombreux coffres au trésor sont situés dans chaque zone et attribuent au joueur un bonus compris entre 1 et 1 000 000 de points. Ils ne donnent jamais aucun objet, et les points sont doublés si le joueur a l'objet « 2 » dans son inventaire. Il y a 200 coffres au total et le nombre de coffres collectés par le joueur est affiché sur l'écran de jeu. Cependant, il est impossible de collecter les 200 coffres dans une partie normale car certaines zones sont inaccessibles à moins que le joueur n'utilise la commande cachée de sélection de zone. Le joueur gagne une vie supplémentaire tous les 100 000 points gagnés, mais aucune vie supplémentaire n'est donée si Wynn ouvre un coffre au trésor qui attribue 1 000 000 de points.

Dans la 20^e zone, il y a 3 statues Moai placées les unes à côté des autres, et le message « KEYWORD-NAGOYA- » est affiché à l'écran. Ceci est un code pour les nombres 7, 5 et 8 (NA = 7, GO = 5, YA = 8) et le joueur peut passer vers la zone finale s'il lance de la dynamite 7 fois au-dessus de la statue de gauche, 5 fois au-dessus de la statue du milieu, et 8 fois au-dessus de la statue de droite. Cependant, cette zone finale est différente de celle à laquelle on accède sans utiliser l'astuce, on l'appelle donc « zone finale secrète » ou « zone finale cachée ». Un gros bonus de 4 000 000 de points est donné si le joueur passe devant la statue du diable située au centre du niveau. Dans la version Super Pitfall II, l'astuce NAGOYA changée en 7 5 8 et la zone finale secrète donne le nombre maximum de vies ainsi que tous les bonus du jeu.

Le trou noir est une zone étrange du 42^e niveau qui est totalement sombre et amènera automatiquement le joueur à l'écran de game over. Wynn tombe vers le bas alors que le message « TROU NOIR ! » s'affiche en arrière-plan. Il n'y a pas d'endroits où s'acrocher, et il est impossible de s'échapper à moins que le joueur n'ait entré la commande secrète de sélection de zone au préalable. Si le joueur a gagné des vies infinies en utilisant une triche, il ne peut jamais atteindre l'écran de game over et ne peut jamais s'échapper de la zone du trou noir. Un autre trou noir est présent dans la zone 29 en fonction de l'itinéraire pris par le joueur, probablement en raison d'un bug de programmation.

Les arrière-plans des zones 57 et 94 scintillent respectivement en vert et en rouge. Ces effets de clignotement ont été supprimés lorsque le jeu a ensuite été porté sur les systèmes PlayStation et Windows après la diffusion de l'épisode Dennō Senshi Porigon de Pokémon à la télévision qui a provoqué de nombreux cas d'épilepsie photosensible chez les téléspectateurs.

Les zones 55, 59 et 84 ne sont connectées à aucune des autres zones et sont impossibles à accéder à moins que la commande de sélection de zone masquée ne soit utilisée. Bien qu'un passage caché pour la zone 59 existe dans la zone 50, son emplacement est recouvert d'un bloc, ce qui rend impossible l'entrée. Il existe également plusieurs objets qui n'apparaissent pas du tout dans le jeu, mais qui existent dans la programmation du jeu. On ne sait pas pourquoi ces zones et objets sont restés dans la version finale du jeu.

Dans la zone noire caractéristique du jeu, le terrain devient invisible en raison de l'arrière-plan sombre, mais le personnage du joueur et les personnages ennemis restent visibles comme dans tous les autres niveaux. Cependant, selon la programmation du jeu, il existe également un programme qui rend les personnages ennemis moins visibles dans les niveaux sombres. Cependant, cela augmenterait encore plus la difficulté du jeu pour rendre le niveau beaucoup trop difficile, de sorte que ce système n'a jamais été utilisé dans aucune partie du jeu.

Le maître de Wynn est retenu captif dans le dernier niveau du jeu (ceci est différent de la zone finale secrète accessible avec l'actuce NAGOYA), qui est également la base principale du roi maléfique Zavila, qui attaque en tirant des boules de feu sur Wynn. Bien que le dernier niveau soit d'une difficulté extrêmement élevée, il peut être réussi facilement si le joueur possède l'élément étoile invincible (cependant, il peut être tout aussi difficile d'atteindre la zone finale avec l'élément étoile toujours intact). Seules 3 des boules de feu de Zavila peuvent être affichées à l'écran à la fois, de sorte que le joueur doit progresser dans le niveau au bon moment s'il ne possède pas l'élément étoile invincible. Les attaques se terminent et le maître est libéré lorsque le joueur atteint l'objet en forme de diamant placé dans la partie médiane du niveau. Bien que cela marque la conclusion du jeu, il n'y a pas d'écran de fin ou de générique (certains crédits apparaissent assez tôt dans le jeu dans la zone 26), et le maître se tient simplement là en riant au lieu de prendre la fuite avec Wynn. Le jeu continue même après avoir fini la zone finale, et si le joueur atteint la zone 99 lors d'une deuxième partie, un nouveau passage apparaît qui ramène le joueur dans la zone 6. La difficulté est considérablement augmentée lors d'une seconde partie, mais rien n'est ajouté au système de jeu autre que le nouveau passage dans la zone 99. Le jeu se poursuit sans fin.

On ne sait jamais quel est le « mystère » de l'île, même après que le joueur ait terminé la zone finale. Cependant, un autre mystère apparaît dans cette même zone quand il s'avère que le maître de Wynn est Gonbe, le personnage principal du jeu Ikki (en), un autre titre développé par SunSoft.